Urutan Genome Lengkap dari Novel Coronavirus 2019(SARs-Cov-2) Reganagn
Teresolasi di Nepal
Urutan Genome Lengkap dari Severe Acute Respyratory
Syndrome Terkain Coronavirus dari Bats Kenya
Ueutan genome lengkap dari coronavirus syndrome pernafasan
(SARS-CoV-2) yang diisolasi dari ekperimen swab oropharyngeal dari pasien Nepal berpenyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang telah kembali ke Nepal setelah berpergian ke Wuhan, China. Ueutan genome lengkap dari coronavirus syndrome pernafasan (SARS-CoV-2) yang diisolasi dari ekperimen swab oropharyngeal dari pasien Nepal berpenyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang telah kembali ke Nepal setelah berpergian ke Wuhan, China. Spesimen diuji positif untuk SARS-CoV-2 oleh real-time terbalik transcriptase PCR (RRT-PCR) yang dikembangkan di University of Hong Kong. Sequencing dilakukan dengan menggunakan sistem Illumina MiSeq dengan-Wheeler Burrows metode perakitan Aligner MEM algoritma (BWAMEM) 0.7.5a-r405. Genom penuh adalah penguat ed langsung dari ekstrak RNA dari spesimen asli menggunakan gen-spesifik primer untuk terbuka reading frame 1b (ORF1b) dan N (Tabel 1) untuk menghasilkan tumpang tindih produk PCR meliputi genom penuh. ukuran amplikon yang diharapkan dari ORF1b dan N tes gen yang 132 bp dan 110 bp, masing-masing. Baku yang berbunyi yang pertama dibersihkan oleh pemangkasan basis berkualitas rendah dengan Trimmomatic 0,36 (-phred33, TERKEMUKA: 20, trailing: 20, SLID TABLE 1 Genomic Identifikasi ed strain betacoronavirus BtKY72 / Rhinolophus sp./Kenya/ PCR 2007 (di sini BtKY72) dari sampel usap dubur pada kelelawar Kenya. primers used in LaporN urutan genom lengkap BtKY72, yang terkait erat dengan this BtCoV / BM48-31 First-round PCR /primer / Bulgaria 2008, sindrom pernafasan akut parah study (SARS) virus-terkait dari Rhinolophus kelelawar di Eropa.