LAPORAN RESMI

PAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

Analisis Sikloheksana

Oleh :

AMRULLAH
13/347361/PA/15202

Jum’at, 11 Maret 2016

Asisten Pembimbing : Wiji Utami

Laboratorium Kimia Komputasi

Departemen Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Gadjah Mada
2016
 ANALISIS SIKLOHEKSANA

I. Tujuan
Menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana dengan menggunakan perhitungan
medan gaya AMBER
II. Dasar Teori
Konformasi = bentuk molekul sesaat (sementara) akibat dari terjadinya rotasi ikatan tunggal. Karena
adanya rotasi ikatan tunggal maka dikenal adanya konformasi eclipsed dan staggered dalam alkana yang dapat
digambarkan menggunakan proyeksi Newman, kuda-kuda atau garis. Sedangkan dalam cincin sikloalkana, rotasi ikatan
tunggal C-C sangat dibatasi (Solomons, 1982)

Sikloheksana mengadopsi, bentuk tiga dimensi strain-free yang disebut konformasi kursi karena
kesamaannya dengan kursi . Konformasi kursi sikloheksana memiliki baik sudut regangan maupun sudut torsi
yang dimana sudut ikatan pada C-C-C adalah sebesar 109,5 °, dan semua ikatan C-H disekitarnya adalah
staggered. Selain konformasi kursi, juga terdapat konformasi alternatif pada sikloheksana yang disebut
konformasi perahu terpilin. Bagaimanapun konformasi ini memiliki steric strain dan torsional strain sekitar 23 kJ
/ mol (5,5 kkal / mol) yang dimana energinya lebih tinggi dengan konformasi kursi. Akibatnya, molekul yang
memiliki konformasi perahu terpilin hanya ada dalam keadaan khusus. (McMurry, 2012).

Bentuk kursi dari sikloheksana memiliki energi adalah 30 kJ / mol lebih stabil daripada bentuk perahu.
Konformasi perahu destabilized oleh torsional strain karena hidrogen pada empat atom karbon pada "plane"
adalah eclipsed. Selain itu, terdapat steric strain dari dua hidrogen di kedua ujung pada konformasi perahu yang
disebut flagpole hydrogens yang memaksa berdekata satu sama lain (Smith, 2010).
 Dalam penentuaan konformasi sikloheksana dapat digunakan metode ab initio molecular dynamics
(AIMD). Accelerated AIMD sangat efisien dan metode yang baik dalam sampling untuk konformasi ruang .
Adapun hasil simulasi yang didapat adalah sebagai berikut (Bucher, dkk., 2011).
 III. Hasil dan Pembahasan

III. 1. Hasil

Jarak CC Sudut Sudut Torsi Energi

Konformasi
(Ǻ) CCC (o) CCCC (o) (kkal/mol)
Kursi 1.54000 109.471 60.0000 6.4594940
Kursi (teroptimasi) 1.53579 111.258 55.3233 5.7018850
Perahu 1.54000 109.471 - 3.19594 x 10-9 23.128209
Perahu (teroptimasi) 1.53666 113.665 - 1.11347 x 10-8 13.043947
Perahu terpilin 1.54116 109.631 30.0232 16.074041
Perahu terpilin (teroptimasi) 1.54083 113.825 27.5467 12.292597

Jarak Hidrogen Flagpole (Ǻ)

Konformasi
Single Point Geometry Optimization
Perahu 1.83996 2.42554
Perahu terpilin 2.20150 2.62152

III. 2. Pembahasan
Dalam percobaan ini bertujuan untuk menentukan konformasi yang paling stabil dari sikloheksana
dengan menggunakan perhitungan medan gaya AMBER. Pada percobaan ini perhitungan yang dilakukan
adalah perhitungan energi single point dan energi geometry optimizastion. Dalam perhitungan ini, masing-masing
energi yang dihitung akan menghasilkan hasil yang berbeda seperti jarak ikatan, sudut dihedral, dan sudut torsi
yang dihasilkan. Pada perhitungan energi single point dihasilkan energi yang lebih besar dibandingkan dengan
perhitungan energi geometry optimizastion. Perbedaan perhitungan energi yang dihasilkan ini dikarenakan metode
perhitungan dalam single point dan geometry optimizastion. Dalam perhitungan energi single point hanya dilakukan
perhitungan dari struktur yang semula tanpa dilakukan optimasi. Sedangkan untuk perhitungan energi geometry
optimizastion dilakukan perhitungan secara iteratif yang dimana perhitungan ini sesuai dengan struktur yang
paling stabil. Dalam percobaan ini yaitu pada perhitungan energi geometry optimizastion digunakan root mean
square (RMS) sebesar 0.1 kcal/(Ǻmol). Nilai root mean square (RMS) menyatakan fungsi variasi berkelanjutan
dalam hal integral kuadrat dari nilai seketika selama siklus perhitungan. Semakin rendah nilai root mean square
(RMS) ini semakin baik hasil perhitungan yang dihasilkan.
Dari hasil percobaan yang dilakukan dihasilkan nilai jarak ikatan, sudut dihedral, dan sudut torsi
dari masing-masing konformasi sikloheksana pada perhitungan energi single point dan energi geometry
optimizastion. Perbedaan hasil ini membuktikan bahwa setiap konformasi sikloheksana memiliki keadaan yang
berbeda-beda. Dari hasil tersebut dapat diketahui bahwa konformasi yang paling stabil pada sikloheksana
adalah konformasi kursi. Hal ini disebabkan oleh jarak ikatan, sudut dihedral, dan sudut torsi yang berbeda
sehingga menyebabkan konformasinya memiliki kestabilan yang berbeda. Hasil yang diperoleh dari percobaan
dan diolah ke dalam diagram batang sebagai berikut.
 Hasil Konformasi
120

100

Konformasi Kursi
80

Konformasi Perahu
60

Konformasi Perahu
40
Terpilin

20

0
Jarak CC Sudut Sudut Energi
(Ǻ) CCC (o) Torsi (kkal/mol)
CCCC (o)

Dari diagram batang diatas membuktikan bahwa panjang ikatan dan sudut torsi yang terbentuk dapat
mempengaruhi energi konformer dari masing – masing bentuk sehingga kestabilan dari masing-masing
konformasi menjadi berbeda-beda. Kestabilan (ketidakreaktifan) sikloalkana pada mulanya dijelaskan dengan
“teori regangan Baeyer” (Baeyer’s strain theory). Menurut teori ini, senyawa siklik seperti halnya sikloalkana
membentuk cincin datar. Bila sudut-sudut ikatan dalam senyawa siklik menyimpang dari sudut ikatan
tetrahedral (109,50) maka molekulnya mengalami regangan. Makin besar penyimpangannya terhadap sudut
ikatan tetrahedral, molekulnya makin regang, dan berakibat molekul tersebut makin reaktif (Mehta, dkk.,
2015).
Secara khusus untuk konformasi perahu pada sikloheksana terdapat hydrogen flagpole yang dimana
dua atom hydrogen yang berada pada posisi/bidang yang sama yan memiliki gaya tolak menolak yaitu posisi
atom hydrogen axial . Dari hasil percobaan untuk konformasi perahu dan perahu terpilin terdapat perbedaan
jarak hydrogen axial untuk perhitungan energi single point dan energi geometry optimizastion. Perbedaan jarak yang
makin bertambah dari perhitungan energi single point ke geometry optimizastion dapat disebabkan oleh tolakan
dari hydrogen axial itu sendiri sehingga untuk mendapatkan struktur yang stabil jarak antara atom hidrogen ini
haruslah semakin menjauh sehingga tidak terjadi kenaikan energi struktur konformasi. Oleh karena itu, untuk
konformasi kursi atom-atom hidrogen berada pada posisi ekuatorial dimana posisinya pada bidang horizontal
konformasi sikloheksana tersebut. Pada posisi inilah konformasi sikloheksana memiliki kestabilan yang lebih
tinggi daripada saat hidrogen pada posisi aksial.
 Dari hasil percobaan yang diperoleh disajikan dalam table energi relatof dari setiap konformasi
yaitu sebagai berikut.

Energi Kursi Perahu Perahu Terpilin

Energi AMBER
5.70 13.0 12.3
mutlak (kkal/mol)
Energi AMBER relatif
0.00 7.34 6.59
(kkal/mol)

Dari hasil diatas menunjukkan bahwa konformasi kursi yang memiliki nergi paling rendah adalah konformasi
yang paling stabil diiukti konformasi perahu terpilin dan konformasi perahu. Dengan menggunakan nilai enrgi
10 kkal/mol untuk konformasi half-chair didapatkan grafik dibawah ini.

Diagram Energi Interkonvensi Sikloheksana

14

12
Energi (kkal/mol)

10

8 Energi Mutlak
AMBER (kkal/mol)
6 Energi Relatif
AMBER (kkal/mol)
4

0
0 2 4 6

Dari grafik diatas dapat dilihat bahwa terjadi nilai kenaikan energi dari konformasi kursi sampai ke konformasi
perahu. Dalam hal ini seharusnya tidak terjadi peningkatan energi secara linear yang dimana seharusnya pada
konformasi perahu terpilin energinya harus lebih rendah dibandingkan dengan konformasi half-chair dan naik
lagi pada saat ke konformasi perahu. Perbedaan hasil ini dengan yang seharusnya dapat disebabkan oleh
metode perhitungan yang digunakan dengan medan gaya AMBER belum tepat untuk perhitungan konformasi
pada sikloheksana sehingga hasil yang diperoleh kurang baik.
 Adapun diagram interkonvensi bentuk sikloheksana yang benar adalah sebagai berikut (Bucher,
dkk., 2011).

Dari diagram energi interkonvensi sikloheksana diatas dapat dilihat bahwa konformasi yang paling stabil
adalah konformasi kursi . Dari gambar diatas terjai kenaikan enrgi dari konformasi kursi ke konformasi half-
chair. Kenaikan energi ini dapat disebabkan oleh struktur konformasi dari half-chair dimana dari stukturnya
akan menyebabkan perubahan jarak iktan, sudut ikatan, dan sudut torsi sehingga mempengaruhi energi
konformer dari masing – masing bentuk sehingga kestabilan dari masing-masing konformasi menjadi
berbeda-beda.
 IV. Kesimpulan

Dari percobaan analisis sikloheksana yang bertujuan menentukan konformasi yang paling stabil dari
sikloheksana dengan menggunakan perhitungan medan gaya AMBER maka didapatkan konformasi kursi
yang paling stabil, memiliki energi yang paling rendah sehingga menghasilkan struktur sikloheksana yang
paling stabil.

V. Daftar Pustaka
Bucher, D., Pierce, L. C. T., McCammon, J. A., dan Markwick, P. R. L., 2011, On the use of
accelerated molecular dynamics to enhance configurational sampling in ab initio
simulations, J. Chem. Theory Comput. , 7, 890–897.
Mehta, M., dan Mehta, B., 2015, Organic Chemistry 2nd edition, PHI Learning Private Limited, Delhi
McMurry, J., 2012, Organic Chemistry 8th edition, Cengage Learning, Belmont.
Smith, J. G., 2010, Organic Chemistry 3th edition, McGraw-Hill, New York.
Solomons, T. W. G., 1982, Fundamentals of Organic Chemistry, John Wiley & Sons Inc., New York.
 LAMPIRAN

Kursi

Kursi (teroptimasi)
 Perahu

Perahu (teroptimasi)
 Perahu Terpilin

Perahu Terpilin (teroptimasi)