Kromatografi penukar ion dilakukan dengan fasa diam yang mempunyai gugus fungsi bermuatan ion
tetap. Selain itu terdapat ion lawan yang dapat ditukar didekatnya , agar muatan netral. Ion cuplikan
dapat bertukar dengan ion lawan dan menjadi pasangan dari muatan ion tetap. Jika ion cuplikan
berpasangan dengan ion muatan tetap, ion tersebut tidak keluar dari kolom. Karena afinitas berbagai
senyawa terhadap ion muatan-tetap berbeda, kita dapat memisahkan campuran senyawa ion. (Johnson
dan Stevenson, 1991)
Pemisahan dengan metode kromatografi dapat terjadi apabila suatu molekul maupun senyawa memiliki
sifat yang berbeda, di antaranya adalah:
2. Memiliki sifat kelarutan atau sifat untuk berikatan yang berbeda satu sama lain dengan fase diamnya.