BAB VI

PENDEKATAN MOLEKULAR UNTUK MEMPELAJARI BIOTA TANAH

I. Jenis Dan Struktur Asam Nuklik

Dua jenis asam nukleak disemua sel, DNA, da RNA, adalah molekul targe untuk
sebagian besar analisis molecular. DNA diketahui mengandung rasio equimolar (A) dan Timin
(T), sitosin (C), dan Euanin (G).

II. Analisi Nukleat Asam dalam Studi Ekologi Tanah.

Ada tiga kategori dasar untuk menganalisa asam nukleat:

1. Analisis asam nukleat in situ

2. Analisis langsung atau sikuensing ekstrak asam nukleat
3. Analisis pigmen PCR yang diperkuat dari DNA

III. Direck Analisis Molecular of Soil Biota

A. Hibridisasi

Asam nukleat hibridisasi asam nukleat melibatkan ikatan asam nukleat pendek (probe)
untuk urutan target. Probe hibridisasi asam nukleat digunakan untuk mendeteksi kelompok
finogenetik spesifik dari bakteri,archaea, dan eucarya dalam sampel tanah yang disiapkan secara
tepat dengan menggunakan teknik IKAN (Amann dan fuche,2008, Amann dan Budujing,2000).

B. Confocal Microscopy

Confocal Laser Scanning Microscopy (CLSM), dikombinasikan dengan teknik hibridasi

in situ, prinsip dasra CLSM adalah untuk membuat ganbar yang hanya terdiri dari sinyal
fivoresansi yang dipancarkan dari satu bidang focus.
 IV. Biosenser dan Teknologi Penanda

Gen penanda yang diperkenalkan, seperti LUKAB (luminescence), IACZ (p

galastenciance), XYIC 2,3.dioksigense) telah digunakan dengan sukses dalam studi ekologi
mikroba tanah. Salah satu gen yang paling menarik perhatian dalam studi rhizofer adalah gfp,
yang mengkodekan protein fluorescent liyew (GFP). Penanda genetic biokiminesensi dapat
digunakan untuk mengedintifikasi, melacak, dan menghitung organism tertentu dimana gen telah
dikloning dan diperkenalkan kembali dilingkungan (Chalfi et al, 1994).

V. Ekstraksi Asam Nuklir (DNA/RNA)

Kedua analisis asam nukleat komunitas dan yang didapatkan pada amplifikasi PCR dari
gen target dan mengharuskan asam nukleat yang terkandung dalam tanah. Ada dua pendekatan
utama: (1),fraksinasi sel dan (2)lisis langsung. Dalam fraksinasi sel, sel microba utuh di ekstrak
dari matriks tanah. Dalam metode lisis langsung, sel sel mikroba lisis langsung ditanah atau
sedimen dan kemudian asam nukleat dipisahkan dari matriks tanah dengan cara yang sama
seperti yang telah dijelaskan.

VI. Memilih antara DNA dan RNA untuk memelihara Biota Tanah

Analis DNA yang sering digunakan Karen DNA lebih stabil dan lebih mudah dan lebih murah
untuk diambil dari tanah. Masalah utama analisis DNA karena tidak mencerminkan kelimpahan
atau akivitas potensial dari organism yang berbeda dari sampel. Disisi lain RNA sangat stabil
sehingga sangat sulit mengestrak tanah sebelum tersegradasi.
 BAB 7

METODE FISIOLOGIS DAN BIOKIMIA UNTUK MEMPELAJARI BIOTA TANAH

DAN FUNGSINYA

I. Skala Investigasi dan Koleksi Sample

Investigasi masalah mikro berkonsentrasi baik pada agregat tanah atau pada mikrohbitat
yang berbeda yang ditandai dengan pergantian bahan organic yang tinggi (misalnya shizosfer,
drilosfer, dan antarmuka serasah tanah) investigasi pada skala plok adalah strategi dominancial
tanah untuk studi kimia dan biologi tanah.

II. Penyimpanan dan Prekreatment Samples

Gangguan tanah yang terkait dengan pengambilan sampel dapat memicu perubahan
dalam populasi tanah selama interval penyimpanan.

III. Biomassa Mikroba

A. Fumigasi lukubasi dan metode ekstraksi fumigasi
B. Respirasi yang di induksi

IV. Analisi Komposit Khusus dari Biomassa Mikroba aktif dan Struktur komunitas
Mikroba
A. ATP Sebagai Ukuran Biomassa Mikroba Aktif

Pengukuran konten ATP relative terhadap AMP dan ADP ditambah

ATP (AEC = (ATP + 0,5×ADP) /(AMP +ADP +ATP) memberikan ukuran muatan energy dari
biota tanah.
 B. Mikroba Komponen Membran dan Asam lemak

Lipit memberikan peran penting sebagai sumber energy (yaitu lipit netral), sebagai
komponen structural membran (yaitu fosfolipit ) dan atau sebagai produk penyimpanan sel.
Asam lemak adalah fraksi utama dari lipit, mereka mengandung rantai C yang sepenuhnya jenuh
atau tidak jenuh yang mengandung asam banyak kasus,satu atau dua ikatan rangkap.

Lipid dapat diekstrak dari biota tanah dengan ekstraksi klloroform-metana satu fase.
Permasalahan lipid yang diekstraksi pada kolom asam silikat menghasilkan lipid netral ,
glikolipid, dan lipid pelar.

C. Fosfolipid Etherlipids
D. Quinones Pernapasan

Ada dua kelompok besar kuman dalam tanah. (1) ulsi-sumoer (1 metil-2-isoprenil-3,4-
dimetoxytkira-benzoquinone), dan (2) menaquinones(1-isopropil-2-methyl-naphththequinone)

E. Ergosterol sebagai Ukuran Biomassa Jamur

Ergesterol adalah sterol utama dari banyak jamur (arcomy-cetes dan basidiomycetes),
namun tidak terjadi pada tumbuhan. Sebagai contoh, Glomeromycota,jamur mikoriza
arbuskular, mengandung 24-etil kolesterol, dan anggota keluarga mestisquence mengandung
desmesterol (grandumongin-ferjadi et al,1999).

F. Gene Abudance sebagai ukuran biomassa kelompok spesifik mikroganisme tanah.

G. Analisis komponen- spesifik produk mikroba
 V. Komposisi Isotopik Biomassa Mikroba dan molekul signal

Pelacak isotop radioaktif dan stabil digunakan untuk mengikuti aliran C dan nutrisi (N,P
dan S) kedalam total biomassa mikroba, kelompok mikroganisme tertentu diikuti dengan teknik
pembelahan yang berbeda dalam pengayaan 13 C mereka yang sebenrnya: kelimpahan alam,
dekat dalam kelimpahan (50-500%) atau sangat diperkarya (>500%) (amekong,et ali ,2008)

VI. Analisis Fisiologi

Berbagai macam proses tanah berdasarkan fisiologi diketahui (misalnya dekomposisi,

ammonification, nutrifikasi, denitrifikasi, fiksasi bis P mineralisasi dan trnasfernisasi S)

A. Study Budaya

Budaya organism tanah melibatkan mentranfer prosedur kenutrisi media yang kondusif untuk
pertumbuhan.

B. Isolasi Dan Karakterisasi organism SPesifik

Organism spesifik biasanya diveksi dari tanah dengan menggunakan subcair atau padat.
Lingkungan pertumbuhan spesifik ments termaksud PH tinggi atau rendah anaesiolisis atau
salinitas tinggi.

C. Pertumbuhan Dan Respirasi Mikroba

Komunitas mikroba yang mengoksidasi bahan organic yang terjadi secara alami seperti
karbohidrat menurut persamaan umum:

CH20 + O2 +H2 O + Intermediet +bahan seluler + E-.

Dalam kondisi anaerobic, reaksi heterotrofik yang paling umum adalah fermentasi, yang dalam
bentuk paling sederhana adalah:

C6H12O6 + 2 CH3 CH2 OH + Intermediet + bahan seluler + energy.

 D. Mineralisasi nitrogen

Nitrogen (N) mineralisasi di perkirakan dilapangan atau percobaan laboratorium sebagai

pelepasan N anorganik dari tanah. Ketersediaan nitrogen diukur menggunakan aerobic dan
anerobik uji inkubasi bik serta pengukuran H anorganik tanah.

E. Aktivitas Enzim

Enzim adalah protein khusus yang bergabung dengan subtrak spesifik dan bertindak untuk
mengkatalisasi reaksi biokimia. Enzim terkait dengan prosiferasi sel sel terjasi di sitoplasma,
membrane periplasmis, dan membrane sel.