Metode LBDD ini akan menganalisis bagian-bagian penting dari sebuah senyawa

yang diprediksi memiliki sifat kimia tertentu sehingga dapat berinteraksi dengan reseptor.
Pada pembuatan obat dengan metode LBDD, ada dua metode yang juga digunakan. Dua
metode tersebut adalah HKSA dan Pharmacophore.
Metode HKSA (Hubungan Kuantitaif Struktur Aktivitas) bekerja dengan mencari
hubungan antara struktur dan aktivitas dari berbagai senyawa. Struktur khusus yang dimiliki
bisa melakukan aktivitas khusus seperti bereaksi dengan reseptor sehingga mampu digunakan
sebagai kompetitor bagi sebuah target penyakit. HKSA bertujuan untuk menghubungkan
struktur molekul dengan aktivitas atau sifat biologi yang menggunakan metode statistik.
1 Syarat yang dilakukan untuk HKSA
HKSA dilakukan untuk senyawa yang sudah diketahui khasiatnya tetapi aktivitasnya
masih relatife rendah sehingga perlu dilakukan modifikasi untuk mendapatkan senyawa
turunan yang baru yang mempunyai aktivitas yang lebih baik .
2 Tahapan yang dilakukan sebelum analisis HKSA :
Sediakan data senyawa turunan yang telah diketahui aktivitasnya. Kemudian data
tersebut dibagi menjadi 2 kelompok yaitu senyawa fitting (senyawa untuk membuat
model persamaan HKSA) dan senyawa uji (senyawa untuk menguji validasi model
persamaan HKSA yang diperoleh.
3 Pendekatan HKSA
Ada dua model pendekatan HKSA yaitu
a. Model pendekatan HKSA Free – Wilson (De Nofo)
Hubungan struktur dan aktivitas biologis obat, yang dinamakan model de novo atau
model matematik free-Wilson. Mereka mengemukakan bahwa respon biologis
merupakan sumbangan aktivitas dari gugus-gugus subtituen terhadap aktivitas
biologis senyawa induk
Keuntungan :
 Dapat dikerjakan dengan cepat, sederhana dan murah
 Tidak diperlukan pengetahuan tetang tetapan substituent σ,π dan Es
 Efektif jika uji aktifitas biologis lebih lambat dibanding sintesis senyawa turunan
Kekurangan :
 Menghasilkan persamaan yang hanya dapat memprediksi turunan baru dalam
jumlah terbatas
  Tidak dapat digunakan untuk memprediksi gugus lain yang berbeda dari jenis
gugus yang digunakan dalam analisis
 Jumlah parameter akan lebih besar daripada jumlah senyawa, shg secara statistic
tidak akan signifikan
b. Model pendekatan HKSA LFER Hanch
 Hubungan struktur kimia dengan aktivitas biologis (Log 1/C) suatu turunan
senyawa dapat dinyatakan secara kuantitatif melalui parameter sifat kimia fisika
dari subtituen yaitu parameter hidrofobik, elektronik dan sterik. Model
pendekatan ini disebut model hubungan energi bebas linier
 Pendekatan HKSA Hanch dinyatakan melalui persamaan regresi linear:
Log 1/C = a∑ π + b ∑ σ+ c ∑ Es + d

 C = kadar untuk respon  Log 1/C= a (log P)2+

biologis baku b log P + C
 ∑ π , ∑ σ dan ∑ Es =  Jika p kecil,
sumbangan sifat-sifat lipofilik, persamaan didominasi
elektronik, dan setrik dari gugus oleh log P
terhadap sifat senyawa induk
yang dapat mempengaruhi
ktivitas biologis
 A, b, c dan d= bilangan  Jika P besar, log P
(tetap) yg didapat dari kuadrat mendominasi
perhitungan analisis regreasi maka aktivitasnya
linea menurun
Sebagaimana terlihat, koefisien partisi (dihitung dengan nilai log P )
merupakan pertimbangan penting dalam desain obat. Untuk menjadi sukses selama
fase farmakokinetik aksi obat, molekul obat harus menunjukkan kombinasi yang
tepat darikelarutan lipid dan kelarutan air. Properti ini adalah yang terbaik diwakili
oleh nilai log P. Jika nilai log P terlalu rendah, senyawa itu terlalu larut dalam air
dan dengan demikian akan mampu menembus hambatan lipid dan akan dikeluarkan
terlalu cepat, jika nilailog P terlalu tinggi, senyawa lipid yang terlalu larut dan akan
tidak diinginkan diasingkan di lapisan lemak. Mampu memprediksi sifat-sifat
kelarutan adalah penting untuk proses desain obat. Oleh karena itu, mampu
 menentukan, menghitung, atau memprediksi nilai log p P sangat diinginkan untuk
desainer obat.
4 Softwere HKSA
a. Hyperchem 7.0 untuk melakukan pemodelan molekul senyawa
b. Perangkat lunak SPSS untuk analisis persamaan HKSA.
5 Jenis –jenis HKSA
a. HKSA 1D (1 Dimensi) yaitu menghubungkan aktivitas senyawa dengan sifat molekul
global/umum seperti berat molekul, pKa, logP dan reaktivitas molar (parameter yang
berhubungan dengan sifat molekul secara kesuluruhan, bukan berdasarkan sumbangan
substituennya.
b. HKSA 2D (2 Dimensi) yaitu menghubungkan aktivitas senyawa dengan pola struktur
molekul seperti ikatan kimia, indeks konektivitas, tanpa memperhitungkan
stereokimia senyawa. HKSA 2D terdiri dari :
 Analisis Free Wilson yang membangun model matematis yang menghubungkan
ada atau tidak adanya substituent tertentu dengan aktivitas biologis (setiap
substituent menyumbang pada aktivitas biologis senyawa)
 Analisis Hansch yang membangun model HKSA yang menghubungkan
descriptor terkait dengan sifat atom, gugus atau molekul seperti lipofislisitas,
kebolehpolaran (polarizability), sifat elektronik dan sifat sterik dengan aktivitas
biologis senyawa.
c. HKSA 3D (3 Dimensi) yaitu menghubungakan aktivitas senyawa dengan medan
interaksi non kovalen yang mengelilingi molekul. HKSA 3D terkait dengan
konformasi senyawa, yang tetrdiri dari Comparative Molecular Field Analysis
(CoMFA) atau analisis medan molekul komparatif dan Comparative Molecular
Similarity Indices Analysis (CoMSIA) atau analisis indeks kemiripan molekul
komparatif.
6 Data yang dibutuhkan untuk membangun HKSA / Dasar-dasar
a. Penyiapan sekumpulan data set yang telah diketahui aktivitas biologisnya dengan
struktur kimia dan dan aktivitas yang mirip
b. Pemilihan molecular descriptor yang paling tepat yang mampu menggambarkan
informasi tentang struktur yang akan diteliti
c. Metode matematika untuk menentukan hubungan antara aktivitas suatu molekul
dengan strukturnya
 Metode farmakofor merupakan sekumpulan fitur struktur dalam molekul yang
dikenali pada suatu sisi reseptor dan bertanggung jawab pada aktifitas bilogis senyawa.
Bagian yang dianggap memiliki peran dalam interaksi ini harus memiliki beberapa kesamaan
dengan reseptor, sifat fisikokimia, seperti sifat elektronik, hidrofobik.
1 Syarat- syarat Pharmacophore
Syarat digunakan pada model famakofor yaitu menggunakan senyawa yang mana
mekanisme kerjanya sudah diketahui sehingga merupakan dasar perancangan suatu obat.
Misalnya, modifikasi dari struktur kimia tersebut sehingga menimbulkan efek terapeutik
yang lebih besar dan efek samping yang minimal daripada obat sebelumnya.
2 Tahapan atau proses Pharmacophore
 Mencari model konformasi untuk setiap molekul-molekulnya dalam satu set molekul
(training set)
 Setiap konfomer yang dihasilkan dievaluasi untuk menghasilkan fitur kimia
 Konfigurasi 3D dari fitur-fitur kimia dari suatu molekul ditentukan.
3 Validasi Pharmacophore
Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang
diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini
hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai
molekul.
4 Pendekatan Pharmacophore
Docking Molekuler : Pendekatan yang digunakan adalah semi rigid, dimana struktur
protein dibuat rigid sedangkan ligan fleksibel. Metode pendekatan ini akan memberikan
kemungkinan interaksi dalam berbagai konformasi ligan sehingga memungkinkan untuk
mendapatkan hasil yang terbaik. Jumlah bentuk konformasi yang memungkinkan sesuai
dengan banyaknya ikatan rotatabel yang ada (Patrick 2009). Tahapan prosedur docking
terdiri dari tiga langkah, yaitu preparasi ligan, preparasi protein dan simulasi docking.
5 Softwere Pharmacophore
Beberapa program yang dapat digunakan untuk pemodelan pharmacophore
 Discovery studio
 PHASE
 LiganScound
 MOE (Molekuer Operating Environment)
  DISCO dan GASP (Genetic Algorithm Superposition Program), untuk identifikasi
farmakofor
 Program ChemOffice 2010 dan ChemDraw Ultra 12.0 untuk menggambar struktur
2D dan mengonversinya menjadi struktur 3D.
 Program LigandScout 4.0 (Wolber and Inte:Ligand GmbH) untuk melakukan
pemodelan farmakofor.
 Program AutoDock 4.2.6 dan AutoDockTools 1.5.6 untuk melakukan simulasi
penambatan molekular.
 Program BIOVIA Discovery Studio 2017 untuk memvisualisasikan kompleks pdb,
ikatan antara ligan dengan human estrogen receptor (hER)-α, optimasi geometri,
dan overlay pada proses validasi.
 Program AMBER 14 (University of California, San Francisco untuk melakukan
simulasi dinamika molekular
6 Data yang diperlukan untuk membangun farmakofor modeling
a. Berbasis struktur
Adanya struktur protein dengan ligan atau inhibitornya
b. Berbasis ligan
Tanpa melibatkan struktur protein target dilakukan dengan superposing
(penghimpitan) sejumlah senyawa aktif dan megambil fitur biologis dibutuhkan