Agen Terapi Potensial Untuk COVID-19 Berdasarkan

Analisis Docking Protease Dan RNA Polimerase

Abstrak
Wabah infeksi coronavirus (COVID-19) pada tahun 2019 sangat perlu ditemukan
agen terapi potensial. Dalam penelitian ini, kami menggunakan docking molekuler
untuk menggunakan kembali protease HIV inhibitor dan analog nukleosida untuk
COVID-19, dengan evaluasi berdasarkan skor docking dihitung oleh AutoDock
Vina dan RosettaCommons. Hasil kami menunjukkan bahwa Indinavir dan
Remdesivir memiliki skor docking terbaik, dan perbandingan situs docking
keduanyaobat-obatan mengungkapkan dok yang nyaris sempurna di daerah
kantong protein yang tumpang tindih. Setelah lebih jauh investigasi daerah
fungsional disimpulkan dari protein coronavirus SARS, kami menemukan bahwa
Indinavir tidak merapat di situs aktif protease mana pun, yang dapat menimbulkan
peningkatanmenjadi perhatian sehubungan dengan kemanjuran Indinavir. Di sisi
lain, situs docking dari Remdesivir tidak kompatibel dengan wilayah fungsional
yang diketahui, termasuk motif pengikat template,motif polimerisasi dan motif
pengikatan nukleosida trifosfat (NTP). Namun, ketika kita menguji bentuk aktif
(CHEMBL2016761) dari Remdesivir, situs docking mengungkapkan dermaga
yang sempurna di daerah tumpang tindih motif pengikatan NTP. Hasil ini
menunjukkan bahwa Remdesivir mungkin agen terapi potensial. Uji klinis masih
harus dilakukan untuk mengkonfirmasi efek kuratif obat-obatan ini.

Pendahuluan
Pada minggu-minggu akhir 2019, wabah infeksi coronavirus (COVID-
19) yang baru terjadi di Wuhan, Cina. Pada 25 Februari 2020, lebih dari 80.000
kasus dan 2.700 kematian telah dilaporkan. Dengan tidak adanya agen antivirus
yang terbukti, para profesional medis telah terpaksa untuk perawatan suportif
untuk mengandung infeksi. Namun, penelitian saat ini menunjukkan hal itu obat
dengan mekanisme penahan virus yang tepat dapat memberikan hasil yang
menjanjikan. Pada Rumah Sakit Rajavithi di Thailand, tim penyakit menular
menggunakan kombinasi Oseltamivir (agen anti-influenza) dan Lopinavir /
Ritonavir (agen anti-HIV) untuk berhasil meningkatkan pasien dengan kondisi
parah. Lopinavir dan Ritonavir keduanya merupakan inhibitor HIV yang menekan
membelah polyprotein menjadi beberapa protein fungsional1 . Demikian juga,
berbagai uji klinis juga sekarang sedang memakai obat analog nukleosida seperti
Remdesivir, obat antivirus yang terbukti untuk menjadi efektif terhadap berbagai
virus RNA in vitro2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah protease
COVID-19 dapat menjadi protein target untuk Lopinavir dan Ritonavir, dan upaya
untuk itu mengidentifikasi protease inhibitor HIV lainnya dengan afinitas
pengikatan yang lebih kuat. Selain itu, kami juga menguji serangkaian agen virus
RNA untuk ikatan potensial dengan RNA polimerase yang bergantung pada RNA
(RdRp) COVID-19 dalam penelitian ini.

Metode
Untuk reseptor target kami, kami memilih 3-chymotrypsin-like protease
(3CL-protease) dan RdRp, protease utama yang digunakan untuk membelah
poliprotein menjadi protein yang berhubungan dengan replikasi, dan yang utama
protein untuk replikasi RNA masing-masing. Struktur 3CL-protease (PDB ID:
6LU7) 3,4 adalah
diperoleh dari RCSB Protein Data Bank3, yang dirilis pada 5 Februari 2020
.Karena struktur COVID-19 polimerase saat ini tidak tersedia, kami mengadaptasi
sebuah
model perkiraan dari urutan pasien, BetaCoV / Taiwan / 2/2020 |
EPI_ISL_406031
diperoleh dari Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) 5,6
menggunakan homologi pemodelan. Model kami saat ini didasarkan pada
template SARS coronavirus polimerase (PDBID: 6NUR) 7 dibangun
menggunakan model-Swiss8,9,10,11,12. Kami mencapai deviasi root-mean-
square (RMSD) dari 0,073 angstrom antara 793 pasangan atom yang selaras, yang
menunjukkan bahwa keduanya protein memiliki struktur yang sangat mirip (lihat
Tambahan Gambar 1 dan 2).
 Berdasarkan tinjauan pustaka2,13,14,15,16, kami menguji sepuluh obat
penghambat protease HIV yang disetujui FDA untuk pengobatan potensial,
termasuk Amprenavir, Atazanavir, Darunavir, Fosamprenavir, Indinavir,
Lopinavir, Nelfinavir, Ritonavir, Saquinavir, dan Tipranavir13. Adapun obat
analog nukleosida, kami menguji Favipiravir14, Galidesivir15, Remdesivir2, dan
Ribavirin16. Masing-masing 3D obat struktur diperoleh dari database PubChem
dalam format Struktur-data file (SDF).
Untuk mensimulasikan ikatan afinitas antara protein dan ligan, dua alat
docking, AutoDock Vina (versi 1.1.2) 17 dan RosettaCommons (versi 3.11) 18–
20 digunakan. Karena AutoDock Vina saja mengambil format Protein Data Bank,
Partial Charge (Q), & Atom Type (T) (PDBQT) sebagai input, kami
menggunakan OpenBabel (versi 3.0.0) 21 untuk mengkonversi SDF ke PDBQT.
Seluruh protein diambil sebagai ruang pencarian. Kami juga menggunakan
RosettaCommons untuk menghubungkan obat-obatan yang dipilih dengan obat
yang sesuai protease dan polimerase di bawah pengaturan standar standar. Proses
ini diulangi 100 waktu untuk setiap ligan, dan skor afinitas rata-rata akhir diambil.
Dari ini, kami membangun peta panas untuk residu dalam 5 Å situs pengikatan
untuk mewakili frekuensi pengikatan setiap ligan. Sebagai obat yang valid, kami
mengantisipasi ligan untuk merapat di kantung protein atau daerah fungsional.
Oleh karena itu, kami menggunakan alat CASTp22 untuk memprediksi
potensi kantong protein target kami, dan mengkonfirmasi apakah situs pengikatan
frekuensi tertinggi dari peta panas berada dalam protein saku. Selain itu, karena
tingginya kesamaan antara SARS dan COVID-19, katalitik itus protease SARS
yang diperoleh dari basis data Uniprot23 dan motif fungsional SARS polimerase
yang diperoleh dari penelitian sebelumnya24 digunakan untuk memberi label
wilayah yang sesuai dari COVID-19. Akhirnya, kami menempatkan peta panas,
situs saku, dan wilayah fungsional memvisualisasikan pose mengikat. Preprints
(www.preprints.org) | BUKAN TINJAUAN ULANG | Diposting: 29 Februari
2020 doi: 10.20944 / preprints202002.0242.v2

Hasil
Hasil Tercantum dalam Tabel 1 adalah hasil dari 10 ligan yang merapat dengan
3CL-protease. Skor ini, yang merupakan output mentah asli dari kedua alat
docking, mewakili afinitas pengikatan relatif. Untuk AutoDock Vina, Indinavir
memiliki skor docking terbaik, bahkan mengungguli Lopinavir dan Ritonavir, dua
obat yang saat ini digunakan di Thailand. Adapun hasil RosettaCommons, semua
sepuluh obat menunjukkan skor yang sama, walaupun Amprenavir, Atazanavir,
dan Darunavir memiliki sedikit penampilan yang lebih baik. Karena itu kami
memilih Indinavir untuk penyelidikan lebih lanjut. Visualisasi dari Docking
indinavir ditunjukkan pada Gambar 1. Gambar 1a menunjukkan tumpang tindih
peta panas ligan dan kantong protein. Wilayah berwarna ungu menyoroti bahwa
sebagian besar lokasi penjilidan berada di kantong protein. Namun, satu hal yang
perlu diperhatikan adalah bahwa situs aktif [His41, Cys145] dari 3CLprotease
tidak tumpang tindih dengan situs pengikatan (Gambar 1b), yang mungkin
menjadi perhatian dalam kasus ini. penghambatan. Guangdi Li dan Erik De
Clercq juga mencatat bahwa situs C2-simetris, yang merupakan tempat
pemasangan optimal dari protease inhibitor HIV, tidak ada pada 3CL-protease25.
Terakhir, HIV protease milik keluarga protease aspartik, sedangkan protease
seperti 3CL adalah dari sistein protease keluarga25. Ketidakkonsistenan ini dapat
menyebabkan suara yang tidak diinginkan dalam hasil docking kami. Skor
docking dari empat ligan ke RdRp menggunakan AutoDock Vina dan
RosettaCommons tercantum dalam Tabel 2. Remdesivir memiliki kinerja docking
terbaik oleh AutoDock Vina dan RosettaCommons. Ini menunjukkan bahwa
Remdesivir memiliki struktur merapat yang paling stabil dibandingkan untuk itu
dari kandidat obat lain. Meskipun Remdesivir memiliki skor docking terendah,
karena Sifat prodrug analog nukleosida Remdesivir, kami harus memeriksa lebih
lanjut perbedaannya formasi26. Kami menerapkan AutoDock Vina dan
RosettaCommons pada tiga formasi Remdesivir, termasuk Remdesivir
(Nucleoside Analogue Monophosphate Prodrug dengan Protect Group),
GS441524 (Analog Nukleosida) dan CHEMBL2016761 (Analog Nukleosida)
Triphosphate). Tercantum dalam Tabel 3, hasil ini menunjukkan bahwa hanya
CHEMBL2016761, bentuk aktif analog nukleosida yang bertindak dengan
memblokir replikasi virus, masih memiliki skor docking yang baik.
Tabel 1 Hasil Dari 10 Ligan Yang Merapat Dengan 3CL-Protease
PubChem CID Nama AutoDock Vina Rosetta

Kita Oleh karena itu menyimpulkan bahwa pembentukan obat akan

mempengaruhi estimasi skor docking, dan jika tersedia, formulir aktif harus
digunakan untuk estimasi yang lebih akurat.
Gambar 1. Visualisasi hasil docking protease-Indinavir. a | Tumpang tindih panas
ligan peta dan kantong protein. Skala merah dari peta panas ligan menunjukkan
frekuensi pengikatan situs lebih dari seratus percobaan. Residu dalam kantung
protein dicatat melalui warna biru-ungu skala, di mana ungu mewakili frekuensi
tinggi pada peta panas ligan dan biru mewakili a frekuensi rendah. Suatu hot spot
didefinisikan sebagai satu set residu dengan frekuensi tertinggi dalam ligan peta
panas. Di antara hasil docking di mana ligan memiliki kontak dengan hot spot,
ligan dengan skor docking terendah ditunjukkan dalam stik (skema warna CPK)
dan ruang yang ditempati adalah berwarna hijau. b | Tidak ada tumpang tindih
antara peta panas ligan dan situs aktif 3CLprotease. Skala merah dari peta panas
ligan menunjukkan frekuensi situs pengikatan lebih dari satu seratus cobaan.
Residu di situs aktif 3CL-protease dicatat melalui skala yelloworange, di mana
oranye mewakili frekuensi tinggi pada peta panas ligan dan kuning mewakili
frekuensi rendah. Kami memeriksa hasil docking dari kompleks struktural yang
diberikan antara CHEMBL2016761, bentuk aktif dari Remdesivir, dan RdRp
dengan melihat frekuensi kontak antara CHEMBL2016761 dan RdRp,
ditunjukkan pada Gambar 2a. Kami mengamati bahwa orientasi docking dengan
konsensus docking tertinggi terletak di saku pengikat RdRp. Setelah diselidiki
lebih lanjut dari daerah fungsional yang disimpulkan dari protein coronavirus
SARS, yang meliputi motif pengikat template, motif polimerisasi dan motif
pengikat NTP24, (Lihat Tabel Tambahan
1), kami menemukan bahwa situs docking tidak berlabuh pada templat yang
mengikat motif dan
motif polimerisasi tetapi berlabuh dengan sempurna di daerah yang tumpang
tindih dari motif pengikatan NTP
(Gambar 2b). Hasil ini setuju dengan penelitian sebelumnya yang diterbitkan
dalam Cell Research27, yang
memberi kesan bahwa Remdesivir sangat efektif dalam mengendalikan infeksi
COVID-19 secara in vitro. Meskipun
hasil docking kami sesuai dengan studi in vitro, hubungan antara hasil docking
dan
efektivitas mengobati COVID-19 masih perlu pemeriksaan lebih lanjut. Kami
mendesak fasilitas dengan
peralatan yang sesuai untuk melanjutkan penelitian ini secara in vitro.
Sebagai kesimpulan, temuan kami mengungkapkan bahwa Indinavir dan
Remdesivir memiliki docking yang relatif rendah
skor, serta situs docking yang sangat tumpang tindih dengan kantong protein.
Kami menyimpulkan bahwa ini
berarti stabilitas struktural kompleks protein-ligand yang lebih baik. Namun, situs
docking
Indinavir tidak terletak di situs katalitik 3CL-protease. Hal ini dapat menimbulkan
kekhawatiran terkait
itu kemampuan penghambatan. Adapun Remdesivir, situs docking
CHEMBL2016761 terletak dengan sempurna
dalam motif pengikatan NTP, yang diharapkan untuk memblokir replikasi urutan
RNA. Karena kedua obat tersebut telah digunakan dalam praktik klinis dengan
toksisitas terbatas, kami merekomendasikannya harus dipertimbangkan saat
merawat COVID-19. Gambar 2. Visualisasi hasil RNA polimerase-docking yang
tergantung pada RNA. a | Tumpang tindih
peta panas ligan dan kantung protein. Skala merah dari peta panas ligan
menunjukkan frekuensi situs pengikatan lebih dari seratus percobaan. Residu
dalam kantung protein dicatat melalui skala biru-ungu, di mana ungu merupakan
frekuensi tinggi pada peta panas ligan dan biru mewakili frekuensi rendah. Di
antara hasil docking di mana ligan memiliki kontak dengan hot spot, ligan dengan
skor docking terendah ditunjukkan dalam tongkat (skema warna CPK) dan ruang
yang ditempati berwarna hijau. b | Tumpang tindih antara peta panas ligan dan
motif pengikatan NTP dari RdRp. Skala merah peta panas ligan menunjukkan
frekuensi situs mengikat lebih dari seratus percobaan. Residu di daerah fungsional
RdRp dicatat
melalui skala kuning-oranye, di mana oranye mewakili frekuensi tinggi pada
panas ligan peta dan kuning mewakili frekuensi rendah

Daftar Pustaka
Shuter, J. Lopinavir/ritonavir in the treatment of HIV-1 infection: a review.
Therapeutics and Clinical Risk Management vol. 4 1023–1033 (2008). 2.
Agostini, M. L. et al. Coronavirus Susceptibility to the Antiviral Remdesivir (GS-
5734) Is Mediated by the Viral Polymerase and the Proofreading
Exoribonuclease. MBio 9, (2018). 3. Berman, H. M. et al. The Protein Data Bank.
Nucleic Acids Res. 28, 235–242 (2000). 4. Liu, X., Zhang, B., Jin, Z., Yang, H. &
Rao, Z. The crystal structure of 2019-nCoV main protease in complex with an
inhibitor N3. (2020) doi:10.2210/pdb6lu7/pdb. 5. Elbe, S. & Buckland-Merrett, G.
Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health.
Glob Chall 1, 33–46 (2017). 6. Shu, Y. & McCauley, J. GISAID: Global initiative
on sharing all influenza data - from vision to reality. Euro Surveill. 22, (2017). 7.
Kirchdoerfer, R. N. & Ward, A. B. SARS-Coronavirus NSP12 bound to NSP7
and NSP8 cofactors. (2019) doi:10.2210/pdb6nur/pdb. 8. Waterhouse, A. et al.
SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes.
Nucleic Acids Res. 46, W296–W303 (2018). 9. Bienert, S. et al. The SWISS-
MODEL Repository-new features and functionality. Nucleic Acids Res. 45,
D313–D319 (2017). 10. Guex, N., Peitsch, M. C. & Schwede, T. Automated
comparative protein structure modeling with SWISS-MODEL and Swiss-
PdbViewer: a historical perspective. Electrophoresis 30 Suppl 1, S162–73 (2009).
11. Benkert, P., Biasini, M. & Schwede, T. Toward the estimation of the absolute
quality of individual protein structure models. Bioinformatics 27, 343–350 (2011).
12. Bertoni, M., Kiefer, F., Biasini, M., Bordoli, L. & Schwede, T. Modeling
protein quaternary structure of homo- and hetero-oligomers beyond binary
interactions by homology. Sci. Rep. 7, 10480 (2017). Preprints
(www.preprints.org) | NOT PEER-REVIEWED | Posted: 29 February 2020
doi:10.20944/preprints202002.0242.v2 13. Lv, Z., Chu, Y. & Wang, Y. HIV
protease inhibitors: a review of molecular selectivity and toxicity. HIV AIDS 7,
95–104 (2015). 14. Favipiravir (T-705), a novel viral RNA polymerase inhibitor.
Antiviral Res. 100, 446–454 (2013). 15. Lim, S.-Y. et al. Galidesivir, a Direct-
Acting Antiviral Drug, Abrogates Viremia in Rhesus Macaques Challenged with
Zika Virus. Open Forum Infect Dis 4, S55–S55 (2017). 16. Ribavirin and
interferon-β synergistically
inhibit SARS-associated coronavirus replication in animal and human cell lines.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 326, 905–908 (2005). 17. Trott, O. & Olson,
A. J. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new
scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem. 31,
455– 461 (2010). 18. Meiler, J. & Baker, D. ROSETTALIGAND: protein-small
molecule docking with full sidechain flexibility. Proteins 65, 538–548 (2006). 19.
Davis, I. W. & Baker, D. RosettaLigand docking with full ligand and receptor
flexibility. J. Mol. Biol. 385, 381–392 (2009). 20. Lemmon, G. & Meiler, J.
Rosetta Ligand docking with flexible XML protocols. Methods Mol. Biol. 819,
143–155 (2012). 21. Yoshikawa, N. & Hutchison, G. R. Fast, efficient fragment-
based coordinate generation for Open Babel. J. Cheminform. 11, 1–9 (2019). 22.
Tian, W., Chen, C., Lei, X., Zhao, J. & Liang, J. CASTp 3.0: computed atlas of
surface topography of proteins. Nucleic Acids Res. 46, W363–W367 (2018). 23.
UniProt Consortium. UniProt: a worldwide hub of protein knowledge. Nucleic
Acids Res. 47, D506–D515 (2019). 24. Kirchdoerfer, R. N. & Ward, A. B.
Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors.
Nat. Commun. 10, 2342 (2019). 25. Li, G. & De Clercq, E. Therapeutic options
for the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV).