Anda di halaman 1dari 70

STUDI MOLECULAR DOCKING SENYAWA-SENYAWA

1,5-BENZOTIAZEPIN TURUNAN KALKON


SEBAGAI ANTI INFLAMASI

SKRIPSI SARJANA FARMASI

Oleh :

FIRDA FITRI
NIM : 1501017

PROGRAM STUDI S1 FARMASI


SEKOLAH TINGGI ILMU FARMASI RIAU
YAYASAN UNIV RIAU
PEKANBARU
2019
Skripsi ini diajukan sebagai salah satu syarat

Menempuh Ujian Sarjana pada Program Studi S1 Farmasi

Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau

Pekanbaru

Disetujui Oleh :

Dosen Pembimbing I Dosen Pembimbing II

Dr. Neni Frimayanti, Msc Nofri Hendri Sandi, M.Farm., Apt


NIDN:1013068001 NIDN: 1018117401

Diketahui oleh:

Ketua STIFAR Ketua Prodi S1

Prof. Dr. Bustari Hasan, M. Sc Rahayu Utami, M. Sc., Apt


NIP. 19591024 198603 1 004 NIDN: 1023038401
Skripsi ini telah dipertahankan di depan Panitia Ujian Seminar Hasil

Program Studi S1 Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau

Pekanbaru

Pada Hari/Tanggal : Rabu / 11 September 2019

Disetujui oleh :

No. Nama Jabatan Tanda Tangan

1. Dr. Neni Frimayanti, M.Sc Pembimbing I

2. Nofri Hendri Sandi, M.Farm., Apt Pembimbing II

3. Mustika Furi, M.Si., Apt Pembahas I

4. Armon Fernando, M.Si., Apt Pembahas II

5. Mira Febrina, M.Sc., Apt Pembahas III


PERSEMBAHAN

Iman tanpa ilmu bagaikan lentera di tangan bayi


Namun ilmu tanpa iman bagaikan lentera di tangan pencuri
-HAMKA-

Ya Allah…
Satu dari banyak doa yang kupanjatkan
Telah engkau kabulkan
Sungguh engkau maha pengasih lagi maha penyayang
Satu rintangan telah berhasil kulalui
Namun kutahu keberhasilan bukanlah akhir dari perjuanganku
Tapi awal dari sebuah harapan dan cita-cita
Ku tahu perjalanku masih panjang dalam menggapai masa depan yang cerah
Agar bisa membahagiakan orang-orang yang kucintai

Skripsi ini ku persembahkan untuk

KELUARGAKU TERCINTA

Teruntuk yang terkasih dan paling kucintai kedua orang tuaku, Ayahku (Zulfan Efendi) dan
ibuku (Umi Zakia). Yang tak henti-hentinya berdoa, memberikan kasih sayang, serta
memberikan semangat untuk kesuksesanku dalam menyelesaikan studi S1 farmasi ini. Firda
bersyukur mempunyai orang tua yang begitu peduli terhadap firda dan juga peduli terhadap
cita-cita firda. Begitu besar pengorbanan ayah dan ibu berikan kepada firda. Dengan skripsi
ini, firda persembahkan untuk ayah dan ibu. Walaupun ini belum bisa membalas semua
pengorbanan ayah dan ibu, tapi semoga ini bisa membanggakan ayah dan ibu dengan firda
yang dapat menyelesaikan studi S1 Farmasi ini.

PEMBIMBINGKU

Terimakasih untuk ibu Dr. Neni Frimayanti, M.Sc dan bapak Nofri Hendri Sandi, M.Farm.,
Apt sebagai pembimbing yang telah meluangkan waktu, tenaga dan pikiran untuk
membimbing penulis dalam penulisan skripsi dan penyelesaian penelitian ini. Terimakasih
untuk pembimbing akademik bapak Nofri Hendri Sandi, M.Farm.,Apt yang telah membantu
melancarkan urusan kuliah S1 Farmasi ini. Terimakasih atas segala ilmu serta dedikasinya
yang sedemikian besar selama ini.
TERKASIH

Untuk seseorang yang selalu ada, selalu sabar dan selalu memberikan firda semangat, do’a
dan juga motivasi untuk menyelesaikan skripsi ini terimakasih banyak dan semoga kamu
selalu dalam lindungan Allah, kita tahu apa yang sama-sama kita inginkan, mari berjuang
untuk mewujudkannya.

Terimakasih banyak untuk sahabat yang dari awal kuliah sampai sekarang selalu bersama
sixters singlelillah ku (Aida Mistawati, S.Farm, Emnoverica Umar, S.Farm, Emnoverici
Umar, S.Farm, Gisda Amarina, S.Farm dan Vany Rahmayani, S.Farm ) yang sudah bersedia
membantu dalam suka dan duka. Kita sama-sama tahu seberapa keras kita berjuang untuk
skripsi kita, firda yakin setiap orang punya jalannya masing-masing dan ceritanya masing-
masing dan kita pasti bisa melewati itu.

Terimakasih sahabat Kukerta 2018 desa Harapan (mela, apsyah, jihan, rike, eka, yelly, kak
erna dan haikal) terimakasih telah berjuang bersama, untuk saling menguatkan melewati
berbagai rintangan yang luar biasa dalam keluarga halu kita.

Terimakasih untuk teman satu penelitianku (Dhea, ica, felly, tiwi, kak Pretty, dan bg Jaka)
terimakasih saran dan motivasi yang telah diberikan kepada firda, terimakasih telah berjuang
bersama saling menguatkan dalam penelitian ini.

Yakinlah, ada sesuatu yang menantimu setelah sekian banyak


kesabaran (yang kau jalani) yang akan membuatmu terpana hingga
kau lupa betapa pedihnya rasa sakit
-Ali bin Abi Thalib-

Firda Fitri, S.Farm


KATA PENGANTAR

Assalaamu’alaikum Wr.Wb

Alhamdulillahhirrobbil’alamin, segala puji dan syukur yang mendalam

penulis ucapkan kehadirat Allah subhanahuwata’ala, karena berkat limpahan

rahmat dan hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan panelitian dan

skripsi ini yang berjudul “ STUDI MOLECULAR DOCKING SENYAWA-

SENYAWA 1,5-BENZOTIAZEPIN TURUNAN KALKON SEBAGAI ANTI

INFLAMASI”. Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat menyelesaikan

Program Pendidikan Strata Satu (S1) Farmasi Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau

(STIFAR), Pekanbaru.

Dalam penyelesaian skripsi ini tidak terlepas dari doa, dukungan, dan bantuan

dari berbagai pihak yang bersangkutan. Penulis mengucapkan terimakasih yang sebesar-

besarnya kepada berbagai pihak yang telah membantu dalam menyusun skripsi ini.

Perkenankanlah Penulis mengucapkan terimakasih kepada :

1. Bapak Prof. Dr. Bustari Hasan, M.Sc sebagai Ketua Sekolah Tinggi Ilmu

Farmasi Riau bersama Pembantu Ketua Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi

Riau.

2. Ibu Rahayu Utami, M.Sc., Apt sebagai Ketua Program Studi Strata Satu

Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau.

3. Bapak Nofri Hendri Sandi, M.Farm., Apt sebagai pembimbing akademik

yang telah banyak memberikan bantuan dan nasehat dalam kegiatan

akademik penulis.

i
4. Ibu Dr. Neni Frimayanti, M.Sc dan Bapak Nofri Hendri Sandi, M.Farm.,

Apt sebagai pembimbing yang telah meluangkan waktu, tenaga dan

pikiran untuk membimbing penulis dalam penulisan skripsi dan

penyelesaian penelitian ini.

5. Ibu Mustika Furi, M.Si., Apt, Bapak Armon Fernando, M.Si., Apt dan Ibu

Mira Febrina, M.Sc., Apt, selaku dosen pembahas yang telah memberikan

kritik dan saran kepada penulis sehingga dapat menyelesaikan skripsi ini.

6. Bapak dan Ibu dosen Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau yang telah

memberikan bantuan serta membimbing dan membagi ilmu pengetahuan

selama ini serta staf laboratorium atas bantuan dan fasilitasnya dalam

menyelesaikan skripsi ini serta tata usaha dan karyawan STIFAR.

7. Teruntuk kedua orang tuaku tercinta, Ayahanda Zulfan Efendi dan Ibunda

Umi Zakia yang selalu mendoakan, memberikan motivasi dan

pengorbanannya baik dari segi moril, materi kepada penulis sehingga

penulis dapat menyelesaikan skripsi ini.

8. Untuk keluarga besarku yang selalu mendoakan juga telah memberikan

nasehat, dukungan serta motivasinya kepada penulis sehingga penulis

selalu semangat dalam menyelesaikan skrikpsi ini.

9. Untuk sahabat sixters singlelillah, Aida Mistawati, S.Farm, Emnoverica

Umar, S.Farm, Emnoverici Umar, S.Farm, Gisda Amarina, S.Farm dan

Vany Rahmayani, S.Farm yang telah membantu selama penelitian.

10. Terimakasih kepada teman-teman seperjuangan angkatan 2015 terkhusus

anak-anak Fanjay yang telah berjuang bersama dan memberikan dukungan

serta bantuan secara langsung maupun tidak langsung selama perkuliahan

ii
dan telah membantu penulis dalam menyelesaikan penelitian dan penulisan

skripsi ini.

Semoga Allah SWT memberikan balasan yang berlipat ganda atas

kebaikan yang telah diberikan kepada penulis. Penulis menyadari skripsi ini masih

jauh dari kesempurnaan, untuk itu penulis mengharapkan kritikan dan saran yang

membangun. Akhirnya hanya kepada Allah Subhanahuwata’ala kita menyerahkan

segala urusan, semoga skripsi ini dapat memberikan hal yang bermanfaat dan

menambah wawasan bagi pembaca dan khususnya bagi penulis.

Pekanbaru, Oktober 2019

Penulis

iii
ABSTRAK

Studi molecular docking senyawa-senyawa 1,5-benzotiazepin turunan

kalkon dengan protein target dari permodelan struktur kristalografi enzim

Cyclooxygenase dengan kode 1CX2 dilakukan dengan bantuan komputer

menggunakan program AutoDock Vina. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui

aktivitas 12 senyawa 1,5-benzotiazepin turunan kalkon yang diperoleh dari

penelitian sebelumnya dengan menggunakan celecoxib sebagai kontrol positif.

Berdasarkan hasil docking yang telah dilakukan menunjukkan senyawa MA 8

sesuai dengan yang telah diteliti berpotensi aktif sebagai anti inflamasi dengan

nilai energi bebas ikatan yaitu -10,1 kcal/mol dan memiliki satu residu asam

amino yang sama dengan celecoxib.

iv
ABSTRACT

Study molecular docking of 1,5-benzotiazepine chalcone derivatives with

protein targets downloaded from the crystallographic structure modeling of the

Cyclooxygenase enzyme with code 1CX2. It was carried out with the of

computers using the AutoDock Vina programs. The aim of is determine the

activity of 12 compounds 1,5-benzotiazepine of chalcone derivatives, it was

obtained from previous studies using celecoxib as a positive control. Based on the

docked results is shown that MA 8 compounds have the active potential as an

anti-inflammatory with a binding free energy value of -10,1 kcal / mol and alike

has one amino acid residue similar to celecoxib.

v
DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR .................................................................................. i
ABSTRAK .................................................................................................... iv
ABSTRACT .................................................................................................. v
DAFTAR ISI ................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR .................................................................................... viii
DAFTAR TABEL ........................................................................................ ix
DAFTAR LAMPIRAN ................................................................................ x
BAB 1 PENDAHULUAN ............................................................................ 1
BAB II TINJAUAN PUSTAKA ................................................................. 4
2.1 Tinjauan Umum Inflamasi .............................................................. 4
2.1.1 Gejala inflamasi .................................................................... 4
2.1.2 Jenis Inflamasi ...................................................................... 5
2.2 Protein 1CX2 ................................................................................. 7
2.3 Celecoxib ........................................................................................ 7
2.4 Tinjauan Umum 1,5-Benzotiazepin ................................................ 9
2.5 Tinjauan Umum Molecular Docking .............................................. 10
2.5.1 Program Autodock Vina ....................................................... 12
2.5.2 Discovery Studio Visualizer (BIOVIA) ................................ 12
2.5.3. PyMOL ................................................................................ 13
2.6 Ikatan-ikatan pada Protein .............................................................. 14
2.7 Asam Amino ................................................................................... 15
BAB III PELAKSANAAN PENELITIAN ................................................ 17
3.1 Waktu dan Tempat Penelitian ......................................................... 17
3.2 Metode Penelitian ........................................................................... 17
3.2.1 Alat ....................................................................................... 17
3.2.2 Bahan .................................................................................... 17
3.3 Prosedur Penelitian ......................................................................... 22
3.3.1 Persiapan Protein .................................................................. 22
3.3.2 Persiapan Ligan .................................................................... 23
3.3.3 Pengaturan Grid Box ............................................................ 23

vi
3.3.4 Pembuatan Data Konfigurasi ................................................ 23
3.3.5 Simulasi Docking menggunakan AutoDock Vina ................ 23
3.3.6 Visualisasi Hasil Docking dengan PyMOL dan DSV ........... 24
3.3.7 Analisis Data ........................................................................ 24
BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN ..................................................... 25
4.1 Hasil ............................................................................................. 25
4.2 Pembahasan ................................................................................. 33
BAB V KESIMPULAN DAN SARAN ....................................................... 43
5.1 Kesimpulan .................................................................................. 43
5.2 Saran ............................................................................................ 43
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................... 44
LAMPIRAN

vii
DAFTAR GAMBAR

Gambar Halaman
1. Visualisasi 1CX2 .................................................................................... 7
2. Struktur Celecoxib ................................................................................... 9
3. Struktur umum 1,5-Benzotiazepin .......................................................... 9
4. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 1 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 26
5. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 2 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 26
6. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 3 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 27
7. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 4 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 27
8. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 5 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 28
9. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 6 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 28
10. Inter aksi Residu Protein dengan Senyawa MA 7 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 29
11. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 8 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 29
12. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 9 Secara (a) 2D dan
(b) 3D ...................................................................................................... 30
13. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 10 Secara (a) 2D
dan (b) 3D ............................................................................................... 30
14. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 11 Secara (a) 2D
dan (b) 3D ............................................................................................. 31
15. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 12 Secara (a) 2D
dan (b) 3D ............................................................................................. 31
16. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa Celecoxib Secara (a) 2D
dan (b) 3D ............................................................................................. 32

viii
DAFTAR TABEL

Tabel Halaman
1. Simbol atau Singkatan Asam Amino ...................................................... 16
2. Struktur Senyawa Turunan 1,5-Benzotiazepin Sebagai Ligan ............... 17
3. Hasil Docking Senyawa Turunan 1,5-benzotiazepin dan Celecoxib. ..... 25
4. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA1 .......................... 49
5. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA2 .......................... 49
6. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA3 .......................... 50
7. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA4 .......................... 50
8. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA5 .......................... 51
9. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA6 .......................... 51
10. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA7 ........................ 52
11. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA8 ........................ 52
12. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA9 ........................ 53
13. Hasil Perhitungan Molecular Docking senyawa MA10 ....................... 53
14. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA11 ...................... 54
15. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA12 ...................... 54
16. Hasil Perhitungan Molecular Docking Celecoxib ................................ 55

ix
DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran Halaman

1. Skema Kerja Docking dengan AutoDock Vina....................................... 48


2. Data Hasil Perhitungan Molecular Docking .......................................... 49

x
BAB 1

PENDAHULUAN

Inflamasi merupakan reaksi lokal jaringan yang terjadi pada tempat yang

mengalami cedera ataupun infeksi. Saat terjadi cedera, tubuh akan berusaha

menetralisir dan mengeliminasi agen-agen berbahaya dari tubuh serta melakukan

persiapan untuk perbaikan jaringan yang mengalami cedera (Sherwood, 2001).

Adanya proses inflamasi ditandai dengan ciri yang khas, yaitu timbulnya warna

kemerahan, pembengkakan di daerah peradangan, rasa panas, dan timbulnya rasa

nyeri (Corwin, 2008). Inflamasi masuk dalam keadaan patologis yang sering

menyebabkan kelainan sel rusak atau nekrosis, itu berarti inflamasi (peradangan)

bisa dianggap sebagai penyakit. Inflamasi kronik berhubungan dengan berbagai

penyakit seperti penyakit infeksi, kanker atau kelainan autoimun yang

menghasilkan immunosupressan oleh terhambatnya sel natural killer dan sel T,

sehingga menyebabkan penyakit (Barathawidjaja, 2002).

Enzim yang berperan dalam terjadinya inflamasi adalah enzim

siklooksigenase 2 (COX-2). COX-2 merupakan enzim yang terinduksi pada sel

yang mengalami inflamasi oleh sitokin, endotoksin, dan faktor pertumbuhan

(growth factors) (Lindseth, 2014). Celecoxib merupakan salah satu obat anti

inflamasi yang bekerja selektif menghambat COX-2. Celecoxib memiliki

selektivitas terhadap COX-2 10-20 kali lebih besar dari COX-1 dan celecoxib

tidak mengganggu fungsi platelet dan fungsi sistem pencernaan pada dosis biasa

dengan efektivitas yang relatif sama dengan NSAID (Non Steroid Anti

Inflammatory Drug) lain ( Katzung et al, 2012).

1
1,5-Benzotiazepin merupakan senyawa heterosiklik lingkar tujuh yang

mengandung senyawa nitrogen dan sulfur yang memiliki bioaktivitas beragam.

Molekul pertama 1,5-benzotiazepin digunakan secara klinis adalah diltiazem,

diikuti oleh clentiazem, yang memiliki khasiat sebagai kardiovaskular. Karena itu,

senyawa 1,5-benzotiazepin berguna dalam penelitian obat yang lebih luas dengan

berbagai metode sintesis dan transformasi kimia (Velagapudi et al,2017).

Senyawa 1,5-benzotiazepin adalah bagian kelas penting dari pharmacophore dan

memiliki aktivitas sebagai antagonis saluran Ca2+ (Kurokawa et al, 1997), anti

kanker payudara (Ameta, 2012), antibakteri (Vutla et al, 2014), antikanker

(Deshmukh, 2016).

Pemilihan obat saat ini mengharapkan obat dengan selektivitas yang tinggi

terhadap reseptor tertentu agar diperoleh efek terapi yang maksimal, oleh karena

itu, penting untuk dilakukan suatu pengembangan obat. Salah satu metode

pengembangan obat saat ini yang paling baik dan populer adalah berdasarkan

pendekatan komputasi (in silico) salah satunya dengan molecular docking.

Molecular docking adalah sebuah metode yang dapat digunakan untuk

melakukan investigasi, interpretasi, dan identifikasi sifat molekuler dari suatu

senyawa dalam bentuk struktur 2D dan 3D dengan memprediksi orientasi dari

kompleks yang terbentuk antara ligan dan protein. Dengan molecular docking

dapat diketahui gambaran aktivitas senyawa tanpa perlu melakukan sintesis

senyawa terlebih dahulu (Yanuar, 2012).

Metode molecular docking dapat digunakan untuk memprediksi aktivitas

senyawa-senyawa seperti senyawa turunan 1,5-benzotiazepin dengan cara

menghitung energi bebas ikatan yang terlibat dalam interaksinya dengan sisi aktif

2
protein. Kelebihan metode ini adalah lebih efektif karena dapat digunakan untuk

memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan sintesis. Hal ini tentunya

akan mengurangi penggunaan pelarut dan bahan kimia yang dapat mencemari

lingkungan, dan juga lebih menghemat biaya. Jika senyawa 1,5-benzotiazepin

berinteraksi dengan protein hanya membutuhkan energi yang rendah dan mampu

berinteraksi dengan sisi aktif protein maka dapat dikatakan senyawa tersebut aktif

(Ramya et al, 2011).

Berdasarkan hal diatas, maka dilakukan penelitian molecular docking

senyawa 1,5-benzotiazepin turunan kalkon yang diperoleh dari penelitian

Yaeghoobi (2016). Walaupun demikian penelitian ini belum dilakukan secara

molecular docking dan belum ada yang memodifikasi senyawanya. Dengan

tujuan, untuk mengetahui aktivitas 12 senyawa 1,5-benzotiazepin turunan kalkon

sebagai anti inflamasi terhadap residu enzim pada reseptor dan membandingkan

aktivitas beberapa senyawa-senyawa 1,5-benzotiazepin turunan kalkon dengan

obat celecoxib sebagai anti inflamasi sehingga dapat dijadikan acuan bahan obat

alternatif.

3
BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Tinjauan Umum Inflamasi

Inflamasi merupakan suatu respon protektif normal terhadap luka jaringan

yang disebabkan oleh trauma fisik, zat kimia yang merusak, atau zat-zat

mikrobiologik. Inflamasi adalah usaha tubuh untuk menginaktifasi atau merusak

organisme yang menyerang, menghilangkan dan mengatur derajat perbaikan

jaringan (Mycek dkk, 2001).

Penyebab inflamasi antara lain mikroorganisme, trauma mekanis, zat-zat

kimia, dan pengaruh fisika. Tujuan akhir dari respon inflamasi adalah menarik

protein plasma dan fagosit ke tempat yang mengalami cedera atau terinvasi agar

dapat mengisolasi, menghancurkan, atau menginaktifkan agen yang masuk,

membersihkan debris dan mempersiapkan jaringan untuk proses penyembuhan

(Corwin, 2008).

2.1.1 Gejala inflamasi

Inflamasi ini ditandai dengan perubahan makroskopik lokal yaitu dengan

adanya rubor, tumor, kalor, dolor dan function laesa (Sander, 2010).

1. Rubor (kemerahan) terjadi pada tahap pertama dari proses inflamasi yang

terjadi karena darah terkumpul di daerah jaringan yang cedera akibat dari

pelepasan mediator kimia tubuh (kinin, prostaglandin, histamin). Ketika

reaksi radang timbul maka pembuluh darah melebar (vasodilatasi

pembuluh darah) sehingga lebih banyak darah yang mengalir ke dalam

jaringan yang cedera.

2. Tumor (pembengkakan) merupakan tahap kedua dari inflamasi yang

4
ditandai adanya aliran plasma ke daerah jaringan yang cedera.

3. Kalor (panas) berjalan sejajar dengan kemerahan karena disebabkan oleh

bertambahnya pengumpulan darah (banyaknya darah yang disalurkan),

atau mungkin karena pirogen yang menggangu pusat pengaturan panas

pada hipotalamus.

4. Dolor (nyeri) disebabkan banyak cara, perubahan lokal ion-ion tertentu

dapat merangsang ujung saraf, timbulnya keadaan hiperalgesia akibat

pengeluaran zat kimia tertentu seperti histamin atau zat kimia bioaktif

lainnya dapat merangsang saraf, pembengkakan jaringan yang meradang

mengakibatkan peningkatan tekanan lokal juga dapat merangsang saraf.

5. Functio laesa (kegagalan fungsi), kenyataan adanya perubahan, gangguan,

kegagalan fungsi telah diketahui, pada daerah yang bengkak dan sakit

disertai adanya sirkulasi yang abnormal akibat penumpukan dan aliran

darah yang meningkat juga menghasilkan lingkungan lokal yang abnormal

sehingga tentu saja jaringan yang terinflamasi tersebut tidak berfungsi

secara normal (Price dan Wilson, 2005).

2.1.2 Jenis Inflamasi

Terdapat 2 tipe radang : (1) Akut (eksudatif): merupakan respon awal

terhadap gangguan, merupakan reaksi non spesifik dan mungkin menimbulkan

pengaruh yang fatal. Durasi biasanya pendek, umumnya terjadi sebelum respon

immun menjadi jelas dan ditujukan terutama untuk menghilangkan agen penyebab

gangguan dan membatasi jumlah jaringan yang rusak (2) Kronis (proliferatif):

Berlangsung selama berminggu-minggu, berbulan-bulan bahkan bisa bertahun-

tahun. Radang kronis bisa merupakan hasil perkembangan radang akut. Ciri

5
radang kronis adalah adanya infiltrasi sel mononuklear (makrofag). limfosit dan

proliferasi fibroblas. Agen penyebab biasanya merupakan iritan yang mengganggu

secara persisten namun tidak mampu melakukan penetrasi lebih dalam atau

menyebar secara cepat. Contoh konkret penyebab radang kronis antara lain :

benda asing, talk, silikon, asbes dan benang jahit operasi (Celloti dan Laufer

,2001) .

lnflamasi akut terjadi akibat pelepasan berbagai mediator yang berasal dari

jaringan yang rusak, sel mast, leukosit dan komplemen. Meskipun pemicu

peradangan dapat berbeda-beda, namun jalur peradangan tetap sama, kecuali

radang yang disebabkan oleh reaksi alergi (Ig-E-sel mast) yang terjadi Iebih cepat

dan dapat menjadi sistemik. Mediator-mediator tersebut menimbulkan edema,

kebengkakan, merah, sakit dan gangguan fungsi organ/ jaringan yang terkena

(Baratawidjaja, 2002).

Jaringan yang rusak akan mengeluarkan mediator seperti trombin,

histamin dan TNFa. Mikroba dapat melepaskan endotoksin dan/ atau eksotoksin,

yang mana keduanya dapat memacu pelepasan mediator pro-inflamasi. Komponen

bakteri LPS (lipopolisakarida) komponen dinding sel bakteri gram negatif, apabila

diinjeksikan dapat menyebabkan munculnya berbagai sitokin pro-inflamasi seperti

Interleukin (IL)-1, 6, 12 18, TNF-α dan TNF-β. Toksin bakteri juga menimbulkan

kerusakan jaringan dan melepaskan trombin, histamin, sitokin dan merusak ujung-

ujung saraf. Mikroba juga dapat mengaktifkan komplemen jalur klasik atau

alternatif. Kejadian pada tingkat molekuler/ seluler yang terjadi pada peradangan

adalah vasodilatasi, peningkatan permeabilitas vaskuler dan infiltrasi seluler. Hal

tersebut berkaitan dengan kerja mediator kimia yang disebarkan keseluruh tubuh

6
dalam bentuk aktif maupun non aktif. Mediator akan diaktifkan ditempat

peradangan itu terjadi. TNF-α dan IL-1 yang diproduksi makrofag dan diaktifkan

oleh endotoksin mikroba, juga berperanan dalam perubahan permeabilitas

vaskuler (Baratawidjaja, 2002).

2.2 Protein 1CX2

Struktur kristalografi enzim atau protein 3D disediakan oleh situs

www.pdb.org. Pada penelitian ini, protein yang digunakan adalah struktur

kristalografi enzim cyclooxigenase dari Fall Armyworm yang dirilis pada tahun

1997 oleh Kurumbail et al dengan kode 1CX2 dan memiliki resolusi 3,0 Å. Pada

penelitian Ekowati et al (2013), protein 1CX2 dinyatakan memiliki aktivitas

sebagai antiinflamasi.

Gambar 1. Visualisasi 1CX2 (http://www.rscb.org/pdb)

2.3 Celecoxib

Celecoxib merupakan senyawa yang memiliki inti pirazolin bekerja

selektif terhadap penghambatan COX-2 dibanding COX-1. Sekarang juga telah

banyak dilakukan pengembangan untuk penemuan obat antiinflamasi yang

bekerja spesifik (Barsoum & Girgis, 2009). Celecoxib merupakan jenis obat

antiinflamasi golongan NSAID (Non Steroid Anti Inflammantory Drugs) yang

7
pada penggunaanya tidak hanya berperan sebagai agen terapeutik analgesik,

antipiretik, dan anti inflamasi tetapi juga berperan pada penanganan pencegahan

kanker (Gong et al, 2012). Pada obat NSAIDs Selektif COX-2 Inhibitor

diharapkan lebih efektif dari pada NSAIDs non selektif dalam mengurangi rasa

sakit dan peradangan, serta meminimalkan toksisitas terhadap gastrointestinal dan

efek antiplatelet. Dengan adanya hambatan selektif pada COX-2 dapat

menyebabkan ketidak seimbangan tromboxan A2 (Tx A2) sehingga menyebabkan

agregasi platelet dan menyebabkan efek antiplatelet. Selektivitas NSAIDs

meningkat, resiko toksisitas gastrointestinal menurun, sedangkan risiko

kardiovaskular meningkat. Celecoxib (golongan NSAID) dapat memperlambat

proliferasi dan menghambat invasi sel kanker dan membunuh sel kanker (Buys

and Elliott, 2008).

Celecoxib mempunyai nama dagang Celebrex. Celecoxib memiliki dosis

dan frekuensi pemberian yaitu 100 mg dua kali sehari atau 200 mg satu sekali

sehari dengan dosis maksimum 200 mg/hari (Epstein et al, 2008). Celecoxib

selektif COX-2, COX-2 inhibitor juga memiliki efikasi yang sama dengan

NSAIDs non spesifik sebagai analgesik seperti celecoxib 200 mg/hari (Epstein et

al., 2008). Penggunaan refecoxib mampu meningkatkan resiko kardiovaskular,

namun tidak pada celecoxib. Akan tetapi resiko kardiovaskular pada celecoxib

akan terjadi pada dosis diatas 400 mg/hari. Selain itu, penggunaan celecoxib juga

dikontraindikasi pada pasien dengan riwayat reaksi alergi untuk sulfonamide

(Buys and Elliott, 2008).

Setelah pemberian oral, celecoxib cepat diserap dan mencapai konsentrasi

serum puncak sekitar 3 jam. Celecoxib secara ekstensif dimetabolisme di hati,

8
dengan obat yang dieliminasi sangat sedikit (<3%). Rute utama ekskresi untuk

celecoxib adalah feses dan urin (Gong et al, 2012).

H2 N O
S
O
N
N F
F
F

Gambar 2.Struktur Celecoxib (Rullah et al, 2012)

2.4 Tinjauan Umum 1,5-Benzotiazepin

1,5-Benzotiazepin adalah senyawa heterosiklik yang mengandung nitrogen

dan sulfur merupakan senyawa penting dalam obat dan penelitian farmasi

(Vyawahare et al., 2010). 1,5-Benzotiazepin terdapat dalam bentuk isomer, seperti

Gambar 3. Senyawa turunan 1,5-Benzotiazepin ini digunakan secara klinis untuk

kardiovaskular, gangguan sistem saraf pusat, dalam pertanian dan dalam industri

pewarnaan (Mistry, 2005).

Gambar 3. Struktur umum 1,5-Benzotiazepin (Vutla et al, 2014)

Senyawa 1,5-benzotiazepin adalah senyawa heterosiklik yang

mengandung tujuh senyawa diantaranya nitrogen dan sulfur. 1,5-benzotiazepin

merupakan salah satu senyawa yang paling dikenal dari benzolog 1,4-tiazepin dan

satu dari tiga turunan benzo yang terkondensasi (Velagapudi et al,2017).

Lebih dari 50% senyawa-senyawa organik yang telah dikenal adalah

senyawa heterosiklik. Senyawa heterosiklik memegang peranan penting pada

9
sistem pengobatan dan dalam sistem biologis. Kebanyakan obat yang penting dan

juga produk bahan alam seperti kafein, nikotin, morfin, penisilin, dan sefalosforin,

merupakan senyawa-senyawa heterosiklik. Basa-basa purin dan pirimidin, dua

senyawa heterosiklik nitrogen, merupakan unit struktural RNA dan DNA (Sarker

& Nahar, 2009).

Molekul pertama dari 1,5-benzotiazepin yang telah digunakan secara klinis

yaitu diltiazem dan clentiazem yang memiliki aksi sebagai obat kardiovaskular.

Beberapa turunan 1,5-benzotiazepin yang juga digunakan pada SSP meliputi

thiazesim, clothiapine dan quetiapine (Velagapudi et al., 2017).

2.5 Tinjauan Umum Molecular Docking

Molecular docking adalah metode untuk memprediksi molekul yang

terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil. Dimana molecular

docking digunakan untuk memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan

antara dua molekul yang digunakan. Selanjutnya, dari dua pasangan yang

berinteraksi dapat mempengaruhi jenis sinyal yang di hasilkan. Oleh karena itu

docking berguna untuk memprediksi kekuatan dan jenis sinyal yang dihasilkan

(Mukesh & Rakesh, 2011).

Docking sering digunakan untuk memprediksi ikatan molekul obat yang

kecil terhadap target proteinnya untuk mengetahui energi bebas ikatan dan

aktivitas molekul kecil. Maka docking memainkan peran penting dalam desain

obat secara rasional (Mukesh & Rakesh, 2011)

Docking adalah metode yang memprediksi ikatan molekul satu ke molekul

dua yang terikat satu sama lain membentuk kompleks yang stabil dan dapat

digunakan untuk memprediksi kekuatan asosiasi atau ikatan afinitas antara dua

10
molekul. Hasil terbaik docking dipilih berdasarkan nilai energi bebas ikatan

terendah (Zamri et al,2016).

Pemodelan molekuler mudah dilakukan dengan perangkat lunak yang

tersedia saat ini, tetapi kesulitannya terletak pada saat mendapatkan model yang

tepat dan interpretasi yang tepat. Pemodelan molekuler adalah istilah umum yang

digunakan untuk menggambarkan penggunaan komputer untuk membangun

molekul dan melakukan berbagai perhitungan pada molekul-molekul tersebut

serta untuk memprediksi karakteristik dan perilaku kimianya (Mukesh & Rakesh,

2011).

Salah satu aplikasi kimia komputasi lainnya yang dapat diterapkan adalah

kajian Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR) atau hubungan

kuantitatif struktur aktivitas. Kajian ini mempelajari korelasi secara kuantitatif

antara struktur molekul dan nilai aktivitas biologis yang terukur secara

eksperimen. Kajian QSAR menjabarkan suatu model persamaan yang

menghubungkan ketergantungan harga aktivitas suatu senyawa secara eksperimen

dengan struktur molekul. Secara umum aktivitas senyawa adalah aktivitas biologis

yang telah diuji secara klinis. Perkembangan kimia komputasi memungkinkan

untuk perhitungan kuantum suatu senyawa sehingga dapat diperoleh struktur

elektronik senyawa tersebut, yang dapat dinyatakan dengan parameter muatan

atom, momen dwikutub, kerapatan elektron dan lain-lain (Leach, 1996).

Kelebihan metode molecular docking adalah dapat digunakan untuk

memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan sintesis sehingga

mengurangi penggunaan pelarut dan bahan-bahan kimia yang dapat mencemari

lingkungan. (Boyle et al, 2011).

11
2.5.1 Program Autodock Vina

AutoDock Vina adalah salah satu perangkat lunak yang tepat dan dapat

diandalkan untuk melakukan penemuan obat baru, molecular docking dan

skrining virtual yang dirancang oleh Dr. Oleg Trott. Vina menawarkan banyak

kemampuan, tingkat kinerja tinggi dan akurasi yang ditingkatkan untuk

mempermudah penggunanya (Trott & Olson, 2009).

Vina dirancang agar kompatibel dengan format file yang digunakan untuk

file struktur AutoDock 4:PDBQT, yang dapat dilihat sebagai perangkat tambahan

yang digunakan selama tahap penyempurnaan dan pengelompokan struktur.

Bagian dari format file PDB ini membuatnya mudah untuk menggunakan vina

dengan perangkat lunak tambahan yang sudah ada yang dikembangkan untuk

AutoDock. AutoDock digunakan untuk menyiapkan file, memilih parameter-

parameter docking, dan melihat hasilnya (Trott & Olson, 2009).

Selain itu, secara manual prosedur dalam AutoDock seperti pemilihan jenis

atom untuk grid maps menggunakan Autogrid, pemilihan parameter-parameter

docking, dan pengelompokkan hasil setelah docking tidak lagi diperlukan dalam

AutoDock Vina, karena program ini dapat menghitung grid maps-nya sendiri

secara cepat dan otomatis serta tidak menyimpannya ke dalam disk computer

(Trott & Olson, 2009).

2.5.2 Discovery Studio Visualizer (BIOVIA)

Discovery Studio Visualizer (DVS) adalah rangkaian lengkap aplikasi ilmu

pengetahuan yang tervalidasi yang dibangun diatas BIOVIA Pipeline Pilot.

Perangkat lunak ini memberikan perpaduan unik dari alat penelitian yang terbuka,

terukur, dan kolaboratif yang dirancang untuk kebutuhan penelitian penemu ilmu

12
pengetahuan saat ini. DSV merupakan sebagai solusi untuk kebutuhan penelitian

mulai dari penemuan tahap awal hingga pengembangan formulasi praklinis dan

bioterapis (Dassault, 2014).

DSV menjadi salah satu program pendukung dalam simulasi docking

dengan banyak kegunaan seperti menggambarkan molekul dan hasil docking

dalam bentuk 2D dan 3D, mendesain makromolekul, farmakofor dan ligan,

melakukan perhitungan QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship),

ADMET (Absorption, Distribusion, Metabolism, Excretion, Toxicity) dan

TOPKAT (Toxicity Prediction by Computer Assisted) (Dassault, 2014).

2.5.3. PyMOL

PyMol merupakan perangkat lunak dengan sistem grafik molekuler yang

dapat diakses secara universal oleh komunitas ilmiah dan pendidikan. PyMOL

merupakan program yang disponsori dan dirilis dengan Lisensi Phyton awalnya

dikomersialkan oleh DeLano Scientific LLC, yang merupakan perusahaan

perangkat lunak pribadi yang didedikasikan untuk ilmuan dan pengembang

perangkat lunak lainnya, sehingga ilmuan dan pengembangan perangkat lunak

lainnya dapat dengan bebas menggunakan PyMOL dan kemudian menghasilkan

karya tanpa biaya yang besar (Delano, 2002).

PyMOL adalah program yang paling sering digunakan untuk menghasilkan

gambar struktur dengan kualitas tinggi. Selain itu PyMol juga menghasilkan

gambar 3D dengan kualitas tinggi yang dapat sangat berguna dalam desain obat

berbasis struktur (Seeliger, 2010).

13
2.6 Ikatan-ikatan pada Protein

Interaksi molekul pada umumnya berupa interaksi nonkovalen. Ikatan

kovalen adalah ikatan yang ada di antara atom-atom yang menyusun suatu

molekul, misalnya ikatan antara atom H dan C pada molekul CH4. Ikatan kovalen

adalah ikatan yang paling kuat dan paling stabil antara atom-atom, sebaliknya

ikatan nonkovalen tidak sekuat ikatan kovalen namun mempunyai peranan

penting dalam sel antara lain karena membantu menstabilkan struktur

makromolekul dalam sel. Beberapa ikatan nonkovalen yang penting dalam sel

antara lain ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan van der Waals dan interaksi

hidrofobik (Yuwono, 2011).

1. Ikatan Hidrogen

Ikatan hidrogen adalah suatu bentuk interaksi lemah antar suatu atom

elektronegatif dengan atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada atom

lainnya. Ikatan hidrogen merupakan interaksi elektrostatik antara gugus donor

yang bersifat asam lemah dengan atom reseptor dengan terbentuknya pasangan

elektron bebas. Ikatan hidrogen ini terbentuk diantara sesama molekul dalam

polipeptida (internal) ataupun antara molekul polipeptida dengan air. Ikatan

hidrogen internal tersusun sedemikian rupa sehingga memungkinkan semua ikatan

hidrogen terbentuk. Ikatan hidrogen merupakan ikatan utama yang menjaga

kestabilan protein (Yuwono, 2011).

2. Ikatan Ionik

Ikatan ionik adalah ikatan antar atom yang terjadi karena adanya

perbedaan muatan pada atom-atom yang berinteraksi. Sebagai contoh, asam

amino aspartat dan glutamat yang bermuatan negatif, sedangkan lisin yang

14
bermuatan positif. Muatan yang berbeda itu yang menyebabkan asam-asam amino

tersebut dapat membentuk ikatan ionik (Yuwono, 2011).

3. Ikatan van der Walls

Ikatan van der Waals terjadi karena adanya interaksi elektrostatik diantara

dipol-dipol. Ikatan ini bertanggung jawab terhadap berbagai interaksi antara atom-

atom yang berdekatan. Interaksi antara dipol yang permanen, antara gugus

karboksil, dan gugus amida dalam rangka protein merupakan ikatan penting.

Ikatan van der Waals merupakan ikatan lemah tetapi karena terjadi dalam jumlah

besar maka ikatan ini mempunyai peran penting dalam menentukan stabilitas

protein (Yuwono, 2011).

4. Ikatan Hidrofobik

Interaksi hidrofobik adalah gaya yang menyebabkan senyawa non-polar

mengatur dirinya sedemikian rupa sehingga seminimal mungkin kontak dengan

air maupun senyawa amfifatik, membentuk struktur seperti misel di dalam air.

Karena protein membentuk semacam misel dimana sebagian besar rantai

sampingnya yang bersifat non polar menjauhi kontak dengan air, maka interaksi

hidrofobik merupakan gaya yang penting dalam mendukung kestabilan suatu

protein (Yuwono, 2011).

2.7 Asam Amino

Asam amino adalah struktur penyusun polimer protein. Asam amino

merupakan senyawa yang memiliki atom hidrogen, gugus karboksil, dan gugus

amino yang terikat pada atom karbon yang sama (karbon-α). Selain tiga gugus

tersebut, terdapat juga gugus R yang merupakan rantai samping yang akan

membedakan tiap asam amino dalam hal struktur, ukuran, dan muatan listrik.

15
Terdapat 20 jenis asam amino umum yang menyusun protein. Asam amino yang

pertama kali ditemukan adalah asparagin pada tahun 1806, sedangkan asam amino

yang terakhir kali ditemukan adalah treonin, yang belum teridentifikasi hingga

1938 (Nelson & Cox, 2008).

Tidak semua asam amino yang terdapat dalam molekul protein dapat

dibuat oleh tubuh kita. Jadi apabila ditinjau dari segi pembentuknya asam amino

dapat dibagi dalam dua golongan (Poedjiadi, 1994), yaitu:

1. Asam amino esensial, adalah asam amino yang tidak dapat dibentuk oleh

tubuh dan harus disuplai dari makanan sumber protein. Contohnya: lisin,

leusin, isoleusin, valin, triptofan, fenilalanin, metionin, treonin, arginin

dan histidin.

2. Asam amino non-esensial, adalah asam amino yang dapat dibentuk oleh

tubuh sepanjang bahan dasarnya memenuhi bagi pertumbuhannya.

Contohnya: alanin, aspargin, asam aspartat, asam glutamat, sistein, glisin,

ornitin, prolin, serin dan tirosin.

Tabel 1. Simbol atau singkatan asam amino :

Asam Amino Simbol Asam Amino Simbol


LEU Leusin ALA Alanin
ILE Isoleusin SER Serin
THR Treonin CYS Sistein
MET Metionin TYR Tirosin
PHE Fenilalanin TRP Triptofan
ARG Arginin ASP As. aspartat
LYS Lisin ASN Asparagin
HIS Histidin GLN Glutamin
VAL Valin GLU As. glutamat
GLY Glisin HYL Hidrosiklin

16
BAB III

PELAKSANAAN PENELITIAN

3.1 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Maret sampai dengan bulan Agustus

2019. Penelitian ini dilakukan di Sekolah Tinggi Ilmu Farmasi Riau, Pekanbaru.

3.2 Metode Penelitian

3.2.1 Alat

Molecular docking dalam penelitian ini menggunakan laptop Intel Celeron

N4000 dual-core, 1.1 GHz, dengan RAM 4 GB. Program yang digunakan adalah

Chemdraw Ultra 12.0 (CambridgeSoft), Discovery Studio Visualizer (BIOVIA),

MGL Tools 1.5.6, AutoDock Tools 1.5.6, AutoDock Vina, dan PyMOL.

3.2.2 Bahan

Bahan-bahan yang digunakan dalam molecular docking adalah protein

target dengan kode 1CX2 dalam format PDB. Ligan yang digunakan adalah

struktur Celecoxib sebagai kontrol positif, dan 12 senyawa 1,5-benzotiazepin yang

telah disintesis oleh Yaeghoobi (2016) yang ditunjukkan pada Tabel 2.

Tabel 2. Struktur Senyawa Turunan 1,5-Benzotiazepin Sebagai Ligan

Kode Struktur
MA 1

N S

(E)-2,4-difenil-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin

17
Kode Struktur
MA 2

OH N S

(E)-2-(2-fenil-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-yl)fenol

MA 3

OH N S

OCH3
(E)-2-(2-(4-metoksifenil)-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-
4-yl)fenol
MA 4

OH N S

O
O
(E)-2-(2)-benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-2,3-
dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-yl)fenol

18
Kode Struktur
MA 5

OH N S

CH3
(E)-2-(2-p-tolil-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-yl)fenol
MA 6

OH N S

Cl
(E)-2-(2-(4-klorofenil)-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-
yl)fenol

MA 7

OH N S

F
(E)-2-(2-(4-flurofenil)-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-
yl)fenol

19
Kode Struktur

MA 8

OH N S

H3CO OCH3
OCH3
(E)-3,5-dimetoksi-2-(2-(4-metoksifenil)-2,3-
dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-4-yl)fenil
MA 9

N S

H3CO

(E)-4-(4-metoksifenil)-2-(naftalen-2-yl)-2,3-
dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin
MA 10

N S

H3C
Cl
(E)-2-(4-klorofenil)-4-p-tolil-2,3-
dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin

20
Kode Struktur
MA 11

N S

H3C
F
(E)-2-(4-fluorofenil)-4-p-tolil-2,3-
dihidrobenzo[b][1,4]tiazepine

MA 12

N S Cl

H2N
Cl
(E)-4-(2-(2,4-diklorofenil)-2,3-dihidrobenzo[b][1,4]tiazepin-
4-yl)benzenamin
Kontrol Positif
H2N O
S
O

N
N F
F
F

Celecoxib

21
3.3 Prosedur Penelitian

Penambatan molekul pada penelitian ini dilakukan berdasarkan interaksi

yang terjadi antara protein dan ligan yang diuji dengan memperhitungkan energi

bebas ikatan masing-masing ligan terhadap protein. Penelitian ini menggunakan

program AutoDock Vina untuk melakukan docking, input-output data

menggunakan AutoDock Tools, hasil data ditampilkan oleh MGL Tools,

visualisasi hasil docking dengan menggunakan PyMOL dan Discovery Studio

Visualizer (DSV).

Penelitian ini dilakukan berdasaran tahapan kerja sebagai berikut :

1. Persiapan protein dengan menggunakan program DSV dan AutoDock

Tools

2. Struktur ligan digambar menggunakan Chemdraw Ultra 12.0 dan

dibuat dalam bentuk 3D dengan DSV diikuti dengan persiapan ligan

dengan menggunakan program AutoDock Tools

3. Pengaturan Grid Box yang difokuskan pada ligan

4. Pembuatan file konfigurasi sesuai dengan data Grid Box

5. Simulasi docking menggunakan AutoDock Vina dengan memasukkan

perintah ke dalam command prompt (cmd)

6. Visualisasi hasil docking menggunakan PyMOL dan DSV.

3.3.1 Persiapan Protein

Struktur protein yang digunakan (PDB kode : 1CX2) diunduh dari situs

www.pdb.org dalam format PDB, kemudian molekul airnya dihilangkan dengan

menggunakan DSV. Selanjutnya atom hidrogen ditambahkan menggunakan

AutoDock Tools 1.5.6 dan disimpan dalam format PDBQT.

22
3.3.2 Persiapan Ligan

Struktur molekul 1,5-benzotiazepin digambar menggunakan Chemdraw

Ultra 12.0, kemudian disimpan dalam format PDB menggunakan DSV. Ligan

dalam format PDB di input ke program AutoDock Tools 1.5.6 untuk dipreparasi

lebih lanjut. Ikatan yang dapat berotasi dapat dikoreksi pada panel torsion tree

untuk sifat fleksibel ligan. Selanjutnya ligan disimpan dalam bentuk PDBQT.

3.3.3 Pengaturan Grid Box

Pada AutoDock Tools 1.5.6, menu grid dipilih untuk membuka protein

yang telah dipreparasi dalam format PDBQT, kemudian grid box dibuat untuk

menentukan ruang yang di dalamnya akan berjalan simulasi docking. Ukuran

jarak dalam grid box diatur menjadi 1 Å serta ukuran dimensi dan posisi sudut x,

y, dan z diatur sedemikian rupa hingga grid box dapat memuat sisi aktif protein.

3.3.4 Pembuatan Data Konfigurasi

Data konfigurasi dibuat dalam folder kerja dalam bentuk text document

dengan nama ‘conf.txt’ dan diisi sesuai dengan nama protein yang menjadi

reseptor dan ligan dalam format PDBQT, diikuti dengan ukuran dimensi dan

posisi sudut x, y dan z pada pengaturan grid box.

3.3.5 Simulasi Docking menggunakan AutoDock Vina

Simulasi docking menggunakan AutoDock Vina dilakukan dengan

memasukkan perintah pada command promt (cmd) sesuai dengan lokasi instalasi

program AutoDock Vina dan folder kerja di komputer. Setelah proses running

selesai, pada folder kerja akan terdapat dua file, yaitu ‘result.txt’ yang merupakan

hasil docking yang berisi nilai energi bebas ikatan dan ‘out.pdbqt’ yang berisi

konformasi-konformasi ligan setelah docking. Konformasi tersebut dapat

23
dipisahkan dengan memasukkan perintah split ke cmd jika ingin melihat satu-

persatu konformasi yang terbentuk.

3.3.6 Visualisasi Hasil Docking dengan PyMOL dan DSV

PyMol digunakan untuk menggabungkan protein yang telah dipreparasi

dengan ligan hasil docking menjadi suatu kompleks dan disimpan dalam format

PDB. Interaksi yang terbentuk antara enzim dengan ligan dapat dilihat dengan

menggunakan DSV secara 2D dan 3D.

3.3.7 Analisis Data

Data yang telah diperoleh dari proses docking senyawa 1,5-benzotiazepin

menggunakan AutoDock Vina, didapatkan hasil energi bebas ikatan pada tiap

senyawa kemudian masing-masing dipilih energi bebas ikatan dengan nilai

terkecil yang kemudian divisualisasikan menggunakan PyMOL untuk

menggabungkan enzim yang telah dipreparasi dengan ligan. Interaksi antara ligan

dan reseptornya kemudian akan dibaca dengan menggunakan program DSV

secara 2D maupun 3D.

24
BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil
Data hasil molecular docking berdasarkan nilai energi bebas ikatan dari

masing-masing senyawa turunan 1,5-benzotiazepin dapat dilihat pada Tabel 2.

Tabel 3. Hasil Docking Senyawa Turunan 1,5-benzotiazepin dan celecoxib.

Parameter Ikatan Hidrogen

Jumlah
Kode Kecocokan
Energi Bebas Nilai Asam Jumlah
Asam Amino
Ikatan (kcal/mol) RMSD amino
terhadap
Celecoxib
MA 1 -10,2 0,000 - - -
MA 2 -9,9 0,000 - - -
MA 3 -10,4 0,000 - - -
MA 4 -10,7 0,000 - - -
MA 5 -10,0 0,000 - - -
MA 6 -9,9 0,000 - - -
MA 7 -10,2 0,000 - - -
MA 8 -10,1 0,000 1 Lys83 1
MA 9 -10,6 0,000 - - -
MA 10 -10,2 0,000 - - -
MA 11 -9,4 0,000 - - -
MA 12 -9,9 0,000 - - -
CELEC Tyr122,
-10,0 0,000 - Ser471, 3
OXIB
Arg44

25
(a) (b)
Gambar 4. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 1 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)
Gambar 5. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 2 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

26
(a) (b)
Gambar 6. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 3 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)
Gambar 7. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 4 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

27
(a) (b)
Gambar 8. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 5 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)

Gambar 9. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 6 Secara (a) 2D dan


(b) 3D

28
(a) (b)
Gambar 10. Inter aksi Residu Protein dengan Senyawa MA 7 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)
Gambar 11. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 8 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

29
(a) (b)
Gambar 12. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 9 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)
Gambar 13. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 10 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

30
(a) (b)
Gambar 14. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 11 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

(a) (b)
Gambar 15. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa MA 12 Secara (a) 2D dan
(b) 3D

31
(a) (b)
Gambar 16. Interaksi Residu Protein dengan Senyawa Celecoxib Secara (a) 2D
dan (b) 3D

32
4.2 Pembahasan
Pada penelitian ini dilakukan molecular docking antara senyawa turunan

1,5-benzotiazepin dengan protein 1CX2 untuk mengetahui model interaksi yang

terjadi pada binding site protein yang dilihat dari nilai energi bebas ikatan yang

menggambarkan kekuatan ikatan yang dihasilkan dari interaksi ligan-reseptor

berupa energi rendah pada pembentukan kompleks obat reseptor, nilai Root Mean

Squared Deviation (RMSD) menggambarkan tingkat penyimpangan hasil docking

ligan secara eksperimental terhadap ligan hasil kristalografi pada binding site

yang sama , dan ikatan yang terbentuk antara ligan dan reseptor dengan

menggunakan program AutoDock Vina dengan bantuan MGL Tools 1.5.4

(AutoDock Tools).

Adapun tahapan yang dilakukan pada penelitian ini adalah sebagai berikut

yaitu pemilihan protein yang digunakan sebagai reseptor dan memilih ligan

sebagai senyawa yang akan ditambatkan pada reseptor. Struktur kristalografi

protein dalam bentuk 3D disediakan oleh situs www.pdb.org. Pada penelitian ini,

protein yang digunakan adalah struktur kristalografi enzim cyclooxigenase, yaitu

dari Fall Armyworm (PDB-ID 1CX2) yang memiliki resolusi 3,0 Å dan dirilis

pada tahun 1997 oleh Kurumbail et al yang ditunjukkan pada Gambar 1.

Kristalografi protein 1CX2 memiliki molekul air yang harus dihilangkan pada saat

preparasi protein agar tidak mengganggu analisis dan perhitungan docking karena

hasil yang didapat tidak menjadi signifikan dan juga akan terbentuk interaksi

antara ligan dengan molekul air tetapi bukan dengan reseptor. Selain itu,

dilakukan pelepasan ligan dari protein yang bertujuan agar senyawa yang akan

diuji dapat tertam bat pada reseptor inflamasi dan menggantikan tempat ligan asli.

Protein 1CX2 terletak pada koordinat x : 42.335, y : 33.591, z : 36.082 saat

33
pengaturan grid box.

Pada penelitian ini dilakukan docking pada 12 senyawa turunan 1,5-

benzotiazepin dengan protein 1CX2 dan Celecoxib yang digunakan sebagai

kontrol positif. Celecoxib dipilih menjadi kontrol positif karena celecoxib

merupakan inhibitor yang selektif COX2 (Borson & Girgis, 2009).

Pada penelitian ini 12 senyawa turunan 1,5-benzotiazepin digambar

menggunakan Chemdraw Ultra 12.0 kemudian disimpan dalam format pdb

menggunakan DSV. Preparasi ligan sangat penting untuk melihat ikatan yang

dapat berotasi. Pada saat memilih torsi pada ligan juga perlu diperhatikan jumlah

ikatan yang dapat berotasi, ditandai adanya ikatan yang flexibel berwarna hijau

dan ikatan yang rigid berwarna merah.

Pada proses molecular docking dilakukan dengan menggunakan program

AutoDock Vina dengan bantuan MGL Tools 1.5.6 (AutoDock Tools), yang

bertujuan untuk mengkonversi ligan dan reseptor dalam bentuk file PDB ke

bentuk PDBQT yang merupakan perpanjangan dari format file pdb. Selain itu

AutoDock Tools juga membantu dalam mengatur grid box dari reseptor, dimana

hal ini akan menentukan posisi dari sisi pengikatan (binding site) dari protein

1CX2. Adapun perhitungan docking menggunakan command prompt atau

konfigurasi file dengan bantuan Auto Dock Vina yaitu untuk menampilkan atau

mengoperasikan perintah sesuai dengan format-format tertentu dan akan

menghasilkan keluaran berupa energi bebas ikatan yang menggambarkan

kekuatan dari ikatan yang dihasilkan antara ligan dan reseptor, berupa energi yang

rendah pada pembentukan kompleks obat dan reseptor. Hal terpenting dalam

pembentukan kompleks molekul yaitu kestabilan antar ikatan molekul yang dapat

34
ditandai dengan nilai energi bebas ikatan, hal ini menunjukkan bahwa kompleks

molekul semakin stabil dan mudah berinteraksi dengan asam amino di protein

(Negara & Santoso, 2014).

Parameter dari metode validasi yaitu RMSD (Root Mean Square Deviation).

RMSD menunjukkan tingkat penyimpangan hasil docking ligand secara

eksperimental terhadap ligan hasil kristalografi pada binding site yang sama.

Semakin besar nilai RMSD, semakin besar pula penyimpangan yang terjadi hal ini

menunjukkan semakin besar pula kesalahan prediksi interaksi ligan dengan

protein (Nauli, 2014). Suatu metode molecular docking dikatakan valid apabila

memiliki nilai RMSD ≤ 3 Å (Jain and Nichollas., 2008). Semakin kecil nilai

RMSD yang diperoleh menunjukkan konformasi yang semakin baik karena posisi

ligan hasil docking yang semakin mendekati posisi ligand hasil kristalografi

(Bissantz et al., 2000).

Berdasarkan hasil docking didapatkan bahwa celecoxib sebagai kontrol

positif mempunyai nilai energi bebas ikatan yaitu -10,0 kcal/mol dengan nilai

RMSD 0.000. Celecoxib memiliki 10 sisi aktif yang terbentuk setelah proses

docking dengan reseptor diantaranya yaitu Lys473, Tyr122, Ser471, Asn43,

Arg44, Arg469, Glu465, Cys41, Gln42, dan Lys468. Celecoxib dengan masing-

masing ikatan berupa ikatan van der Waals dengan asam amino Lys473 dan

Arg468 , ikatan hidrogen dengan asam amino Ser471 dan Tyr122, ikatan

hidrokarbon dengan asam amino Asn43, ikatan halogen dengan asam amino

Cys41 dan Glu465, ikatan Pi-amida dengan asam amino Lys468, ikatan alkil

dengan asam amino Lys468,dan Pi-ikatan alkil dengan asam amino Lys468 dan

Arg44 yang dapat dilihat pada Gambar 16.

35
Hasil docking dari ke-12 senyawa menunjukkan nilai energi bebas ikatan

yang berbeda-beda dengan semua nilai RMSDnya (0.000), senyawa MA 1, MA 3,

MA 4, MA 7, MA 8, MA 9, dan MA 10 memiliki energy bebas ikatan terkecil

berturut-turut yaitu, -10,2 kcal/mol, -10,4 kcal/mol, -10,7 kcal/mol, -10,2

kcal/mol, -10,1 kcal/mol, -10,6 kcal/mol, dan -10,2 kcal/mol. Semakin kecil nilai

energi bebas ikatan, mengindikasikan bahwa energi yang diperlukan untuk

interaksi obat-reseptor semakin kecil sehingga ikatan obat-reseptor lebih stabil

dan diestimasi aktivitasnya meningkat (Suhud dkk, 2017).

Senyawa MA 1 setelah didocking memiliki nilai energi bebas ikatan -10,2

kcal/mol dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D

ada 11 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu His133,

Val132, Gly135, Asp157, Pro153, Asn34, Ala156, Cys36, Ser49, Glu322, dan

Pro154. Sedangkan jika dibandingkan dengan kontrol positif tidak memiliki

persamaan asam amino, akan tetapi memilik 5 jenis ikatan diantaranya ikatan van

der Waals dengan asam amino Glu322, Ser49, His133, Val132, Gly135, dan

pro153, pi-anion dengan asam amino Asp157, pi-donor hidrogen dengan asam

amino Asn34, alkil dengan asam amino Ala156,dan pi-alkil dengan asam amino

Cys36, Pro154,dan Ala156 yang dapat dilihat pada Gambar 4.

Senyawa MA 2 memiliki nilai energi bebas ikatan -9,9 kcal/mol dengan

nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi secara 2D dan 3D terdapat 13

residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Asn34, Met48,

Ser49, Trp323, Gln327, Glu322, Asp157, His133, Pro154, Val132, Ala156,

Gly135, Cys36, dan Pro153. Dibandingkan dengan kontrol positif juga tidak

memiliki persamaan asam amino akan tetapi memilki 5 jenis ikatan diantaranya

36
ikatan van der Waals dengan asam amino Val132, His133, Gly135, Asn34,

Met48, Ser49, Gln327, dan Glu322, pi-anion dengan asam amino Asp157, pi-

sulfur dengan asam amino Cys36, alkil dengan asam amino Ala156 dan pi-alkil

dengan asam amino Pro153 dan Pro154. Interaksi antara ligan dan reseptor seperti

ditunjukan pada Gambar 5.

Senyawa MA 3 memiliki nilai energi bebas ikatan -10,4 kcal/mol dengan

nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi secara 2D dan 3D terdapat 14

residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Asn34, Met48,

Ser49, Trp323, Gln327, Glu322, Asp157, His133, Val132, Pro154, Ala156,

Cys36, Pro153, dan Gly135. Jika dibandingkan dengan kontrol positif juga tidak

memiliki persamaan asam amino akan tetapi memiliki 5 jenis ikatan diantaranya

adalah ikatan van der Waals dengan asam amino Val132, Pro154, Ala156,

Gly135, Asn34, Met48, Ser49, Trp323, Gln327, dan Glu322, ikatan hindrokarbon

dengan asam amino Asp157 dan His133, pi-anion seperti Asp157, pi-sulfur

dengan asam amino Cys136,dan pi-alkil dengan asam amino Pro153. Interaksi

antara ligan dan reseptor seperti ditunjukkan pada Gambar 6.

Senyawa MA 4 memiliki nilai energi bebas ikatan -10,7 kcal/mol dengan

nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi secara 2D dan 3D ada 11

residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Asn34, Ser49,

Gln327, His133, Val132, Asp157, Pro154, Ala156, Gly135, Cys36, dan Pro153.

Jika dibandingkan dengan kontrol positif juga tidak memiliki persamaan asam

amino akan tetapi memiliki 6 jenis ikatan diantaranya ikatan van der Waals

dengan asam amino Val132, Gly135, Asn34, Ser49, dan Gln327 , hidrokarbon

dengan asam amino His133, pi-anion dengan asam amino Asp157, pi-sulfur

37
dengan asam amino Cys36, alkil dengan asam amino Ala156 dan pi-alkil seperti

Ala156, Pro153,dan Pro154. Spatial arrangement dari senyawa MA 4 ditunjukkan

pada Gambar 7.

Senyawa MA 5 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,0 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi secara 2D dan 3D

terdapat 12 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Asn34,

Ser49, Trp323, Gln327, Asp157, Val132, His133, Pro154, Ala156, Cys36,

Gly135, dan Pro153. Jika dibandingkan dengan kontrol positif tidak memiliki

persamaan asam amino akan tetapi memiliki 5 jenis ikatan diantaranya ikatan van

der Waals dengan asam amino Val132, Pro154, Gly135, Asn34, Ser49, Trp323,

dan Gln327, pi-anion seperti Asp157, pi-sulfur dengan asam amino Cys36, alkil

dengan asam amino Ala156,dan pi-alkil dengan asam amino His133 dan Pro153.

Interaksi antara MA 5 dengan 1CX2 ditunjukkan pada Gambar 8.

Senyawa MA 6 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -9,9 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

10 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Arg376, Gln374,

Asn375, His236, Trp139, Phe142, Cly225, Leu224, Leu145, dan Ser143. Jika

dibandingkan dengan kontrol positif tidak memiliki persamaan dengan asam

amino, tetapi memiliki 4 jenis ikatan diantaranya ikatan van der Waals dengan

asam amino Ser134, Gly225, Leu224, Trp139, His226, Asn375, dan Gln374, pi-

kation dengan asam amino Arg376, pi-pi T-shape dengan asam amino Phe142,

dan pi-alkil dengan asam amino Leu145. Spatial arrangement dari senyawa MA 6

ditunjukkan pada Gambar 9.

38
Senyawa MA 7 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,2 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

12 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Asn34, Ser49,

Gln327, Glu322, Asp157, His133, Val132, Pro154, Cys36, Pro153, Ala156, dan

Gly135. Jika senyawa MA7 dibandingkan dengan kontrol positif juga tidak

memiliki persamaan asam amino tetapi memiliki 7 jenis ikatan diantaranya ikatan

van der Waals dengan asam amino Gly135, Asn34, Ser49, Gln327, dan Glu322,

karbon hidrogen dengan asam amino His133, halogen dengan asam amino

Val132, pi-anion dengan asam amino Asp157, pi-sulfur dengan asam amino

Cys36, alkil dengan asam amino Ala156, dan pi-alkil dengan asam amino Leu154.

Interaksi antara MA 7 dengan 1CX2 ditunjukkan pada Gambar 10.

Senyawa MA 8 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,1 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

11 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Leu93, Tyr115,

Val89, Glu524, Arg120, Leu123, Tyr122, Lys83, Lys79, Pro84, dan Leu82. Jika

dibandingkan dengan kontrol positif, senyawa MA 8 memiliki 1 persamaan asam

amino yaitu Tyr122. Terdapat 6 jenis ikatan antara reseptor-ligan yaitu ikatan van

der Waals dengan asam amino Pro84, Lys79, Tyr122, Leu123, Arg120, Glu524,

dan Leu93, hidrokarbon dengan asam amino Leu82, hidrogen dengan asam amino

Lys83, donor-donor unfavorable dengan asam amino Lys83, pi-pi T-shape dengan

asam amino Tyr155, dan pi-alkil dengan asam amino Val89. Spatial arrangement

dari senyawa MA 8 ditunjukkan pada Gambar 11.

Senyawa MA 9 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,6 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

39
15 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Glu322, Asp158,

His133, Val132, Asp157, Pro154, Ala156, Gly135, Pro153, Cys47, Cys36,

Asn34, Met48, Ser49, dan Gln327. Jika dibandingkan dengan kontrol positif tidak

memiliki persamaan asam amino, tetapi memiliki 4 jenis ikatan diantaranya ikatan

van der Waals dengan asam amino Glu322, Ser49, Gln327, Met48, Asn34, Cys47,

Pro153, Gly135, Ala156, Asp157, Val132, dan His133, pi-anion dengan asam

amino Asp158, alkil dengan asam amino Pro154, dan pi-alkil dengan asam amino

Cys36. Interaksi antara ligan dan reseptor seperti ditunjukkan pada Gambar 12.

Senyawa MA 10 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -10,2 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

13 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Gln374, Asn375,

Asn537, His226, Gly536, Gly227, Trp139, Gly225, Phe142, Ser143, Leu145,

Arg376, dan Gln374. Jika dibandingkan dengan kontrol positif, senyawa MA 10

tidak memiliki persamaan asam amino tetapi memiliki 3 jenis ikatan diantaranya

ikatan van der Waals dengan asam amino Gln374, Asn375, Arg376, Ser143,

Gly225, Trp139, Gly227, Gly536, His226, Asn537, dan Gln374, pi-sulfur dengan

asam amino Phe142,dan pi-alkil dengan asam amino Leu145. Interaksi antara

ligan dan reseptor seperti ditunjukkan pada Gambar 13.

Senyaw MA 11 memiliki nilai energi bebas ikatan yaitu -9,9 kcal/mol

dengan nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat

14 residu yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Cys47, Cys36,

Asn34, Ser49, Asp158, Ala33, Phe52, Glu33, Gly324, Glu326, Gln327, Tyr136,

Met48, dan Gly135. jika senyawa Ma 11 dibandingkan dengan kontrol positif

tidak memiliki persamaan asam amino tetapi memiliki 5 jenis ikatan diantaranya

40
ikatan van der Waals dengan asam amino Glu326, Gly324, Glu322, Phe52, Ser49,

Asn34, Cys36, Gly135, Tyr136, dan Gln327, hidrokarbon dengan asam amino

Cys47, pi-anion dengan asam amino Asp158, p-sigma seperti Met48, dan pi-alkil

dengan asam amino Ala33. Spatial arrangement dari senyawa MA 11 ditunjukkan

pada Gambar 14.

Senyawa MA 12 memiliki nilai energi bebas ikatan -9,9 kcal/mol dengan

nilai RMSD 0,000 dan setelah dilakukan visualisasi 2D dan 3D terdapat 11 residu

yang berinteraksi dengan sisi aktif protein 1CX2, yaitu Gln327, Glu322, Ser49,

Asn34, Pro153, Cys36, Pro154, Gly135, Asp157, His133, dan Val132. Jika

senyawa MA 12 dibandingkan dengan kontrol positif, senyawa MA 12 tidak

memiliki persamaan asam amino tetapi memiliki 4 jenis ikatan diantaranya ikatan

van der Waals dengan asam amino Val132, Pro154, Gly135, Pro153, Asn34,

Ser49, Glu322, dan Gln327, pi-anion dengan asam amino Asp157, pi-sulfur

dengan asam amino Cys36, dan pi-alkil dengan asam amino His 133. Interaksi

antara MA 12 dengan 1CX2 ditunjukkan pada Gambar 15.

Perbedaan banyaknya ikatan yang terbentuk dipengaruhi oleh rantai

samping (substituen) dari masing-masing senyawa uji. Senyawa MA 1 tidak

memiliki rantai samping, senyawa MA 3 memiliki satu gugus hidroksi (OH) dan

satu gugus metoksi (OCH3), senyawa MA 4 memiliki satu gugus hidroksi (OH)

dan satu gugus eter, senyawa MA 7 memiliki satu gugus hidroksi (OH) dan satu

gugus fluoro (F), senyawa MA 8 memiliki satu gugus hidroksi (OH) dan tiga

gugus metoksi (OCH3), senyawa MA 9 memiliki satu gugus metoksi (OCH3) dan

satu gugus benzene, dan senyawa MA 10 memiliki satu gugus cloro (Cl), dan satu

gugus metil (CH3). Senyawa MA 1, MA 3, MA 4, MA 7, MA 9, dan MA 10

41
tidak memiliki ikatan hidrogen sedangkan pada senyawa MA 8 memiliki ikatan

hidrogen pada asam amino Lys83. Suatu senyawa diestimasikan aktif apabila

memiliki jumlah ikatan hidrogen lebih banyak dibandingkan dengan senyawa

lainnya. Berdasarkan analisis dan visualisasi data hasil Molecular Docking

senyawa MA 8 memiliki potensi untuk dijadikan sebagai anti inflamasi

dibandingkan senyawa-senyawa uji lainnya.

42
BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan
Setelah dilakukan molecular docking senyawa turunan 1,5-benzotiazepin

terhadap protein 1CX2 didapatkan senyawa MA 8 memiliki potensi lebih besar

untuk dijadikan sebagai anti inflamasi dibanding senyawa-senyawa uji lainnya,

dengan memiliki nilai energi bebas ikatan rendah yaitu -10,1 kcal/mol yang

menunjukkan ikatan ligan dengan reseptor stabil dan memiliki satu persamaan

asam amino dengan 10 sisi aktif Celecoxib sebagai kontrol positif. Persamaan

asam aminonya yaitu Tyr122 dan 6 jenis ikatan diantaranya ikatan van der Waals

seperi Pro84, Lys79, Tyr122, Leu123, Arg120, Glu524,dan Leu93.

5.2 Saran
Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan terhadap 12 senyawa

turunan 1,5-benzotiazepin terutama pada senyawa MA 8 dapat dilakukan analisis

lebih lanjut seperti uji in vitro dan in vivo untuk membuktikan aktivitas dari

senyawa ini sehingga dapat dijadikan sebagai alternatif obat anti inflamasi.

43
DAFTAR PUSTAKA

Abbas, A. K., Lichtman, A. H., & Pillai, S. 2007. Cellular and Molecular
Immunology 6th Edition. Philadelphia : Elsevier Publisher.

Abrams, G.D. 1995. Respon tubuh terhadap cedera. Dalam S. A. Price & L.
MWilson, Patofisiologi: Konsep Klinis Proses-proses Penyakit. 4th. Ed.
(Anugerah, P. penerjemah). Jakarta: EGC.

Ameta, K. L., Nitu, S.,& Biresh, K. (2012). Synthesis and In Vitro Anti-breast
Cancer Activity of Some Novel 1,5- benzothiazepine Derivatives . Journal
of The Serbian Chemical Society.77 (6) : 725–731.

Baratawidjaja, K.G,. 2002. Imunologi Dasar, Edisi ke 5. Jakarta : Balai Penerbit


Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia.

Barsoum, F.F., & Girgis, A.S. (2009). Facile Synthesis of bis ( 4 , 5-dihydro-1 H -
pyrazole-1-carboxamides ) and Their Thio-analogues of Potential PGE 2
Inhibitory Properties. European Journal of Medicinal Chemistry. 44(5) :
2172–2177.

Bissantz, C., Folkers, G., and Rognan, D. 2000. Protein-Based Virtual Screening
of Chemical Databases. 1. Evaluation of Dofferent Docking/Scoring
Combinations. Journal of Medicinal Chemistry. Vol.43:4759-4767.

Boyle, N.M.O., Banck, M., James, C.A., Morley, C., Vandermeersch, T., &
Hutchison, G.R. (2011). Open Babel : An Open Chemical Toolbox. Journal
of Cheminformatics. 33(3): 1–14.

Buys, Lucinda M., Elliott, Marry E., Osteoarthritis in: DiPiro, Joseph T., Buys,
Lucinda M., Elliott, Mary E., Talbert, RL., Yee, GC., Matzke, GR., Wells,
BG., Posey, LM., 2008. Pharmacoterapy a Pathophysiologic Approach .7th
Ed. USA: McGraw-Hill education, p. 1519 – 1538.

Celloti, F and Laufer, S. 2001. Inflammation, Healing and Repair Synopsis.


Journal of Pharmaceutical Research. 43. 5

Corwin, E.J. (2008). Buku Saku Patofisiologi. Jakarta: EGC.

Dassault, S. 2014. BIOVIA Discovery Studio: Comprehensive Modeling and


Simulation Datasheet. Dassault Systemes corporate, Massacusetts.

Delano, W.L. 2002. The Pymol Molecular Graphics System. DeLano Scientific,
Pao Alto, California. 190-212.

Deshmukh, R.N. (2016). Synthesis, Characterization of bis-[1,5]-benzothiazepines


Against Human Breast Cancer Cell Lin MCF-7. International Journal of

44
Pharmaceutical Siences And Reserch. 7(12) : 5024–5029.

Ekowati, J., Nuzul, W. D. (2013). Aktivitas Antinociceptiv dan Uji In Silico


Terhadap Cyclooxygenase dari Asam P-metoksisinamat dan Asam M-
metoksisinamat. Airlangga Journal of Pharmacy. 2(1) : 33-40.

Epstein, BJ., Osteoarthritis in: Dipiro, JT., Gums, GJ., Hall, Karen., Burns, Marie
A., Wells, Barbara G., Schwinghammer, Terry L., Malone, Patrick M.,
Kolesar, Jill M., Rotschafer, J., 2008. Pharmacoterapy Pinciples and
Practice. 8th Ed. New York: The McGraw-Hill Companies Inc, p. 879 –
890

Gong, L., Thorn, C.F., Bertagnolli, M.M., Grosser, T., Altman, R.B., & Klein,
T.E. (2012). Celecoxib Pathways: Pharmacokinetics and
Pharmacodynamics. Pharmacogenetics and Genomics. 22(4) : 310–318.

Jain, A.N and Nicholls, A. 2008. Recommendation for Evaluation of


Computational Methods. Journal of Computer-Aided Molecular Design.
22:133-139.

Katzung, B.G., Masters, S.B., and Trevor, A.J. (2012). Basic & Clinical
Pharmacology, 12th Ed. New York: McGraw-Hill.

Kurokawa, J., Adachi-akahane, S., & Nagao, T. (1997). 1,5-Benzothiazepine


Binding Domain Is Located on the Extracellular Side of the Cardiac L-Type
Ca2+ Channel. The American Society for Pharmacology and Experimental
Therapeutics.268 : 262–268.

Libby, P. & Okamoto, Y., 2010, Inflammation in Artherosclerosis : Transition


from Theory to Practice, Circulation Journal. 74(2) : 213-220.

Lindseth, Glenda N. 2014. Patofisiologi Konsep Klinis Proses-proses Penyakit .


Edisi 6. Jakarta: EGC

Martin, R., Wang, T., Flat, B.T., Gu, X. (2013). Azepine Derivatives as
Pharmaceutical Agents . United States Patent. 2(12) : 1-51.

Mistry, K.M., Desai, K.R. (2005). Microwave Assisted Rapid and Efficient
Synthesis & Pharmacological Evaluation of 1,5-Benzothiazepine. J. Saudi
Chem. Soc. 9(2) : 381-386.

Mitchell, R.N., & Cotran, R.S. 2003. Acute and Chronic Inflammation. Dalam: S.
L. Robbins & V. Kumar, Robbins. Basic Pathology. 7th ed. Philadelphia:
Elsevier Saunders.

Mukesh, B., & Rakesh, K. (2011). Molecular Docking : a Review Article.


International journal of Recent Advances in Physics. 2 (6) : 1746-1751.

45
Mycek, M.J., Harvey, R.A., dan Champe C.C. (2001). Farmakologi Ulasan
Bergambar. Edisi II. Jakarta: Widya Medica.

Nauli, T. 2014. Penentuan Sisi Aktif Selulase Aspergillus Niger dengan Docking
Ligan, Jurnal Kimia Terapan Indonesia. 16: 94-100.

Negara, B, A. and Santoso, B. (2014). Penilaian Hasil Molecular Docking Analog


Diketopiperazin Sebagai Inhibitor HIV-1 Protease. Naskah Publikasi UMS.
1: 1-10.

Nelson, D. L., & Cox, M. M. (2008). Lehninger Principles of Biochemistry Fifth


Edition. New York: W.H. Freeman and Company.

Poedjiadi, A. 1994. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: Penerbit UI-Press.

Price, S.A., dan Wilson, L.M . 2005. Patofisiologi: Konsep Klinis Proses-proses
Penyakit. Ed 6. Vol 2diterjemahkan oleh Pendit, B.U., Hartanto, H.,
Wulansari, P., Mahanani, D.A. Jakatra:EGC.

Ramya, T., Sathyanathan, V., Praveen, D., & Ch, M. C. (2011). Docking Studies
On Synthesized Quinazoline Compounds Against Androgen
Receptor.International Journal of Pharmacy and industrial research. 1(4) :
266–269.

Robbins, S.L., & Kumar, V. 1995. Buku Ajar Patologi I. 4th ed. Staf Pengajar
Laboratorium Patologi Anatomik FK UI. Jakarta : EGC.

Rullah, K., Hasti, S., Hariani, D ., Utama, P.B ., Teruna, H.Y ., dan Zamri,
A.2012. Sintesis dan Uji Antiinflamasi Senyawa(R)-3-(4-Florofenil)-1-
fenil-5-(tiofen-2-il)-4,5-dihidro-1H-pyrazol Serta Pengaruhnya terhadap
Kerusakan Lambung . Jurnal Penelitian Farmasi Indonesia.1(1): 17-23

Sander, M.A. (2010). Atlas Berwarna Patologi Anatomi. Jakarta: Rajawali Pers.

Sarker, S. D., Nahar, L. 2009. Kimia Untuk Mahasiswa Farmasi Bahan Kimia
Organik, Alam dan Umum. Yogyakarta : Pustaka Pelajar.

Seeliger, D., Bert, L., & Dee, G. (2010). Ligand Docking and Binding Site
Analysis with PyMOLand Autodock/Vina. Journal of Computer-Aided
Molecular Design. 42(5) : 417-422.

Sherwood, L. (2001). Fisiologi Manusia dari Sel ke Sistem. Edisi II. Jakarta:
EGC.

Trott, O., & Olson, A. J. (2009). Improving the Speed and Accuracy of Docking
with a New Scoring Function , Efficient Optimization , and
Multithreading.Software News and Update. 31 (2) : 455-461.

46
Vyawahare, D., Magesh, G., Pratima, A.N . (2010). Green Synthesis and
Pharmacological Screening of Novel 1,5-benzothiazepines as CNS Agents.
International Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Science.2(2):27-29.

Velagapudi, N., dan Raviteja, B. (2017). Newer Applications of Benzothiazepines


As Potential Cytotoxic Agents. European Journal of Biomedical and
Pharmaceutical Sciences. 4(7) : 547-551.

Vutla, V.R ., Rajinikantha, K.N ., Nadendla, R and Prasad, Ch.M.M . 2014.1,5-


Benzothiazepine A Versatile Nucleuse In Pharmaceutical Field. Journal Of
Pharmacy And Pharmaceutical Sciences. 3 (11) : 465-478.

Wang, T., Diego, S., Gu, X., Diego, S., & Data, R. U. S. A. (2013). Azepine
Derivatives As Pharmaceutical Agents United States Patent. 2(12).

Yaeghoobi, M. (2016). Synthesis of Chalcone-based Six and Seven Membered


Heterocyclic Compound and Their Biological Activities Againts H1N1
Virus. Disertasi. University of Malaya Kuala Lumpur Malaysia.

Yanuar, A. 2012. Penambatan Molekuler Praktek dan Aplikasi Virtual Screening.


Depok : Cetakan Pertana. 60.

Yuwono, T. 2011. Biologi Molekuler Edisi V. Yogyakarta : Penerbit Erlangga.

Zamri, A., Frimayanti, N., & Hilwan, Y.T. (2016). Docking and Molecular
Dynamic Simulations: Study of 1, 3, 4-oxadiazole-chalcone Hybrid
Derivatives to Search New Active Anticancer Agents . Thai Journal of
Pharmaceutical sciences. 40(4) : 179-184.

47
Lampiran 1. Skema Kerja Docking dengan AutoDock Vina

Protein Ligan

- Molekul air dihilangkan - Di pilih torsi ligan


- Penambahan hidrogen - Di atur torsi dalam jumlah
- Di simpan dalam format maksimal
PDBQT - Di simpan dalam format
PDBQT

Grid Box

Conf.txt

Simulasi docking

Out.pdbqt

9 konformasi ligan

- Analisis data

- Dipilih konformasi dengan nilai energi bebas


ikatan terkecil

- Dibuat kompleks konformasi ligan-protein

- Visualisas hasil docking ligan dengan protein

Senyawa Aktif

48
Lampiran 2. Data Hasil Perhitungan Molecular Docking
Tabel 4. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA1

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.2 0.000
2 -9.5 53.989
3 -9.2 29.030
4 -9.1 21.435
5 -9.0 70,701
6 -8.9 55.100
7 -8.7 29.207
8 -8.6 29.901
9 -8.5 40.351

Tabel 5. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA2

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -9.9 0.000
2 -9.7 90.109
3 -9.1 30.944
4 -9.0 17.035
5 -8.9 24.609
6 -8.9 3.255
7 -8.8 48.434
8 -8.7 93.124
9 -8.7 48.377

49
Lanjutan

Tabel 6. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA3

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.4 0.000
2 -10.4 70.562
3 -10.1 47.943
4 -9.8 2.123
5 -9.7 48.259
6 -9.5 88.058
7 -9.3 2.785
8 -9.3 21.167
9 -9.2 3.235

Tabel 7. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA4

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.7 0.000
2 -10.6 73.453
3 -10.5 89.453
4 -10.3 72.924
5 -9.8 27.598
6 -9.6 48.134
7 -9.5 88.297
8 -9.5 47.583
9 -9.3 67.557

50
Lanjutan

Tabel 8. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA5

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.0 0.000
2 -9.5 48.283
3 -9.4 90.196
4 -9.1 90.563
5 -8.8 49.750
6 -8.7 49.464
7 -8.5 68.915
8 -8.5 54.223
9 -8.4 3.185

Tabel 9. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA6

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -9.9 0.000
2 -9.6 54.713
3 -9.2 50.934
4 -9.0 24.135
5 -8.9 26.214
6 -8.7 26.155
7 -8.4 49.281
8 -8.4 17.724
9 -8.4 30.262

51
Lanjutan

Tabel 10. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA7

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.2 0.000
2 -10.0 48.071
3 -8.9 30.891
4 -8.9 28.305
5 -8.9 72.478
6 -8.7 34.543
7 -8.6 4.127
8 -8.6 50.852
9 -8.6 29.153

Tabel 11. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA8

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.1 0.000
2 -10.1 46.392
3 -9.9 29.994
4 -9.9 30.611
5 -9.8 105.322
6 -9.6 92.248
7 -9.5 90.560
8 -9.5 31.711
9 -9.2 107.010

52
Lanjutan

Tabel 12. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA9

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.6 0.000
2 -10.0 85.023
3 -9.9 4.037
4 -9.7 88.051
5 -9.6 36.733
6 -9.6 68.237
7 -9.5 2.545
8 -9.3 73.964
9 -9.2 90.014

Tabel 13. Hasil Perhitungan Molecular Docking senyawa MA10

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.2 0.000
2 -9.6 24.202
3 -9.5 22.867
4 -9.4 3.732
5 -9.3 50.597
6 -9.2 47.539
7 -9.1 24.488
8 -8.9 4.772
9 -8.7 50.409

53
Lanjutan

Tabel 14. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA11

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -9.4 0.000
2 -9.4 3.418
3 -9.3 74.028
4 -9.3 36.615
5 -9.2 52.135
6 -9.1 3.581
7 -9.1 22.814
8 -8.8 22.644
9 -8.6 22.728

Tabel 15. Hasil Perhitungan Molecular Docking Senyawa MA12

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -9.9 0.000
2 -9.7 89.701
3 -9.7 49.394
4 -9.3 47.910
5 -9.2 3.923
6 -9.2 72.383
7 -9.0 41.043
8 -8.9 27.624
9 -8.8 3.102

54
Lanjutan

Tabel 16. Hasil Perhitungan Molecular Docking Celecoxib

Energi Bebas Ikatan


Konformasi RMSD
(kcal/mol)
1 -10.0 0.000
2 -10.0 77.151
3 -9.9 43.962
4 -9.8 28.984
5 -9.7 78.725
6 -9.6 104.171
7 -9.4 86.063
8 -9.4 77.346
9 -9.3 101.204

55