Anda di halaman 1dari 14

LEMBAR TUGAS MANDIRI

Sintesis Asam Nukleat


Genta Raydiska F. (1806199360)
BIOLOGI MOLEKULER – 02
Departemen Teknik Kimia, Fakultas Teknik Universitas Indonesia
Abstrak
Asam nukleat merupakan polimer besar tersusun dari monomer nukleotida dari gugus fosfat,
basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan pirimidin.
Purin utama asam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin,
timin dan urasil. Bentuk asam nukleat yang paling umum dijumpai pada makhluk hidup adalah DNA
dan RNA. DNA dan RNA sebagai pembawa materi genetik dibentuk melalui proses biosintesis.
Berdasarkan asal bahannya, biosintesis asam nukleat dibagi menjadi jalur De Novo dan jalur
Salvage. Sementara untuk menunjukkan tempat pembuatannya, digunakan terminologi in vivo dan
in vitro. Baik sel eukariotik maupun prokariotik memiliki proses biosintesis asam nukleat yang khas.
Walaupun proses replikasi DNA dan replikasi RNA di sel-sel prokariotik memiliki kemiripan proses,
akan tetapi keduanya memiliki perbedaan apabila dikaji secara lebih detail.
Kata Kunci
De Novo, Salvage, nukleotida, Purin, Pirimidin, prokariotik, eukariotik, in Vivo, in Vitro.

BAB I. PEMBUATAN NUKLEOTIDA

Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi dengan unit monomernya
mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan bertugas untuk menyimpan dan
mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensistesis protein
yang khas bagi masing-masing sel. Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya
deoksiribonukleotida, disebut asam deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri atas unit-unit
ribonukleaotida disebut asam ribonukleaotida (RNA).
Asam nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak nukleotida.
Nukleotida mengandung ribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid =
asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Nukleotida mengandung deoksiribosa,
maka asam nukleat yang terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang
merupakan bahan utama pembentukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang
berbeda yaitu 2 purin dan 2 pirimidin. Baik dalam RNA maupun DNA purin selalu adenin dan guanin.
Dalam RNA pirimidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA pirimidin selalu sitosin dan timin.
Baik DNA maupun RNA dalam sel makhluk hidup berupa anion dan pada umumnya terikat
oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan
antara protein dan asam nukleat disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer
seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleotida asam
nukleat bebas adalah ATP yang berfungsi sebagai pembawa energi.
Nukleotida memiliki peranan yang sangat penting untuk banyak fungsi dan kinerja sel yaitu
mencakup membangun informasi genetik, ekspresi gen, metabolisme energi, kode-kode pada
aktivitas sel serta biosintesis. Biosintesis mencakup banyak jenis diantaranya biosintesis
karbohidrat, protein, lemak bahkan asam nukleat. Pada sel, paling banyak ditemukan 5’-
thriphosphates. ATP sebagian besar merupakan nukleotida, banyak ditemukan dalam konsentrasi
mM pada jenis sel yang berbeda meskipun beberapa nukleotida kemungkinan banyak menunjukkan
konsentrasi yang rendah (cAMP).
Biosintesis juga merupakan proses pembentukan asam nukleat baru. Istilah biosintesis dan
biogenesis keduanya berarti pembentukan senyawa alami oleh organisme hidup. Biosintesis juga
diartikan sebagai pembentukan molekul alami dari molekul lain yang kurang rumit strukturnya, atau
suatu proses anabolisme. Proses biosintesis asam nukleat dikelompokkan berdasarkan asal bahan
baku dan lokasi terjadinya.
1
1.1. Berdasarkan asal bahan baku
1.1.1. De novo
secara umum sintesis secara de novo mengarah pada perakitan menyeluruh secara kecil-
kecilan dari struktur yang sederhana menjadi satu struktur hasil yang satu kesatuan. Dalam
konteks asam nukleat struktur sederhana meliputi, gugus gula, gugus amina, gugus – gugus kecil
lainnya dan struktur hasil merupakan basa nukleotida meliputi, adenin, guanin, sitosin, timin dan
urasil.
a. De novo sintesa purin nukleotida
sintesis nukleotida dimulai dengan prekursor metaboliknya: asam amino, ribosa-5-fosfat,
CO2, dan unit satu karbon. Nukleus fosfat yang menyusun purin dan pirimidin berasal dari

PRPP. PRPP berasal dari Ribosa 5 fosfat + ATP. Ribosa 5 fosfat berasal dari HMP shunt.
PRPP ini sendiri akan diubah menjadi fosfo ribosil 1 amin. Dengan enzim amidofosforibosil
transferase dengan bantuan glutamin sebagai pendonor NH3. Lalu melewati 10 rangakaian
reaksi akan membentuk IMP. IMP ini sendiri akan membentuk adenilosuksinat dan xantilat.
Adenilosuksinat akan membentuk AMP sedangkan xantilat akan membentuk GMP.

Pada gambar di bawah ini terlihat struktur purin, nomer yang tertera pada cincin purin,
serta komposisi dan sumber dari pembentuk cincin.

2
N-1 berasal dari Aspartat, C-2 dari 10-Formiltetrahidrofolat (10-FTHF), N-3 dari gugus
amida glutamin, C-4, C-5 dari glisin, C-6 dari CO2, N-7 dari glisin, C-8 dari 10FTHF, N-9 dari
gugus amida glutamin.
Basa purin disintesa dalam bentuk nukleotida, yaitu terikat dengan ribosa 5 fosfat. Mula-
mula ribosa 5 fosfat dengan ATP akan membentuk 5-fosforibosil 1 pirofosfat (PRPP). Enzim
yang mengkatallisa reaksi ini adalah PRPP sintase.

Reaksi ini terjadi dalam banyak jaringan, sebab PRPP mempunyai beberapa fungsi
diantaranya: dalam sintesa nukleotida pirimidin, “salvage pathway” (daur ulang),
pembentukan NAD dan NADP. Enzim ini dipengaruhi oleh di dan trifosfat, 2,3 DP Gliserat,
mungkin untuk membatasi produksi PRPP sesuai dengan kebutuhan yang selanjutnya untuk
menghasilkan produk yang sudah ditetapkan jumlah dan macamnya.
De Novo sintesa purin nukleotida tahapan selanjutnya sangat aktif di sitosol sel hepar,
dimana semua enzim tersedia dalam suatu agregasi (polimer) makromolekuler. Terjadi
pergantian pirofosfat dari PRPP dengan gugus amida dari glutamin, yang menghasilkan 5-
fosforibosilamin. Gugus amino yang terikat pada C-1 Ribosa akan menjadi N-9 dari basa
purin. Enzim yang berperan adalah glutamin-PRPP amidotransferase, suatu enzim regulator
yang menentukan kecepatan reaksi (rate limiting step). Enzim ini dihambat oleh AMP, GMP
atau IMP. Secara sinergism AMP dan GMP, AMP dan IMP dapat juga menghambat enzim
tersebut. PRPP juga berperan dalam pengaturan kecepatan reaksi tahap ini. Kadar PRPP
dapat berfluktuasi, biasanya nilainya di bawah harga Km. Apabila kadar PRPP tinggi maka
hal ini dapat menghilangkan hambatan AMP, GMP atau IMP terhadap glutamin-PRPP
amidotransferase dengan cara melepaskan agregasi enzim (disosiasi polimer). De Novo
sintesa purin nukleotida adalah suatu alur reaksi yang memakai energi (ATP) yang cukup
besar (5 ATP), sehingga harus betul-betul dalam pengontrolan yang ketat.

b. De novo sintesa pirimidin nukleotida

3
Cincin pirimidin berasal dari bicarbonat (C-2), amida dari glutamin (N-3), aspartat (C-4,
C-5, C-6 dan N-1).

Sintesa pirimidin dimulai dengan pembentukan karbamoil fosfat (carbamoyl phosphate)


dari glutamin dan bikarbonat. Reaksi ini memerlukan 2 ATP. Enzim yang mengkatalisa reaksi
ini adalah karbamoil fosfat sintetase II (CPS II). Berbeda dengan CPS I yang lebih
cenderung memakai amonia bebas, CPS II memakai glutamin sebagai sumber N-nya, dan
tidak memerlukan N-Asetilglutamat. Termasuk reaksi di atas (reaksi pertama), ada 6 tahap
reaksi dalam pembentukan nukleotida pirimidin. Reaksinya sebagai berikut : Karbamoilfosfat
berkondensasi dengan aspartat, dengan memakai enzim aspartat transkarbamoilase
(aspartate transcarbamoylase), menghasilkan N-karbamoilaspartat. Kemudian N-
karbamoilaspartat diubah menjadi dihidroorotat. Enzimnya dihidroorotase. Pada manusia
CPS II, asp-transkarbamilase dan dihidroorotase adalah merupakan suatu protein dengan
multifungsi. Oksidasi pada cincin dengan suatu enzim kompleks yang masih belum banyak
diketahui menghasilkan suatu pirimidin bebas, asam orotat (orotic acid). Enzim ini terletak di
permukaan luar membran dalam mitokhondria. Sedangkan enzim-enzim lainnya didapatkan
dalam sitosol.
Asam orotat bereaksi dengan PRPP menjadi orotidin 5‟-monofosfat (OMP). Enzim yang
mengkatalisis reaksi ini adalah orotat fosforibosil transferase (O-PRT). OMP mengalami
dekarboksilase oleh enzim OMP dekarboksilase menjadi uridin 5‟-monofosfat (UMP). OMP
dekarboksilase dan O-PRT juga merupakan suatu protein dengan multi fungsi. Setelah
pembentukan UTP dari UMP, gugus amida dari glutamin ditambahkan dan membentuk
sitidin trifosfat (cytidine three phosphate=CTP).

1.1.2. Salvage

sintesis nukleotida dengan daur ulang dari basa bebas atau nukleosida yg dilepaskan dari
pemecahan asam nukleat. Disini PRPP akan diubah menjadi purin-ribonukleotida. Contohnya
Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi.

a. Salvage nukleotida purin


4
Pemecahan asam nukleat menjadi polinukleotida, yang selanjutnya dipecah menjadi
nukleotida, nukletida dipecah menjadi nuklesida, dan nukleosida akan dipecah
menghasilkan basa purin dan pirimidin. Basa purin dan pirimidin akan mengalami degradasi
atau kembali diubah menjadi nukletida melalui the salvage pathways.

Nukleosida di dalam lumen usus sebagian besar akan diserap masuk ke sel usus.
Kemudian sebagian diteruskan ke dalam hepar. Di dalam sel usus dan hepar nukleosida
akan mengalami katabolisme menjadi asam urat.

Di dalam banyak sel jaringan, nukleosida akan dipecah menjadi basa purin atau
pirimidin, kemudian mengalami “salvage” menjadi nukleotida kembali (lihat di atas). Di sel
tertentu, nukleosida mengalami fosforilasi menjadi ribose 1-fosfat. Ribosa 1fosfat yang
dihasilkan akan diubah menjadi ribosa 5-fosfat. Ribosa 1-fosfat dan ribosa 5fosfat berada
dalam keseimbangan. Ribosa 5-fosfat bisa diubah menjadi PRPP atau mengalami
katabolisme melalui HMP Shunt. Katabolisme purin berakhir menjadi asam urat yang tidak
larut dalam air, dan diekskresi melalui ginjal dalam bentuk garam sodium urat.

Santin (Xanthine) oksidase : pd mammalia adalah enzim ekstra selluler. Mungkin suatu
perubahan bentuk dari santin (xanthine) dehidrogenase (enzim intra selluler)

Sintesa nukleotida purin dari basa purin dan nuikleosida purin dikenal dengan nama
salvage pathways (daur ulang atau daur penyelamatan). Basa purin bebas adenin, guanin,
dan hiposantin dapat diubah kembali menjadi bentuk nukleotida masing-masing. Dua enzim
kunci transferase terlibat dalam daur ini.

b. Salvage nukleotida pirimidin

5
Tipe kedua penyelamatan=daur ulang (salvage pathway) yang terdiri dari dua tahap
merupakan jalur utama salvaging pirimidin. (Tipe pertama : enzim orotat PRT dapat memakai
pirimidin yang lain  nukleosida yang sesuai). Ada enzim uridin fosforilase dan uridin kinase
dan deoksitimidin fosforilase dan timidin kinase yang dapat mendaur ulang (salvage) timin
apabila tersedia dR 1-P.

1.2. Berdasarkan letak pembuatan

1.2.1. In vitro

In vitro berarti sintesis terjadi di luar sel. Beberapa komponen esensial untuk sintesis DNA
in vitro: single-strand DNA, primer untuk menyediakan 3’-OH, DNA polymerase, dan nukleotida
(dipasok sebagai dATP, dTTP, dCTP, dGTP, secara kolektif dikenal sebagai dNTPs). Primernya
berupa molekul pendek (sekitar 20 nukleotida) yang disintesis secara buatan, juga dikenal
sebagai oligonukleotida.

Sintesis DNA in vitro tidak hanya dapat membantu menentukan urutan DNA, tetapi juga
dapat digunakan untuk meningkatkan jumlah DNA dalam sampel. Polymerase chain reaction
(PCR) pada dasarnya adalah replikasi dalam tabung reaksi dengan beberapa siklus. Metode ini
adalah metode paling umum untuk mereplikasi DNA secara in vitro. Metode ini dapat
memproduksi ribuan hingga jutaan kopi DNA dari fragmen DNA yang diinginkan. Hanya sedikit
template DNA yang diperlukan: termasuk dNTPs, sepasang primer yang menguatkan daerah
target pada DNA template, dan DNA polymerase tahan panas, seperti Taq polymerase. Taq
polymerase datang dari Thermus aquaticus, bakteri yang tinggal di ventilasi termal dasar laut.
Termosiklus juga diperlukan. Mesin ini memanaskan sampel melalui berbagai temperatur
berbeda.

Terdapat tiga tahap utama dalam PCR, diantaranya denaturasi, peningkatan primer, dan
pemanjangan untaian (strand). Tiga tahap tersebut terjadi pada tiga temperature yang berbeda.
DNA berbentuk heliks beruntai ganda. Dua untaian terikat oleh ikatan hidrogen. Dari amplifikasi,
DNA beruntai ganda dipisahkan dengan memberikan temperature tinggi. Pada temperature
tinggi, DNA beruntai ganda terdenaturasi menjadi untai tunggal. Kemudian primer dianil dengan
ujung pengapit fragmen DNA yang dituju. Ketika primer dianil dengan DNA, enzim Taq
polymerase menginisiasi sintesis dari untaian baru dengan menambahkan nukleotida yang
komplimen dengan DNA template.

6
1.2.2. In vivo

In vivo berarti sintesis asam nukleat terjadi di dalam sel. Replikasi jenis ini merujuk kepada
proses yang menghasilkan dua kopi identik DNA dari satu molekul DNA. Replikasi merupakan
proses penting pewarisan biologis. Replikasi DNA terjadi pada seluruh makhluk hidup. Genome
sel parental harus selalu direplikasi untuk menyerahkan genom ke sel anak. Replikasi DNA
memiliki tiga tahap utama, yakni inisiasi, elongasi, dan terminasi. Tahap-tahap tersebut dikatalis
oleh enzim yang berbeda-beda. Replikasi DNA dimulai dari tempat yang bernama origin of
replication dalam genom sel. Di dalam genom, DNA ada dalam bentuk untai ganda. Kedua untai
ini dipisahkan saat awal proses replikasi oleh helicase DNA. Dengan menggunakan untai DNA
terpisah sebagai template, DNA polymerase mensistensis untai komplementer baru dari template
dalam arah 5’ ke 3’. Tahap ini disebut elongasi. Terminasi terjadi saat dua garpu replikasi bertemu
satu sama lain pada sisi berlawanan dari kromosom parental.

7
BAB II. REPLIKASI DAN TRANSKRIPSI ASAM NUKLEAT PROKARIOTIK

2.1. Replikasi DNA

Replikasi DNA terjadi dengan dua arah yang berbeda. Satu untai disintesis dengan arah 5’à3’
(untai disintesis secara kontinyu; untai maju) dan satu untai lainnya disintesis dengan arah 3’à5’
(untai disintesis dengan fragmen-fragmen pendek (fragmen okazaki) dengan arah 5’à3’; untai
mundur). Pada untai maju, untai disintesis dengan bantuan DNA pol III. Sedangkan, pada untai
mundur, replikasi dimulai dengan adanya RNA primer yang disintesis oleh DNA primase. Iniasiasi
ini terjadi pada titik oriC dengan membentuk gelembung replikasi. Kemudian RNA primase
mengalami pemanjangan, kemudian dilanjutkan dengan DNA pol III yang menginiasis sintesis DNA
pada ujung bebas 3-OH RNA primer. Kemudian DNA pol I menyingkirkan RNA primer dan
mensintesis DNA untuk mengantikannya, terakhir DNA ligase menyambungkan antar fragmen
dengan mengkatalisis ikatan kovalen. Terdapat beberapa komponen yang bertanggung jawab
pada proses replikasi. Enzim helikase berfungsi untuk membuka untai ganda DNA. Ketika terbuka,
untai DNA dilapisi oleh SSB protein agar tetap terjaga dalam bentuk yang siap direplikasi (tidak
membentuk hairpin). Selain itu, juga terdapat topoisomerase yang berfungsi untuk merusak DNA
dan menggabungkan kembali.

Ciri khas asam nukleat pada sel prokariot adalah bentuk rangkaiannya. Struktur replikasi DNA
prokariot ditunjukkan pada gambar di bawah.

2.2. Transkripsi tRNA dan mRNA

Transkripsi dalam sel prokariotik memiliki empat tahap: pengikatan, inisiasi, elongasi dan
terminasi. Sintesis untai RNA dikatalisis oleh enzim yang disebut RNA polimerase.

Pengikatan RNA polimerase ke urutan promotor adalah langkah pertama dalam transkripsi.
Dalam sel bakteri, hanya ada satu jenis RNA polimerase yang mensintesis semua kelas RNA:
mRNA, tRNA dan rRNA. RNA polimerase ditemukan pada Escherichia coli (E-coli) terdiri dari dua
subunit α dan dua subunit β dan faktor sigma.

Ketika faktor sigma ini mengikat ke urutan promotor DNA mengakibatkan pembukaan untak
DNA heliks ganda, inisiasi berlangsung. Menggunakan salah satu untai DNA sebagai template,
RNA polimerase mensintesis untai RNA yang bergerak di sepanjang untai DNA heliks yang terbuka
sedikit demi sedikit. Untai RNA ini tumbuh dari 5 ‘ke 3’ membentuk hibrida pendek dengan untai
DNA, dan yang disebut elongasi.

8
Pemanjangan ini berhenti dengan transkripsi urutan khusus yang disebut sinyal terminasi.
Pada prokariota, ada dua jenis terminasi, faktor terminasi tergantung dan pemutusan intrinsik.
Faktor terminasi tergantung kebutuhan faktor Rho, dan pemutusan intrinsik terjadi ketika template
berisi urutan kaya GC pendek dekat ujung 3 ‘setelah beberapa basa Urasil. Proses transkripsi pada
sel prokariotik direpresentasikan pada gambar berikut.

9
BAB III. REPLIKASI DAN TRANSKRIPSI ASAM NUKLEAT EUKARIOTIK

3.1. Replikasi DNA

Tidak jauh berbeda dari model replikasi pada sel perokariotik, dalam proses replikasi,
perbanyakan satu molekul asam nukleat sel eukariotik dilakukan dengan menggunakan dirinya
sebagai model cetakan. Menurut pada ahli, ada tiga model replikasi DNA yaitu :

a. Teori konservatif, double helix parental tetap utuh, disampingnya dicetak molekul DNA
baru.

b. Teori semikonservatif, dua pita spiral dari double helix memisahkan diri, tiap pita tunggal
dari double helix parental ini berlaku sebagai cetakan (template) untuk membentuk
pita pasangan yang baru.

c. Teori dispersif, Kedua pita dari double helix parental putus dibeberapa tempat kemudian
dibentuk segmen-segmen DNA baru Selanjutnya potongan-potongan DNA parental dan
DNA baru bersambungan dan menghasilkan dua double helix baru.

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara empiris
bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme secara semikonservatif. Meselson dan
Stahl melakukan eksperimen untuk mengetahui mekanisme replikasi DNA dengan menggunakan
bakteri Escherichia coli. Pertama kali, bakteri E.coli ditumbuhkan dalam medium yang
mengandung nitrogen “berat” yaitu isotop 15N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian
maka molekul DNA induk mempunyai label berupa isotop berat sehingga molekulnya mempunyai
densitas yang lebih tinggi dibanding DNA normal. Sel-sel yang molekul DNA-nya sudah berlabel
tersebut kemudian dipindahkan ke medium baru yang mengandung isotop nitrogen yang “ringan“,
yaitu 14N.

Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut menunjukkan bahwa molekul DNA anakan
terdiri atas satu untai DNA induk dan satu untai DNA hasil sintesis baru sehingga sesuai dengan
model replikasi secara semikonservatif. Hasil eksperimen tersebut kemudian dikonfirmasi lagi
dengan eksperimen kedua. Dalam eksperimen ini, molekul DNA hybrid didenaturasi dengan
pemanasan pada suhu 1000C, kemudian disentrifugasi dalam gradien CsCl. DNA yang sudah
didenaturasi tersebut menghasilkan dua pita DNA yang terdiri atas untai tunggal DNA yang
mengandung 15N dan untai-tunggal DNA yang mengandung 14N. Berdasarkan atas eksperimen
dapat disimpulkan bahwa replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif.

Berangkat dari konsep replikasi yang sudah disepakati, berlanjut ke mekanisme proses yang
lebih spesifik. Proses replikasi genom pada eukariot dapat dibagi kedalam tahapan:
10
a. Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)

Titik awal replikasi dinamakan Ori C, dapat dikenali oleh enzim Dna A yang dihasilkan
oleh gen dnaA (pada E.coli) Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis Ori pada berbagai
organisme, sehingga Satu jenis DNA dari satu organisme belum tentu dapat bereplikasi pada
organisme lain, karena tidak cocok Ori dengan Dna A.

b. Penguraian pilinan heliks ganda :

1. Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang berpasangan,


memisahkan kedua utasan pada heliks ganda

2. Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk heliks


ganda

3. Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam sel.

4. Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim helikase, girase DNA, dan protein SSB
(single strand Binding protein)

Helikase merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan hidrogen


heliks ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal.

c. Girase menghilangkan tegangan superheliks

Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan tegangan


pada superheliks positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif. Girase disusun oleh
2 jenis subunit protein yaitu: subunit A oleh gen gyr A dan Sub unit B oleh gen gyr B

d. Protein SSB melindungi utas tunggal

Kelompok protein khusus menempel dan berasosiasi dengan DNA utas tunggal,
melindungi DNA dari serangan nuklease, yang dapat menghalangi transkripsi.Peran
utamanya: Menstabilkan dan melindungi utas tunggal yang terbentuk selama replikasi DNA,
perbaikan DNA dan rekombinasi.

3.2. Transkripsi tRNA dan mRNA

Transkripsi dalam sel eukariot juga memiliki empat tahap yang sama seperti pada prokariota;
yaitu pengikatan, inisiasi, elongasi dan terminasi. Namun, proses transkripsi lebih rumit dalam sel
eukariotik. Dalam sel eukariotik, tiga jenis RNA polimerase terjadi untuk mengkatalisis sintesis
untai RNA dari template DNA. Polimerase RNA ini dilambangkan sebagai I, II, III, dan berbeda dari
lokasi dan jenis RNA yang mensintesis mereka. Polimerase ini kemudian mengikat promotor DNA

11
dengan bantuan faktor transkripsi. Pembukaan heliks DNA menjadi untai tunggal, RNA polimerase
mensintesis untai RNA.

Setelah RNA polimerase telah dibatasi dengan urutan promoter DNA mengakibatkan
pembukaan heliks ganda DNA, inisiasi berlangsung. RNA polimerase mensintesis untai RNA
bergerak di sepanjang untai heliks DNA yang terbuka. Untai RNA ini tumbuh dari 5 ‘ke 3’
membentuk hibrida pendek dengan untai DNA dan yang disebut elongasi. Pemanjangan ini
berhenti dengan transkripsi urutan khusus yang disebut sinyal terminasi. Pemutusan dikendalikan
oleh berbagai sinyal yang berbeda dengan enzim yang terlibat.

Transkripsi eukariotik lebih kompleks dari transkripsi prokariotik dan terjadi di dalam nukleus.
Tidak seperti prokariota, eukariota mengandung lima jenis RNA polimerase sesuai dengan
kebutuhan transkripsi dan mengandung 10-17 subunit.

Misalnya, RNA polimerase I menuliskan mRNA besar dan RNA polimerase II menuliskan
snRNA, snoRNA, dan Mirna, dll. Kelima enzim yang ditemukan berbeda dalam organisme,
misalnya, RNA polimerase IV dan V hadir hanya pada tanaman.

Pertama-tama, DNA melepaskan dari protein histon dan terurai di dekat wilayah promotor.
RNA polimerase dan faktor transkripsi lainnya termasuk enhancer akan terikat pada daerah
promoter.

Transkripsi dimulai di lokasi inisiasi transkripsi dan naik ke sinyal terminasi transkripsi. Tidak
seperti prokariota, transkrip ini sangat panjang dan melewati proses yang luas. mRNA yang baru
terbentuk disebut pre-mRNA.

Ini diproses dengan memotong non-coding, dan daerah coding akan bergabung kembali
bersama-sama. Ini disebut mRNA matang, dan siap untuk diterjemahkan. Ini adalah proses
lengkap transkripsi.

12
KESIMPULAN

Walaupun secara garis besar tahapan replikasi DNA dan transkripsi RNA pada sel eukariotik
adalah sama, terdapat beberapa perbedaan yang disebabkan oleh perbedaan struktur antara
keduanya.
Aspek Prokariotik Eukariotik
Terus-menerus selama siklus Hanya sebagian kecil pada siklus
Replikasi DNA
sel sel (fase S)
Titik Ori dan Replicon Tunggal Lebih dari satu
Panjang RNA primer dan Lebih panjang (1000-2000 Lebih pendek (100-200
fragmen okazaki nukleotida panjang) nukleotida panjang)
RNA pol yang terlibat
pada masing-masing DNA pol 1 jenis 3 DNA pol berbeda
replisom
Lokasi Sitoplasma Nukleus
Zat yang menginisiasi DnaA protein dan DnaB Protein multisubunit
Satu titik di setiap molekul DNA Beberapa titik secara simultan di
Titik replikasi pada DNA
prokariotik setiap kromosom
Terdapat dua cabang di setiap Sejumlah cabang terbentuk
Cabang replikasi kromosom prokariotik, replikasi secara bersamaan di setiap DNA
DNA dua arah replikasi
Sangat cepat, ditambahkan Lebih lambat, ditambahkan
Kecepatan replikasi
sekitar 2000 nukleotida per detik sekitar 100 nukleotida per detik
Tabel perbedaan replikasi DNA sel prokariot dan eukariot

Aspek Prokariotik Eukariotik


RNA polimerasi II memiliki dua
Promotor Tidak terdapat perbedaan bagian promotor: promotor inti
dan promotor peraturan
Jenis RNA polimerasi Tidak berbeda dengan bakteri Bervariasi: RNA polimerasi I, II, III
Lokasi Sitoplasma sel Nukleus
Transkripsi dan translasi terjadi di
Proses Simultan
ruang dan waktu yang berbeda
mRNA ditranskripsi langsung mRNA terbentuk dari molekul
Cetakan mRNA
dari molekul DNA pra-mRNA
Tiga polymerase RNA memiliki
Terminator Rho-dependent dan
Terminator transkripsi mekanisme terminasi yang
terminator Rho-independen
berbeda
Faktor pengikat RNA
Faktor sigma Faktor transkripsi
polimerase
Tabel perbedaan transkripsi RNA sel prokariot dan eukariot

13
REFERENSI

Nelson, D., Cox, M. and Lehninger, A. (2017). Lehninger, principles of biochemistry. Basingstoke:
Macmillan Higher Education.
Snustad, D.P. dan Simmons, M. J. 2012. Principle of Genetics 6 th Ed. Amerika Serikat: John Wiley
& Sons, Inc.
Yanti (2019). Tiga Model Replikasi DNA. [online] sridianti.com. Available at:
https://www.sridianti.com/tiga-model-replikasi-dna.html [Accessed 15 Feb. 2020].
Dever, T., Kinzy, T. and Pavitt, G. (2016). Mechanism and Regulation of ProteinSynthesis in
Saccharomyces cerevisiae. Genetics, [online] 203, pp.65-107. Available at:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27183566 [Accessed 15 Feb. 2020].
Lodish, H. (2003). Molecular cell biology. 5th ed. Pearson Education Limited
Kuswandi, Paramita. 2006. Replikasi DNA (Introduction Procaryot)
Natsumeda Y., Ikegami T., Olah E., Weber G. 1989. Significance of purine salvage in
circumventing the action of antimetabolites in rat hepatoma cells. Laboratory for
Experimental Oncology, Indiana University School of Medicine, Indianapolis 46223.
Ncbi.

14