LAPORAN BIOSISTEMATIKA

TAKSONOMI NUMERIK
PENGAMPU : I Made Oka Riawan, S.Pd.,M.Sc..

Oleh:
DHEYA CINTYA MONICA (1813091008)
Biologi III

JURUSAN BIOLOGI DAN PERIKANAN KELAUTAN

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN GANESHA
2019

1
I. Judul : Taksonimi Numerik (Klasterisasi salak)
II. Tujuan : Mengetahui cara mengelompokkan spesies
berdasarkan persamaan karakternya dan mengetahui hubungan antar spesies
berdasarkan persamaan karakteristiknya.
III. Pendahuluan :
Biosistematika atau sistematik adalah telaah tentang keanekaragaman
organisme organisme dan hubungan kekerabatan antar organisme tersebut.
Taksonomi memiliki pengertian suatu teori atau praktek dalam pengelompokan
organisme di dalam kelompok atau takson yang sesuai. Ilmu taksonomi telah
digunakan dalam penemuan baik flora, fauna, dan mikroorganisme yang
memberikan sebuah metode identifikasi yang tepat sehingga akan menghasilkan
sistem klasifikasi yang terkait dan menyeluruh. Produk hasil dari aktivitas
taksonomi ini dapat berupa hasil penempatan suatu organisme ke dalam suatu
hierarki kelompok yang ekslusif mulai dari species, genus, familia, ordo, classis,
dan divisi (Tjitrosoepomo,2009). Bukti taksonomi terdiri dari karakter yang
digunakan dalam Analisa yang menjadi dasar dalam klasifikasi. Karakter
didefinisikan sebagai atribut yang mengarah pada bentuk,struktur, dan tingkah laku
(behavior) dari seluruh organisme yang dipesahkan oleh taksonomis dengan tujuan
khusus seperti perbandingan. Didalam menentukan kalsifikasi organisme
digunakan dua metode yang berbeda yaitu dengan metode fenetik (numerik) dan
filogenetik (kladistik).
Sokal dan Sneath mendefinisikan taksonomi numerik sebagai suatu metode
kuantitatif mengenai kesamaan atau kemiripan sifat antar golongan organisme,
serta penataan organisme tersebut melalui analisis kluster kedalam kategori takson
yang lebih tinggi atas dasar kesamaan tersebut. Pada taksonomi numerik
menggunakan bukti-bukti fenetik sebagai dasar yaitu dengan meihat kemiripan
yang diperlihatkan objek studi yang diamati, dan bukan berdasarkan kemungkinan
perkembangan filogenetiknya. Didalam taksonomi numerik terdapat beberapa
tahap kegiatan yang diawali dengan pemiliha organisme yang akan diteliti yang
mewakili golongan tertentu yang selanjutnya disebut OTU (Operasional Taxonomy
Unit). Selanjutnya yaitu pemilihan karakter pengukuran kemiripan,analisis kluster,

2
dan penarikan kesimpulan. Pengukuran yang dialakukan pada OTU adalah
berdasarkan karakter yang dimilikinya.

Menurut Slokal dan Sneath (1963), karakter yang dipilih sebagai

identifikasi OTU merupakan deskripsi terhadap bentuk, struktur, atau sifat yang
membedakan sebuah unit taksonomi dengan unit lainnya. Diadalam
membandingkan kemiripan karakter antar OTU tidak memperhatikan hubungan
kekerabatan secara evolusionernya. Derajat kemiripan anatar Salacca dapat
disajikan dalam matriks similaritas yang akan digunakan dalam menkontruksi
dendogram.
Salak merupakan buah yang tersusun atas 3 bagian utama, yaitu kulit,
daging, buah dan bagian biji. Bagian kulit tersusun atas sisik–sisik yang tersusun
seperti genting dan kulit ari yang langsung menyelimuti daging buah. Kulit ari
berwarna putih transparan. Warna sisik buah salak ada yang berwarna coklat
kehitaman, coklat kemerahan, dan coklat keputihan tergantung kultivarnya (Suter,
1988). Salak merupakan salah satu tanaman asli Indonesia yang menyebar ke
Filipina, Malaysia, Brunei, dan Thailand melalui para pedagang. Di beberapa
daerah, tanaman ini berkembang sesuai dengan spesifikasi lokasi, sehingga secara
umum komoditas ini dikelompokkan sebagai berikut: salak Jawa (Salacca zalacca
(Gaertner) Voss) dengan biji 2-3 butir dan daging buah berwarna putih tulang
kekuningan, salak Bali (Salacca amboinensis (Becc) Mogea) dengan biji 1–2 butir
dan daging buah berwarna putih tulang kekuningan, dan salak Padang Sidempuan
(Salacca sumatrana (Becc)) yang berdaging agak kemerahan (Nixon, 2009).
Dikarenakan jumlahnya yang sangat berlimpah di bumi maka jutaan jenis salak
perlu untuk diklasifikasikan sehingga dapat dikelompokkan dengan melihat
beberapa karakter yang dimiliki agar lebih mudah untuk mengenali dan
mempelajarinya.
IV. Prosedur Kerja
1. Menentukan OTU (Operasional Taxonomical Unit ) serta karakteristik yag
spesifik dari setiap OTU.
2. Memasukkan OTU beserta karakteristik yang telah dipilih kedalam table
n x t.

3
 3. Menghitung nilai similaritas OTU yang satu dengan OUT yang lainnya
dengan menggunakan du acara yaitu simple matching coefficient (Ssm) dan
simple jacard coefficient (Sj). Berikut ini adalah rumus pada Sj dan Ssm:

𝑎+𝑑
SSM = 𝑥 100%
𝑎+𝑏+𝑐+𝑑

𝑎
SJ = 𝑥 100%
𝑎+𝑏+𝑐
Keterangan:

a : jumlah karakter yang (+) untuk kedua OTU

b : jumlah karakter yang (+) untuk OTU pertama dan (-) untuk OTU kedua

c : jumlah karakter yang (-) untuk OTU pertama dan (-) untuk OUT kedua

d : jumlah karakter yang (-) untuk kedua OTU

Nilai similaritas yang didapatkan kemudian dimasukkan dalam matriks

similaritas.

4. Membuat matriks similaritas dengan memasukkan nilai presentase kolom

sesuai dengan perhitungan yang sudah dilakukan baik melalui sistem
Simple Matching atau Simple Jacard.
5. Membuat clustering analysis untuk dapat menentukan pengelompokkan
OTU berdasarkan pada presentase similaritasnya.
6. Mengkontruksi dendogram berdasrkan hasil dari clustering analysis.
Sejumlah spesies yang ditunjukkan dalam dendogram tersebut akan
menunjukkan seberapa kemiripan yang dimiliki pada masing masing
persentase similaritas.
V. Hasil dan Pembahasan :
A. Tabel 1. nxt
Berikut merupakan tabel nxt berdasarkan karakteristik sifat morfologi yang
dimilliki baik pada bagian vegetative dan generatifnya

4
 OUT
No Karakter
A B C D E F G H I J
Karakter Morfologi Bagian
Vegetatif
1 Ketebalan lapisan lilin - + + - - - - - - -
Warna Pelepah
2 Hijau Kecoklatan + + - - - - - - + -
3 Hijau - - + + + + + + - +
Warna permukaan atas daun
4 hijau tua + + + + + + + + + +
5 Ketajaman duri + + + + + + + + + +
6 Kekerasan duri + - - + + - + + - -
7 Duri mudah lepas - + - - - - - - - -
8 Kerapatan duri - - + + - + + + - +
9 Kekerasan daun + - + + + + + + + +
Bentuk Ujung Anak Daun
10 Rata - + - + + + + - - +
11 Tidak rata + - + - - - - + + -
12 Pelipatan tepi helai anak daun - - - + - + - - - +
Warna duri pada pelepah daun
13 hitam coklat + + + + + + + + + -
14 Warna pupus hijau - + - - + - - - + -
Warna Permukaan Bawah Daun
15 Hijau dengan alur coklat + - + - - - + + - +
16 Hijau kemerahan - + - - - - - - - -
17 Hijau keabuan - - - + + + - - + -
Kedudukan Duri Pada Pelapah
18 Berkelompok 3 baris + - - - - - - + + +
19 Berkelompok 2 baris - + + + + + + - - -
Bentuk Duri
20 Tipis lancip kecil + + - - + - - - + -
21 Tebal lancip besar - - + - - - + + - +
22 Tipis lancip besar - - - + - + - - - -
Karakter Morfologi Bagian Generatif
Bentuk Buah
23 Bulat + - - + - - - + + -
24 Segitiga panjang - + + - - + - - - -
25 Segitiga pendek - - - - + - + - - +
Warna Kulit Buah Matang
26 Coklat + + - - - - - + - -
27 Coklat kuning - - + + + + - - - +
28 Hitam - - - - - - + - - -
29 Hitam kemerahan - - - - - - - - + -

Rasa Daging Buah

30 Manis + - + + - - - + - +

5
31 Manis sepet - + - - - - - - + -
32 Manis asam - - - - + + + - - -
Warna Daging Buah
33 Kuning + - + - + + - - + -
34 Putih kuning - + - + - - + - - -
35 Kuning coklat - - - - - - - + - +
Tekstur Buah
36 Tidak masir + + + + + + + + - +
37 Masir - - - - - - - - + -

Ket :
A : Salak Mangga
B : Salak Aren
C : Salak Nangka
D : Salak Pandan
E : Salak Pepaya
F : Salak Panjali
G : Salak Kerbau
H : Salak Apel
I : Salak Manggis
J : Salak Se Nase'

6
B. Matriks Similaritas

Tabel 2. Matriks Similaritas Ssm (Unsorted)

A B C D E F G H I J
A 100
B 54 100
C 64,90 51,40 100
D 56,80 48,60 64,90 100
E 59,50 56,80 62,20 70,30 100
F 48,60 51,40 72,97 81 78,40 100
G 54 51,40 67,60 70,30 72,97 67,60 100
H 81 40,50 72,97 64,90 51,40 51,40 67,60 100
I 72,97 54 48,60 45,90 59,50 48,60 37,80 54 100
J 56,80 37,80 70,30 67,60 59,50 64,90 70,30 75,70 40,50 100

Tabel 3. Matriks Similaritas SJ (Unsorted)

A B C D E F G H I J
A 100
B 26 100
C 40,90 28 100
D 33,3 26,90 43,50 100
E 34,8 33,3 39,10 50 100
F 24 28 52,40 65 60 100
G 29,20 28 45,50 50 52,40 45,5 100
H 63,20 18,50 52,40 43,50 28 28 45,50 100
I 50 29,20 24 23 34,80 24 14,80 29,20 100
J 30,40 14,90 47,60 45,50 51,40 40,90 47,6 55 15,4 100

7
C. Clustering Analisis

Tabel 4. Clustering Analisis Ssm

A H D F E G C J B I
100 A H D F E G C J B I
90 A H D F E G C J B I
80 A H D F E G C J B I
81 A, H D, F E G C J B I
72,97 A, H D, F E, G C J B I
71,65 A, H (D, F), (E, G) C J B I
70,30 A, H (D, F), (E, G) C, J B I
66,25 A, H ((D, F), (E, G)), (C, J) B I
60,38 (A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)} B I
54 (A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)} B, I
49,90 [(A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)}], (B, I)

Tabel 5. Clustering Analisis SJ

A H D F E G C J B I
100 A H D F E G C J B I
90 A H D F E G C J B I
80 A H D F E G C J B I
70 A H D F E G C J B I
65 A H D, F E G C J B I
63,20 A, H D, F E G C J B I
52,40 A, H D, F E, G C J B I
51,38 A, H (D, F), (E, G) C J B I
47,60 A, H (D, F), (E, G) C, J B I
45,74 A, H ((D, F), (E, G)), (C, J) B I
37,08 (A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)} B I
29,20 (A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)} B, I
26,18 [(A, H), {((D, F), (E, G)), (C, J)}], (B, I)

8
VI. Pembahasan

Berdasarkan hasil anlisis klastering keenam OTU yang ditunjukkan pada

dendogram secara umum baik pada Jaccard coefficient (SJ) dan simple matching
coeficient (Ssm) didapatkan bentuk yang relative sama. Dari kedua dendogram
tersebut diketahui salak pandan dan salak panjali memiliki memiliki nilai kemiripan
yang paling dekat. Hal ini ditunjukkan dengan nilai similaritas yang dimiliki kedua
spesies tersebut menunjukkan angka yang paling tinggi dibandingkan dengan
klastering lainnya. Pada Ssm keduannya mengklaster dengan nilai similaritas 81 %
sedangkan pada SJ mengklaster dengan nilai similaritas 65% hal ini dikarenakan
beberapa kesamaan karakter pada morfologi, baik pada bagian vegetatifnya seperti
warna pelepah yaitu berwarna hijau, ketajaman duri yang sama, bentuk ujung anak
daun yang rata, warna permukaan bawah daun hijau keabuan dan sebagainya
maupun generatifnya seperti warna kulit buah matang coklat kuning dan tekstur
buah yang tidak masir.

Salak mangga dan salak apel mengklaster dengan nilai similaritas 81% pada
Ssm dan 63,20% pada Sj dengan kesamaan karakter kedudukan duri pada pelepah
yaitu berkelompok 3 baris, kemudian kesamaan lainnya yaitu bentuk buah yang
bulat, warna kulit buah matang yang coklat dan rasa buah yang manis. Selanjutnya
pada dendogram Sj salak papaya dan salak kerbau mengklaster pada nilai
similaritas 52,40% pada Ssm 72,97% dengan kesamaan karakter yang dimiliki
diantaranya adalah bentuk buah segitiga pendek dan rasa buah yang manis asam.

Salak pandan, salak panjali, salak papaya dan salak kerbau mengklaster dengan
nilai similaritas pada Sj sebesar 51,38% dan pada Ssm sebesar 71,65% dengan
beberapa kesamaan karakternya yaitu warna permukaan atas daun hijau tua,
kekerasan duri yang seragam dan warna duri pada pelepah daun hitam coklat.
Kemudian pada Salak Nangka dan salak Se Nase’ mengklaster dengan nilai
similaritas 70,30% pada Ssm dan 47,60% pada Sj dengan salah satu kesamaan
karakternya yaitu warna permukaan bawah daun yang hijau dengan alur coklat.

Kemudian, pengklasteran terjadi pada Salak pandan, salak panjali, salak papaya
dan salak kerbau, salak nangka dan salak Se Nase’ yang mengklaster dengan nilai
similaritas pada Sj sebesar 45,74% dan pada Ssm sebesar 66,25% dengan beberapa

11
kesamaan karakternya yaitu warna pelepah yang hijau, karapatan duri yag seragam,
dan tekstur buah yang tidak masir. Salak pandan, salak panjali, salak papaya dan
salak kerbau, salak nangka dan salak Se Nase’, salak mangga dan salak apel
mengklaster pada nilai similaritas sebesar 37,08% pada Sj dan nilai similaritas
sebesar 60,38% pada Ssm.

Kemudain salak aren dan salak manggis mengklaster paling terakhir yaitu pada
nilai similaritas sebesar 29,20% pada Sj dan 54% pada Ssm. Hal ini dikarenakan
salak aren dan salak manggis memiliki karakteristik yang paling jauh dengan OTU
yang lainnnya, yaitu diantaranya adalah warna kulit buah matang berwarna hitam
kemerahan pada salak manggis dan berwarna coklat pada salak aren serta duri yang
mudah lepas pada salak aren. Kemudian semua jenis OTU mengklaster pada nilai
similaritas 26,18 pada Sj dan 49,90 pada Ssm. Adanya perbedaan hasil similaritas
pada Ssm dan Sj ini dikarenakan pada Ssm menggunakan semua karakter yang ada
atau terlihat sedangkan pada Sj tidak memperlihatkan karakter yang sama-sam tidak
dimiliki oleh karena itu didapat hasil yang lebih kecil dibandingkan nilai pada Ssm.

Konstruksi dendogram pada kegiatan mengklaster ini juga menggunakan salah

satu aplikasi yaitu MINITAB. Adapun hasil konstruksinya memperlihatkan bahwa
salak mangga dan salak apel memangmemiliki nilai similaritas paling tinggi yaitu
44,40 %. Salak pandan dan salak panjali juga mengklaster pada nilai similaritas
yang sama yaitu 44,40 % , kemudian salak aren memiliki nilai similaritas yang
paling kecil dimana salak aren baru mengklaster dengan 9 jenis salak lainnya pada
nilai similaritas 16,59 %. Hasil ini sama dengan menggunakan metode SJ dimana
salak mangga, salak apel, salak pandan san salak panjali memiliki nilai similaritas
yang paling besar dan salak aren memiliki nilai similaritas paling kecil. Hanya saja
pada aplikasi MINITAB dan pada metode SJ yaitu secara manual menunjukkan
perbedaan nilai similaritas dimana hal ini mungkin terjadi karena pada aplikasi
MINITAB memiliki tinggkat ketelitian yang lebih tinggi dibandingkan dengan
metode manual yaitu baik dengan metode Ssm dan SJ yang menghitungnya
menggunakan rumus dan kemungkinan untuk melakukan kesalahan sangatlah
tinggi.

12
VII. Kesimpulan

1. Salak mangga dan salak apel memiliki kemiripan karakter yang paling dekat
dikarenakan terdapat banyak kesamaan karakter yang dimiliki diantaranya
yaitu kesamaan karakter pada morfologi, baik pada bagian vegetatifnya
maupun generatifnya.
2. Salak aren dan salak manggis mengklaster paling terakhir yaitu pada nilai
similaritas sebesar 29,20% pada Sj dan 54% pada Ssm. Hal ini dikarenakan
salak aren dan salak manggis memiliki karakteristik yang paling jauh
dengan OTU yang lainnnya sehingga memiliki nilai similaritas palig kecil
3. Munculnya perbedaan nilai similaritas pada kedua dendogram karena pada
Ssm menggunakan semua karakter yang ada atau terlihat sedangkan pada Sj
tidak memperlihatkan karakter yang sama-sama tidak dimiliki oleh karena
itu didapat hasil yang lebih kecil dibandingkan nilai pada Ssm.
4. Perbedaan antara menggunakan metode manual yaitu dengan rumus baik
pada metode Ssm dan Sj juga menunjukkan perbedaan nilai similaritas
dengan menggunakan aplikasi MINITAB. Hal ini dikarenakan pada aplikasi
MINITAB memiliki tinggkat ketelitian yang lebih tinggi dibandingkan
dengan metode manual.

13
 DAFTAR PUSTAKA

Nixon MT. 2009. Buku Pintar Budi Daya Tanaman Buah Unggul Indonesia.
Jakarta:Agromedia Pustaka.

Sokal, R. R. & P. H. A Sneath. 1963. Principles of Numerical Taxonomy. W.H.

Freeman, Company. San Fransisco.

Suter IK. 1988. Telaah Sifat Buah Salak Bali sebagai Dasar Pembinaan Mutu
Akhir. Bogor: Institut Pertanian Bogor.

Tjitrosoepomo, Gembong. 2009. Taksonomi Tumbuhan. Yogyakarta: Gadjah

Mada University Press.

14