SINTESIS ASAM NUKLEAT

Tiffany Berliana, 1806148605

Departemen Teknik Kimia, Fakultas Teknik Universitas Indonesia, Depok

Abstrak
Asam nukleat terbagi atas DNA dan RNA. Sintesis DNA disebut juga replikasi DNA
dan sintesis RNA disebut juga transkripsi RNA. Dalam prosesnya, biosintesis asam nukleat
mempunyai proses yang kompleks. Biosintesis asam nukleat dapat dibagi berdasarkan asal
bahan bakunya menjadi De Novo Pathways dan Salvage Pathways sedangkan berdasar
letak berlangsungnya secara in vivo dan in vitro. Proses sintesis asam nukelat pada
prokariotik dan eukariotik juga terdapat perbedaan. Akan tetapi, biosintesis asam nukleat
sangat berguna bagi keberlangsungan makhluk hidup.
Kata Kunci
De Novo, Salvage, Purin, Pirimidin, DNA, RNA, Prokariotik, Eukariotik,

Sub Bahasan 1: Pengertian Biosintesis Asam Nukleat

Biosintesis adalah suatu proses banyak-tahap, yang dikatalisis-enzim di mana
substrat diubah menjadi produk yang lebih kompleks dalam organisme hidup. Biosintesis juga
merupakan proses pembentukan asam nukleat baru. Istilah biosintesis dan biogenesis
keduanya berarti pembentukan senyawa alami oleh organisme hidup. Biosintesis juga
diartikan sebagai pembentukan molekul alami dari molekul lain yang kurang rumit strukturnya,
atau suatu proses anabolisme.
Sub Bahasan 2: Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA. Pada sel, replikasi
DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Proses Replikasi DNA adalah hal yang kompleks yang
melibatkan rangkai protein dan enzim secara kolektif merakit nukleotida dalam urutan yang
telah ditentukan.
Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima selama pembelahan sel, molekul-
molekul ini melakukan replikasi DNA, dan mensintesis dua untai baru menggunakan helai
yang ada sebagai template atau ‘cetakan’. Masing-masing menghasilkan dua, molekul DNA
yang identik terdiri dari satu untai baru dan salah satu DNA lama. Oleh karena itu proses
replikasi DNA disebut sebagai semi-konservatif.

1. Tahapan Replikasi DNA

a. Inisiasi

Gambar 1. Enzim Helikase memutus ikatan antar nukleotida

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator
DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk
perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA.
Pada tahapan ini enzim Helikase memutus ikatan kimia yang paling lemah
yaitu ikatan hydrogen diantara basa komplementer (Gambar 2). Hasil pemutusan
ikatan hydrogen ini menghasilkan dua DNA dengan rantai tunggal. Mekanisme
replikasi pada kedua rantai yang telah dipisahkan tersebut adalah sama atau
idientik. Masing-masing rantai untaian tunggal atau rantai polinukleotida tersebut
akan menjadi rantai dasar (template) untuk membentuk dua untai rantai DNA baru.
Disaat helicase memisahkan untaian rantai DNA, masing-masing rantai DNA
bereaksi dengan single-strand binding protein agar masing-masing rantai tersebut
menjadi stabil.

b. Sintesis Primer

Gambar 2

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada

sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase.
Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan
nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase
yang merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis
bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut
primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase
platform yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer
terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini
menjadi untai DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan
seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA
dibuka oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke
bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai
 DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil tersebut.

c. Sintesis Leading Strand

Gambar 3.

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari
untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA
pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian
pengawal (leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA
primer, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi
berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga
menghasilkan untai baru.

d. Sintesis Lagging Strand

Gambar 4.

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan

menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’.
Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk
membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai
lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada
tingkat yang lebih rendah.
Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang
untai terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan
nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya.
Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut
kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser
 memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

e. Penghapusan Primer

Gambar 5.
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai
baru terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3’
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan
deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase DNA.

f. Ligasi

Gambar 6.

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih

mengandung celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase
mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan menciptakan ikatan
fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

g. Pemutusan (Terminasi)

Gambar 7.

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus
yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein
pengikat terdekat.
Perbedaan Replikasi pada Prokariotik dan Eukariotik

Perbedaan antara replikasi DNA prokariotik dan eukariotik sebagian besar terkait dengan
kontras dalam ukuran dan kompleksitas DNA dan sel-sel dari organisme ini. Sel eukariotik
rata- rata memiliki 25 kali lebih banyak DNA dari sel prokariotik. Pada sel prokariotik, hanya
ada satu titik asal yang disebut Ori, replikasi terjadi dalam dua arah berlawanan pada saat
yang sama, dan berlangsung dalam sitoplasma sel. Sel eukariotik di sisi lain, memiliki
beberapa tempat asal, dan menggunakan replikasi searah dalam inti sel (Gambar 8).

Sel prokariotik memiliki satu atau dua jenis polimerase, sedangkan eukariota memiliki
empat atau lebih. Replikasi juga terjadi pada tingkat yang jauh lebih cepat dalam sel
prokariotik, dibandingkan pada eukariota. Beberapa bakteri mengambil hanya 40 menit,
sementara sel-sel hewan seperti manusia bisa memakan waktu hingga 400 jam. Seperti pada
E. coli yang memiliki 4,6 juta pasangan basa dalam kromosom sirkuler tunggal dan semua itu
akan direplikasi di sekitar 42 menit, mulai dari asal tunggal dari replikasi dan melanjutkan
sekitar lingkaran di kedua arah. Pada proses replikasi tersebut jarang sekali terjadi kesalahan.
Hal ini dikarenakan genom pada prokariot lebih sederhana daripada eukariot.

Gambar 8. Tempat replikasi pada sel prokariotik dan sel eukariotik

Eukariota juga memiliki proses yang berbeda untuk mereplikasi telomere pada ujung
kromosom mereka. Dengan kromosom melingkar mereka, prokariota tidak memiliki ujung
untuk mensintesis. Terakhir, replikasi pendek dalam prokariota terjadi hampir terus-
menerus saat pembelahan sel, tetapi sel eukariotik hanya mengalami replikasi DNA selama
S-fase (sintesis) dari siklus sel (Gambar 9).
Gambar 9. Replikasi DNA pada prokariotik dan eukariotik
Sub Bahasan 3: Transkripsi RNA
Transkripsi adalah proses dimana DNA dalam sel dalam tubuh manusia akan diubah
menjadi asam ribonukleat (RNA) dalam rangka menciptakan gen dan memproduksi protein.
Transkripsi adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. DNA dalam sel menyediakan
transkrip, atau cetak biru, yang menentukan urutan nukleotida yang bergabung bersama-
sama untuk membuat RNA.
Transkripsi diawali dengan membukanya rantai ganda DNA melalui kerja enzim RNA
polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai rantai cetakan atau rantai sense,
rantai yang lain dari pasangan DNA ini disebut rantai anti sense. Tidak seperti halnya pada
replikasi yang terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada segmen DNA
yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotida-nukleotida pada
rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA dikenal sebagai unit transkripsi.
Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Gambar 10. Tahapan Replikasi DNA

a. Inisiasi
Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada
transkripsi ini dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat melekatnya
RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA polymerase melekat atau
berikatan dengan promoter, setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein
yang disebut faktor transkripsi. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan
faktor transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA
polymerase membuka rantai ganda DNA.
b. Elongasi

Gambar 11. Tahap Elongasi Transkripsi RNA

Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini

kemudian menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5´ ke 3´.
Pada tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring
dengan pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog
dengan pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak
terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh karena itu, RNA akan
membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai DNA. Tiga macam
basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan berpasangan
dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin.

c. Terminasi
Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah
promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai, rantai DNA
menyatu kembali seperti semula dan RNA polymerase segera terlepas dari DNA.
Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik,
RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan sebagai mRNA. Sementara
itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein pada sel eukariotik, akan menjadi
mRNA yang fungsional (aktif) setelah melalui proses tertentu terlebih dahulu.
Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA terdapat beberapa urut-urutan basa
nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan
basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida
mRNA hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.

Inisiasi transkripsi berikutnya tidak harus menunggu selesainya

tahapan transkripsi sebelumnya. Hal ini dikarenakan, ketika RNA polimerase
telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida, promoter dapat mengikat
RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan cepat re-
inisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan
terselubungi oleh sejumlah RNA dengan tingkat penyelesaian berbeda-beda.
Perbedaan Proses Transkripsi pada Sel Prokariotik dan Sel Eukariotik

Transkripsi Sel Prokariotik

Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal
operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Pada waktu ditranskripsi operon
lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode-kode genetik untuk polipeptida
berbeda yang disebut dengan mRNA polisistronik.
Operon lac mempunyai 3 gen struktural yaitu lac Z, lac Y dan lac A. Masing-masing
dari gen tersebut memiliki kodon permulaan dan kodon akhir yang berbeda. Namun,
ekspresinya tetap dikendalikan oleh operon yg sama. Pada saat transkripsi hasilnya 1
mRNA yg dibawa oleh kodon- kodon untuk 3 macam polipeptida yg berbeda. Pada akhirnya
akan membentuk 3 polipeptida yang independen.
Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi (ATG)
sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu TAA/TAG/TGA) akan
diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, pada sel prokariot tidak ada intron
(sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea tertentu.
Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot). Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara
serentak, artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.
Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya. Misalnya urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC.
Molekul DNA yang ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperan sebagai
cetakan, hanya salah satu untaiannya. Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi :
1. Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi).
2. Pemanjangan
3. Terminasi (tergantung faktor rho)

Transkripsi Sel Eukariotik

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Proses transkripsi diawali oleh proses penempelan faktor-faktor transkripsi dan
kompleks enzim RNA polimerase pada daerah promoter. RNA Polimerase eukariot tidak
menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan
protein-protein lain, yang disebut sebagai faktor transkripsi (Trancription Factor = TF).
Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus, sedangkan translasi berlangsung di dalam
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yang disebut sebagai fase pasca-transkripsi. Pada fase ini, terjadi proses :
1. Pemotoongan dan penyambungan RNA.
2. Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA).
3. Penambahan tudung pada ujung 5’ mRNA.
4. Penyuntingan mRNA.

Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode

suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yang tidak mengkode urutan spesifik (intron). Di
dalam nucleus terjadi pematangan atau pemasakan mRNA, yaitu dengan jalan melepaskan
segme- segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen ekson. Gabungan segmen-
segmen ekson membentuk membentuk satu rantai atau utas mRNA yang mengandung
sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai mRNA ini dikenal dengan sistron.
Sub Bahasan 4: Biosintesis Purin dan Pirimidin
Proses biosintesis asam nukleat dikelompokkan berdasarkan asal bahan baku dan
lokasi terjadinya.
4.1. BERDASARKAN ASAL BAHAN BAKU
Berdasarkan asal bahan bakunya, proses biosintesis nukleotida dibagi menjadi 2,
yaitu De Novo dan Salvage.
a. De Novo Pathway
Secara umum sintesis secara de
novo mengarah pada perakitan
menyeluruh secara kecil- kecilan
dari struktur yang sederhana
menjadi satu struktur hasil yang
satu kesatuan. Dalam konteks
asam nukleat struktur sederhana
meliputi, gugus gula, gugus amina,
gugus – gugus kecil lainnya dan
struktur hasil merupakan basa
nukleotida meliputi, adenin, guanin,
sitosin, timin dan urasil.

Gambar 12. denovo purin dan pirimidin

 Sintesis Purin (De Novo Pathway)

 Purin disintesis menggunakan ribosa 5-fosfat sebagai substrat awal
 Pembentukan PRPP (fosforibosil difosfat) di mana R-5-P sebagai donor
aktif
 Pembentukan IMP (inosin monofosfat)
1. Gugus amino dari glutamin menempel pada C-1 dari PRPP
menghasilkan 5- phosphoribosylamine
2. Penambahan 3 atom dari glisin membentuk Glycinamide ribonucleotide
(GAR)
3. Gugus amino dari glisin diformilasi oleh N10-formyltetrahydrofolate
membentuk Formylglycinamide ribonucleotide (FGAR)
4. Glutamin memberi nitrogen pada FGAR menghasilkan
Formylglycinamidine ribonucleotide (FGAM)
5. FGAM mengalami dehidrasi dan penutupan cincin menghasilkan cincin
imidazol yang terdiri dari 5 atom (inti basa purin). Reaksi dehidrasi ini
menghasilkan 5- aminoimidazole ribonucleotide (AIR)
6. Penambahan gugus karboksil dari bikarbonat menghasilkan N5-
Carboxyaminoimidazole ribonucleotide (N5-CAIR)
7. Terjadi penyusunan atom sehingga gugus karboksilat berpindah ke
posisi 4 dari cincin imidazole
8. 5-aminoimidazole ribonucleotide langsung dikarboksilasi menjadi
carboxyamino-imidazole ribonucleotide dalam satu langkah
9. Aspartat memberikan gugus aminonya ke CAIR sehingga terbentuk
carboxamide N-Succinyl-5-aminoimidazole-4-ribonucleotide (SAICAR)
10. Pembentukan ikatan amida diikuti dengan eliminasi rantai karbon dari
aspartat (dalam bentuk fumarat). Terbentuk 5-Aminoimidazole-4-
carboxamide ribonucleotide (AICAR)
 Pembentukan AMP (adenosin monofosfat) dan GMP (guanosin
monofosfat) dari IMP

Gambar 13. Sintesis AMP dari IMP

1. Penambahan gugus amino dari aspartat membentuk Adenylosuccinate
2. Pelepasan rantai karbon dari aspartat membentuk Adenylate (AMP)

Gambar 14. Sintesis GMP dari IMP

1. Oksidasi inosinat (IMP) membentuk Xanthylate (XMP)

2. Penambahan gugus amino dari glutamin diikuti pemisahan ATP
menjadi AMP + PPi. Terbentuk Guanylate (GMP)
 Sintesis Pirimidin (De Novo Pathway)
 Lebih sederhana dari sintesa purin
 PRPP ditambahkan setelah cincin pirimidin terbentuk
 Cincin pirimidin berasal dari bikarbonat (C-2), amida glutamin (N-3),
aspartat (C-4, C-5,C-6 dan N-1)
 Biosintesis UMP, UTP, CTP

1. Carbamoyl phosphate bereaksi

dengan aspartate
menghasilkan N-
carbamoylaspartate
2. Pelepasan molekul air dari N-
carbamoylaspartate menyebabkan
penutupan cincin pirimidin menjadi L-
dihydroorotate
3. L-dihydroorotate dioksidasi menjadi
turunan pirimidin yaitu orotate
4. PRPP memberikan ribosa 5-fosfat pada
orotate membentuk orotidylate
5. Orotidylate didekarboksilasi membentuk
uridylate (UMP)
6. Uridylate (UMP) difosforilasi membentuk
uridine 5’-triphosphate (UTP)
7. CTP Disintesis dari UTP dengan
bantuan enzim cytidylate synthetase,
Glutamin sebagai donor nitrogen ATP
sebagai sumber energi

Gambar 15. Biosintesis UMP, UTP, CTP

  Biosintesis TMP

Gambar 16. Biosintesis TMP

1. Thymidilate (TMP) diturunkan dari dCDP dan dUMP

2. Pada de novo pathway, sintesis TMP hanya melibatkan gula
deoksiribosa (produk dTMP)
3. Prekursor langsung untuk sintesis dTMP adalah dUMP
4. Pada bakteri, pembentukan dUMP diawali dengan pembentukan
dUTP melalui deaminasi dCTP atau fosforilasi dUDP
5. dUTP dikonversi menjadi dUMP oleh dUTPase

 Iosintesis dTMP dari dUMP

Gambar 17. Biosintesis dTMP dari Dump

Katalis: thymidylate synthase

1. Satu unit karbon ditransfer dari N5,N10-methylenetetrahydrofolate
ke dUMP
2. N5,N10-methylenetetrahydrofolate diredukasi menjadi gugus metil
(dihydrofolate)
3. Dihydrofolate direduksi menjadi tetrahydrofolate
oleh enzim dihydrofolate reductase

b. Salvage Pathway
Sintesis nukleotida dengan daur ulang dari basa bebas atau nukleosida yg
dilepaskan dari pemecahan asam nukleat. Disini PRPP akan diubah menjadi
purin-ribonukleotida. Contohnya Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi.
 Sintesis Purin (Salvage Pathway)
 Gambar 18. Sintesis Purin (Salvage Pathway)

 Daur ulang molekul hasil pemecahan asam nukleat menjadi nukleotida

 Didahului oleh degradasi asam nukleat
 Terbagi menjadi sintesis purin dan pirimidin
 Purin: Terjadi pada tingkat basa nitrogen
 Pirimidin: Terjadi pada tingkat nukleosida

 Biosintesis IMP, AMP, GMP

Gambar 7. Biosintesis IMP, AMP, GMP (Salvage Pathway)

 Proses: Daur ulang produk pemecahan asam nukleat menjadi nukleotida

bar
 Bahan: PRPP dan basa nitrogen bebas (adenin dan guanin) atau
hypoxantin
 Enzim: APRT (AMP) dan HGPRT (IMP & GMP)
 Sebagian besar basa purin akan didaur ulang karena pada purin, salvage
pathway
 membutuhkan lebih sedikit energi dibandingkan de novo pathway

 Sintesis Pirimidin (Salvage Pathway)

Pada sintesis pirimidin melalui salvage pathway, pemecahan asam nukleat
pada tahap awal sama dengan purin
  Biosintesis UMP, CMP, dTMP

Gambar 19. Biosintesis UMP, CMP, dTMP

 Basa nitrogen bebas dapat melalui salvage pathway, namun reaksinya

sangat lambat
 Hanya 30% dari nukleotida pirimidin dibentuk melalui salvage pathway
 Enzim: uridine-cytidine kinase (UMP dan CMP), thymidine kinase (dTMP)
 Bahan: PRPP dan nukleosida
 Proses: Daur ulang produk pemecahan asam nukleat menjadi nukleotida
baru

4.2. BERDASARKAN LETAK PEMBUATAN

a. In Vivo
In vivo memiliki arti yaitu biosintesis asam nukleat terjadi di dalam sel. Nukleotida
yang disintesis in vivo dapat melalui jalur de novo ataupun didaur ulang melalui
jalur reaksi salvage.
b. In Vitro
In Vitro berarti sintesis terjadi di luar sel. In vitro secara bahasa memiliki arti
didalam kaca.Hal mengacu prosedur perlakuan yang diberikan dalam lingkungan
terkendali di luar organisme hidup. Jadi peralatan dan lingkungan dibuat
sedemikian sehingga menyerupai keadaan di dalam tubuh makhluk hidup.
Sintesis ini dilakukan diluar sel dengan tujuan sebagai penelitian bioteknologi
genetic.
Summary
 Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing
terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N.
 Nukleotida Purin terdiri atas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP (Guanosin
Monofosfat).
 Nukleotida Pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Cytosin Triphospat), dan
TMP (Tymidine Monofosfat).
 Tahapan sintesis Asam Nukleat berturut-turut dimulai dari nukleosida, nukleotida, dan
kemudian asam nukleat DNA atau RNA.
 Proses biosintesis asam nukleat dikelompokkan berdasarkan asal bahan baku dan
lokasi terjadinya. Berdasarkan bahan baku yaitu terdapat De Novo Pathway dan Salvage
Pathway. Berdasarkan lokasi terjadinya yaitu In Vivo dan In Vitro.
 Perbedaan sintesis de novo dan salvage

Gambar 20. Perbedaan sintesis GMP pada jalur Denovo dan Salvage

 Tabel perbedaan replikasi DNA sel prokariot dan eukariot

Aspek Prokariotik Eukariotik

Terus-menerus selama
Replikasi DNA siklus sel
Titik Ori dan Replicon Tunggal
Panjang RNA primer Lebih panjang (1000-2000
dan fragmen okazaki nukleotida panjang)
RNA pol yang terlibat
pada masing-masing
DNA pol 1 jenis
replisom
Lokasi Sitoplasma
Zat yang menginisiasi DnaA protein dan DnaB
Titik replikasi pada Satu titik di setiap molekul
DNA DNA prokariotik
Terdapat dua cabang di setiap
kromosom prokariotik,
Cabang replikasi
replikasi DNA dua arah
Sangat cepat,
ditambahkan sekitar 2000
Kecepatan replikasi
nukleotida per detik
Hanya sebagian kecil pada
siklus sel (fase S)
Lebih dari satu
Lebih pendek (100-200
nukleotida panjang)
3 DNA pol berbeda
Nukleus
Protein multisubunit
Beberapa titik secara simultan
di setiap kromosom
Sejumlah cabang terbentuk
secara bersamaan di setiap
DNA replikasi
Lebih lambat, ditambahkan
sekitar 100 nukleotida per detik
Daftar Pustaka

Anonim. 2010. DNA Replication. [Online] Available from:

http://www.johnkyrk.com/DNAreplication.html. [Accessed 17 Feb. 2020]
Aqila, Larasati. 2014. Perbedaan Replikasi DNA di Prokariota dan Eukariota. [Online]
Available from: http://hikmat.web.id/biologi-kelas-xii/perbedaan-replikasi-dna-di-
prokariota-dan- eukariota/. [Accessed 17 Feb. 2020]
Campbell, N.A., B.R. Jane, G.M. Lawrence, 2000, Biologi Jilid 1 Edisi Kelima, Penerbit
Erlangga, Jakarta
Easybiologyclass.com. (2020). Purine & Pyrimidine Synthesis (de-novo) | easybiologyclass.
[online] Available at: https://www.easybiologyclass.com/nucleotide-biosynthesis-de-
novo-salvage-purine-pyrimidine-nucleotides-cells/ [Accessed 17 Feb. 2020].
Lehninger, A., Nelson, D. and Cox, M. (2008). Lehninger principles of biochemistry. New York:
W.H. Freeman.
Library.med.utah.edu. (2020). PURINES AND PYRIMIDINES. [online] Available at:
https://library.med.utah.edu/NetBiochem/pupyr/pp.htm [Accessed 17 Feb. 2020].
Respati, S. (2015). Proses Replikasi DNA. [online]academia.edu. Available
at: https://www.academia.edu/11171715/Proses_Replikasi_DNA [Accessed 17 Feb.
2020].
Suryo. 2008, Genetika. Penerbit Gajah Mada University Press, Yogyakarta. Yuwono T.2008.
Biologi Molekular. Penerbit Erlangga, Jakarta