Nama Kelompok

1. Mohamad Nur Wahyudi (12208183126)

2. Rizki Aulia Rohmah (12208183172)

Urutan Genome Lengkap dari Novel Coronavirus 2019(SARs-Cov-2) Reganagn

Teresolasi di Nepal

Urutan Genome Lengkap dari Severe Acute Respyratory

Syndrome Terkain Coronavirus dari Bats Kenya

Ueutan genome lengkap dari coronavirus syndrome pernafasan

(SARS-CoV-2) yang diisolasi dari ekperimen swab oropharyngeal dari
pasien Nepal berpenyakit coronavirus 2019 (COVID-19) yang telah kembali
ke Nepal setelah berpergian ke Wuhan, China. Ueutan genome lengkap dari
coronavirus syndrome pernafasan (SARS-CoV-2) yang diisolasi dari
ekperimen swab oropharyngeal dari pasien Nepal berpenyakit coronavirus
2019 (COVID-19) yang telah kembali ke Nepal setelah berpergian ke
Wuhan, China. Spesimen diuji positif untuk SARS-CoV-2 oleh
real-time terbalik transcriptase PCR (RRT-PCR) yang
dikembangkan di University of Hong Kong. Sequencing
dilakukan dengan menggunakan sistem Illumina MiSeq
dengan-Wheeler Burrows metode perakitan Aligner MEM
algoritma (BWAMEM) 0.7.5a-r405. Genom penuh adalah
penguat ed langsung dari ekstrak RNA dari spesimen asli
menggunakan gen-spesifik primer untuk terbuka reading
frame 1b (ORF1b) dan N (Tabel 1) untuk menghasilkan
tumpang tindih produk PCR meliputi genom penuh. ukuran
amplikon yang diharapkan dari ORF1b dan N tes gen yang
132 bp dan 110 bp, masing-masing. Baku yang berbunyi
yang pertama dibersihkan oleh pemangkasan basis
berkualitas rendah dengan Trimmomatic 0,36 (-phred33,
TERKEMUKA: 20, trailing: 20, SLID
 TABLE 1
Genomic
Identifikasi ed strain betacoronavirus BtKY72 / Rhinolophus sp./Kenya/ PCR
2007 (di sini BtKY72) dari sampel usap dubur pada kelelawar Kenya. primers
used in
LaporN urutan genom lengkap BtKY72, yang terkait erat dengan this
BtCoV / BM48-31 First-round PCR /primer
/ Bulgaria 2008, sindrom pernafasan akut parah study
(SARS) virus-terkait dari Rhinolophus kelelawar di Eropa.

PCR or Name positiona Name

primer no. Sequence Sequence positiona
Consensus
degenerate
PCR
prim
ers
1
F20_Fwd TACCCAGGAAAAGCCAACCAACC 15–37 F20_Fwd TACCCAGGAA
R328new_Rev TGTAAAACAGGTAAACTGAGTTGGACGTG 296–324 R300_Rev TGAAACCAGG
2 F180_Fwd AGACTGCAGACTGCTTACGGTTTCG 174–198 F220_Fwd CATCAGCATA
R700_Rev CACCTAACTCATAAGACTTTAGATCGATGCC 668–698 R490_Rev CATCAGATCG
3 F1440_Fwd ATTGAAACTCGACTCCGCAAGGG 1436–1458 F1470_Fwd GGTAGGACTA
R2090_Rev TACAAGACCACCWGTIACATAYGCCATRA 2050–2079 R2090_Rev TACAAGACCA
4 F5810_Fwd CAGAATATAAAGGACCAGTGACTGATGTTTT 5691–5722 F5810_Fwd CAGAATATAA
R6580_Rev C
GCTCGTTAGGTTTCTTAATGGTAATGCTTG 6429–6458 R6580_Rev TC
GCTCGTTAGG
5 F8330_Fwd ATGCCCAAGTAGCAARAAGYCACAATG 8220–8246 F8330_Fwd ATGCCCAAGT
R9580_Rev TGGTGAAATAGAATGTCAAGTACAAGTAAA 9441–9473 R9470_Rev TAGCAGCAAC
6 F10290_Fwd AGA
GGCTTAAAGTTGATACYTCTAAYCCTAAGAC 10183– F10290_Fwd GGCTTAAAGT
R11440_Rev ACC
GCCCACATGGAAATAGCTTGATCTAARG 10216
11308– R11480_Rev CACC
AACGACACCA
7 F11190_Fwd TCTACATGCCTGCTAGYTGGGTGATG 11335
11079– F11220_Fwd AA
CGTATTATGA
R12390_Rev CGTGCATTGTTGATAATGTTGTTAAGTGC 11104
12252– R12390_Rev CGTGCATTGT
8 F15280_Fwd ACAGGRCTATGCCTAACATGCTTAG 12280
15170– F15300_Fwd ATTATGGCTT
R15980_Rev TTTCAATCATRAGTGTACCATCTGTTTTGAC 15198
15849– R15980_Rev TTTCAATCATR
9 F15830_Fwd GACCTCAYGAATTTTGCTCWCAGC 15879
15729– F15850_Fwd TCTCAGCAYA
R16850_Rev GTAGTACCTCTGTACACAACAGCATCWCC 15752
16718– R16840_Rev GTACACAACA
10 F16455_Fwd TTGTGTGCTAATGGTCAGGTTTTTGG 16746
16347– F16455_Fwd TTGTGTGCTA
R17560_Rev GTGTCRACAATTTCRGCAGGACAACG 16372
17427– R17510_Rev ATGTCWGGAC
11 F17990_Fwd CGMAATGTGGCTACKTTACARGCAGAA 17452
17874– F17990_Fwd C
CGMAATGTGG
R19170_Rev TTACAATTCCAAAACAARCARACACCATC 17903
19038– R19195_Rev CATTGGCYGG
12 F18870_Fwd CGCGTTGATTGGTCTGTTGAATAYC 19066
18768– F18870_Fwd CGCGTTGATT
R20100_Rev ATGTGACTCCATTGACRCTWGCTTG 18792
19959– R20110_Rev TTTTACTGATT
13 F19880_Fwd TTTCTACAATAGGTRTCTGYACAATGACTG 19983
19773– F19900_Fwd TGACTGACAT
R20730_Rev GCGTTTCACCATAATTCTGAAGGTC 19802
20600– R20730_Rev GCGTTTCACC
14 F20580_Fwd GGTGTAAGGATGGACATGYTGAAACC 20625
20479– F20580_Fwd GGTGTAAGGA
R21200_Rev CCACCATGAGAAATRKCCCATAAGC 20504
21070– R21210_Rev TTGTAACAAA
15 F24200_Fwd TGGCATATAGGTTYAATGGCATTGGAG 21096
24089– F24220_Fwd GGCATTGGAG
R25345_Rev CTCATAACAAATCCATTAAGTTCGTTTATGT 24033
25197– R25345_Rev CTCATAACAA
16 F24970_Fwd G
CAAAAATCATACATCACCWGATGTTGATC 25229
24854– F25005_Fwd G
TTTCAGGCAT
R26290_Rev CGCAGTAAGGATGGCTAGTGTGACTA 24882
26127– R26235_Rev AAAGAAGTAC
17 F26065_Fwd ACACAATCGACGGCTCTTCAGGAG 26152
25945– F26120_Fwd CTG
TGAGCCGACG
R26890_Rev GATCACAGCNCCAATGACAAGTTCAC 25968
26726– R26870_Rev CAAGTTCACT
26751
Specific PCR
primers
1 contig10F1_Fwd GGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG 254–278 contig10F2_Fwd AACGAGAAAACTCAC
contig10R1_Rev CTGACATAGAAGCAAGAATAATTACTACTTC 1670–1703 contig10R1_Rev CTGACATAGAAGCAA
2 contig9-F1_Fwd CTC
CACAAGCTGCTTGCGTGGTTAGG 1872–1894 contig9-F1_Fwd CCTC
CACAAGCTGCTTGCG
contig9-R1_Rev AGAGTTTCCATTCCTTGTGCGTCATC 6212–6237 contig9-R2_Rev GACAACGCAAACACC
3 contig11F1_Fwd AGTCAAACACTTGTCTCTGAAGAAGTAGTGG 6248–6278 contig11F2_Fwd GAAGTAGTGGAAACT
contig8-R1_Rev GCATGATAATGTAAAACAGACTAGCAACTAA 8462–8495 contig8-R2_Rev GG
CATGTGTTATTCAATT
4 contig5-F1_Fwd TACC
TTCTACCACGTGTGTTTAGTGCTGTTG 8772–8798 contig5-F1_Fwd TTCTACCACGTGTGT
R10475_Rev GTTAAAACCAACACTACCACATGANCCATT 10334– R10410_Rev ATTAGGTCTCATGGC
5 Contig7-F1_Fwd AAAATGGCAGATCAGGCTATGACCC 10363
12129– Contig7-F2_Fwd ACAGGCTAGGTCTGA
12153
contig14R1_Rev TTGTAGATTGCGGACATACTTGTCGG 15444– contig14R2_Rev CCATCAGTAGATAAG
15469 GC
ontinued on next page
 TABLE 1
(Continued)
First-round PCR Nested-round PCR
primer primer
Nucleotid Nucleotid
PCR or primer no. Name Sequence (5=¡3=) e position Name Sequence (5=¡3=) e position
6 500-c1-F1_Fwd TCGATGGCCACTAATTATGACCTGAG 17229– 500-c1-F1_Fwd TCGATGGCCACTAATTATGACCTGAG 17229–
500-c2-R1_Rev AGCCCAAAGGACAAACACGACTC 17254
18369– 500-c2-R2_Rev ACGCACTATGTTCCAAGGCAGACC 17254
18442–
7 500-c3-F1_Fwd AAGTTGGCATTAGGTGGTTCTGTGG 18392
21000– contig3-F2_Fwd GCCATAAAGATTACAGAGCATTCGTGG 18464
21024–
500-R22790_Rev CAGGTCCGATAGGTATATCACACTCATA 21024
23378– 500-R22740_Rev TGGCTCCTAGAAGACAACCAGCTTG 21050
23338–
8 F23200_Fwd GG
CCGTGCTCTTTTGGTGGTGTKAGTG 23406
23161– F23200_Fwd CCGTGCTCTTTTGGTGGTGTKAGTG 23362
23161–
500-c4-R1_Rev CTGACATTTTAGTAGCAGCAAGATTAGC 23185
24334– 500-c4-R2_Rev TCTGGACTTCAGCCTCAACTTTATCAAG 23185
24446–
9 500C4F1_Fwd AG
GCTTAGCTACTTTGTTGCATCATTCAGG 24361
26593– 500C4F2_Fwd ATTGGTGCTCATGATCATTCGTGGTT 24475
26735–
oligodT anchor_Rev GTTTCCCAGTCACGATATTTTTTTTTTTTT 26620
29273– oligodT anchor_Rev GTTTCCCAGTCACGATATTTTTTTTTTTTT 26760
29273–
TTTV 29289 TTTV 29289
a Positions relative to the genome of BtKY72/Rhinolophus sp./Kenya/2007 (GenBank accession no. KY352407).

m
ra
.a
s
m.
or
g