DNA merupakan asam nukleat yang mengandung materi genetik yang berfungsi untuk

mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler (Yuwono, 2009).
DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa
informasi genetik yang diturunkan kepada jasad keturunannya (Yuwono, 2009). Komponen
satu nukleotida terdiri dari tiga bagian, yaitu gula pentosa (deoksiribosa pada DNA dan ribosa
pada RNA), basa nitrogen, dan gugus fosfat. Basa nitrogen yang menyusun asam nukleat
adalah basa purin (adenine= A, guanine= G) serta basa pirimidin (cytosine= C, thymine= T,
uracil= U). Thymin hanya terdapat pada DNA sedangkan urasil hanya terdapat pada RNA
(Yuwono, 2009).
Karakteristik DNA mitokondria (mtDNA) dapat dijadikan sebagai alat yang signifikan untuk
keperluan analisis. mtDNA mempunyai jumlah copy yang tinggi, meskipun berada dalam sel
yang tidak mengandung inti. Jumlah copy per selnya yaitu sekitar 1000-10000 sehingga
mtDNA mudah diisolasi dan dipurifikasi untuk berbagai keperluan analisis genom. mtDNA
manusia diturunkan secara maternal sehingga setiap individu pada garis keturunan ibu yang
sama akan mempunyai tipe mtDNA yang identik. Variasi pada DNA mitokondria cukup
untuk penanda genetik terhadap sifat-sifat produksi seperti daging dan susu (Lelana et al,
2003).
Prinsip isolasi DNA adalah memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lain. Isolasi
DNA dapat dilakukan dari berbagai sumber, antara lain organ manusia, darah, daun, daging
buah, serangga, kalus, akar batang, daging dan sisik ikan. Pada individu yang sama DNA
yang diperoleh dari berbagai sumber akan memiliki jenis jumlah dan ukuran yang sama.
Isolasi DNA pada organisme eukariot dilakukan melalui proses penghancuran sel (lysis),
pemusnahan protein dan RNA, dan pemurnian DNA. Secara kimiawi, penghancuran sel
dilakukan dengan cara memanfaatkan senyawa kimia seperti lisozim, EDTA (etilen diamin
tetra asetat), dan SDS (sodium dodesil sulfat).
Isolasi DNA dapat juga dilakukan dengan menggunakan mesin kit pemurnian DNA yang
bekerja secara otomatis, singkat dan efisien. Pemurnian DNA dari darah, sel-sel, atau sampel
jaringan. Instrumen ini melakukan pemurnian DNA secara magnetik yang dapat memproses
sampai dengan 16 sampel dalam waktu 30-40 menit. DNA yang telah dimurnikan dapat
digunakan langsung untuk berbagai aplikasi termasuk PCR, restriksi oleh enzim
endonuklease dan elektroforesis gel agarosa.
Polymerase Chain Reacton (PCR) merupakan teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in
vitro. Teknik PCR ini pertama kali dikembangkan oleh Karry Mullis pada tahun 1985. PCR
dapat digunakan untuk mengamplifikasi segmen DNA dalam jumlah jutaan kali hanya dalam
beberapa jam (Rudiretna et al, 2001). PCR adalah suatu teknik yang melibatkan beberapa
tahap yang berulang (siklus) dan dalam setiap siklusnya terjadi duplikasi jumlah target DNA
untai ganda. Untai ganda DNA templat (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi
termal yang kemudian didinginkan hingga mencapai titik suhu tertentu untuk memberi waktu
pada primer menempel (anneal primers) pada daerah tertentu dari target DNA. Polimerase
DNA digunakan untuk memperpanjang primer (extend primers) dengan adanya dNTPs
(dATP, dCTP, dGTP dan dTTP) dan buffer yang sesuai.
Elektroforesis gel adalah suatu teknik yang berdasarkan pada pergerakan molekul bermuatan
dalam media penyanggah matriks stabil dibawah pengaruh medan listrik. Media yang umum
digunakan adalah gel agarosa poliakrilamid. Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk
memisahkan fragmen DNA yang berukuran lebih besar dari 100 pb dan dijalankan secara
horizontal, sedangkan eletroforesis akrilamid dapat memisahkan 1 pb dan dijalankan secara
vertikal. Elektroforesis poliakrilamid biasanya digunakan untuk menentukan urutan DNA
atau sekuensing (Gaffar, 2007).
Larutan DNA yang bermuatan negatif dimasukkan kedalam sumur yang terdapat dalam gel
agarosa dan diletakkan pada kutub negatif, apabila dialiri arus listrik dengan menggunkan
larutan buffer yang sesuai maka DNA akan bergerak ke kutub positif. Laju migrasi DNA
dalam medan listrik berbanding terbalik dengan massa DNA. Migrasi DNA terutama
ditentukan oleh ukuran panjang dan bentuk DNA. Fragmen DNA yang berukuran kecil akan
bermigrasi lebih cepat dibanding yang berukuran besar, sehingga elektroforesis mampu
memisahkan fragmen DNA berdasarkan ukuran panjangnya.