REPLIKASI DNA

1. Pengertian

Replikasi DNA adalah proses penggandaan satu molekul DNA yang

menghasilkan dua DNA identik dimana terdiri dari satu DNA lama dan satu DNA
yang baru.

2. Model replikasi DNA

a. Model konservatif
DNA induk yang menghasilkan DNA yang baru secara utuh.

b. Model semikonservatif
DNA induk menjadi dua buah rantai, masing-masing rantai membentuk
DNA baru

c. Model dispersif
DNA induk menjadi terputus-putus masing-masing ada yang membentuk
DNA baru.
 Setelah dibuktikan secara eksperimental oleh Matthew Meselson Stahl
hipotesis mengenai model replikasi DNA Semikonservatif. Menurut model

replikasi ini setiap molekul untaian ganda DNA hasil replikasi akan terdiri dari
satu untai DNA induk dan satu untai DNA baru. Jadi DNA awalnya yang warna
merah. Dibentukan untaian DNA baru yang warna biru. Jadi hasil transkripsinya
akhirnya selang seling warna merah biru.

Komponen-komponen yang bekerja dalam replikasi DNA antara lain DNA, enzim
helikase, enzim topoisomerase, enzim DNA polimerase, enzim DNA polimerase,
dan enzim ligase.

3. Proses Replikasi DNA

a. Tahap Insiasi (pemisahan untai DNA)

Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai
“asal” yang dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal adalah A – T. Di
lokasi situs asal protein inisiator membentuk kompleks pra-replikasi yang
membuka ritsleting DNA untai ganda. Enzim yang berperan dalam
memutus ikatan hidrogen dari dua untai DNA.

b. Pembentukan Garpu replikasi

Garpu replikasi atau cabang replikasi (replication fork) ialah struktur
yang terbentuk ketika DNA bereplikasi. Garpu replikasi ini dibentuk akibat
enzim helikase yang memutus ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA, membuat terbukanya untaian ganda tersebut menjadi
 dua cabang yang masing-masing terdiri dari sebuah untaian tunggal DNA.
Masing-masing cabang tersebut menjadi “cetakan” untuk pembentukan dua
untaian DNA baru berdasarkan urutan nukleotida komplementernya. DNA
polimerase membentuk untaian DNA baru dengan memperpanjang
oligonukleotida (RNA) yang dibentuk oleh enzim primase dan disebut
primer . Masing-masing untai diberi nama : leading strand (arah replikasi
searah dengan pembukaan untai DNA) dan lagging strand (arah replikasi
berlawanan arah dengan pembukaan untai DNA).

c. Pemanjangan untaian DNA

DNA polimerase membentuk untaian DNA baru dengan menambahkan
nukleotida dalam hal ini, deoksiribonukleotida ke ujung 3′ hidroksil bebas
nukleotida rantai DNA yang sedang tumbuh. Dengan kata lain, rantai DNA
baru (DNA “anak”) disintesis dari arah 5’→3′, sedangkan DNA polimerase
bergerak pada DNA “induk” dengan arah 3’→5′. Namun demikian, salah
satu untaian DNA induk pada garpu replikasi berorientasi 3’→5′,
sementara untaian lainnya berorientasi 5’→3′, dan helikase bergerak
membuka untaian rangkap DNA dengan arah 5’→3′. Oleh karena itu,
replikasi harus berlangsung pada kedua arah berlawanan tersebut.

d. Penyambungan DNA pada lagging standard

Pada saat lagging strand DNA bentuknya fragmen2. Walau RNA disana
sudah diubah sama DNA polimerase I jadi DNA, fragmen2 disana masih
belum nyambung satu sama lain. Karenanya ada enzim DNA ligase yang
kemudian merekatkan fragmen2 tersebut.

e. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
 menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.
4. Polimerase DNA
Polimerase DNA adalah enzim-enzim yang menciptakan molekul
DNA dengan merakit nukleotida, blok bangunan DNA. Enzim ini sangat
penting untuk replikasi DNA dan biasanya bekerja berpasangan untuk
membuat dua untai DNA yang identik dari satu molekul DNA asli. Selama
proses ini, DNA polimerase "membaca" untaian DNA yang ada untuk
membuat dua helai baru yang sesuai dengan yang sudah ada.
Setiap kali sel membelah, DNA polimerase diperlukan untuk
membantu menduplikasi DNA sel, sehingga salinan molekul DNA asli dapat
dikirimkan ke masing-masing sel anak. Dengan cara ini, informasi genetik
ditransmisikan dari generasi ke generasi.
Sebelum replikasi dapat berlangsung, enzim yang disebut helikase
membuka molekul DNA dari bentuk anyaman erat. Ini membuka atau
"membuka ritsleting" DNA untai ganda untuk memberikan dua untai tunggal
DNA yang dapat digunakan sebagai pola untuk replikasi.
DNA polimerase menambahkan nukleotida bebas baru ke ujung 3 '
membentuk untai baru, perpanjangan dalam 5' ke arah 3 '. Namun DNA
polimerase tidak dapat memulai pembentukan rantai baru ini sendiri dan
hanya dapat menambahkan nukleotida untuk kelompok 3'-OH yang sudah ada.
Sebuah primer diperlukan, di mana nukleotida dapat ditambahkan. Primer
biasanya terdiri dari RNA dan DNA basa dan yang pertama, dua basis selalu
RNA. Primer ini dibuat oleh enzim lain yang disebut primase.
Meskipun fungsi DNA polimerase sangat akurat, kesalahan yang
dibuat sekitar satu dari setiap miliar pasangan basa disalin. Karena itu DNA
"mengoreksi" oleh polimerase DNA setelah disalin. Ketika kopling tidak
benar, polimerase DNA berbalik arah oleh satu pasangan basa DNA. Pasangan
basa yang salah kemudian dipotong dan polymerase DNA mencoba untuk
memasukkan kembali nukleotida yang benar sebelum melanjutkan ke depan.
Ini menjaga integritas dari untai DNA asli yang dilewatkan ke sel anak.
Struktur DNA polimerase

Struktur DNA polimerase sangat kekal, yang artinya subunit katalitik

mereka memiliki sedikit variasi dari satu spesies ke spesies lain, terlepas dari
bagaimana domain mereka terstruktur. Struktur yang sangat kekal ini biasanya
menunjukkan bahwa fungsi seluler mereka sangat penting dan tak tergantikan,
karena itu memerlukan pemeliharaan yang kaku untuk memastikan manfaat
evolusi mereka.

Struktur DNA Polimerase diketahui melalui kristalografi menyerupai tangan

kanan. DNA polimerase dianalogikan terbagi atas tiga bagian yaitu ibu jari, jari-
jari tangan lainnya, serta telapak tangan.

1. Daerah telapak tangan dari DNA polimerase tersusun atas helai beta
serta situs katalis utama pada DNA polimerase. Daerah ini mengikat dua
ion logam secara terpisah dari bagian enzim lainnya, biasanya ion logam
yang diikat adalah ion Magnesium atau Seng. Daerah ini berperan dalam
katalisis reaksi transfer gugus fosfor.
2. Daerah jari-jari tangan lainnya dari DNA polimerase berperan penting
saat suatu pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan
cetakannya. Daerah ini bergerak mengurung nukleotida tersebut, kemudian
memicu terjadinya reaksi katalisis dengan mendekatkan nukleotida
tersebut dengan ion-ion logam katalis yang ada di daerah telapak tangan.
3. Daerah ibu jari dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat
dalam dalam reaksi katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA
yang baru saja terbentuk. Hal ini berfungsi untuk mempertahankan posisi
primer dengan situs aktif dari enzim DNA polimerase ini tetap dekat serta
membantu DNA polimerase tetap bergabung dengan substratnya. Daerah
ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polimerase.
Tipe polymerase DNA

Prokariotik Polimerase:

A. DNA Polymerase I
DNA Polymerase I (atau Pol I) adalah enzim yang berpartisipasi dalam
proses replikasi DNA. Ditemukan oleh Arthur Kornberg pada tahun 1956
merupakan DNA polimerase pertama yang dikenal. Pada awalnya
ditandai dalam E. coli dan di prokariota. E. coli dan di banyak bakteri
lain, gen yang mengkodekan Pol I dikenal sebagai PolA. Bentuk enzim
dari E.coli terdiri dari 928 asam amino, dan merupakan contoh dari enzim
processive yang dapat mengkatalisis beberapa polimerisasi.
Pol I memiliki empat aktifitas enzimatik:
1. A 5 '→ 3' aktivitas polimerase DNA (forward) DNA-Dependent,
membutuhkan situs 3’ primer dan untai cetakan.
2. A 3 '→ 5' (reverse) aktivitas exonuclease yang menengahi
proofreading.
3. A 5 '→ 3' (forward) aktivitas exonuclease yang menengahi nick
translation selama perbaikan DNA.
4. A 5 '→ 3' aktivitas polimerase DNA (forward) RNA-Dependent. Pol I
beroperasi pada pola RNA dengan efisiensi jauh lebih rendah (0,1-
0,4%) daripada yang dilakukannya pola DNA dan kegiatan ini
mungkin hanya signifikansi biologis terbatas.

Dalam proses replikasi, RNase H menghilangkan primer RNA (dibuat

oleh primase) dari untai tertinggal dan kemudian Polymerase I mengisi di
nukleotida yang diperlukan antara fragmen Okazaki dalam arah 5 '→ 3',
proofreading untuk kesalahan sebagai kelanjutannya. DNA Ligase
kemudian bergabung dengan berbagai fragmen bersama-sama ke sebuah
untai DNA terus menerus.
B. DNA polymerase II
DNA polimerase II (juga dikenal sebagai DNA Pol II atau Pol II)
adalah DNA polimerase prokariotik yang dikodekan oleh gen PolB. DNA
Polymerase II adalah protein 89,9 kDa dan merupakan anggota dari
keluarga B polimerase DNA. Ini pada awalnya diisolasi oleh Thomas
Kornberg pada tahun 1970, dan ditandai selama beberapa tahun ke depan.
Fungsi Pol II masih dalam perdebatan, namun konsensus menunjukkan
bahwa Pol II terlibat sebagai enzim cadangan dalam replikasi DNA
prokariotik. Enzim ini memiliki 5 '-> 3' kemampuan sintesis DNA serta 3
'-> 5' aktivitas proofreading exonuclease. DNA Pol II berinteraksi dengan
beberapa mitra yang mengikat dengan DNA Pol III untuk meningkatkan
ketelitian dan processivity.
Mekanisme DNA pol II:
Selama replikasi DNA, pasangan basa dikenai kerusakan dalam
urutan. Urutan rusak DNA dapat menyebabkan replikasi terhenti. Dalam
rangka untuk memperbaiki kesalahan dalam urutan, DNA Pol II
mengkatalisis perbaikan pasangan basa nukleotida. Domain N-terminal
DNA Pol II bertanggung jawab untuk asosiasi dan disosiasi untai DNA
untuk subunit katalitik. Ada kemungkinan besar dua situs di domain N-
terminal DNA Pol II yang mengenali DNA untai tunggal. Salah satu situs
bertanggung jawab untuk merekrut DNA untai tunggal DNA Pol II dan
situs lain bertanggung jawab untuk disosiasi DNA untai tunggal dari DNA
Pol II.
C. DNA polymerase III
DNA polimerase III holoenzyme adalah kompleks enzim utama yang
terlibat dalam replikasi DNA prokariotik. Hal ini ditemukan oleh Thomas
Kornberg (anak dari Arthur Kornberg) dan Malcolm Gefter pada tahun
1970. Kompleks memiliki processivity tinggi khususnya mengacu pada
replikasi genom E.coli yang bekerja di empat polimerase DNA lainnya
(Pol I, II Pol, Pol IV, dan Pol V). Menjadi holoenzyme utama yang terlibat
dalam kegiatan replikasi, holoenzyme DNA Pol III juga memiliki
kemampuan proofreading yang memperbaiki kesalahan replikasi dengan
cara aktivitas exonuclease 3 '→ 5'. DNA Pol III adalah komponen dari
replisome yang terletak di cabang replikasi.

Eukariotik Polimerase:
A. Polimerase β
Dalam perbaikan dasar-eksisi, dasar penghapusan adalah diikuti
dengan eksisi dari nukleotida abasic tunggal. DNA polymerase β
kemudian berfungsi untuk mengisi nukleotida yang hilang, ini melibatkan
kegiatan dalam domain N-terminal dari protein yang menghilangkan sisa
fosfat 5 'setelah eksisi nukleotida, diikuti dengan reaksi polimerisasi untuk
mengisi nukleotida yang hilang. Sintesis terbatas ini masuk akal dalam hal
sifat biokimia DNA polymerase β, yang distributif dan tidak memiliki
aktivitas proofreading. Dalam mode yang berbeda dari perbaikan dasar-
eksisi (disebut 'panjang-patch'), lebih lama (2-10 nukleotida) bentangan
DNA dihapus, tetapi tidak jelas apakah ini diisi oleh β , atau oleh replikatif
δ dan ε epolimerase.
B. Polymerase α, δ, ε
Dua jenis lain dari perbaikan melibatkan polimerase DNA replikatif δ
atau ε, dalam hubungannya dengan RFC dan PCNA sebagai kofaktor.
Dalam perbaikan nukleotida eksisi, resynth- esis oleh polimerase berikut
ini penghapusan dari cleotide oligonu- dari 24-32 mengurangi nukleotida
yang rusak. Perbaikan mismatch mengoreksi daerah DNA yang
mengandung nukleotida serasi (yaitu di mana A tidak dipasangkan dengan
T dan G tidak dipasangkan dengan C). Segmen serasi dihapus, dan
polimerase δ dan ε mungkin diperlukan untuk resynthesize beberapa ratus
nukleotida di sekitar perbaikan.
Mekanisme yang berbeda diperlukan untuk perbaikan putusnya
double-strand, di mana pembelahan kedua untai ganda helix resynthesis
sederhana menggunakan strand yang rusak sebagai pola yang tidak dapat
digunakan untuk efek perbaikan. Satu mekanisme perbaikan putusnya
untai ganda melibatkan homo rekombinasi logous antara kromosom yang
rusak dan salinan tidak rusak (misalnya homolog yang kromosom dalam
sel diploid). Khrom yang rusak kemudian berfungsi sebagai pola untuk
memungkinkan sintesis seluruh lokasi pemutusan dan karena itu akhirnya
memungkinkan fragmen yang rusak bergabung kembali.
 Tabel beberapa tipe polymerase:

Nama Fungsi
Prokariotik polymerase
DNA polymerase I Menghapus primer dan mengisi celah
pada untai yang tertinggal
DNA polymerase II Perbaikan DNA
DNA polymerase III Enzim utama sintesis DNA
Eukariotik polymerase
DNA polymerase α Polymerase pemula
Subunit Primase Sintesis RNA primer
Unit DNA polymerase Menambahkan bentangan sekitar 20
nukleotida ke primer
DNA polymerase β Perbaikan DNA
DNA polymerase δ Enzim utama sintesis DNA

5. Enzim-enzim yang Terlibat dalam Replikasi DNA

1) Helikase
Enzim helikase memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan
kedua untaian DNA sehingga terbentuk garpu atau cabang replikasi.
Enzim helikase berfungsi membuka putaran segmen DNA tepat di bagian
depan garpu replikasi. Enzim helikase mengikat ATP dan mengikat rantai
tunggal DNA.
2) Topoisomerase
 Enzim topoisomerase yang berperan dalam replikasi DNA adalah
topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim ini
mengurangi ketegangan superheliks DNA dengan menciptakan istirahat
sementara pada satu atau kedua untai DNA.
3) DNA Primase
Enzim DNA primase menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer
yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai
pengarah. DNA beraktivitas dengan arah 5’-3’ (hanya terdiri atas 10
nukleotida). Kemudian pada ujung 3’ ditambahkan dioksiribonukleosida
trifosfat (oleh enzim polimerase DNA III) satu demi satu sehingga lengkap
1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula atau RNA primer
dihilangkan atau diputus satu demi satu oleh aktivitas 5’-3’ exonuclease.
Enzim primase juga menghentikan perkembangan garpu atau cabang
replikasi untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand. Enzim
ini mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand atau DNA
fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA polimerase.
4) Enzim DNA polymerase
Enzim DNA polimerase merupakan enzim utama yang mengkatalisis
proses polimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA. Enzim ini
menambahkan nukleotida bebas hanya pada ujung 3’ dari rantai yangbaru
terbentuk, sehingga terjadinya elongasi (pemanjangan) pada rantai baru
dengan arah dari ujung 5’ ke ujung 3’. DNA polimerase menggunakan
gugus OH 3’ bebas pada RNA-primer untuk mensintesis DNA dengan
arah 5’ 3’. Enzim ini hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3’
yang sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida dapat
ditambahkan.
5) DNA Ligase
Enzim DNA ligase menggabungkan fragmen-fragmen Okazaki (lagging
strand) saat proses replikasi. Enzim ini juga menyambungkan potongan-
potongan DNA yang baru disintesis.
6) DNA Gyrase
DNA gyrase membantu proses unwinding.

KESIMPULAN
 Replikasi DNA adalah proses duplikasi informasi genetika yang terjadi
pada saat pembelahan sel. Sifat DNA baru pada sel anak identik dengan DNA
orang tuanya. Proses replikasi bersifat semikonservatif, yakni setiap DNA untai
ganda baru terdiri dari untai original dan untai baru yang komplemen dengan untai
original. Proses replikasi dimulai ketika enzim DNA polimerase memisahkan dua
untai DNA heliks ganda, seperti ritsleting terbuka. Kemudian, setiap untai DNA
yang “lama” akan berfungsi sebagai cetakan yang menentukan urutan nukleotida
di sepanjang untai DNA komplementer baru yang bersesuaian dengan cara
mendeteksi basa komplemennya. Setelah mendapatkan pasangan yang sesuai,
nukleotida yang baru tersebut disambung satu sama lain untuk membentuk tulang
punggung gula-fosfat untai DNA yang baru. Enzim DNA polimerase berfungsi
untuk mengoreksi DNA yang baru terbentuk, membetulkan setiap kesalahan
replikasi, dan memperbaiki DNA yang rusak. Adanya fungsi tersebut menjadikan
rangkaian nukleotida DNA sangat stabil dan mutasi jarang terjadi.

DAFTAR PUSTAKA
1. Pratama, O. 2015. DNA.
https://oktavianipratama.wordpress.com/science/biology/dna/. Diakses
pada tanggal 11 November 2019.
2. Erick. 2011. Mekanisme Replikasi DNA.
https://erickbio.wordpress.com/2011/10/02/mekanisme-replikasi-dna/.
Diakses pada tanggal 11 November 2019.
3. Sridianti. 2015. Tahap Proses Replikasi DNA 7 Langkah.
http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html.
Diakses pada tanggal 11 November 2019.
4. Budisma. 2013. Pengertian dan Proses Replikasi DNA.
http://budisma.net/2015/04/pengertian-dan-proses-replikasi-dna.html.
Diakses pada tanggal 11 November 2019.
5. Irianto, kus. 2004. Struktur Fungsi Tubuh Manusia Paramedis. Bandung:
Yrama Widya.