Nama : Evy Widiastuti

Nim : 24185367A

Praktikum : 1B

Tugas : Remidi Praktikum Bioteknologi

SOAL :

MALSNSTTVLPFLASLWQETDEPGGNMSADLARRSQLRDDSKLE

ALYILMVLGFFGFFTLGIMLSYIRSKKLEHSHDPFNVYIESDAWQEKGKALFQARVLE

SFRACYVIENQAAVEQPATHLPELKPLS

1.Sebutkan nama Gen & spesies dari data diatas

2.Siapkan data-data yang dibutuhkan untuk memperbanyak PROTEIN diatas (alasan memilih data
tersebut ,hasil yang didapat ketika menggunakan data tersebut)

JAWAB :

Rattus norvegicus potassium voltage-gated channel subfamily E regulatory subunit

1 (Kcne1), mRNA
1. Gen : Kcne1 

Spesies : Rattus norvegicus (Norway rat)

2. Data yang diperlukan : Primer

Karena untuk memperbanyak gen penghasil protein diperlukan Primer
Hasil yang didapatkan adalah perbanyakan hasil dari protein yang terdapat pada soal diatas.

CARA KERJA :
A.
1. ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian
2.klik BLAST , merupakan suatu alat pencari yang dapat mencari sekuen yang mirip
3.klik tblastn , untuk membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database
sekuen nukleotida secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan
4.masukkan data , klik BLAST
 5.dari 100 sekuen pilih dan klik data yang memiliki Query coverage dan per ident 100%

6.copy data yang dipilih

B.
1. ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian
2.Pada menu search ganti all database menjadi nukleotida
3.tuliskan jenis nukleotida yang ingin diketahui pada kotak pencarian, klik search, didapatkan
hasil seperti berikut
4.hasil pencarian , klik cds (CoDing Sequence)
5.pada bagian ORIGIN , pilih 10 basa awal dan 10 basa terakhirnya

6.kemudian secara teoritis hitung Tm primer

dengan menggunakan rumus (2x (A+T)) + (4x (G+C))
7.Tm primer yang baik 500C– 650C

PERHITUNGAN :

ATGGCCCTG TACTGTCATGA
Tm primer = (2x (A+T)) + (4x (G+C))

= (2x (4+6)) + (4x (5+5))

= (2X10) + ( 4X10)

= 20 + 40 = 600C

jumlah basa G+C

% GC = × 100 %
jumlah basa seluruhnya

10
= ×100 %=50 %
20

GC Clamp

5’ A T G G C C C T G T A C T G T C A T G A 3’

3’ A G T A C T G T C A T G T C C C G G T A 5’  5’ T C A T G A C A G T A C A G G G C C A T 3’

TCATGACAGTACAGGGCCAT

Tm primer = (2x (A+T)) + (4x (G+C))

= (2x (6+4)) + (4x (5+5))

= (2X10) + ( 4X10)

= 20 + 40 = 600C

jumlah basa G+C

% GC = × 100 %
jumlah basa seluruhnya

10
= ×100 %=50 %
20

ANALISIS HASIL :

1. Primer yang dibuat BAIK ( 600C), karena memenuhi syarat Tm primer yang baik yakni
berkisar 500C– 650C , serta memenuhi GC content (50%) didalam primer yang ideal sekitar
40% - 60%
2. Query coverage 100% , persentasi dari panjang nukleotida yang selaras dengan database
yang terdapat pada BLAST
3. Per ident 100% , mengindikasikan bahwa isolat memiliki spesies yang sama
4.