OLEH :
KELOMPOK II
BAHTIAR DONDO
DEVITASARI W.S MATAIYA
FRANSISKA RADJAK
CITRA NINGRUM YASIN
RIMLAWATY PODUNGGE
MOHAMAD RENDI PAYUHI
JURUSAN BIOLOGI
PENDIDIKAN BIOLOGI
KATA PENGANTAR
Puji dan syukur Kami pajatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa, atas
selesainya makalah yang berjudul “ Transposable Elements”.
Kelompok II
i
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR...........................................................................................i
DAFTAR ISI……………………………………………………………………..ii
BAB I PENDAHULUAN
3.1 Kesimpulan…………...….…………………….……..………….......18
3.2 Saran…………...……………………………………………..…...…18
DAFTAR PUSTAKA
ii
BAB I
PENDAHULUAN
1
5. Untuk mengetahui Bagaimanakah Elements Transposable pada Jagung
6. Untuk mengetahui Bagaimanakah Elements Transposable Drosophilia
2
BAB II
PEMBAHASAN
3
2.2 Mekanisme Perpindahan
Berdasarkan mekanisme perpindahan, digolongkan menjadi tiga, yaitu:
1. Transposon potong-tempel
Transposisinya dilakukan dengan memotong dan menempel dari
suatu lokus dalam kromosom ke lokus kromosom yang lain. Transposon
potong-tempel (cut-and-paste transposon) dapat berpindah dari satu lokus
ke lokus lain dengan cara dipotong dari satu lokus pada kromosom dan
ditempelkan pada lokus lain yang dapat terletak pada kromosom yang
berbeda (Yuwono, 2005).
2. Transposon Replikatif
Transposisinya melalui proses replikasi elemen DNA yang
melibatkan enzim transposase untuk proses interaksi dengan sisi tempat
penyisipan tranposon. Transposon replikatif (replicative transposon)
mengalami transposisi dengan melibatkan proses replikasi elemen DNA
transposon. Enzim transposase yang dikode oleh elemen genetik tersebut
berperan di dalam proses interaksi dengan sisi tempat penyisipan
transposon. Dalam interaksi tersebut, elemen DNA transposon direplikasi
dan salah satu turunan (copy) disisipkan pada sisi baru, sedangkan elemen
DNA aslinya tetap berada di sisi semula (Yuwono, 2005).
3. Retrotransposon
Transposisinya dengan cara pengubahan berupa RNA menjadi
DNA. Pengubahan ini dikatalisis oleh enzim transkiptase balik.
Transposisi ini berkaitan dengan retrovirus. Retrotransposon dibagi
menjadi 3 kelas :
a. Viral, mengkode reverse transkriptase dan memiliki LTR.
b. LINEs (long interspersed nuclear elements), mengkode reverse
transkriptase, dengan sedikit LTRs dan ditranskrip oleh RNA
polymerase II
c. Superfamily nonviral, tidak mengkode reverse transkiptase dan
ditranskrip oleh RNA polymerase III.
4
Percobaan McClintock juga menunjukkan adanya elemen DS dan AC.
Dimana DS merupakan alel yang mengalami kerusakan pada suatu kromosom.
DS ini tidak dapat aktif dengan sendirinya (nonautonom) sehingga perlu
adanya pemicu yakni AC yang dapat aktif dengan sendirinya (autonom).
Sehingga dalam proses ini ada hubungan atau kerja sama antara DS dan AC.
McClintok yang berpendapat jika AC dan DS berada didekat sebuah gen,
maka gen itu akan kehilangan fungsinya. Oleh McClintock kedua elemen
genetik ini disebut sebagai elemen pengontrol.
Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusunan kembali
(rearrangement) genom suatu jasad. Hal ini dapat terjadi, misalnya karena ada
dua duplikat (copy) transposon yang sama pada lokasi kromosom yang
berbeda sehingga dapat menyebabkan terjadinya rekombinasi antarduplikat
transposon tersebut. Rekombinasi semacam itu dapat membawa implikasi
terjadinya delesi, penyisipan, inversi, atau translokasi. Transposisi mempunyai
peranan dalam proses evolusi beberapa plasmid bakteri. Sebagai contoh,
integrasi plasmid F yang berasal dari E. coli ke dalam kromosom bakteri
seringkali terjadi melalui proses rekombinasi antara suatu transposon yang ada
di dalam plasmid dengan transposon yang homolog di dalam kromosom
bakteri (Yuwono, 2005).
2.3 Elements Transposable pada Prokariotik
Elemen genetik ini dikelompokkan berdasarkan kemampuannya untuk
menyisip sebagai segmen DNA baru pada lokasi genom secara acak.
Kemampuan elemen ini untuk mengubah urutan , ditemukan sebagai sebagai
sifat alami pada kromosom prokariot, plasmid dan genom bakteriofaga. Tiga
kelompok besar elemen yang berkemampuan mengubah urutan DNA yaitu:
1. Insertion sequences (IS)
Elemen IS merupakan sekuens tunggal dengan urutan basa
yang sama atau hampir sama pada masing-masing ujungnya. Saat
elemen IS menyisip pada kromosom atau plasmid, elemen ini
membuat duplikasi sekuens DNA pada tapak yang diinsersi. Duplikasi
ini ditempatkan pada masing-masing sisi elemen IS. Sekuens DNA
5
yang diduplikasi ini dikenal dengan target site duplication(Nusantari,
2014).
6
Elemen IS merupakan elemen yang terorganisasi secara kompak,
biasanya merupakan urutan sandi tunggal dengan urutan yang sama atau
hampir sama dan pendek pada kedua ujungnya. Ujung urutan ini disebut
inverted terminal repeat yang panjangnya berkisar antara 9 sampai 40
pasang nukleotida. Ketika elemen IS masuk ke dalam kromosom atau
plasmid, elemen ini membuat duplikat dari urutan DNA pada lokasi
insersi. Hasil pengkopian dari duplikasi terletak pada masing-masing sisi
dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi lokasi target. Elemen IS
kemudian memediasi integrasi episome ke dalam kromosom bakteri.
Gambar 2. Mekanisme Is
2. Transposon Komposit (Tn)
Tipe ini merupakan jenis transposon yang membawa penanda
genetic tertentu, misalnya ketahanan terhadap antibiotic. Transposon jenis
potong-tempel ini tersusun atas dua dupliakat elemen IS yng identik/
hampir identik yang mengapit bagian sentral. Bagian sentral ini
merupakan segmen DNA penanda genetic tertentu. Nukleotida pada
elemen pada Tn bisa nukleotida berulang (contohnya pada Tn99 yang IS
pengapitnya identik) atau nukleotida berulang balik (contohnya pada Tn5
dan Tn10 yang orientasi elemen ISnya berkebalikan).
Perpindahan transposon komposit diatur dalam system tertentu.
William Reznikof menunjukkan bahwa tranposon yang ada pada
kromosom sel bakteri mensisntesis suatu reseptor yang menghambat
proses transposisi transposon dari luar.
7
Tansposon gabungan terbentuk ketika dua elemen IS saling
menginsersi. Urutan ini dapat diubah oleh kerja sama dari elemen yang
mengapitnya. Sebagai contoh, pada Tn9, elemen IS yang mengapit
langsung berorientasi dengan yang lainnya sedangkan Tn5 dan Tn10
berorientasi terbalik. Masing-masing transposon gabungan ini membawa
gen yang resistan terhadap antibiotik. Tn9 resistan terhadap
chloraphenicol, Tn5 resistan terhadap kanamycin dan Tn10 resistan
terhadap tetracycline. Hal ini menunjukkan bahwa kadang elemen IS
pengapit pada transposon gabungan tidak identik. Pada Tn5, elemen yang
terletak di bagian kiri yaitu IS50L, tidak mampu untuk menstimulasi
transposisi. Namun elemen yang berada di bagian kanan yaitu IS50R
mampu melakukannya. Perbedaan ini akibat adanya perubahan pasangan
nukleotida tunggal yang menghalangi IS50L untuk mensintesis faktor
transposisi yang penting. Faktor tersebut adalah protein bernama
transposase yang disintesis oleh IS50R.
8
membentuk sambungan pada cointegrate. Setelah itu memasuki tahap
kedua yaitu pemutusan mediasi rekombinasi pada lokasi Tn3 oleh
pengkode tnpR. Dari proses ini menyebabkan terbentuknya dua molekul
yang merupakan hasil kopian dari trasnposons. Pada tahapan ini muncul
urutan Tn3 yang disebut dengan res. Adanya pengikatan represor pada
daerah res menyebabkan transkripsi gen tnpA dan tnpR ditekan sehingga
elemen Tn3 cenderung bersifat tidak mobil.
9
transposisi terjadi melalui dua cara, yaitu replikatif dan konservatif
(nonreplikatif) (Yuwono, 2005).
Transposisi secara replikatif akan dibentuk duplikat elemen
transposon pada tempat yang baru dan satu duplikat transposon pada
tempat yang lama. Sedangkan, transposisi secara konservatif tidak terjadi
replikasi sehingga disebut nonreplikatif, transposisi terjadi dengan cara
pemotongan elemen transposon dari kromosom atau plasmid dan
transposon tersebut kemudian diintegrasikan ke tempat yang baru
(Yuwono, 2005).
Transposisi secara replikatif ada dua model antara dua plasmid,
yaitu model simetris (model Shapiro) dan model asimetris. Model
tranpososisi secara simetris, yaitu tranpososisi terjadi melalui
pembentukan elemen genetik lingkar yang merupakan gabungan antara
kedua plasmid (cointegrate) dan mengandung dua duplikat tranpososon
dengan orientasi yang sama. Cointegrate tersebut kemudian akan diuraikan
lebih lanjut sehingga akan dihasilkan dua elemen plasmid baru yang
masing-masing akan mengandung satu tranpososon. Dalam model ini,
pembentukan cointegrate merupakan suatu keharusan. Sebaliknya,
menurut asimetris, pembentukan cointegrate tidak merupakan keharusan
namun hanya merupakan salah satu kemungkinan hasil antara yang dapat
terjadi. Tranpososisi secara replikatif tersebut dapat terjadi misalnya pada
bakteriofag Mu dan Tn3 (Yuwono, 2005).
2.4 Elements Transposable pada Eukariotik
Sel eukariot yang sudah terbukti memiliki elemen transposabel adalah
yeast, jagung dan Drosophila.
10
Gambar 5. Perbandingan element Ty dan Retrovirus
11
Gambar 6. Mekanisme Elemen TY pada Yeast
12
Elemen Ac dan Ds
13
autonom sedangkan dSpm adalah elemen nonautonom. Elemen Spm
memiliki 8287 pasang nukleotida, termasuk 13 pasang nukleotida
inverted terminal repeats. Ketika elemen ini menyisip pada
kromosom, akan dibentuk 3 pasang nukleotida target site dupli-
cation. Elemen dSpm berukuran lebih kecil dari Spm karena sebagian
sekuens DNA mengalami delesi. Delesi ini akan mengganggu fungsi
gen karena gen yang terdelesi pada dSpm adalah gen pengkode
transposase sehingga elemen dSpm ini tidak dapat mengatur
pergerakannya sendiri. Elemen Spm memiliki fungsi sebagai
suppressor fungsi gen apabila berinteraksi dengan dSpm pada salah
satu posisi dalam genom. Sebagai contoh, ketika dSpm menyisip pada
salah satu gen yang mengontrol pigmentasi pada biji jagung, berakibat
mengganggu ekspresi gen pembentukan pigmen tetapi tidak
sepenuhnya terhambat. Ketika elemen Spm masuk ke dalam genom
tersebut, maka ekspresi pigmentasi benar-benar terhambat. Hal ini
karena penyisipan Spm dapat menginduksi pelepasan elemen dSpm.
14
Gambar 11. Spm dan dSpm
15
Gambar 12. Retrotransposon
16
segregasi kromosom, dan dampak yang lebih fatal adalah kesalahan
perkembangan gonad. Kondisi ini dapat menyebabkan sterilitas.
Seluruh turunan yang dihasilkan dari persilangan jantan cytotype P
dengan betina cytotype M memiliki kelainan tersebut, akan tetapi
kondisi semua keturunan tersebut tampak sehat. Hal ini terjadi karena
pergerakan elemen P hanya pada sel-sel kelamin sedangkan pada sel-
sel tubuh elemen P tidak melakukan transposisi, karena gen
transposase yang mengatur pergerakan elemen P tidak dapat terekspresi
pada sel-sel tubuh.
17
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
3.2 Saran
18
DAFTAR PUSTAKA
19