Nama : Fransiska Regis ARI

NIM : 20117038
Prodi : D4 TLM 3B

PEMERIKSAAN LABORATORIUM
COVID-19

Hasil tes pemeriksaan negatif pada spesimen tunggal, terutama jika spesimen
berasal dari saluran pernapasan atas, belum tentu mengindikasikan ketiadaan infeksi.
Oleh karena itu harus dilakukan pengulangan pengambilan dan pengujian spesimen.
Spesimen saluran pernapasan bagian bawah (lower respiratory tract)sangat
direkomendasikan pada pasien dengan gejala klinis yang parah atau progresif. Adanya
patogen lain yang positif tidak menutup kemungkinan adanya infeksi COVID-19, karena
sejauh ini peran koinfeksi belum diketahui.Pengambilan spesimen dilakukan sebanyak
duakali berturut-turut (pada hari berikutnya atau kondisi terjadi perburukan).

A. Jenis Spesimen

Tabel A. Jenis Spesimen Pasien Novel Coronavirus

B. Pengambilan Spesimen

Sebelum kegiatan pengambilan spesimen dilaksanakan, harus memperhatikan

universal precautionatau kewaspadaan universal untuk mencegah terjadinya penularan
penyakit dari pasien ke paramedis maupun lingkungan sekitar.Hal tersebut meliputi:

a. Selalu mencuci tangan dengan menggunakan sabun/desinfektan SEBELUM

dan SESUDAH tindakan.
b. Menggunakan APDMelihat situasi saat ini, mekanisme penularan masih dalam
investigasi maka APD yang digunakan untuk pengambilan spesimen adalah
APD lengkap dengan menggunakan masker minimal N95.

1. Bahan Pengambilan spesimen

a. Form Pengambilan Spesimen (lampiran 6)Dapat ditambah daftar nama pasien
(supaya saat pengambilan tidak terjadi kesalahan) jika pasien lebih dari satu.
b. Spesimen Saluran Pernapasan Bawah (Lower Respiratory Tract).
1) Virus Transport Media(VTM)
2) Dapat digunakan dengan beberapa merk komersil yang sudah siap pakai atau
dengan mencampur beberapa bahan (Hanks BBS; Antifungal dan
Antibiotik dengan komposisi tertentu) untuk disatukan dalam 1 wadah
steril.
3) Swab Dacron atau Flocked Swabd.
4) Tongue Spatele.
5) Kontainer Steril untuk Sputum
6) Parafilmg
 7) Plastik Kliph.
8) Marker atau Labe
c. Spesimen Darah/Serum :
1) Spuit disposable 3ml atau 5 ml atau Sistem Vacutainerb.
2) Wing needle(jika diperlukan)
3) Kapas alkohol 70%.
4) Kapas Keringe.
5) Vial 1,8 ml atau tabung tutup ulir (wadah Spesimen Serum)
6) Marker atau Label
d. Bahan Pengepakan/Pengiriman Spesimen :
1) Ice pack dan Cold Box(diutamakan sudah menggunakan Sistem tiga lapis)
2) Label Alamat.
3) Lakban/Perekat
2. Tata Cara Pengambilan Spesimen Nasofaring
a. Persiapkan cryotube yang berisi 1,5 ml media transport virus (Hanks BSS +
Antibiotika), dapat juga digunakan VTM komersil yang siap pakai (pabrikan).
b. Berikan label yang berisi Nama Pasien dan Kode Nomer Spesimen. Jika label
bernomer tidak tersedia maka Penamaan menggunakan Marker/Pulpen pada bagian
berwarna putih di dinding cryotube. (Jangan gunakan Medium Hanks Bila telah
berubah warna menjadi Kuning).
c. Gunakan swab yang terbuat dari dacron/rayon steril dengan tangkai
plastikatau jenis Flocked Swab(tangkai lebih lentur). Jangan menggunakan
swab kapas atau swab yang mengandung Calcium Alginatatau Swab kapas dengan
tangkai kayu, karena mungkin mengandung substansi yang dapat
menghambat menginaktifasi virus dan dapat menghambat proses
pemeriksaan secara molekuler.
d. Pastikan tidak ada Obstruksi (hambatan pada lubang hidung).
e. Masukkan secara perlahan swab ke dalam hidung, pastikan posisi swab pada
septum bawah hidung.
f. Masukkan swab secara perlahan-lahan ke bagian nasofaring.

Sumber: New England Journal of Medicine

Gambar 5.1Lokasi Pengambilan Nasopharing
g. Swab kemudian dilakukan gerak memutar secara perlahan.
 h. Kemudian masukkan sesegera mungkin ke dalam cryotube yang berisi VTM.
i. Putuskan tangkai plastik di daerah mulut cryotubeagar cryotube dapat ditutup
dengan rapat.

Sumber: dokumentasi Litbang

Gambar 5.2 Pemasukkan Swab ke dalam VTM

j. Pastikan label kode spesimen sesuai dengan kode yang ada di formulir/Kuesioner.
k. Cryotubekemudian dililit parafilm dan masukkan ke dalam Plastik Klip. Jika ada
lebih dari 1 pasien, maka Plastik Klip dibedakan/terpisah. Untuk menghindari
kontaminasi silang.

Sumber: dokumentasi Litbang

Gambar 5.3 Pengemasan spesimen

l. Simpan dalam suhu 4-80C sebelum dikirim. Jangan dibekukan dalam Freezer.

3. Tata Cara Pengambilan Spesimen Sputum

Pasien berkumur terlebih dahulu dengan air, kemudian pasien diminta

mengeluarkan dahaknya dengan cara batuk yang dalam. Sputum ditampung pada wadah steril
yang anti bocor. Pengambilan sampel sputum dengan cara induksi dapat
menimbulkan risiko infeksi tambahan bagi petugas kesehatan.

4. Tata Cara Pengambilan Spesimen Serum

Sampel serum berpasangan diperlukan untuk konfirmasi, dengan serum awal

dikumpulkan di minggu pertama penyakit dan serum yang kedua idealnya dikumpulkan 2-3
minggu kemudian. Jika hanya serum tunggal yang dapat dikumpulkan, ini harus
diambil setidaknya 14 hari setelah onset gejala untuk penentuan kemungkinan kasus.Anak-
anak dan dewasa: dibutuhkan darah whole blood (3-5 mL) dan disentrifus untuk
mendapatkan serum sebanyak 1,5-3 mL. Sedangkan untuk bayi: Minimal 1 ml whole
blood diperlukan untuk pemeriksaan pasien bayi. Jika memungkinkan,
mengumpulkan 1 ml serum.

C. Pengepakan Spesimen

Spesimen pasien dalam pengawasan, probabel atau dikonfirmasi harus

dilakukan tatalaksana sebagai UN3373, "Substansi Biologis, Kategori B",ketika akan
diangkut/ditransportasikan dengan tujuan diagnostik atau investigasi. Semua spesimen
harus dikemas untuk mencegah kerusakan dan tumpahan.Adapun sistem yang digunakan
adalah dengan menggunakan tiga lapis (Three Layer Pacakging) sesuai dengan
pedoman dari WHO dan International Air Transport Association(IATA).

Sumber: WHO-Guidance on regulations for the transport of infectious substances 2019–2020

Gambar 5.4 Contoh Pengepakan Tiga Lapis

Spesimen dari pasien yang diduga novel coronavirus, harus disimpan dan dikirim
pada suhu yang sesuai (lihat Tabel 5.1). Spesimen harus tiba di laboratorium segera
setelah pengambilan. Penanganan spesimen dengan tepat saat pengiriman adalah hal
yang sangat penting. Sangat disarankan agar pada saat pengirimanspesimen tersebut
ditempatkan di dalam cool box dengan kondisi suhu 2-80C atau bila diperkirakan lama
pengiriman lebih dari tiga hari spesimen dikirim dengan menggunakan es kering (dry ice).

D. Pengiriman Spesimen

Pengiriman spesimen dilakukan oleh petugas Dinas Kesehatan dengan

menyertakan Formulir penyelidikan epidemiologi (lampiran 5), formulir permintaan
pemeriksaan spesimen (lampiran 6) dan surat pengantar (lampiran 7) dari
DinkesProv/Kab/kota (harus dimasukkan kedalam cool box).Pengiriman ke laboratorium
penerima harus memberikan informasi pengiriman spesimen melalui PHEOC. Untuk
wilayah di luar jakarta pengiriman spesimen dapat dilakukan menggunakan jasa kurir door to
door.Pada kondisi yang memerlukan pengiriman port to port, dapat melibatkan petugas
KKP setempat. Untuk selanjutnya spesimen dikirimkan ke Balitbangkes oleh petugas
Ditjen P2P berkoordinasi dengan PHEOC Ditjen P2P.Pengiriman spesimen sebaiknya
dilakukan paling lama 1x24 jam. Pengiriman ditujukan ke Laboratorium Pusat Penyakit
Infeksi Prof. Dr. Oemijati –Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan, Badan
Litbangkes. Jl. Percetakan Negara No.23A. Jakarta Pusat 10560.

E. Konfirmasi Laboratorium

Spesimen yang tiba di laboratorium, akan segera diproses untuk dilakukan

pemeriksaan.Pemeriksaan laboratorium terhadap pasien dalam pengawasanCOVID-19
dilakukan dengan menggunakan metode RT-PCR dan sekuensing sesuai dengan jurnal
yang sudah diterbitkan. Adapun algoritma pemeriksaannya adalah sebagai berikut :

Gambar 5.5 Alur Pemeriksaan Spesimen COVID-19

Apabila hasil pemeriksaan terdapat positif etiologi virus yang lain tetapi negatif
COVID-19dan memiliki hubungan epidemiologi yang kuat dengan kontak eratatau riwayat
perjalanan dari wilayah terjangkit maka harus dilakukan pemeriksaan ulang. Karena
kemungkinan terjadinya infeksi sekunder belum diketahui.Hasil pemeriksaan laboratorium
dikirimkan oleh laboratorium pemeriksa ke Dirjen P2P cq.

PHEOC untuk kemudian diteruskan ke Emergency Operation Center (EOC) Pusat Krisis
Kesehatan. PHEOC mengirimkan hasil pemeriksaan ke Dinas Kesehatan dan Rumah Sakit
yang merawat kasus. Pelaporan satu pintuini diharapkan dapat lebih memudahkan berbagai
pihak terkait agar dapat berkoordinasi lebih lanjut.Jika hasil pemeriksaan laboratorium
positif, IHR Nasional Fokal Poin memberikan notifikasi ke WHO dalam 1x24 jam ( World
Health Organization(WHO), 2020).
F. Pemeriksaan Laboratorium nCoV-2019

Mendeteksi konvensional infeksi nCoV-2019 adalah dengan fluoresensi real-

timeRT-PCR. Semua uji untuk nCoV-2019 harus dilakukan oleh staf dengan pengetahuan
teknis dan keamanan yang relevan di laboratorium dengan kondisi yang tepat. Metode deteksi
asam nukleat dalam pedoman ini mengutamakan target Open Reading Frame lab(ORFlab)
dan proteinnukleokapsid (N) genom 2019 nCoV.Untuk mengkonfirmasi kasus positif di
laboratorium, kondisi berikut harus dipenuhi:Hasil test RT-PCR fluoresensi real-
timespesifik adalah positif pada kedua target COVID-19(ORFlab, N) dalam spesimen
yang sama, dan pengambilan sampel serta menguji ulang diperlukan jika hanya satu hasil
positif yang diamati.Infeksi nCoV-2019 tidak dapat ditiadakan oleh hasil negatif, dan
faktor-faktor yang dapat menyebabkan hasil negatif palsu harus dikeluarkan, termasuk:
kualitas sampel yang buruk, seperti sampel saluran pernapasan dari orofaring;terlalu dini atau
pengumpulan sampel yang terlambat;kegagalan untuk menyimpan, membawa, dan
memproses sampel;masalah teknologi lainnya seperti mutasi virus, penekanan PCR, dll.

G. Asam Nukleat nCoV-2019 Terdeteksi oleh Fluoresensi Real-TimeRT-PCR

1. Tujuan Untuk menstandarisasi prosedur kerja real-timefluoresensi RT-PCR
untuk mendeteksi asam nukleat nCoV-2019, dan untuk memastikan akurasi dan
keandalan hasil percobaan.
2. Ruang Lingkup Aplikasi Diterapkan pada uji RT-PCR fluoresensi real-timeasam
nukleat nCoV-2019.
3. Tanggung JawabPenguji: bertanggungjawab untuk menguji sampel sesuai dengan
pedoman uji ini.Peninjau: bertanggungjawab untuk memeriksa apakah uji
yangdilakukan standar dan apakah hasil uji akurat.Kepala departemen:
bertanggungjawab untuk meninjau manajemen komprehensif dan hasil uji.
4. Penerima Sampel dan PersiapanPeriksa nama, jenis kelamin, usia, identitas dan uji
sampel; sampel yang abnormal harus ditandai; sampel harus disimpan dalam suhu
-700C sebelum dilakukan uji.
5. Item Uji
a. Uji untuk asam nukleat nCoV-2019 (fluoresensi real-timeRT-PCR)Primer dan
menjajaki wilayah gen ORFlab dan N nCoV-2019 direkomendasikan.

Target satu (ORFlab):

Forward primer (F): CCCTGTGGGTTTTACACTTAA

Reverse primer (R): ACGATTGTGCATCAGCTGA

Probe Fluoresens (P): 5'-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-

BHQ1-3’

Target dua (N):

 Forward primer (F): GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT

Reverse primer (R): CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG

Probe Fluoresens(P): 5’-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-TAMRA3’

Sistem reaksi dan kondisi reaksi ekstraksi asam nukleat dan fluoresensi real-
timeRT-PCR merujuk pada instruksi alat.

b. Hasil Penilaian
Negatif: tidak ada nilai Ct atau Ct ≥40.
Positif: Ct<37 dapat dilaporkan positif.
Area abu-abu: Nilai Ct antara 37 dan 40 dan tes ulang dianjurkan. Jika nilai
Ct berulang <40, dan kurva amplikasi menunjukkan puncak yang jelas,
sampel harus dinilai positif atau negatif.
Catatan: jika komersial kit digunakan, instruksi yang disediakan pabrik akan
berlaku.

H. Tata Kelola Rapid Test Antibodi dan Rapid Test Antigen

Penanganan COVID-19 di Indonesia menggunakan Rapid TestAntibodi dan/atau Rapid

TestAntigen pada OTG/kasuskontak dari pasien konfirmasi COVID-19. Rapid
TestAntibodi/Rapid TestAntigen dapat jugadigunakan untuk deteksi kasus ODP dan PDP
pada wilayah yang tidak mempunyai fasilitas untuk pemeriksaan RT-PCRatau tidak
mempunyai media pengambilan spesimen (Swab dan VTM).Pemeriksaan Rapid
TestAntibodidan/atau Rapid TestAntigen hanya merupakan screening awal, hasil
pemeriksaan Rapid TestAntibodidan/atau Rapid TestAntigen harustetap dikonfirmasi dengan
menggunakan RT-PCR.

1. Rapid TestAntibodiSpesimen yang diperlukan untuk pemeriksaan ini adalah

darah. Pemeriksaan ini dapat dilakukan pada komunitas (masyarakat).
2. Rapid Test AntigenSpesimen yang diperlukan untuk pemeriksaan ini adalah Swab
orofaring/ Swab nasofaring. Pemeriksaan ini dilakukan di fasyankes yang memiliki
fasilitas biosafety cabinet.

I. Pemeriksaan fisis

Pada pemeriksaan fisik dapat ditemukan tergantung ringan atau beratnya manifestasi klinis.

1. Tingkat kesadaran: kompos mentis atau penurunan kesadaran

2. Tanda vital: frekuensi nadi meningkat, frekuensi napas meningkat, tekanan darah
normal atau menurun, suhu tubuh meningkat. Saturasi oksigen dapat normal atau
turun.
3. Dapat disertai retraksi otot pernapasan.
4. Pemeriksaan fisis paru didapatkan inspeksi dapat tidak simetris statis dan
dinamis, fremitus raba mengeras, redup pada daerah konsolidasi, suara napas
bronkovesikuler atau bronkial dan ronki kasar.
J. Pemeriksaan penunjang

Pemeriksaan penunjang yang dilakukan diantaranya:

1. Pemeriksaan radiologi: foto toraks, CT-scan toraks, USG toraks Pada pencitraan dapat
menunjukkan: opasitas bilateral, konsolidasi subsegmental, lobar atau kolaps paru atau
nodul, tampilan ground-glass. Pada stage awal, terlihat bayangan multiple plak
kecil dengan perubahan intertisial yang jelas menunjukkan di perifer paru dan
kemudian berkembang menjadi bayangan multiple ground-glass dan infiltrate di
kedua paru. Pada kasus berat, dapat ditemukan konsolidasi paru bahkan “white-lung”
dan efusi pleura (jarang).

Gambar 6. Gambaran CT Scan Toraks pasien pneumonia COVID-19 di Wuhan,

Tiongkok.

a. CT Toraks Transversal, laki-laki 40 tahun, menunjukkan multiple lobular bilateral

dan area subsegmental konsolidasi hari ke-15 setelah onset gejala.
b. CT Toraks transversal, wanita 53 tahun, opasitas ground-glass bilateral dan area
subsegmental konsolidasi, hari ke-8 setelah onset gejala.
 c. Dan bilateral ground-glass opacity setelah 12 hari onset gejala (WHO, 2020)

2. Pemeriksaan spesimen saluran napas atas dan bawah

a. Saluran napas atas dengan swab tenggorok(nasofaring dan orofaring)
b. Saluran napas bawah (sputum, bilasan bronkus, BAL, bila menggunakan endotrakeal
tube dapat berupa aspirat endotrakeal).
Untuk pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2, (sequencing bila tersedia).
Ketika melakukan pengambilan spesimen gunakan APD yang tepat. Ketika
mengambil sampel dari saluran napas atas, gunakan swab viral (Dacron steril atau
rayon bukan kapas) dan media transport virus. Jangan sampel dari tonsil atau
hidung. Pada pasien dengan curiga infeksi COVID-19 terutama pneumonia atau
sakit berat, sampel tunggal saluran napas atas tidak cukup untuk eksklusi diagnosis
dan tambahan saluran napas atas dan bawah direkomendasikan. Klinisi dapat
hanya mengambil sampel saluran napas bawah jika langsung tersedia seperti pasien
dengan intubasi. Jangan menginduksi sputum karena meningkatkan risiko transmisi
aerosol. Kedua sampel (saluran napas atas dan bawah) dapat diperiksakan jenis
patogen lain.26 Bila tidak terdapat RT-PCR dilakukan pemeriksaan serologi.
Pada kasus terkonfirmasi infeksi COVID-19, ulangi pengambilan sampel dari
saluran napas atas dan bawah untuk petunjuk klirens dari virus. Frekuensi
pemeriksaan 2-4 hari sampai 2 kali hasil negative dari kedua sampel serta secara
klinis perbaikan, setidaknya 24 jam. Jika sampel diperlukan untuk keperluan
pencegahan infeksi dan transmisi, specimen dapat diambil sesering mungkin yaitu
harian.
c. Bronkoskopi.
d. Pungsi pleura sesuai kondisi.
e. Pemeriksaan kimia darah.
1) Darah perifer lengkap Leukosit dapat ditemukan normal atau menurun; hitung
jenis limfosit menurun. Pada kebanyakan pasien LED dan CRP meningkat.
2) Analisis gas darah.
3) Fungsi hepar (Pada beberapa pasien, enzim liver dan otot meningkat).
4) Fungsi ginjal.
5) Gula darah sewaktu.
6) Elektrolit.
7) Faal hemostasis ( PT/APTT, d Dimer), pada kasus berat, D-dimer meningkat.
8) Prokalsitonin (bila dicurigai bakterialis).
9) Laktat (Untuk menunjang kecurigaan sepsis).
f. Biakan mikroorganisme dan uji kepekaan dari bahan saluran napas (sputum, bilasan
bronkus, cairan pleura) dan darah Kultur darah untuk bakteri dilakukan, idealnya
sebelum terapi antibiotik. Namun, jangan menunda terapi antibiotik dengan
menunggu hasil kultur darah).
g. Pemeriksaan feses dan urin (untuk investasigasi kemungkinan penularan)
(WHO, 2020).
 DAFTAR PUSTAKA

WHO. Novel Coronavirus (2019-nCoV) Situation Report-1. Januari 21, 2020.

WHO. Global Surveillance for human infection with novel coronavirus (2019-nCoV). [Serial
on The Internet]. Cited Feb 3rd 2020. Available on:(https://www.who.int/publications-
detail/globalsurveillance-for-human-infection-with-novelcoronavirus-(2019-ncov) (Jan 31th
2020).

WorldHealthOrganization(WHO).2020.Advice for public.https://www.who.int

/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/advice-for-public.Diakses20Januari2020