Mikrobiologi Lingkungan

Lingkungan terdiri dari ekosistem yang memiliki faktor biotik dan abiotik. Dalam ekosistem ada
organisme asli (indigenous organisms) dan organisme bukan asli (non-inidgenous organisms).
Organisme asli adalah organisme yang keberadaannya dalam suatu ekosistem merupakan
hasil dari proses alamiah, sedangkan organisme bukan asli keberadaannya dalam suatu
ekosistem bukan merupakan hasil dari proses alamiah (asing). Ekosistem mendukung
kehidupan organisme di dalamnya. Seluruh makhluk hidup dalam suatu ekosistem membentuk
komunitas.
Energi dalam ekosistem berputar. Energi tersebut pada awalnya diperoleh dari sinar matahari.
Energi tersebut dialirkan dari organisme produsen ke organisme konsumen. Mikroorganisme
berperan sebagai dekomposer yang memperoleh energi dari organisme lain yang telah mati.
Energi akan terus ada selama masih ada matahari. Walaupun begitu, nutrisi harus terus didaur
ulang dari organisme yang telah mati agar nutrisi tersebut tersedia untuk organisme hidup.
Nutrisi di Bumi didaur melalui beberapa siklus. Siklus-siklus ini juga dikenal dengan siklus
biogeokimia. Siklus biogeokimia meliputi siklus air, siklus karbon, siklus nitrogen, siklus sulfur,
dan siklus biogeokimia lainnya.
Siklus air adalah sebagai berikut:

Siklus karbon adalah sebagai berikut:

Siklus nitrogen adalah sebagai berikut:

Fiksasi nitrogen mereduksi gas nitrogen di atmosfer menjadi amonia. Fiksasi ini dilakukan
mikroorganisme aerob dan anaerob pada tanah, terutama ​Rhizobium.​ Siklus nitrogen
merupakan siklus di mana mikroorganisme memiliki peran penting. Sel ​Rhizobium ​terakumulasi
di sekitar akar tanaman legum, menginvasi sel akar dan menjadi bakteroid. Enzim nitrogenase
pada bakteroid mengkatalis reaksi fiksasi nitrogen. Kemudian terjadi nitrifikasi yaitu konversi
amonia menjadi nitrit dan nitrat dengan bantuan secara berturut-turut ​Nitrosomonas dan
Nitrobacter​. Setelah itu terjadi denitrifikasi yaitu proses nitrat dikonversi menjadi nitrous oksida
dan gas nitrogen.
Siklus Sulfur adalah sebagai berikut:

Reaksi-reaksi pada siklus Sulfur seperti reduksi sulfat, reduksi sulfur, maupun oksidasi sulfur
dibantu oleh bermacam-macam bakteri.
Siklus fosfor adalah sebagai berikut:
Mikroorganisme tanah memiliki peran aktif dalam siklus ini untuk memecah fosfat organik dari
organisme yang telah mati menjadi fosfat anorganik. Kemudian fosfat anorganik akan diubah
menjadi PO4^3- yang dapat diserap tumbuhan dan mikroorganisme sebagai sumber nutrisi.
Mikroorganisme tidak dapat tumbuh dan berkembang di udara, tetapi mikroorganisme dapat
tersebar lewat udara. Hal ini terbukti setelah dilakukan percobaan pada medium nutrisi yang
terpapar udara, terdapat pertumbuhan mikroorganisme. Mikroorganisme di udara dapat
dikendalikan dengan bahan kimia, radiasi, filtrasi, dan aliran udara searah. Tanah merupakan
tempat hidup mikroorganisme. Faktor edafik (kelembapan, pH, kadar oksigen, dan temperatur)
tanah mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme tanah. Mikroorganisme juga
mempengaruhi pembentukan tanah. Mikroorganisme tanah juga dapat berinteraksi negatif
dengan makhluk hidup lain dalam ekosistem jika bersifat patogen. Mikroorganisme juga hidup di
air tawar maupun air laut. Mikroba yang autotrof cenderung hidup dekat permukaan air laut
karena membutuhkan sinar matahari. Eubacteria dan archaebacteria hidup jauh di dasar laut, di
mana kondisi lingkungan ekstrem. Mikroba dalam air dapat menyebabkan polusi air dan dapat
bersifat patogen juga. Air dapat menjadi media penyebaran mikroba patogen. Oleh karena itu,
dilakukan purifikasi air dengan flokulasi, filtrasi, dan klorinasi. Air yang murni adalah air yang
bebas dari komponen luar termasuk mikroba. Uji kemurnian air dirancang untuk mendeteksi
keberadaan bakteri coliform pada air.
Bakteri juga dapat digunakan untuk memperbaiki lingkungan. Salah satunya untuk penanganan
air buangan (​sewage)​ . Bakteri aerob berperan sebagai penghilang materi organik. Pada septic
tank bakteri tanah mendekomposisi komponen terlarut dari air buangan. Selain itu, mikroba juga
dapat dimanfaatkan sebagai agen bioremediasi untuk menghilangkan atau mengurangi
keberadaan senyawa berbahaya atau toksik dengan prinsip menjadikan kontaminan sumber
karbon dan energi bagi mikroba tersebut.
Disiplin mikrobiologi lingkungan diterapkan dalam pertanian pada umumnya untuk penyuburan
tanah dan pengendalian patogen. Keberadaan mikroba tanah mempengaruhi kadar bahan
organik atau C/N ratio tanah tersebut. Selain itu, aktivitas biota lain dalam tanah juga
dipengaruhi oleh mikroba tanah. Tidak hanya pertanian, dalam bidang peternakan disiplin
mikrobiologi lingkungan diterapkan pada umumnya dalam pengendalian patogen dan
pengendalian limbah peternakan. Dalam sektor perikanan, patogen rentan sekali tersebar lewat
air, sehingga dapat menginfeksi ikan dan menyebabkan kerugian. Daur materi penting untuk
menciptakan sistem pertanian terpadu karena semua komponen dalam ekosistem pertanian
memiliki pengaruh terhadap satu sama lain. Materi yang ada dalam suatu sistem harus
melewati daur materi agar sistem tetap seimbang. Mikroorganisme berperan penting dalam hal
ini karena merupakan organisme alami yang dapat dikendalikan baik untuk menunjang daur
materi dalam sistem maupun dikendalikan sebagai pengganggu sistem.