TINJAUAN PUSTAKA

Muara Sungai
Menurut Dahuri et al. (1996) ekosistem muara sungai adalah merupakan
bagian dari wilayah pesisir. Muara adalah bentuk pantai yang tertutup, dimana air
tawar dan air laut bertemu dan bercampur (Chester 1990). Proses percampuran
kedua masa air ini sangat bervariasi karena masing-masing memiliki karakteristik
yang berbeda dan dipengaruhi oleh tiga unsur yaitu daratan, lautan dan atmosfir.
Muara sungai mendapat masukan berbagai senyawa dari daratan, tetapi
karena kondisinya yang selalu berubah maka diversitasnya cendrung lebih sedikit
dibanding lingkungan perairan lainya. Jumlah mikroba di muara sungai sangat
banyak, tetapi keragamannya rendah (Dyer 1973).
Dahuri et al. (1996) mengemukakan bahwa komposisi kimia di muara
sungai sangat dipengaruhi oleh senyawa-senyawa yang terbawa aliran sungai.
Pengaruh nyata akan terjadi jika sungai tersebut merupakan tempat pembuangan
limbah baik limbah industri, domestik dan pertanian. Limbah yang masuk ke
muara Sungai dapat mengadung senyawa nitrogen seperti, NO3-, NO2-, dan NH3.
Muara sungai berfungsi sebagai filter bagi semua bahan organik dan
anorganik yang terdapat diperairan. Semua bahan tersebut dari sungai masuk ke
laut melalui muara. Bahan-bahan organik dan anorganik tersebut ada yang di
endapkan, terlarut dan terbawa oleh arus ke laut. Salah satu proses yang
mempengaruhi konsentrasi bahan organik dan anorganik yang ada di dalamnya
adalah proses biologi ( Chester 1990). Senyawa nitrogen seperti NO3-, NO2- dan
NH3 hanya dapat didegradasi melalui proses biologi . Proses tersebut banyak
dilakukan oleh bakteri denitrifikasi.
Muara Sungai Cimandiri merupakan muara sungai yang tercemar dengan
berbagai polutan. Pada daerah muara ini terakumulasi berbagai bahan yang
dibawa di sepanjang aliran sungai. Berbagai sampah rumah tangga, limbah
pertanian dan bahan-bahan lain yang menurunkan kualitas air muara Sungai
Cimandiri. Selain limbah yang masuk aktivitas penambangan pasir sepanjang
 4

DAS menyebabkan warna air menjadi coklat sampai cukup jauh ke daerah pantai
(Marnis 2008).
Muara Sungai Cisadane selain sebagai sumber air untuk berbagai keperluan
sehari-hari juga dimanfaatkan untuk pengairan pertanian. Selain itu sungai ini
berfungsi juga sebagai tempat pembuangan limbah rumah tangga, industri,
pertanian dan peternakan. Tingkat pencemaran muara Sungai Cisadane lebih
tinggi dari muara Sungai Cimandiri. Beberapa parameter kualitas air
menunjukkan muara Sungai Cisadane tercemar adalah rendahnya kandungan
oksigen terlarut, tingginya konsentrasi amonium dan nitrit serta suhu air yang
tinggi (Syahputra 2008).

Senyawa Nitrogen
Nitrogen adalah senyawa yang tersebar secara luas di biosfir. Atmosfir bumi
mengandung sekitar 78% gas nitrogen. Di perairan nitrogen berupa nitrogen
organik dan anorganik. Nitrogen organik terdiri atas amonia (NH3), amonium
(NH4+), nitrit (NO2-), nitrat (NO3-), dan nitrogen (N2). Nitrogen organik berupa
asam amino, protein, dan urea. Bentuk-bentuk tersebut mengalami transformasi
sebagai bagian dari siklus nitrogen (Effendi 2003).
Senyawa amonia pada perairan merupakan hasil reduksi senyawa nitrat, atau
nitrit oleh mikroorganisme akuatik (Hutagalung dan Rozak 1997). Effendi (2003)
menambahkan bahwa sumber amonia di perairan merupakan pemecahan nitrogen
organik (protein dan urea) dan nitrogen anorganik yang terdapat dalam tanah dan
air, yang berasal dari tumbuhan dan biota akuatik yang telah mati. Reduksi nitrat
oleh aktivitas mikroba juga menghasilkan amonia, nitrous oksida dan dinitrogen.
Amonia yang terukur diperairan berupa amonia total (NH3 dan NH4-). Amonia
bebas tidak dapat terionisasi, sedangkan amonium dapat terionisasi.
Senyawa nitrit pada perairan merupakan hasil reduksi senyawa nitrat atau
oksidasi amonia oleh mikroorganisme. Nitrit biasanya ditemukan dalam jumlah
yang sedikit, karena bersifat tidak stabil dan mudah teroksidasi dengan adanya
oksigen. Nitrit merupakan peralihan antara amonia dengan nitrat (nitrifikasi), atau
antara nitrat dengan gas nitrogen pada proses denitrifikasi (Effendi 2003).
 5

Nitrat merupakan bentuk utama nitrogen diperairan alami. Selain itu nitrat
merupakan senyawa yang sangat penting untuk pertumbuhan tanaman dan dan
alga. Nitrat sangat mudah larut dalam air dan bersifat stabil. Konsentrasi nitrat
yang tinggi ditemukan muara sungai. Tingginya kadar nitrat tersebut disebabkan
oleh masuknya limbah domestik atau pertanian yang mengandung nitrat
(Hutagalung dan Rozak 1997).

Siklus Nitrogen
Nitrogen memegang peranan penting dalam siklus organik dalam
menghasilkan asam-asam amino penyusun protein. Dalam siklus nitrogen,
tumbuh-tumbuhan menyerap nitrogen anorganik dalam salah satu gabungan atau
sebagai nitrogen molekuler. Tumbuh-tumbuhan ini membuat protein yang
kemudian dimakan hewan dan diubah menjadi protein hewani. Jaringan organik
yang mati diurai oleh berbagai jenis bakteri, termasuk didalamnya bakteri
pengikat nitrogen yang mengikat nitrogen molekuler.
Kennish (1994) menyatakan bahwa nitrogen adalah nutrien pembatas utama
dalam produktivitas primer di estuari selain fosfat dan silikat. Nitrogen berperan
penting bagi pertumbuhan organisme karena unsur utama pembentuk protein
(Kiirchman 2000). Selanjutnya Kennish (1994) juga menyatakan terdapat tiga
bentuk nitrogen anorganik utama yang terlarut di muara sungai yaitu amonia,
nitrit dan nitrat, meskipun demikian pada bahan organik yang terlarut dan yang
berbentuk partikel juga terdapat sumber nitrogen yang penting dan berguna.
Komposisi nitrogen tersebut menurut Hutagalung dan Rozak (1997) sangat
dipengaruhi oleh kandungan oksigen bebas dalam air. Pada saat konsentrasi
oksigen rendah nitrogen akan bergerak menuju amonia, sedangkan pada
konsentrasi oksigen tinggi nitrogen akan bergerak menuju nitrat. Distribusi
nitrogen di perairan juga sangat dipengaruhi oleh suhu, salinitas dan kelarutan.
Terdapat lima fase dalam siklus nitrogen yaitu amonifikasi, nitrifikasi,
asimilasi nitrogen, denitrifikasi dan fiksasi nitrogen. Amonifikasi adalah proses
pembentukan amonia dari materi organik. Amonia juga dapat mengalami
deaminasi menjadi asam amino dan dapat diasimilasi secara langsung oleh
 6

diatom, alga selular dan tanaman tingkat tinggi. Nitrifikasi merupakan reaksi
oksidasi yaitu proses pembentukan nitrat yang berasal dari amonia menjadi nitrit
dan hasil akhirnya berupa nitrat. Proses ini dapat berlangsung secara fotokimia,
bakteriologi maupun kimia. Asimilasi nitrogen ini merupakan fungsi utama bagi
fitoplankton, alga bentik dan bakteri sebagai proses pemanfaatan nitrogen untuk
pembentukan asam amino dalam protoplasma. Denitrifikasi merupakan reaksi
reduksi terhadap nitrat dimana nitrat direduksi menjadi nitrit, nitrit oksida, nitrous
oksida dan terakhir dibentuk gas dinitrogen. Fiksasi nitrogen yaitu proses
pengambilan nitrogen bebas, hal ini hanya dapat terjadi pada daerah pantai,
simbiosis alga, dan pencampuran nitrogen dari lingkungan/atmosfir. Siklus
nitrogen dapat dilihat pada Gambar 1.

N2

Gambar 1 Siklus Nitrogen (Sitaresmi 2002)

Reduksi Nitrat.
Kelompok bakteri pereduksi senyawa nitrat terlibat dalam pengubahan
senyawa Nitrat menjadi produk akhir gas Nitrogen atau senyawa amonium.
Rusmana (2003c) menyatakan ada tiga proses reduksi nitrat disimilatif pada
bakteri yaitu denitrifikasi, reduksi nitrat menjadi amonium disimilatif dan oksidasi
amonium disimilatif (anamoks). (Gambar 2).
 7

NO N2O N2 1

NO3- NO2- NH4+ 2

N2O

NH2OH N2H2 N2 3

N2O

Gambar 2 Lintasan reduksi nitrat oleh aktivitas bakteri: (1) Denitrifikasi,

(2) Reduksi nitrat menjadi amonium disimilasif dan (3) Oksidasi
amonia secara anaerobik (Rusmana 2003c).

Di lingkungan perairan senyawa nitrat banyak dimanfaatkan oleh kelompok

mikroorganisme yang bersifat heterotrofik untuk membentuk bahan organik sel.
Sedangkan pada kondisi anaerobik ion nitrit atau nitrat akan digunakan sebagai
penerima elektron terakhir pada proses respirasi nitrat atau dissimilasi nitrat
(Madigan et al. 2003). Di alam banyak bakteri fermentatif bersifat anaerob
fakultatif sehingga keberadaan oksigen berpengaruh pada aktivitasnya. Bakteri
yang dapat melakukan reduksi nitrat antara lain Alcaligenes, Paracoccus
denitrificans, Thiobacillits denitrificans, dan Pseudomonas (Atlas dan Bartha
1998).
Pada kondisi anaerobik kelompok bakteri denitrifikasi akan aktif mereduksi
senyawa nitrat menjadi nitrit, nitrit oksida (NO), nitrous oksida (N2O), dan
dinitrogen (N2). Pada kondisi yang sesuai, beberapa genus dapat mereduksi nitrit
menjadi amonia melalui proses reduksi nitrat disimilasi. Prosesnya tersebut
berjalan saat kandungan senyawa nitrit tinggi (Kelso et al. 1997). Bakteri ini
memanfaatkan senyawa nitrat sebagai penerima elektron alternatif untuk
mendapatkan energi di bawah kondisi oksigen terlarut terbatas (Richardson
et al. 2001). Selain itu juga terdapat bakteri fermentatif yang dapat memanfaatkan
senyawa nitrat sebagai penerima elektron terakhir pada kondisi anaerobik, antara
lain jenis Aeromonas, Bacillus, Klebsiella dan Vibrio (Richardson et al. 2001).
 8

Reduksi nitrat menjadi amonium dissimilatif (DNRA) dilakukan oleh

mikroorganisma dengan tipe metabolisme fermentatif. Bakteri ini mereduksi nitrat
menjadi amonium. Reduksi nitrat menjadi amonium dissimilatif adalah proses
untuk menghilangkan kelebihan tenaga pereduksi dan menunjang pertumbuhan
bakteri pada kondisi anaerob (Chole 1996).
Proses reduksi nitrat menjadi amonium disimilatif melibatkan dua tahap
reaksi, yaitu reduksi nitrat menjadi nitrit yang dikatalis oleh dua enzim seperti
pada denitrifikasi dan reduksi nitrit menjadi amonium yang dikatalis oleh
multiheme cytochrome nitrit reductase (Nrf) (Richardson 2000). Enzim yang
terlibat pada proses reduksi nitrat bakteri DNRA dapat dilihat pada Gambar 3.

NH4+
NO2-
NrfA
NapA
NapB
NO2-
NO3- NrfB
NO3- NO2-
Periplasma NrfC

NapC NrfD
NarI

sitoplasma NO3- NO2- NarH

NarG

NO3- NO2-

Gambar 3 Enzim-enzim yang terlibat pada proses reduksi nitrat bakteri DNRA
(Rusmana 2003c; Richardson 2000)

Anamoks adalah proses metabolisme yang mengubah amonium, nitrat atau

nitrit menjadi N2. Dalam proses ini dibentuk dua senyawa antara, yaitu
hidroksilmina (NH2OH) dan hidrazina (N2H4). Bakteri ini memiliki struktur
khusus yang disebut anammoxosomes yang menempati kurang lebih 30-60% dari
total volume sel. Proses metabolisme anamoks terjadi dalam struktur khusus ini.
Anamoks dikatalis oleh enzim nitrit reducing enzym (NR) yang mengkatalis
reaksi nitrit menjadi hidroksilamina, hidrazina hydrolase (HH) yang mengkatalis
hidroksilamina menjadi hidrazina dan hidrazine–oxidising enzyme mengkatalis
terbentuknya N2 (Rusmana 2003c)
 9

Bakteri Denitrifikasi

Denitrifikasi merupakan konversi biologis senyawa nitrat (NO3-) menjadi

nitrit (NO2-), nitrous oxide (N2O) dan molekul nitrogen (N2). Proses denitrifikasi
dijalankan secara teratur dan bertahap oleh beberapa bakteri fakultatif anaerob.
( Piñar 1997).
Denitrifikasi merupakan proses reduksi senyawa nitrat menjadi gas nitrogen
dan atau gas nitrogen oksida. Denitrifikasi adalah suatu proses enzimatik dimana
terjadi tahapan reduksi nitrat menjadi nitrit, nitrit oksida, nitrous oksida dan
dinitrogen yang berhubungan dengan transport elektron.
Denitrifikasi merupakan proses yang merupakan empat tahapan reaksi yang
dikatalis enzim. Ada dua jenis enzim yang mengkatalis reaksi tahap pertama
(reaksi nitrat menjadi nitrit), yaitu periplasmic nitrate reductase (Nap) dan
membrane-bound nitrate reductase (Nar). Pada tahap kedua (reduksi Nitrit mnjadi
nitric oxide), dikatalis enzim Cytochrome nitrite reductase (NirS) dan copper
nitrite reductase (NirK). Reaksi tahap ketiga melibatkan enzim nitric oxide
reductase (Nor) dan reaksi tahap keempat yang dikatalis enzim nitrous oxide
reductase (Nor) (Rusmana 2003). Enzim- enzim yang terlibat proses reduksi nitrat
dapat dilihat pada Gambar 4.

NO N2
NirS
NO2-
NirK
NosZ
- NapA
NO2 NapB
NO3-
N2O
NO3-
NO
NapC Nor
C Periplasma
NarI Nor
B

Nar Membran
H plasma
sitoplasma
NarG
-
NO2

NO3-

Gambar 4 Enzim-enzim yang terlibat pada proses reduksi nitrat bakteri

denitrifikasi (Rusmana 2003c; Zumft 1997; Richardson 2000)
 10

Philipot dan Hojberg (1999) melaporkan bahwa struktur enzim nitrat

reduktase terdiri dari dua bagian, yaitu nitrat reduktase yang berkaitan dengan
membran sel (Nar) dan periplasma (Nap). Zumft (1992) mengemukakan bahwa
enzim nitrat reduktase pada Paracoccus denitrificans aktif pada kondisi anaerob,
sedangkan pada Thiosphaera panotropha aktif pada kondisi anaerob.
Bakteri denitrifikasi lebih kompetitif hidup di lingkungan dengan kadar
oksigen yang rendah, tetapi ada juga beberapa proses denitrifikasi yang
berlangsung aerobik (Hallin dan Lindgren 1999; Zumft 1992). Ketersediaan
oksigen di lingkungan pada bakteri denitrifikasi berkaitan erat dengan sistim
regulator sensor mikroorganisme anaerob fakultatif. Bakteri ini memiliki memiliki
kemampuan beradaptasi dari aerob ke anaerob dan sebaliknya.
Menurut Dong et al. (2002) Reduksi nitrat dissimilatif yang terjadi di atas
sedimen muara sungai adalah denitrifikasi. Sedangkan reduksi nitrat disimilatif
yang dominan pada bagian sedimen muara sungai adalah reduksi nitrat
amonifikasi disimilatif (Rusmana 2003a)
Holt et al (1994) mengemukakan bahwa kelompok bakteri denitrifikasi pada
umumnya bersifar Gram negatif, berbentuk bulat atau batang. Distribusinya
tersebar hampir di semua habitat, termasuk air laut, air tawar, tanah, sawah,
tumbuhan dan dalam tubuh organisme. Beberapa bakteri denitrifikasi yang dapat
hidup pada sistem perairan laut atau estuari antara lain Alteromonas,
Pseudomonas, Eryhrobacter, Alcaligenes dan Aquaspirillum (Zumf 1992).