Introduction

Varietas tradisional dan spesies liar padi hilang melalui erosi genetik. Petani mengadopsi varietas baru,
dan berhenti menanam varietas yang telah mereka tanam secara turun-temurun. Spesies padi liar
terancam karena habitatnya dihancurkan oleh gangguan manusia. Peningkatan tanaman padi
membutuhkan sumber daya genetik dari varietas tradisional dan spesies beras liar yang terkait untuk
mengatasi banyak tekanan biotik dan abiotik yang menantang produksi beras di Indonesia

Di Indonesia, beras tradisional dan kerabat liar beras telah dikumpulkan melalui misi eksplorasi dan
pengumpulan. Lebih dari 4.000 akses beras. terdiri dari landraces, varietas unggul, garis elit, varietas
atau garis yang diperkenalkan, dan spesies padi liar saat ini disimpan di Genebank di Pusat Penelitian
dan Pengembangan Bioteknologi Pertanian dan Sumber Daya Genetik (ICABIOGRAD), Bogor, Indonesia.
Sekitar 2.500 aksesi koleksi disimpan sebagai duplikat sampel sebagai koleksi kerja di Lembaga
Penelitian Padi Indonesia (IIRR), Sukamandi, Jawa Barat, dan lebih dari 8.500 aksesi disimpan di
International Rice Research Institute (IRRI), Los Banos, Filipina. . Bank gen memiliki fasilitas untuk
pengumpulan aktif dan pengumpulan dasar. Plasma nutfah ini telah dikarakterisasi, dievaluasi, dan
didokumentasikan dalam database untuk mempermudah akses, dan menggunakannya. Plasma nutfah
padi telah digunakan sebagai sumber daya gen dalam program pemuliaan untuk meningkatkan
produktivitas tanaman padi.

Makalah ini adalah ulasan tentang penggunaan bioteknologi dalam karakterisasi, evaluasi, dan
pemanfaatan plasma nutfah padi Indonesia. Dokumentasi, pertukaran informasi dan plasma nutfah padi
juga dijelaskan. Diharapkan plasma nutfah padi yang memiliki nilai potensial secara efektif dan efisien
digunakan untuk perbaikan beras dan dapat menghasilkan banyak varietas unggul yang disesuaikan
dengan lokasi spesifik, tahan atau toleran terhadap tekanan biotik dan abiotik. Karena itu, para petani
dapat memutuskan varietas mana yang itu dapat ditanam di tanah mereka. Ketahanan pangan petani
tergantung pada akses berkelanjutan ke varietas unggul yang dikembangkan dari program pemuliaan.
Ketahanan pangan yang berkelanjutan dapat diperkuat dengan menciptakan berbagai varietas unggul
dengan menggunakan berbagai plasma nutfah padi dengan variabilitas genetik yang luas sebagai orang
tua.

KONSERVASI GERMPLASM BERAS

Konservasi tanaman adalah pengelolaan sumber daya tanaman untuk mempertahankan tingkat
keanekaragaman tanaman saat ini dan untuk menghindari kepunahan populasi dan taksonomi
(Maunder 2001). Dalam konten ini mengacu pada konservasi plasma nutfah padi. Banyak varietas padi
domestik yang dibudidayakan di agroekosistem yang ada dihasilkan dari sumber daya lokal. Varietas ini
sangat berkontribusi terhadap peningkatan produktivitas padi. Mereka juga berkontribusi terhadap
ketahanan pangan di desa-desa karena mereka memiliki sifat-sifat khusus yang memungkinkan mereka
untuk tumbuh dengan baik dan memiliki produksi optimal di ekosistem tersebut. Karena itu, penting
untuk menjaga minat masyarakat dalam melestarikan dan memelihara beras lokal di tanah mereka
sebagai in situ atau di pertanian. Sampel yang dikumpulkan dilestarikan secara ex situ di bank gen
ICABIOGRAD dan di IIRR yang berpartisipasi dalam konservasi plasma nutfah sebagai pengumpulan dan
pemanfaatan kerja. Lebih dari 4.000 aksesi plasma nutfah padi yang terdiri dari landraces, jalur elite,
varietas unggul, varietas introduksi / jalur serta 88 aksesi spesies padi liar berada di ICABIOGRAD. Selain
koleksi-koleksi itu, produk-produk bioteknologi seperti galur transgenik beras, galur kultur antera,
mutan, dan variasi somaklonal juga dapat disajikan dalam bank gen terpisah, di Divisi Biomolekul
ICABIOGRAD. Di antara koleksi, jumlah terbesar adalah dari Jawa Barat (645 mms.), Yang terdiri dari
varietas lokal, modern, dan garis elit. Kalimantan Timur (386 aks.), Jawa Timur (342 aks.), Kalimantan
Barat (276 aks.), Dan Nanggroe Aceh Darussalam (225 aks.), Sedangkan sisanya dari provinsi lain di
Indonesia. Sekitar 2.500 duplikat sampel disimpan di IIRR sebagai koleksi kerja dan juga lebih dari 8,900
aksesi di IRRI Los Banos, Filipina. Plasma nutfah padi Indonesia yang berada di IRRI adalah hasil dari
pengumpulan missi bersama dengan IRRI yang dilakukan 1972-1999.

Benih dari setiap aksesi disimpan di Genebank dalam kondisi yang akan mempertahankan viabilitasnya
untuk jangka waktu yang lama. Sebagai koleksi dasar, benih disimpan untuk penyimpanan jangka
panjang pada -18oC. Untuk koleksi aktif, benih disimpan 0 + 2oC untuk penyimpanan jangka menengah,
sedangkan untuk jangka pendek, benih

benih disimpan pada suhu 15oC. Selama penyimpanan, benih memantau viabilitasnya. Kelangsungan
hidup benih adalah aspek terpenting dari kualitas benih. Ini adalah ukuran dari berapa banyak benih
yang hidup dan mampu tumbuh menjadi tanaman normal. Viabilitas ditentukan sebelum benih dikemas
dan ditempatkan dalam penyimpanan dan diuji secara berkala selama penyimpanan. Kelangsungan
hidup ini biasanya dinyatakan dalam persentase perkecambahan benih dan akan digunakan sebagai
panduan dalam proses regenerasi aksesi. Perkecambahan awal menghasilkan potensi penyimpanan
benih dalam kondisi tertentu. Hanya biji berkualitas tinggi dan viabilitas tinggi (> 90% untuk indica dan
O. glaberrima, dan> 85% untuk bahan japonica) diproses dan dikemas untuk konservasi jangka panjang

Pemantauan viabilitas benih diperlukan untuk menentukan apakah plasma nutfah perlu diregenerasi
atau diremajakan. Selain itu, ketersediaan benih atau berat benih harus dipantau setiap kali benih
dikeluarkan dari penyimpanan untuk tujuan apa pun. Ketika aksesi kurang dari 60 g dalam koleksi aktif,
itu harus dibuat ulang. Ini dilakukan berdasarkan pada operasi manual dan prosedur International Rice
Genebank (IRRI 1995).

Untuk mempromosikan konservasi sumber daya genetik tanaman, Komite Nasional Sumber Daya
Genetik telah mengembangkan 19 Komite Regional tentang Sumber Daya Genetik di 18 provinsi yang
berlokasi di Sumatra Selatan, Lampung, Jambi, Riau, Sumatra Barat, Sumatera Utara, dan di Jawa
(Provinsi Banten, Yogyakarta , Jawa Tengah, dan Jawa Timur) dan dua tingkat kabupaten: (Kota
Tasikmalaya dan Kabupaten Tasikmalaya), di Kalimantan adalah provinsi Kalimantan Barat, Tengah,
Timur, dan Kalimantan Selatan, Sulawesi Selatan, serta Provinsi Sulawesi Tenggara dan komite daerah di
Bali. 15 provinsi lainnya sedang dalam proses pembentukan komite daerah. Semua komite ini berada di
bawah pemerintah daerah masing-masing. Universitas Mulawarman sebagai salah satu anggota dalam
komite regional di Kalimantan Timur telah melestarikan lebih dari 400 aksesi beras lokal. SPTN-HPS
(NGO) di Yogyakarta juga menghemat sekitar 70 plasma nutfah beras.

EKSPLORASI DAN PENGUMPULAN

GERMPLASM BERAS

Pengumpulan plasma nutfah padi telah menjadi kegiatan kolaboratif sebagai program nasional antara
ICABIOGRAD dan Kantor Pengembangan Pertanian, Lembaga Penilaian untuk Tanaman Pangan, serta
pemangku kepentingan lainnya, seperti LSM: SPTN-HPS di Yogyakarta dan Yayasan Padi di Kalimantan
Timur, Universitas Pertanian (UGM) ) di Yogyakarta dan Universitas Mulawarman di Kalimantan Timur

2010 T.S. SILITONGA: Penggunaan Bioteknologi dalam Karakterisasi, Evaluasi, dan Pemanfaatan 51

Kalimantan dan juga dengan kolaborasi internasional, seperti IRRI, Office de la Recherche Scientifique
dan Teknik de Outre-Mer (ORSTOM), Kerjasama Pembangunan Swiss (SDC), dan Universitas Cornell (AS).
Kolaborasi dengan IRRI telah dilakukan dari tahun 1972 hingga 1999. Misi pengumpulan dilakukan
secara intensif antara 1995-1999 melalui kerja sama bersama dengan Proyek SDC. Banyak varietas padi
lokal dikumpulkan hampir dari semua provinsi di Indonesia. Namun, masih diperlukan pengumpulan di
daerah-daerah terpencil seperti di daerah rawa atau di hutan untuk spesies padi liar. Pada tahun 1999,
sebuah misi pengumpulan dari ORSTOM bekerja sama dengan LSM-Rice Foundation mengumpulkan
spesies padi lokal dan liar dari Kalimantan Timur. Sejumlah 170 varietas padi lokal dikumpulkan. Tim
pengumpul dari Proyek IRRI-SDC menemukan dua spesies padi liar, O. meyeriana dan O. officinalis, dari
Sulawesi Tengah, dan empat spesies lainnya, O. officinalis, O. meridionalis, O. longiglumis, dan O.
rufipogon dari Merauke , Papua (Silitonga 2002). Vaughan (1994) menyebutkan bahwa O. meridionalis
yang ditemukan di Australia juga ditemukan di Taman Nasional Wasur, Merauke, Papua (Lu dan Silitonga
1999). Dalam kolaborasi dengan Universitas Cornell, AS, sejumlah 183 varietas padi telah dikumpulkan
dari 18 desa di daerah terpencil di sepanjang sungai Bahau dan Kayan di Kalimantan Timur. Varietas di
sana telah digunakan untuk genotipe SSR (Thomson et al. 2009). 168 plasma nutfah padi lainnya juga
telah dikumpulkan selama eksplorasi yang dilakukan pada tahun 2008. Benih yang baru dikumpulkan
telah diuji kelayakannya, tetapi 68 plasma nutfah tidak dapat hidup dan hanya 100 plasma nutfah yang
telah diremajakan setelah itu.

REJUVENASI GERMPLASM BERAS

Peremajaan atau regenerasi adalah peningkatan benih dari bahan plasma nutfah yang memiliki viabilitas
rendah selama pemantauan rutin setelah periode penyimpanan dan aksesi dengan stok yang tidak
mencukupi untuk distribusi atau untuk konservasi jangka panjang. Salah satu kegiatan utama dalam
bank gen adalah produksi benih berkualitas tinggi untuk konservasi jangka panjang. Kebutuhan untuk
melestarikan struktur genetik sampel asli atau benih yang baru dikumpulkan harus dipertimbangkan
dalam menentukan frekuensi generasi. Peningkatan benih awal mencakup semua bahan baru yang
membutuhkan multiplikasi benih untuk pertama kalinya, dan semua bahan yang ditanam sebelumnya
karena viabilitas rendah, ketidakcukupan benih, atau kontaminasi benih. Ini sangat ideal untuk
menghasilkan mereka dengan jumlah siklus peremajaan atau regenerasi yang paling sedikit, karena itu
mencegah atau meminimalkan kehilangan beras yang tidak beradaptasi atau rentan.

plasma nutfah. Regenerasi biasanya dilakukan di lapangan. Namun, telah dilakukan dalam kultur antera
padi (Dewi et al. 2004; 2006), dan pada kedelai (Abdullah et al. 1997).

Sejak 2008 hingga 2010, ICABIOGRAD telah bekerja sama dengan Global Crop Diversity Trust (GCDT)
tentang regenerasi plasma nutfah padi. Selama kolaborasi ini, 600 aksesi beras telah diperbarui, dan 300
aksesi lainnya sedang diperbarui di IIRR, Sukamandi. Semua plasma nutfah yang diregenerasi akan
disimpan dalam rangkap dua di IRRI dan di Svalbard dengan menggunakan sMTA. Di masa depan, perlu
dipertimbangkan penggunaan kultur in vitro atau mikroba untuk meremajakan plasma nutfah padi yang
sulit untuk berkecambah.

GERMPLASM BERAS

Pengumpulan plasma nutfah padi telah dikarakterisasi 44 karakter morfologis dan agronominya dan
dievaluasi berdasarkan Sistem Evaluasi Standar untuk Padi (IRRI 1996). Data hasil karakterisasi dan
evaluasi ditunjukkan pada Tabel 1. Hasil dari karakterisasi plasma nutfah padi untuk sifat morfologis dan
agronomi penting dalam O. sativa serta dalam spesies padi liar menunjukkan variasi yang sangat luas
(Silitonga et al. 2001, Suhartini et al. 2003). Tinggi tanaman plasma nutfah padi berkisar 57 hingga 161
cm, periode pertumbuhan tanaman berkisar antara 85 hingga 180 hari. Beberapa aksesi spesies padi liar
juga menunjukkan variasi ketinggian tanaman, waktu berbunga, jumlah biji-bijian yang terisi, dan bobot
1.000 biji. O. alta memiliki jumlah biji yang diisi berkisar antara 370 hingga 470 biji, sedangkan di O.
latifolia berkisar antara 270 hingga 490 biji.

REJUVENASI GERMPLASM BERAS

Peremajaan atau regenerasi adalah peningkatan benih dari bahan plasma nutfah yang memiliki viabilitas
rendah selama pemantauan rutin setelah periode penyimpanan dan aksesi dengan stok yang tidak
mencukupi untuk distribusi atau untuk konservasi jangka panjang. Salah satu kegiatan utama dalam
bank gen adalah produksi benih berkualitas tinggi untuk konservasi jangka panjang. Kebutuhan untuk
melestarikan struktur genetik sampel asli atau benih yang baru dikumpulkan harus dipertimbangkan
dalam menentukan frekuensi generasi. Peningkatan benih awal mencakup semua bahan baru yang
membutuhkan multiplikasi benih untuk pertama kalinya, dan semua bahan yang ditanam sebelumnya
karena viabilitas rendah, ketidakcukupan benih, atau kontaminasi benih. Ini sangat ideal untuk
menghasilkan mereka dengan jumlah siklus peremajaan atau regenerasi yang paling sedikit, karena itu
mencegah atau meminimalkan kehilangan beras yang tidak beradaptasi atau rentan.

 Karakterisasi dan identifikasi menggunakan teknik molekuler juga diterapkan untuk menganalisis
keragaman genetik plasma nutfah. Septiningsih et al. (2004) menganalisis 96 aksesi padi (Tabel 2)
menggunakan penanda Simple Sequence Repeat (SSR) dan menghasilkan 4 hingga 22 alel untuk masing-
masing primer. Thomson et al. (2007) juga menandai 330 aksesi beras yang terdiri dari 246 landrace, 63
kultivar yang ditingkatkan, 18 varietas internasional sebagai kontrol, dan tiga aksesi O. rufipogon. 246
landrace padi mewakili rentang geografis luas penanaman padi di 21 provinsi di Indonesia (Tabel 3).
Diindikasikan bahwa total 394 alel terdeteksi pada 30 lokus SSR dengan rata-rata 13 alel per lokus di
antara aksesi, dan dengan nilai rata-rata konten informasi polimorfisme 0,66. Hasil analisis keragaman
genetik menunjukkan bahwa

TABEL

landrace padi Indonesia terdiri dari 68% indica dan 32% japonica tropis dengan keanekaragaman gen
indica 0,53 dan keanekaragaman gen japonica tropis 0,56. Pengalaman penelitian menunjukkan bahwa
sejumlah besar penanda SSR diperlukan dalam analisis variabilitas genetik untuk mendapatkan lebih
banyak variasi dalam jumlah alel dan pita yang mempengaruhi nilai Konten Informasi Polimorfisme (PIC).
Sejumlah 190 aksesi lainnya juga telah digunakan dalam genotipe SSR, termasuk 183 landrace padi dari
Kalimantan dan 7 varietas padi lainnya sebagai kontrol (Thomson et al. 2009).

Sejumlah 85 aksesi spesies padi liar telah dianalisis keragaman genetiknya menggunakan penanda
mikrosatelit. Hasil dari poli-morfisme DNA menunjukkan 230 alel mulai dari 6 hingga 31 alel untuk
masing-masing primer. Berdasarkan analisis cluster dengan kesamaan genetik 81%, spesies padi liar juga
diklasifikasikan menjadi dua kelompok besar (Prasetiyono et

 
Al. 2005). Kelompok I terdiri dari O. glaberrima, O. barthii, O. nivara, O. rufipogon, O. glumaepatula, dan
O. australiensis, sedangkan kelompok II terdiri dari O. eichingeri, O. grandiglumis, O. alta, O. officinalis,
O. latifolia, O. ridleyi, O. malampuzhaensis, O. rhizomatis, O. punctata, dan O. minuta.

Sejumlah besar plasma nutfah padi telah dievaluasi ketahanan atau toleransinya terhadap berbagai
tekanan biotik dan abiotik, termasuk wereng coklat (BPH), ledakan daun (Bl), dan ledakan malai (PB),
hawar bakteri (BB), bakteri tungro virus (RTV) cedera alkali (Alk), cedera garam (Sal), toksisitas besi
(racun Fe), pH rendah, dan toleransi kekeringan (DRT) berdasarkan Sistem Evaluasi Standar untuk Beras
(IRRI 1996). Evaluasi spesies padi liar menunjukkan bahwa O. officinalis tahan terhadap BB, dan juga
terhadap BPH. O. minuta tahan terhadap Xanthomonas oryzae pv. oryzae, strain IV dan VIII Indonesia,
patogen BB dan juga tahan terhadap ledakan beras. Utami et al. (2005).

TABEL

melaporkan bahwa O. rufipogon Griftt juga tahan terhadap ledakan, dan telah dimasukkan ke dalam
padi yang dibudidayakan. Gen Pirf2-1 pada O. rufipogon menyumbang mode dominan resistensi
terhadap ledakan yang dipengaruhi oleh duplikat epistasis dan gen lain Pir2-3 (t) menyumbangkan aditif
yang dipengaruhi oleh epistasis komplementer. Eksperimen lain oleh Utami et al. (2007) menunjukkan
bahwa Pir 1 dan Pir 2 dipisahkan pada proporsi 1: 1 terkait dengan respon spesifik dari gen AVR dan 14
CM Blast. Informasi tentang variasi genetik beras berdasarkan pencetakan jari DNA dengan
menggunakan daerah gerakan-konservasi gen resistensi dilaporkan oleh Bustamam et al.

(2004). Diindikasikan bahwa pada tingkat kemiripan 86%, varietas tahan ledak seperti Cabacu, Gajah
Mungkur, Jambu, Hawara Bunar, Grogol dan Mat Embun berada dalam kelompok yang sama. Gen tahan
ledakan Pi-1 dan Pi-2 telah dimasukkan ke dalam varietas Cabacu, Way Rarem, dan Jambu (Bustamam et
al. 2005). Namun, tidak satu pun spesies padi liar yang tahan terhadap ras Pyricularia oryzae Indonesia
073 dan 173 dari Sukabumi, Jawa Barat (Abdullah et al. 2003). Perbedaan dalam resistensi atau toleransi
terhadap tekanan biotik dan abiotik di antara plasma nutfah padi dilaporkan oleh banyak ilmuwan di
Indonesia (Abdullah 2002, Abdullah et al. 2003, Suardi et al. 2004).

Send feedback

History

Saved

Community
AGROBIOGEN VOL JURNAL. 6 TIDAK. 1

Suardi et al. (2004) telah mengevaluasi 87 aksesi padi liar untuk kemampuan penetrasi akar; dua di
antaranya, O. glaberrima, IRRI accs. No. 101297 dan O. nivara, IRRI accs. No. 103282 menunjukkan
kemampuan penetrasi akar tertinggi pada larutan polietilen glikol (PEG) pada konsentrasi 32,5%.
Kemampuan penetrasi akar O. glaberrima hampir sama dengan varietas kontrol IRAT 112 (Gajah
Mungkur), yang toleran terhadap kekeringan.

PEMANFAATAN GERMPLASM BERAS

Plasma nutfah padi beragam yang tersedia di bank gen ICABIOGRAD memainkan peran penting sebagai
sumber daya gen untuk perbaikan padi dalam program pemuliaan untuk mengembangkan varietas padi
unggul-semut atau toleran terhadap tekanan biotik dan abiotik serta kualitas yang baik. Meskipun
sebagian besar plasma nutfah padi telah dikarakterisasi dan dievaluasi secara konvensional dan
menggunakan penanda molekuler, tetua yang digunakan dalam program pemuliaan umumnya tidak
cukup bervariasi dan memiliki hubungan yang erat satu sama lain. Sebagai contoh, varietas Cimelati,
Gilirang, dan Ciapus, yang dirilis masing-masing pada tahun 2001, 2002, dan 2003, adalah peningkatan
varietas Memberamo (Gambar 1), dan 20 varietas unggul lainnya (Digul, Maros, Batang Anai, Way Apo).
Buru, Towuti, Cisantana, Ciherang, Konawe, Singkil, Wera, Ciujung, Angke, Kode, Batang Gadis, Sunggal,
Cigeulis, Cibogo, Batang Lembang, Pepe, dan Mekongga) yang telah ditingkatkan menggunakan IR64. Ini
adalah alasan mengapa banyak varietas unggul terlihat sama. Sayangnya, banyak dari varietas ini tidak
ada lagi di ladang, hanya satu atau dua tahun ditanam oleh petani. Oleh karena itu, penting untuk
menggunakan sumber gen lain, terutama dari kerabat padi liar sebagai orang tua dalam pemuliaan
untuk varietas unggul baru yang toleran terhadap tekanan biotik dan abiotik. Semakin baru