Anda di halaman 1dari 8

Tugas Bioteknologi ke 6

Latihan soal untuk video PCR 1 dan PCR 2

Oleh :

Jannatul Firdaus / 160332605835 / off H

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

2019
LATIHAN SOAL UNTUK VIDEO PCR 1 DAN 2

Video 1

1. PCR itu kepanjangan dari apa? Dan apa fungsinya?


Jawab :
PCR kepanjangan dari Polymerase Chain Reaction atau dikenal sebagai
Reaksi Polimerase Berantai merupakan suatu proses sintesis enzimatik untuk
mengamplifikasi nukleotida secara in vitro. Metoda PCR dapat meningkatkan jumlah
urutan DNA ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali.
Setiap urutan basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya.
Pada setiap n siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama
pengembangan PCR adalah menemukan bagaimana cara amplifikasi hanya pada
urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target.

Thermal Cycler

DNA Research Group

2. Sebutkan bahan-bahan yang diperlukan pada PCR dan masing-masing apa fungsinya?
Jawab :
a) Template DNA
yaitu DNA untai ganda yang membawa urutan basa fragmen yang akan
digandakan. DNA Template di dalam proses PCR berfungsi sebagai cetakan
untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama.
b) 10 X PCR Buffer
Larutan Buffer yaitu bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar
berjalan optimum dan menstabilkan DNA polymerase. Buffer berfungsi untuk
menjamin pH medium, membantu menstabilisasi enzim polimerase DNA,
mempengaruhi kerja enzim, dan atau DNA melting temperature ( Tm).
c) 2mM dNTP Mix (Deoxynucleoside triphosphates)
Deoxynucleoside triphosphates merupakan suatu campuran yang terdiri atas
dATP (deoksiadenosin trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP
(deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin trifosfat). Deoxynucleoside
triphosphates berfungsi sebagai building block DNA yang diperlukan dalam
proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada ujung 3’
dari primer membentuk untai baru yang komplementer dengan untai DNA
template, atau sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru.
d) Primer 1 dan Primer 2
Primer adalah rantai DNA pendek yang terdiri atas beberapa nukleotida.
Primer yang umum digunakan terdiri atas 10 atau lebih nukleotida
(oligonukleotida). Primer ini harus mampu mengenali urutan yang akan
diamplifikasi. Untuk standar amplifikasi sepasang primer akan mempunyai
kisaran pasangan basa sekitar 20 basa panjangnya pada tiap primernya.
Primer 1 berfungsi sebagai pemula dalam proses sintesis DNA dalam PCR
atau untuk mengawali reaksi replikasi, sedangkan Primer 2 berfungsi sebagai
pengakhir reaksi replikasi DNA pada reaksi PCR. Primer yang dibutuhkan
untuk PCR biasanya satu pasang yaitu primer forward dan backword. Contoh
primer yang digunakan misalnya TGAGCGGACA.
e) Taq DNA Polymerase
DNA Polimerase yaitu enzim yang mengkatalisis polimerisasi nukleotida
menjadi untaian DNA. Enzim ini bersifat thermostabil dan diisolasi dari
Thermus aquaticus. Aktivitas polimerisasi DNAnya dari ujung-5’ ke ujung-3’
dan aktivitas enzimatik ini mempunyai waktu paruh sekitar 40 menit pada
95ºC. Biasanya untuk setiap 100μl volume reaksi ditambahkan 2.0-2.5 unit.
DNA Polimerase berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi polimerisasi DNA.
Pada proses PCR enzim ini diperlukan untuk tahap ekstensi DNA. Enzim
polimerase DNA yang digunakan untuk proses PCR diisolasi dari bakteri
termofilik atau hipertermofilik.
f) 25mM MgCl2
Merupakan Ion logam yang berfungsi sebagai kofaktor DNA polymerase,
tanpa ion ini DNA polymerase tidak dapat bekerja.

3. Dalam PCR stetiap siklus terdiri dari 3 proses, proses apa saja dan apa fungsinya
masing-masing
Jawab :

1. Pemisahan (Denaturasi) DNA Template


Pada tahap ini molekul DNA dipanaskan sampai suhu 94C yang menyebabkan
terjadinya pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA tunggal. Untai DNA
tunggal inilah yang menjadi cetakan bagi untai DNA baru yang akan dibuat.
2. Penempelan (Annealing) Primer
Enzim Taq polimerase dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika ada
seuntai DNA berukuran pendek (DNA yang mempunyai panjang sekitar 10 sampai 30
pasang basa) yang menempel pada untai DNA target yang telah terpisah. DNA yang
pendek ini disebut primer. Agar suatu primer dapat menempel dengan tepat pada
target, diperlukan suhu yang rendah sekitar 55C selama 30-60 detik.
3. Pemanjangan (Ektension)
Setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA polymerase akan
memanjangkan sekaligus membentuk DNA yang baru dari gabungan antara primer,
DNA cetakan dan nukleotida.
Ketika tiga tahap di atas dilakukan pengulangan, maka untai DNA yang baru dibentuk
akan kembali mengalami proses denaturasi, penempelan dan pemanjangan untai DNA
menjadi untai DNA yang baru. Pengulangan proses PCR akan menghasilkan
amplifikasi DNA cetakan baru secara eksponensial.

4. Namun dalam pelaksanaannya, PCR ada 7 tahapan, apa saja dan apa fungsinya
masing-masing
Jawab :
 Langkah 1 = denaturasi awal; 94C, 5 menit.
Bertujuan untuk mengaktivkan Taq DNA Polymerase.
 Langkah 2 = denaturasi; 94C, 30 detik.
Bertujuan untuk memisahkan untai ganda DNA menjadi untai DNA tunggal.

 Langkah 3 = Annealing (penempelan); 62C, 30 detik.


Bertujuan untuk membentuk ikatan hidrogen diantara primer, nukleotida dan
DNA template, dengan cara penempelan primer pada DNA template.

 Langkah 4 = extention (pemanjangan); 72C, 30 detik.


Enzim DNA polymerase akan memanjang sekaligus membentuk DNA yang
baru dari gabungan antara primer, dan DNA Template.

 Langkah 5 = pengulangan langkah 2,3 dan 4; 30 siklus


2 fragmen dari DNA target telah disintesis setelah 3 siklus. Hanya
membutuhkan waktu 4 jam untuk membuat milyaran salinan DNA target.

 Langkah 6 = final extention (akhir pemanjangan); 72C, 5 menit.


Pada langkah ini, memastikan bahwa semua untai DNA Tunggal telah
mengalami pemanjangan.

 Langkah 7 = disimpan pada temperatur 4C untuk waktu yang tidak terbatas.
Sampel telah siap untuk dilakukan eksperimen lebih lanjut.

5. Jika 1 mikrogram DNA di PCR sebanyak 30 siklus, berapa produk DNA target yang
dihasilkan?
Jawab :
Untuk 2 fragmen DNA target dihasilkan dari 3 siklus. Apabila 30 siklus akan
menghasilkan 1073741764 DNA Target yang dihasilkan.
Video 2

6. Dlam pelaksanaannya, seluruh bahan yang digunakan dalam PCR, ditaruh dalam
wadah yang berisi es. Mengapa?
Jawab :
Agar bahan-bahan tersebut tidak rusak, dan tidak terkontaminasi oleh bahan-bahan
pengganggu yang lain.
7. Untuk memastikan bahwa PCR berhasil, apa yang dilakukan setelah PCR, dan apa
buktinya bahwa PCR itu berhasil?
Jawab :
Teknik ini dikatakan berhasil ketika dilakukan elektroforesis menggunakan gel
agarose terdapat pendaran pada gel berbentuk pita. keberhasilan teknik ini
dipengaruhi Template DNA (konsentrasi dan kemurnian template). Ketidakberhasilan
proses ini ditandai dengan tidak adanya pita dalam gel yang berpendar karena
interaksi DNA dengan ethidium Bromida.