LEMBAR KEGIATAN PADA LKM GENE BANK

A. MENGAMATI
Perhatikanlah gambar di bawah ini!

Gambar 1.2 Tampilan awal situs NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov )

1. Saat ini sains biologi sedang mencapai puncaknya dengan berkembangnya biologi
molekuler. Berbagai materi genetik seperti kromosom, gen, DNA, asam amino
dan protein pada organisme hidup dapat diidentifikasi, dipetakan dan disimpan
dalam Gene bank NCBI (National Centre for Biotechnology Information). Dari
gambar diatas, coba kamu narisikan apa itu gene bank?
Jawab: yaitu teknologi pengumpulan, penyimpanan, analisa, interpretasi,
penyebaran dan aplikasi dari informasi biologi. Dan pada hal ini kita dapat
mengetahui berbagai desain eksperimen untuk mengetahui penyakit manusia
dan pembuatan peta genom. Website ini berintegrasi dalam menggabungkan,
memaparkan, maupun memperbaiki informasi tentang sekuen DNA atau protein
dari suatu organisme.
 2. Coba kamu jelaskan macam-macam tools pada NCBI yang kamu ketahui?
Jawab: A. entrez yaitu sistem pencarian informasi yang melakukan pemetaan,
taksonomi dan data struktural
B. Nucleotide database yaitu suatu koleksi sekuen dari gene bank
C. Aplikasi blast yaitu program untuk pencarian kemiripan sekuen
D. Fasta yaitu alat pencarian kesamaan basis data pertama yg dikembangkan
E. Alligment analysis yaitu data yang serupa yang telah dipublikasikan sebelumnya

B. BERTANYA
Setelah mengamati gambar 1.2, kira- kira pertanyaan apa sajakah yang muncul di pikiran
kamu? Ayo tulislah pertanyaanmu dibawah ini (minimal 2 pertanyaan)
Jawab:
A. Apakah metode gene bank efektif dalam pembelajaran biologi molekuler?
B. Apakah pencapaian yg telah dipelajari sudah tercapai?
C. Banyak sekali kendala dalam pembelajaran gene bank salah satunya adalah internet.
Bagaimana cara kamu untuk mengatasi hal ini?

C. Tabel 2 Metode pada BLAST

Dari percobaan diatas, jelaskan 5 metode BLAST serta fungsinya ke dalam tabel dibawah
ini
 No Metode Fungsi
1
Blastn Membandingkan suatu sekuen nukleotida

2
Blastp Membandingkan suatu sekuen asam amino

3
Blastx Membandingkan produk translasi 6-frame

4
Tblastn Membandingkan suatu sekuen protein dari database

5
Tblastx Membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

D. MENALAR
1. Tuliskanlah tujuan pengamatan dari percobaan di atas!

Untuk menganalisis data serta mengamati dan memperoleh simpulan dari proses kegiatan
tersebut.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

2. Berdasarkan percobaan yang sudah kamu lakukan, bagaimana perbedaan

BLASTn dengan BLASTp?

Perbedaan nya dari segi sekuen yang dimiliki, blastn menggunakan database sekuen
nukleotida sedangkan blastp menggunakan database sekuen dari protein.
………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

………………………………………………………………………………………………………………………………………………..
 3. Hasil BLAST menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian. Pada salah
satu hasil BLAST terdapat nilai E-value. Apakah yang dimaksud dengan nilai E-
value, dan bagaimanakah hubungan antara nilai E-value yang tinggi dan rendah?

………………………………………………………………………………………………………………………………………………..

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

…………………………………………………………………………………………………………………………………………………

………………………………………………………………………………………………………………………………………………..
E. MENGKOMUNIKASIKAN

Karna situasi kuliah online yang tidak memungkinkan mahasiswa untuk berdiskusi dan
mengkomunikasikannya di kelas. Maka simpulkanlah hasil kegiatan Lembar Kerja Gene
Bank yang kamu lakukan!
Jawab: pembelajaran yang dilakukan kuliah online kurang efektif sehingga mahasiswa tidak
terlalu paham bagaimana tujuan yg sebenarnya. Tetapi materi gene bank sudah cukup efektif
untuk mengetahui dan membandingkan dari suatu DNA