Anda di halaman 1dari 11

LAPORAN GENETIKA

ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

Biologi rombel 2 2017

Kelompok 6

Nama Anggota Kelompok :

1. Yoga Hardiyanto (4411417040)


2. Dian Oktaviani (4411417050)
3. Isnaeni Nur Khasanah (4411417062)

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERTAS NEGERI SEMARANG
2019
KEGIATAN 10
ISOLASI DNA METODE KITCHEN PREPARATION

A. TANGGAL PRAKTIKUM : 3 MEI 2019

B. TUJUAN
1. Melakukan isolasi DNA melalui metode kitchen preparation
2. Mengetahui wujud / profil DNA

C. LANDASAN TEORI
Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat
herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik
(DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA
dapat diisolasi, baik dari sel hewan, manusia, maupun pada tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma darah,
globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas
(oksigen, nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit (sel
darah merah), leukosit (sel darah putih) dan trombosit (platelet). Komponen darah
yang diisolasi yaitu sel darah putih. Sel darah putih dijadikan pilihan karena
memiliki nukleus, dimana terdapat DNA di dalamnya. (Faatih, 2009)
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan
komponenkomponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan
pasangan basa. Pasangan basa pada DNA terdiri atas dua macam, yaitu basa purin
dan pirimidin. Basa purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G) yang memiliki
struktur cincinganda, sedangkan basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T)
yang memiliki struktur cincin-tunggal. Ketika guanin berikatan dengan sitosin,
maka akan terbentuk tiga ikatan hidrogen, sedangkan ketika adenin berikatan
dengan timin maka hanya akan terbentuk dua ikatan hidrogen. Satu komponen
pembangun (building block) DNA terdiri atas satu gula pentosa, satu gugus fosfat
dan satu gula deoksiribosa. (Morihito dkk., 2017)
Isolasi DNA genom merupakan langkah awal dan sangat menentukan dalam
studi genetika dan molekuler suatu spesies. Proses tersebut membutuhkan preparasi
sampel untuk mendapatkan DNA dengan kualitas yang baik karena akan digunakan
untuk berbagai analisis molekuler maupun manipulasi genetik. Analisis genom
dilakukan untuk berbagai sampel dan untuk tiap sampel dibutuhkan optimasi agar
diperoleh DNA yang baik dalam jumlah besar. Isolasi atau pengambilan DNA dari
makhluk hidup terbagi atas beberapa tahapan yaitu penghancuran sel, penghilangan
RNA dan protein serta pemurnian dan pengendapan DNA (Ferniah dan Pujiyanto,
2013)
Prinsip isolasi DNA adalah mendapatkan DNA murni yang tidak tercampur
dengan komponen sel lainnya seperti protein dan karbohidrat.Isolasi DNA genom
dapat dilakukan dengan metode lisis sel secara fisik dan kimia. Secara fisik sel
dipecah dengan kekuatan mekanik yaitu secara freeze thaw, bead mill
homogenization dan resonansi misalnya dengan sonikasi. Sedangkan secara kimia
sel dirusak dengan buffer lisis berisi senyawa kimia yang dapat merusak integritas
barrier dinding sel, misalnya SDS (Sodium Dedocyl Sulfate) dan CTAB
(Cetyltrimethylammonium bromide) (Murtiyaningsih, 2017)
Ekstraksi dan pemurnian DNA pada dasarnya merupakan serangkaian
proses pemisahan DNA dari komponen-komponen sel lainnya. Ekstraksi untuk
memperoleh DNA yang berkualitas tinggi merupakan kaidah dasar yang harus
dipenuhi dalam analisis molekuler dan merupakan salah satu faktor keberhasilan
dalam amplifikasi DNA yang akan digunakan dalam analisis karakter genetika.
(Hasrida dkk., 2016)
Isolasi DNA secara tradisional merupakan proses isolasi sederhana dengan
menggunakan bahan-bahan yang ada disekitar seperti detergent, garam, ekstrak
pepaya dan ethanol yang sangat mudah untuk mendapatkannya serta tidak
memerlukan biaya yang besar. (Mardiyyaningsih, 2013) Isolasi ini juga tidak
memerlukan suatu protokol yang sangat rumit dengan tahapan pertama yaitu
ekstraksi dan pelisisan secara mekanik melalui penggerusan menggunakan mortar
dan pistil dan secara kimiawi dengan menambahkan detergent dan garam. Detergen
dapat melisiskan dinding sel sebagai langkah pertama dalam ekstraksi DNA
(Štefúnová et al., 2013).
Detergen dapat mengeluarkan DNA yang ada di dalam organel sel yaitu
mitokondria, nukleus, kloroplas dan memisahkannya dengan partikel lain yang
tidak diinginkan. Detergen dapat merusak membran dan dinding sel melalui ikatan
yang dibentuk pada sisi hidrofobik (non polar) detergent dengan protein dan lipid
pada membran sel (hidrofobk dan hidrofilik) yang membentuk senyawa lipid-
protein-detergent kompleks. (Mardiyyaningsih, 2013).
Garam mengandung ion Na+ mampu membentuk ikatan dengan kutub
negatif pada ikatan fosfat DNA. Dimana saat ion Na + garam berikatan dengan
fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. (Hapsari, 2015)
Penambahan etanol atau alkohol 96% dingin supaya saat terjadi presipitasi,
menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika
molekul DNA berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut, mereka akan
berkumpul atau menggumpal sehingga dapat terlihat. Presipitat DNA terlihat
seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa
jenis etanol ebih kecil dari pada masa jenis air. Ethanol yang digunakan dalam
kondisi dingin untuk menyempurnakan presipitasi, karena temperatur yang rendah,
akan menurunkan aktivitas molekul air yang dapat menyebabkan pengendapan
DNA lebih efektif. (Aristya dkk., 2013).
Keberhasilan isolasi DNA sangat ditentukan oleh kuantitas dan kualitas sel
yang diisolasi. Semakin banyak jumlah sel sumber DNA dan semakin baik kualitas
sel tersebut dalam arti tidak terkontaminasi dengan sel dari organisme lain atau
bahanbahan pengganggu lainnya, maka semakin banyak jumlah dan bagus kualitas
DNA yang didapatkan. (Ahda dkk., 2012)

D. ALAT DAN BAHAN


 Alat  Bahan
1. Plastik zip lock 1. Buah Strawberry
2. Beaker glass 2. Larutan Detergen 40 %
3. Saringan 3. Larutan Garam 10 %
4. Tabung reaksi 4. Larutan Etanol dingin
5. Gelas ukur 5. Aquades
6. Label
E. CARA KERJA

Dimasukkan satu buah Tambah 15 ml larutan garam


strawberry ke dalam plastik 10 % ke dalam plastik zip
zip lock lock

Ambil 5 ml hasil saringan,


kemudian pindah ke dalam Haluskan sampai lumat,
tabung reaksi kemudian saring ke dalam
beaker glass

Tambah 1 ml larutan detergen Kocok selama 5 menit


40 % ke dalam tabung reaksi membentuk angka 8

Kocok selama 2 menit Ambil 3 ml larutan


membentuk angka 8 kemudian tambah dengan 3
ml aquades

Tambah 12 ml larutan Diamkan beberapa saat,


etanol dingin, kemudian kemudian amati benang –
beri label benang putih

F. HASIL PENGAMATAN
Data Kelompok

No Tahapan Kerja Hasil Pengamatan


.
1. Strawberry + larutan NaCl Tekstur lumat, warnanya merah
pelumatan
2. Penyaringan Ampas strawberry tertinggal disaringan
Warna merah, filtrat bersih dari ampas
3. Penambahan Warna merah
detergen,sentrifugasi 5’ Ada busa dibagian atas (gelembung)
4. Pengenceran dengan air Warna mmerah
Terdapat debris
5. Penambahan etanol 5% Terbentuk 3 lapisan
dingin

Data Kelas

No Bahan Konsentrasi garam Konsentrasi detergen DNA


.
1. 20% 10% +
2. 20% 10% ++
3. 20% 25% +++
4. 20% 25% +++
5. 20% 40% +++
Buah
6. 10% 40% +
strawberry
7. 10% 25% ++
8. 20% 10% +
9. 30% 25% +++
10. 20% 40% ++
11. 30% 40% +

G. PEMBAHASAN
Pada praktikum kali ini, percobaan yang dilakukan adalah isolasi DNA
dengan metode Kitchen Preparation , yaitu isolasi DNA yang menggunakan
bahan-bahan sederhana dengan tujuan untuk mengetahui wujud/profil DNA
termasuk isolasi DNA kromosom yaitu memisahkan DNA genom dari
komponen-komponen sel lain. Pada tahap awal proses isolasi DNA adalah
proses perusakan atau penghancuran dinding sel. Tahap penghancuran dinding
sel dapat dilakukan dengan cara fisik yaitu menggunakan mortar atau yang
lainnya untuk menghaluskan bahan. Strawberry matang menghasilkan enzim
yang membantu melisiskan dinding sel. Sedangkan penambahan garam dapur
bertujuan untuk mengganti NaCl analitik fungsinya yaitu untuk memurnikan
DNA. Hal ini bisa terjadi karena garam dapur dapat melarutkan DNA karena ion
Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan)
dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bsa menyebabkan molekul-
molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+
membentuk ikatan dengan kutub negati fosfat DNA, DNA akan terkumpul.
Setelah itu larutan disaring dengan saringan. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan ampas strawberry dengan larutan ekstrak strawberry. Selanjutnya
yaitu penambahan detergen. Detergen digunakan sebagai pengganti EDTA yang
berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion Mg yang berfungsi
mempertahankan integritas sel, selain itu detergen juga sebagai pengganti SDS
yang dapat melarutkan membran sel dan mendenaturasikan protein. Detergen
bisa membantu menghilangkan molekul lipid pada membran sel , sehingga bisa
merusak struktur membran sel. Selain itu, detergen bisa menyebabkan kerusakan
membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi
polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium
EDTA dan laurly sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.
Apabila dinding sel terdegradasimaka semua isi sel dapat keluar termasuk DNA
dan dilepaskan kedalam buffer ekstraksi. Pengocokan membentuk angka 8
bertujuan untuk menghomogenkan larutan strawberry, garam, dan detergen serta
mempercepat terjadinya reaksi perusakan dinding dan membran sel oleh
detergen.
Selanjutnya penambahan etanol dingin. Sebelum penambahan etanol
dingin, larutan berwarna merah tua agak keruh dan belum terjadi presipitasi
DNA. Setelah ditambahkan etanol dingin secara perlahan membentuk 2 lapisan.
Lapisan bawah berwarna merah yaitu larutan strawberry dan larutan sabun,
sedangkan lapisan atas berwarna bening yaitu etanol dingin.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada apisan atas
bukan lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol
tetapi lrut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam
larutan sehingga tidak terlarut. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam
larutan yang bukan pelarut mereka akan berkumpul/ menggumpal sehingga bisa
dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang berkumpul
diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil daripada masa
jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin karena bertujuan
untuk menyempurnaka presipitasi. Presipitasi bertujuan untuk mengendapkan
protein histon, sehingga untai-untai DNA tidak lagi menggulung (colling) dan
berikatan dengan protein histon yang menyebabkan DNA terlihat.
Pada percobaan kali ini konsentrasi garam dan konsentrasi detergen yang
ideal yang digunakan adalah sebesar 20% dan 25%. Hal ini terlihat dari hasil
presipitasinya, yaitu banyak terlihat DNAnya dan konstan karena 2 kelompok
yang melakukannya memiliki hasil yang sama.

H. KESIMPULAN
1. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan metode kitchen preparation yang
merupakan cara sederhana untuk memperoleh DNA dengan menggunakan
alat dan bahan yang mudah diperoleh (alat rumah tangga). Tahapannya
meliputi penghancuran sel, penghilangan RNA dan protein serta
pemurnian DNA.
2. Ujud DNA berupa presipitasi DNA yang berbentuk benang-benang putih
dengan struktur halus yang tidak larut dalam etanol.
3. DAFTAR PUSTAKA
Ahda, Yuni., Ilva Rozi Muharni., dan Dwi Hilda Putri. 2012. Kualitas Dna Hasil
Isolasi Dari Beberapa Bagian Batang Rambut Untuk Bahan Analisis DNA
Forensik. Eksakta, Vol. 1 (4) : 87 – 93.
Aristya, Ganies Riza., Ahdiay Agriansyah., dan Budi Setiani Daryono. 2013.
Deteksi dan Skrining Pewarisan Sifat Ketahanan Penyakit Powdery Mildew
pada Generasi Backross Tanaman Melon (Cucumis melo L.) Var Tacapa.
Jurnal Agroteknologi, Vol 17 (1) : 122 – 127.
Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi Dan Digesti DNA. Jurnal Penelitian Sains &
Teknologi, Vol. 10 (1) : 61 – 67.
Ferniah, Rejeki Siti., dan Sri Pujiyanto. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai
(Capsicum annuum L.) Berdasar Perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun serta
Teknik Penggerusan. Bioma, Vol. 156 (1) : 14 – 19.
Hapsari, Ari Indriana. 2015. Isolasi DNA Tanaman Bayam (Amaranthus sp) Dan
Ikan Lele (Clarias sp) Sebagai Kajian Dalam Biologi Molekuler. Didaktika,
Vol. 13 (2) : 23 – 30.
Mardiyyaningsih, A. N. 2013. Teknik Isolasi DNA Sel Hati Ayam Secara
Tradisional. Jurnal PMIPA, Vol 6 (2) : 43 – 49.
Morihito, Rondo V. S. A., Stephanie E. Chungdinata., Timboeleng A. Nazaretha.,
M. Iqbal Pulukadang., Roy A. M. Makalew., dan Benny Pinontoan. 2017.
Identifikasi Perubahan Struktur Dna Terhadap Pembentukan Sel Kanker
Menggunakan Dekomposisi Graf. Jurnal Ilmiah Sains, Vol. 17 (2) : 153 – 160.
Murtiyaningsih, Hidayah. 2017. Isolasi DNA Genom Dan Identifikasi Kekerabatan
Genetik Nanas Menggunakan RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA).
Agritrop, Vol. 15 (1) : 83 – 93.
Mustafa, Hasrida., Indra Rachmawati., dan Yusran Udin. 2016. Pengukuran
Konsentrasi dan Kemurnian DNA Genom Nyamuk Anopheles barbirostris.
Jurnal Vektor Penyakit, Vol. 10 (1) : 7 – 10.
Štefúnová, Veronika., Veronika Lancíková., Milan Bežo., Jana Žiarovská., Katarína
Ražná., Martin Tereň., and Acta fytotechn. 2013. The effect of DNA isolation
and its applicability in the the PCR analysis of Lettuce (Lactuca sativa L.).
Zootechn., Vol 16 (4) : 99 – 102.
Jawaban Permasalahan

1) Fungsi dari garam dapur adalah sebagai pengganti NaCl analitik yaitu
digunakan untuk memurnikan DNA, membantu merusak membran sel
karena ion Mg berikatan dengan ion Cl. Fungsi dari detergen adalah sebagai
pengganti EDTA dan SDS, yaitu untuk melarutkan membran sel. Detergen
mengandung surfaktan yang berfungsi sebagai emulgator (mempertahankan
integritas sel).
2) Pada kegiatan ini yang digunakan sebagai sumber DNA adalah buah
Stroberi.
3) Bahan yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA tidak harus buah
stroberi, bisa juga digunakan bahan lain misalnya buah mangga, nanas, atau
daun pisang. Isolasi DNA metode Kitchen Preparation ini dapat dilakukan
pada buah yang lain dengan syarat bahwa buah yang digunakan memiliki
kadar air yang rendah.
4) Fungsi dari pengocokan yaitu untuk menghomogenkan larutan agar dapat
tercampur secara merata hingga detergen dapat melisiskan membran inti
secara sempurna dan inti sel yang berisi DNA dapat keluar.
5) Perbandingan prosedur isolasi DNA standar dengan metode kitchen preparation:

Isolasi DNA metode Kitchen Isolasi DNA standar


No
Preparation (umum)
Penghancuran sumber DNA (ex.
Stroberi) agar tekstur menjadi
1 Isolasi sel,
lunak dan halus sehingga
memudahkan penyaringan
Penambahan garam dan air, agar Lisis dinding dan
2
larutan menjadi lebih encer membrane sel,
Penyaringan, larutan menjadi
3 bersih (lebih halus) karena ampas Ekstraksi dalam larutan,
stroberi tertinggal pada saringan
Penambahan larutan detergen dan
4 larutan garam sebagai pengganti Purifikasi dan
bahan kimia EDTA dan SDS
Pengocokan, larutan menjadi
homogen dan rata, dan terbentuk
5 2 lapisan, lapisan bawah yaitu Presipitasi
ekstrak stroberi dan lapisan atas
(detergen dan garam)
6 ++ Prinsip-prinsip dalam
Penambahan etanol, lapisan melakukan isolasi DNA
paling atas berwarna putih yang ada 2, yaitu sentrifugasi
lama kelamaan terjadi presipitasi dan presipitasi.
pita-pita DNA yang berwarna
Sentrifugasi untuk
memisahkan substansi
berdasarkan berat jenis
putih
molekul, alat yang
digunakan adalah
sentrifus dan PCR

Jawaban Pertanyaan

1) Isolasi DNA dapat dilakukan dengan metode kitchen preparation yang


merupakan cara sederhana untuk memperoleh DNA dengan menggunakan alat
dan bahan yang mudah diperoleh. Tahapannya meliputi penghancuran sel,
penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA.
2) Ujud DNA berupa presipitasi DNA yang berbentuk benang-benang putih
dengan struktur halus yang tidak larut dalam etanol.

Dokumentasi

Tahap penggancuran Setalah dihancurkan Penambahan etanol.


bahan yang dilakukan
secara fisik.