Anda di halaman 1dari 7

ISOLASI DNA

Sheikha Fakhrun Vissa ,Nabila Azzahra Kania1, Alifia Salsabila1, Mohamad Fitroh
1*

Azizy1
1
Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta, Jl. Ir. H. Djuanda Ciputat Timur,
Tanggerang Selatan
Corresponding Author: sheikhaefvissa@gmail.com
PENDAHULUAN Waktu dan tempat praktikum kali
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah ini dilakukan pada hari selasa, 20
master molecule (molekul utama) yang November 2019 pukul 10.30 s/d
mengkode semua informasi yang 13.00 WIB. Di Pusat Laboratorium
dibutuhkan untuk proses metabolism Terpadu UIN Syarif Hidayatullah
dalam setiap organisme (Jamilah, 2005). Jakarta.
Tersusun atas 3 komponen utama yaitu
gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan Adapun alat yang digunakan pada
fosfat yang tergabung membentuk praktikum ini adalah beaker glass,
nukleotida (Istanti, 1999). pisau, pengaduk, tabung reaksi
dan rak tabung, termometer,
DNA merupakan materi yang membentuk water bath, mesin blender,
kromosom-kromosom dan juga merupakan spatula, dan saringan teh.
informasi genetic yang tersimpan dalam
tubuh makhluk hidup. Informasi genetic Dan bahan yang digunakan di
ini pada dasarnya merupakan kumpulan antaranya adalah buah/sayuran,
instruksi/perintah yang mengatur sel untuk sabun cair, aquades, kertas
bisa melakukan hal-hal tertentu (Tohib, saring, garam dapur, etanol 95%
2012). dingin, enzim protease, dan es
batu.
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui
tahapan-tahapan antara lain presparasi Pada percobaan isolasi DNA
ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak tumbuhan ini mula-mula semua
sel, dan persipitasi DNA (Jamilah, 2005). alat dan bahan yang akan
digunakan untuk praktikum
Isolasi DNA merupakan tahapan pekerjaan disiapkan, kemudian 3 gram
awal yang harus dilakukan dalam berbagai garam dapur dimasukkan ke
pekerjaan analisis DNA. Keberhasilan dalam 10 mL sabun cair dan
proses isolasi DNA seringkali sangat diaduk sampai garam larut serta
menentukan hasil pekerjaan selanjutnya. ditambahkan aquades sampai
Dalam proses Isolasi DNA, kualitas DNA 100 mL. Semua sampel bahan
yang dihasilkan akan sangat tergantung baik buah ataupun sayuran
dari kondisi materi tanaman yang dipotong-potong kecil dan
dipergunakan.(Maftuchah,dkk.2014) dimasukkan ke dalam beaker
glass. Lalu beaker glass
   diletakkan ke dalam water bath
MATERIAL DAN METODE yang telah diatur suhunya
menjadi 60 ˚C selama 15 menit
sampai diaduk perlahan. Setelah + : Sedikit
15 menit, beaker glass
++ : Sedang
dimasukkan ke dalam beaker
yang berisi es batu selama 5 +++ : Banyak
menit sambil diaduk perlahan.
++++ : Sangat Banyak
Setelah dicampurkan, campuran
di blender selama 5 detik. Setelah
5 detik, campuran disaring
Praktikan melakukan ketiga perlakuan
dengan menggunakan saringan
yang disebutkan diatas pada 8 jenis sampel
teh. Lalu di tuang ke dalam yang ada. Dan didapatkan berbagai macam
tabung reaksi dan ditambahkan data, yaitu:
enzim protease. Kemudian 10 mL
etanol dingin dituang dan 1. Dalam menggunakan sampel sawi
diletakkan di rak tabung reaksi hijau, dalam 3 menit terlihat bahwa
sambil diamati sampai munculnya DNA yang dihasilkan sangat
DNA. banyak (++++). DNA sawi hijau
berbentuk serabut dan warna DNA
HASIL yang dihasilkan adalah hijau muda.
Tabel 1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA
Buah dan Sayur 2. Dalam menggunakan sampel
kangkung, dalam 18 menit terlihat
N S Hasil Bentuk Ju
o a Pengamatan ml bahwa DNA yang dihasilkan
. m Waktu Warn ah sedikit (+). DNA kangkung
p a berbentuk lendir dan warna DNA
l yang dihasilkan adalah putih.
e 3. Dalam menggunakan sampel
1 Sawi 00.03. Hijau Serabut ++ bayam, dalam kurun waktu 21
. Hijau 00 Mud ++ menit 11 detik didapati bahwa
a DNA yang dihasilkan sedikit (+).
2 Kang 00.18. Putih Lendir + DNA bayam berbentuk gumpalan
. kung 00 dan warna DNA yang dihasilkan
3 Baya 00.21. Putih Gumpa +
adalah putih.
. m 11 lan
4 Selad 00.05. Cokl Lendir ++ 4. Dalam menggunakan sampel
. a 10 at ++ selada, dalam waktu 5 menit 10
5 Nana 00.20. Putih Lendir ++ detik didapati bahwa DNA yang
. s 00 ++ dihasilkan sangat banyak (++++).
6 Pepa 00.02. Jingg Gumpa ++ DNA selada berbentuk lendir dan
. ya 31 a lan + warna DNA yang dihasilkan adalah
7 Strob 00.02. Putih Gumpa ++ cokelat.
. eri 00 lan
5. Dalam menggunakan sampel
8 Naga 00.02. Mera Gumpa ++
. 00 h lan nanas, dalam kurun waktu 20 menit
Mud terlihat bahwa DNA yang
a dihasilkan sangat banyak (++++).
Keterangan : DNA nanas berbentuk lendir dan
warna DNA yang dihasilkan adalah akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
putih. tanaman dapat memberikan hasil yang
6. Dalam menggunakan sampel
berbeda, hal ini karena adanya senyawa
pepaya, dalam waktu 2 menit 31
detik terlihat bahwa DNA yang polifenol dan polisakarida dalam
dihasilkan banyak (+++). DNA konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pepaya berbentuk gumpalan dan
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA
warna DNA yang dihasilkan adalah
jingga. dilakukan dengan sampel buah, maka
7. Dalam menggunakan sampel kadar air yang pada masing-masing buah
stroberi, dalam waktu 2 menit
berbeda, dapat memberi hasil yang
terlihat bahwa DNA yang
dihasilkan sedang (++). DNA berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi
stroberi berbentuk gumpalan dan akan menghasilkan isolat yang berbeda
warna DNA yang dihasilkan adalah jika dibandingkan dengan buah berkadar
putih.
8. Dalam menggunakan sampel buah air rendah. Semakin tinggi kadar air maka
naga, dalam waktu 2 menit terlihat sel yang terlarut di dalam ekstrak akan
bahwa DNA yang dihasilkan semakin sedikit, sehingga DNA yang
sedang (++). DNA buah naga
terpretisipasi juga akan sedikit.
berbentuk gumpalan dan warna
DNA yang dihasilkan adalah merah
muda. Dalam melakukan isolasi DNA pada
Melihat proses isolasi DNA pada tumbuhan dan buah, praktikan
praktikum kali ini, jelas bahwa prinsip- memberikan perlakuan yang sama yaitu
prinsip DNA telah diterapkan dimulai dari
dengan memotong seluruh specimen yang
penghancuran dinding sel dengan cara
pencampuran sampel dengan sabun cair, akan digunakan (tumbuhan dan buah) lalu
lalu penghilangan protein dan zat-zat lain ekstrak yang ada dicampurkan dengan
yang tidak dibutuhkan dengan enzim
campuran sabun cair dan garam untuk
protease, dan pengendapan DNA atau
presipitasi DNA dengan menambahkan melisiskan sel.
larutan etanol, dan terakhir adalah
perolehan DNA.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA
dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel,
PEMBAHASAN melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi
hidrofobik deterjen dengan protein dan
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005)
lemak pada membran membentuk senyawa
menyatakan bahwa Meskipun isolasi DNA
”lipid protein -deterjen kompleks”.
dapat dilakukan dengan  berbagai cara,
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena
protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik Menurut pernyataan Jamilah (2005: 14),
dan hidrofobik, demikian juga dengan dengan adanya garam (kation kovalen
seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20ºC
deterjen, sehingga dapat membentuk suatu
atau kurang, ethanol absolut akan
ikatan kimia (Machmud,2006) mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik. Selain itu
disebutkan juga bahwa semakin dingin
Garam sendiri digunakan untuk ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin
memberikan kondisi ionic pada larutan pekat.
sehingga searksi dapat berjalan lebih
stabil. Sesuai dengan literasi bahwa:
Pemberian garam tersebut memiliki fungsi
Ada pula percampuran enzim
yang sama dengan SDS  pada isolasi DNA
protease dalam proses isolasi DNA
genom sel darah putih, yaitu untuk
memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi ini.
berjalan lebih stabil. (Harley 2005)

Selain itu ion Na+ dapat membantu proses Pada tabung reaksi pertama praktikan
pemekatan DNA dan dapat melindungi menggunakan sawi sebagai specimen yang
DNA karena Muatan negatif dari DNA akan kami isolasi DNA. Pemilihan sawi ini
akan secara alami berikatan dengan dilakukan karena menurut Kusumawaty
muatan positif dari protein pada membran (2012) pada sawi struktur daunnya yang
sel yang dimana dalam proses isolasi tidak tebal, tidak terdapat trikom ataupun
DNA, DNA yang akan diamati harus modifikasi epidermis lainnya serta
sudah terpisah dari makromolekul seperti pertulangan daunnya tidak banyak dan
protein. Hal ini sesuai dengan pernyataan keras mempermudah pengerjaan dalam
Dollard(1994) dalam Jamilah, (2005) proses isolasi jaringan. Selain itu akar
bahwa ion Na+ yang dikandung oleh garam memiliki struktur yang keras sehingga sulit
mampu membentuk ikatan dengan kutub dalam proses isolasi jaringannya,
negatif fosfat DNA. Kutub ini dapat sedangkan pada buah terdapat banyak
menyebabkan molekul-molekul saling metabolit-metabolit sekunder yang dapat
tolak menolak satu sama lain sehingga menjadi kontaminan yang sulit dipisahkan
pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan dari ekstrak asam nukleat.
ikatan kutub negatif fosfat DNA, maka
Dalam waktu 3 menit dapat terlihat DNA
DNA tersebut akan terkumpul.
yang perlahan berpisah dari larutan. Pada
percobaan dengan ekstrak sawi ini dapat di
amati bahwa DNA yang ada sangat banyak
Alkohol berfungsi untuk (++++), berbentuk serabut dan menyebar
mempermudah terjadinya dan berwarna hijau. Dapat dilihat juga sisa
presipitasi benang-benang DNA sisa makromolekul yang terpisah dari
dari campuran. Alkohol mampu DNA mengendap di dasar tabung reaksi,
membawa asam nukleat yang berwarna hijau tua.
terdapat dalam campuran naik ke
permukaan untuk diendapkan.
Pada tabung reaksi kedua kali ini kita adalah octoploid (8n) yang berarti bahwa
menggunakan kangkung Lalu tampak stroberi memiliki 8 copy dari materi
sedikit (+) DNA yang dihasilkan dalam genetiknya (jumlah DNAnya sangat
waktu 18 menit. DNA tersebut juga banyak), sehinggawalaupun pada
memiliki bentuk lendir dan berwarna percobaan ini tingkat keakuratannya sangat
putih. rendah, DNA masihdapat diekstraksi dan
hasil ekstraksi DNA stroberi sangat mudah
Pada tabung reaksi ketiga kali ini kita untuk diamati.
menggunakan bayam Lalu tampak sedikit
(+) DNA yang dihasilkan dalam waktu 21
menit 11 detik. DNA tersebut juga
memiliki bentuk gumpalan dan berwarna Setelah dilakukan isolasi DNA, pada
putih. percobaan kali ini kita mendapatkan hasil
DNA tampak sedang (++) DNA yang
Pada tabung reaksi keempat kali ini kita dihasilkan dalam waktu 2 menit. DNA
menggunakan selada Lalu tampak sangat tersebut juga memiliki bentuk gumpalan
banyak (++++) DNA yang dihasilkan dan berwarna putih.
dalam waktu 5 menit 10 detik. DNA
tersebut juga memiliki bentuk lender dan
berwarna cokelat. Pada tabung reaksi ke delapan kali ini kita
Pada Tabung reaksi kelima kali ini kita menggunakan buah naga. Lalu tampak
menggunakan nanas bahan sabun cair sedang (++) DNA yang dihasilkan dalam
untuk melisiskan sel, garam untuk waktu 2 menit. DNA tersebut juga
memisahkan air dengan kotoran, etanol memiliki bentuk gumpalan dan berwarna
96% untuk mempresipitasikan. Lalu merah muda.
tampak sangat banyak (++++) DNA yang
dihasilkan dalam waktu 20 menit. DNA
tersebut juga memiliki bentuk lendir dan SIMPULAN
berwarna putih. Berdasarkan praktikum yang
telah dilakukan dapat disimpulkan
bahwa terdapat tiga langkah
Pada tabung reaksi keenam kita untuk melakukan isolasi DNA
menggunakan bahan pepaya Lalu tampak tumbuhan ini yaitu: preparasi
banyak (+++) DNA yang dihasilkan dalam ekstrak sel, pemurnian DNA dari
waktu 2 menit 31 detik. DNA tersebut juga ekstrak sel, dan presipitasi DNA.
memiliki bentuk gumpalan dan berwarna Preparasi ekstrak sel dapat
jingga. dilakukan dengan cara mekanik
maupun kimiawi, salah satunya
dengan cara diblender dan
dicampur larutan sabun cair.
Pada tabung reasi ke tujuh kami
Pemurnian DNA dapat dilakukan
menggunakan stroberi sebagai specimen.
dengan penambahan enzim
Stroberi digunakan sebagai bahan untuk
protease dan presipitasi DNA
mengekstraksi DNA dikarenakan stroberi
salah satu metodenya adalah
dengan memberikan etanol 95%. PERTANYAAN
Pada praktikum kali ini, jenis buah
1. Apa fungsi garam dapur, sabun
maupun sayuran yang dipakai
cair, dan alkohol 95%?
untuk melakukan isolasi DNA
sangat berpengaruh pada DNA 2. Sebutkan cara atau bahan
yang dihasilkan. sederhana/yang mudah didapat
untuk mengisolasi DNA selain
bahan di atas!
REFERENSI JAWABAN
Maftuchah, Aris Winaya, dan Agus
Zainudin. Teknik Dasar Analisis Biologi 1. Fungsi garam dapur dalam
Molekuler.Yogyakarta: Deepublish .2014 praktikum ini berfungsi untuk
memudahkan pemisahan benang-
Jamilah. Pengaruh Berbagai Macam
benang DNA dari campuran
Detergen, Penambahan Garam Dan
dengan cara menghilangkan
Ekstrak Nanas (ananas comulus (L) mers)
protein dan karbohidrat karena
Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai
garam menyebabkan keduanya
terpresipitasi.

Sabun cair berfungsi untuk


mengeluarkan DNA dari sel
secara kimiawi dengan
memecahkan dinding sel,
membran plasma, dan membran
intinya.

Alkohol berfungsi untuk


mempermudah terjadinya
presipitasi benang-benang DNA
dari campuran. Alkohol mampu
membawa asam nukleat yang
terdapat dalam campuran naik ke
permukaan untuk diendapkan.

2. Bahan lain yang mudah didapat


untuk melakukan isolasi DNA
dapat digunakan daun sawi putih
dan cara lainnya dengan
menggunakan deterjen.
Macam Buah Sebagai Topik Praktikum
Matakuliah Genetika. Skripsi. Malang:
Program Serjana Pendidikan Biologi. 2005