Anda di halaman 1dari 6

Epidemiologi dan patogenesis wabah penyakit coronavirus (COVID-19)

ABSTRAK

Penyakit coronavirus (COVID-19) disebabkan oleh SARS-COV2 dan mewakili agen penyebab dari

penyakit fatal yang menjadi perhatian besar kesehatan masyarakat global. Berdasarkan banyaknya
jumlah orang yang terinfeksi terkena pasar hewan basah di Kota Wuhan, Cina, disarankan bahwa ini
kemungkinan asal zoonosis COVID-19. Penularan infeksi COVID-19 dari orang ke orang menyebabkan
isolasi pasien yang kemudian diberikan berbagai perawatan. Tindakan ekstensif untuk mengurangi
penularan dari orang ke orang COVID-19 telah diterapkan untuk mengendalikan wabah saat ini.
Perhatian dan upaya khusus untuk melindungi atau mengurangi penularan harus diterapkan pada
populasi yang rentan termasuk anak-anak, penyedia layanan kesehatan, dan Orang tua. Dalam ulasan
ini, kami menyoroti gejala, epidemiologi, penularan, patogenesis, analisis filogenetik, dan arah masa
depan untuk mengendalikan penyebaran penyakit fatal ini.

1. Perkenalan

Coronavirus adalah salah satu patogen utama yang terutama menargetkan virus sistem pernapasan
manusia. Wabah koronavirus (CoV) sebelumnya termasuk sindrom pernafasan akut yang parah (SARS)
-CoV dan Sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS) -CoV yang sebelumnya telah ditandai sebagai agen
yang merupakan ancaman kesehatan masyarakat yang besar. Di akhir Desember 2019, sekelompok
pasien dirawat di rumah sakit dengan diagnosis awal pneumonia dari etiologi yang tidak diketahui.
Pasien-pasien ini secara epidemiologis terkait dengan makanan laut dan hewan basah pasar grosir di
Wuhan, Provinsi Hubei, Cina [1,2]. Laporan awal meramalkan timbulnya wabah Coronavirus yang
potensial mengingat perkiraan jumlah reproduksi untuk Coronavirus Novel (Baru) 2019 (COVID-19,
disebutkan oleh WHO pada 11 Februari 2020) yang dianggap demikian secara signifikan lebih besar dari
1 (berkisar dari 2,24 ke 3,58) [3]. Kronologi infeksi COVID-19 adalah sebagai berikut. Kasus pertama
dilaporkan pada Desember 2019 [4]. Dari 18 Desember 2019 hingga 29 Desember 2019, lima pasien
dirawat di rumah sakit dengan sindrom gangguan pernapasan akut dan salah satu dari pasien ini
meninggal [5]. Pada 2 Januari 2020, 41 pasien dirawat di rumah sakit telah diidentifikasi sebagai
memiliki infeksi COVID-19 yang dikonfirmasi di laboratorium, kurang dari setengahnya pasien memiliki
penyakit yang mendasarinya, termasuk diabetes, hipertensi, dan penyakit kardiovaskular [6]. Pasien-
pasien ini diduga terinfeksi di rumah sakit itu, kemungkinan karena infeksi nosokomial. Disimpulkan
bahwa COVID-19 bukanlah virus penyebaran super-panas (disebarkan oleh satu sabar terhadap banyak
orang lain), tetapi agaknya menyebar karena banyak pasien terinfeksi di berbagai lokasi di seluruh
rumah sakit melalui mekanisme yang tidak diketahui. Selain itu, hanya pasien yang sakit klinis diuji,
sehingga ada kemungkinan lebih banyak pasien yang mungkin terinfeksi. Pada tanggal 22 Januari 2020,
total 571 kasus Koronavirus baru 2019 (COVID-19) dilaporkan di 25 provinsi (kabupaten dan kota) di
Tiongkok [7]. Komisi Kesehatan Nasional China melaporkan rincian 17 kematian pertama hingga 22
Januari, 2020. Pada 25 Januari 2020, total 1975 kasus dipastikan terinfeksi COVID-19 di daratan Cina
dengan total 56 kematian [8]. Laporan lain pada 24 Januari 2020 memperkirakan insiden kumulatif di
Cina menjadi 5502 kasus [9]. Pada 30 Januari 2020, 7734 kasus telah dikonfirmasi di Cina dan 90 kasus
lainnya juga telah dilaporkan dari sejumlah negara yang meliputi Taiwan, Thailand,

Vietnam, Malaysia, Nepal, Sri Lanka, Kamboja, Jepang, Singapura, Republik Korea, Uni Emirat Arab,
Amerika Serikat, Filipina, India, Australia, Kanada, Finlandia, Prancis, dan Jerman. Itu tingkat fatalitas
kasus dihitung menjadi 2,2% (170/7824) [10]. Pertama kasus infeksi COVID-19 yang dikonfirmasi di
Amerika Serikat menyebabkan deskripsi, identifikasi, diagnosis, kursus klinis, dan manajemen dari kasus
ini. Ini termasuk gejala ringan awal pasien pada presentasi dan berkembang menjadi pneumonia pada
hari ke 9 penyakit [11]. Lebih lanjut, kasus pertama penularan COVID-19 dari manusia ke manusia adalah
dilaporkan di AS pada 30 Januari 2020 (https://www.cdc.gov/media/ rilis / 2020 / p0130). CDC sejauh ini
telah menyaring> 30.000 penumpang yang tiba di bandara AS untuk virus corona baru. Mengikuti
seperti itu skrining awal, 443 orang telah diuji untuk infeksi coronavirus di 41 negara bagian di AS. Hanya
15 (3,1%) yang dinyatakan positif, 347 negatif dan hasil pada 81 sisanya tertunda (https: //
www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov). Sebuah laporan yang diterbitkan di Nature mengungkapkan
bahwa otoritas kesehatan Cina menyimpulkan bahwa pada Februari 7, 2019, ada 31.161 orang yang
telah tertular infeksi di Tiongkok, dan lebih dari 630 orang telah meninggal (http: //
www.nature.com/articles/d41586-020-00154) infeksi. Pada saat mempersiapkan naskah ini, Organisasi
Kesehatan Dunia (WHO) melaporkan 51.174 kasus yang dikonfirmasi termasuk 15, 384 kasus parah dan
1666 kasus kematian di Tiongkok. Secara global, jumlah kasus yang dikonfirmasi hingga saat ini tulisan
(16 Februari 2020) telah mencapai 51.857 di 25 negara.

2. Gejala

Gejala infeksi COVID-19 muncul setelah inkubasi periode sekitar 5,2 hari [12]. Periode sejak awal

COVID-19 gejala kematian berkisar antara 6 hingga 41 hari dengan median 14 hari [8]. Periode ini
tergantung pada usia pasien dan status sistem kekebalan tubuh pasien. Itu lebih pendek di antara
pasien> 70 tahun dibandingkan dengan mereka yang berusia di bawah 70 [8]. Itu gejala paling umum
pada awal penyakit COVID-19 adalah demam, batuk, dan kelelahan, sementara gejala lainnya termasuk
produksi dahak, sakit kepala, hemoptisis, diare, dyspnoea, dan limfopenia [5,6,8,13]. Gambaran klinis
yang diungkapkan oleh CT scan dada disajikan sebagai pneumonia, Namun, ada fitur abnormal seperti
RNAaemia, sindrom gangguan pernapasan akut, cedera jantung akut, dan kejadian opacities grand-kaca
yang menyebabkan kematian [6]. Dalam beberapa kasus, banyak kekeruhan tanah-kaca perifer diamati
di daerah subpleural dari kedua paru-paru [14] yang kemungkinan menginduksi respon imun sistemik
dan lokal yang menyebabkan peningkatan peradangan. Sayangnya, pengobatan beberapa kasus dengan
inhalasi interferon tidak menunjukkan efek klinis dan sebagai gantinya tampak memperburuk kondisi
dengan meningkatkan opasitas paru [14] (Gbr. 2).

Penting untuk dicatat bahwa ada kesamaan dalam gejalanya antara COVID-19 dan betacoronavirus
sebelumnya seperti demam, kering batuk, dispnea, dan opasitas bilateral ground-glass pada CT scan
dada

[6]. Namun, COVID-19 menunjukkan beberapa fitur klinis unik itu termasuk penargetan jalan napas
bawah yang dibuktikan dengan gejala saluran pernapasan atas seperti rhinorrhoea, bersin, dan sakit
tenggorokan
[15,16]. Selain itu, berdasarkan hasil dari radiografi dada Gambar. 2. Gangguan sistemik dan pernapasan
yang disebabkan oleh infeksi COVID-19. Masa inkubasi infeksi COVID-19 adalah sekitar 5,2 hari. Sana

adalah kesamaan umum dalam gejala antara COVID-19 dan betacoronavirus sebelumnya. Namun,
COVID-19 menunjukkan beberapa fitur klinis unik itu termasuk penargetan jalan napas bawah yang
dibuktikan dengan saluran pernapasan atas gejala seperti rhinorrhoea, bersin, dan sakit tenggorokan.
Selain itu, pasien terinfeksi COVID-19 mengembangkan gejala usus seperti diare hanya a persentase
rendah pasien MERS-CoV atau SARS-CoV menunjukkan diare. masuk, beberapa kasus menunjukkan
infiltrat di lobus atas

paru-paru yang berhubungan dengan peningkatan dispnea dengan hipoksemia [17]. Yang penting,
sedangkan pasien yang terinfeksi COVID-19 mengalami gejala gastrointestinal seperti diare, persentase
rendah MERS-CoV atau pasien SARS-CoV mengalami tekanan GI yang serupa. Karena itu penting untuk
menguji sampel feses dan urin untuk mengecualikan rute alternatif penularan yang potensial, khususnya
melalui perawatan kesehatan pekerja, pasien dll (Gbr. 2) [15,16]. Oleh karena itu, pengembangan
metode untuk mengidentifikasi berbagai mode transmisi seperti faecal dan sampel urin sangat
diperlukan untuk mengembangkan strategi untuk menghambat dan / atau meminimalkan penularan
dan untuk mengembangkan terapi mengendalikan penyakit.

3. Patogenesis

Gejala parah COVID-19 dikaitkan dengan peningkatan jumlah dan tingkat kematian khususnya di wilayah
epidemi Cina. Pada 22 Januari 2020, Komisi Kesehatan Nasional China melaporkan rincian 17 kematian
pertama dan pada 25 Januari 2020 kematian kasus meningkat menjadi 56 kematian [8]. Persentase
kematian di antara melaporkan 2684 kasus COVID-19 sekitar 2,84% pada Januari 25, 2020 dan usia rata-
rata kematian adalah 75 (kisaran 48-89) tahun [8]. Pasien yang terinfeksi COVID-19 menunjukkan jumlah
leukosit yang lebih tinggi, temuan pernapasan abnormal, dan peningkatan kadar sitokin pro-inflamasi
plasma. Salah satu laporan kasus COVID-19 menunjukkan pasien pada 5 hari demam disajikan dengan
batuk, napas kasar suara kedua paru-paru, dan suhu tubuh 39,0 ° C. Pasien dahak menunjukkan hasil
reaksi rantai polimerase real-time positif yang mengkonfirmasi infeksi COVID-19 [14]. Studi laboratorium
menunjukkan leukopenia dengan jumlah s di antaranya 70,0% adalah neutrofil. Selain itu, nilai 16,16
mg / L darah Protein C-reaktif tercatat berada di atas kisaran normal (0–10 mg / L). Tingkat sedimentasi
eritrosit yang tinggi dan D-dimer adalah juga diamati [14]. Patogenesis utama infeksi COVID-19 sebagai
virus penargetan sistem pernapasan adalah pneumonia berat, RNAaemia, dikombinasikan dengan
kejadian kekeruhan tanah-kaca, dan cedera jantung akut [6]. Kadar sitokin dan kemokin dalam darah
yang sangat tinggi dicatat pada pasien dengan infeksi COVID-19 yang termasuk

IL1-β, IL1RA, IL7, IL8, IL9, IL10, FGF2 dasar, GCSF, GMCSF, IFNγ, IP10, MCP1, MIP1α, MIP1β, PDGFB,
TNFα, dan VEGFA. Beberapa yang parah kasus yang dirawat di unit perawatan intensif menunjukkan
tingkat tinggi sitokin proinflamasi termasuk IL2, IL7, IL10, GCSF, IP10, MCP1, MIP1α, dan TNFα yang
beralasan meningkatkan keparahan penyakit [6].

4. Transmisi

Berdasarkan jumlah besar orang yang terinfeksi yang terpapar pasar hewan basah di Kota Wuhan di
mana hewan hidup secara rutin dijual, disarankan bahwa ini kemungkinan asal zoonosis dari COVID19.
Upaya telah dilakukan untuk mencari inang reservoir atau pembawa perantara dari mana infeksi
mungkin telah menyebar ke manusia. Laporan awal mengidentifikasi dua spesies ular yang mungkin
reservoir COVID-19.

Namun, sampai saat ini, belum ada bukti yang konsisten dari reservoir virus corona selain mamalia dan

burung [10,18]. Analisis urutan genomik COVID-19 menunjukkan 88% identitas dengan dua sindrom
pernapasan akut berat yang diturunkan kelelawar (SARS) - seperti coronavirus [19,20], menunjukkan
bahwa mamalia adalah kemungkinan besar hubungan antara COVID-19 dan manusia. Beberapa laporan
telah menyarankan bahwa penularan dari orang ke orang kemungkinan merupakan rute untuk
menyebarkan infeksi COVID-19. Ini didukung oleh kasus-kasus yang terjadi dalam keluarga dan di antara
orang-orang yang tidak mengunjungi hewan basah pasar di Wuhan [13,21]. Penularan dari orang ke
orang terjadi terutama melalui kontak langsung atau melalui tetesan yang disebarkan oleh batuk atau
bersin dari orang yang terinfeksi. Dalam sebuah penelitian kecil yang dilakukan pada perempuan pada
trimester ketiga yang dipastikan terinfeksi pada coronavirus, tidak ada bukti bahwa ada transmisi dari
ibu ke anak. Namun, semua ibu hamil menjalani operasi sesar bagian, sehingga masih belum jelas
apakah transmisi dapat terjadi selama kelahiran vaginal. Ini penting karena ibu hamil relative lebih
rentan terhadap infeksi oleh patogen pernapasan dan parah pneumonia (https://www.thelancet.com,
DOI: https: //doi.org/10.

1016 / S0140-6736 (20) 30360-3). Pengikatan reseptor yang diekspresikan oleh sel inang adalah langkah
pertama infeksi virus diikuti oleh fusi dengan membran sel. Itu beralasan bahwa sel-sel epitel paru-paru
adalah target utama virus. Jadi begitulah telah dilaporkan bahwa transmisi SARS-CoV dari manusia ke
manusia terjadi dengan pengikatan antara domain pengikat reseptor virus paku dan reseptor seluler
yang telah diidentifikasi sebagai reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) [20,22]. Yang penting,
itu

urutan domain pengikatan reseptor paku COVID-19 serupa dengan SARS-CoV. Data ini sangat
menyarankan masuknya ke host sel kemungkinan besar melalui reseptor ACE2 [20].

5. Analisis filogenetik Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah mengklasifikasikan COVID-19


sebagai β CoV dari grup 2B [23]. Sepuluh urutan genom COVID-19 diperoleh dari total
sembilan pasien menunjukkan 99,98% identitas urutan [19]. Studi lain menunjukkan ada 99,8-
99,9% identitas nukleotida di isolat dari lima pasien dan hasil urutan mengungkapkan adanya
strain beta-CoV baru [5]. Urutan genetik COVID19 menunjukkan lebih dari 80% identitas untuk
SARS-CoV dan 50% ke MERSCoV [5,19], dan SARS-CoV dan MERS-CoV berasal dari
kelelawar [24]. Dengan demikian, bukti dari analisis filogenetik menunjukkan bahwa COVID-19
milik genus betacoronavirus, yang mencakup SARSCoV, yang menginfeksi manusia, kelelawar,
dan hewan liar [25]. COVID-19 mewakili anggota ketujuh dari keluarga coronavirus yang
menginfeksi manusia dan telah diklasifikasikan di bawah subfamili orthocoronavirinae. COVID-
19 membentuk clade di dalam subgenus sarbecovirus [25]. Berdasarkan identitas urutan
genetik dan laporan filogenetik, COVID-19 cukup berbeda dari SARS-CoV dan dengan
demikian dapat dianggap sebagai betacoronavirus baru yang menginfeksi manusia. COVID-19
kemungkinan besar dikembangkan dari coronavirus asal kelelawar. Sepotong bukti lain yang
mendukung COVID-19 berasal dari kelelawar adanya homologi tingkat tinggi dari reseptor
ACE2 dari a keanekaragaman spesies hewan, sehingga melibatkan spesies hewan ini sebagai
kemungkinan inang perantara atau model hewan untuk infeksi COVID-19 [20] Selain itu, virus-
virus ini memiliki satu kerangka baca terbuka yang utuh pada gen 8, yang merupakan indikator
lebih lanjut dari CoV asal kelelawar. Namun demikian urutan asam amino dari domain pengikat
reseptor tentatif menyerupai yang dari SARS-CoV, menunjukkan bahwa virus ini mungkin
menggunakan reseptor yang sama [5].

6. Pilihan terapi / pengobatan

Penularan infeksi COVID-19 dari orang ke orang menyebabkan isolasi pasien yang diberikan berbagai
perawatan. Di Saat ini, tidak ada obat antivirus khusus atau vaksin terhadap infeksi COVID19 untuk
terapi potensial pada manusia. Satu-satunya opsi yang tersedia menggunakan obat antivirus spektrum
luas seperti analog Nucleoside dan juga inhibitor HIV-protease yang dapat melemahkan infeksi virus
sampai

antivirus spesifik menjadi tersedia [7]. Perawatan yang ada begitu Sejauh ini telah dicoba menunjukkan
bahwa 75 pasien telah diberikan obat antivirus. Kursus pengobatan termasuk pemberian oral dua kali
sehari 75 mg oseltamivir, 500 mg lopinavir, 500 mg ritonavir dan pemberian intravena 0 · 25 g
gansiklovir selama 3-14 hari [26]. Laporan lain menunjukkan bahwa antivirus spektrum luas dan
kloroquine sangat efektif dalam pengendalian 2019-Infeksi nCoV secara in vitro. Senyawa antivirus ini
telah digunakan di Indonesia pasien manusia dengan rekam jejak keselamatan. Jadi, ini terapi agen
dapat dianggap untuk mengobati infeksi COVID-19 [27]. Selain itu, ada sejumlah senyawa lain yang
sedang dalam pengembangan. Ini termasuk kandidat klinis senyawa EIDD-2801 yang memiliki
menunjukkan potensi aganist tinggi musiman dan infeksi virus pandemi influenza dan ini merupakan
obat potensial lainnya

dipertimbangkan untuk pengobatan infeksi COVID-19 [28]. Sepanjang itu baris, sampai terapi yang lebih
spesifik tersedia, itu masuk akal untuk mempertimbangkan antivirus spektrum luas yang menyediakan
pengobatan obat pilihan untuk infeksi COVID-19 termasuk Lopinavir / Ritonavir, inhibitor
Neuraminidase, peptida (EK1), inhibitor sintesis RNA. Jelas Namun, penelitian lebih lanjut diperlukan
untuk mengidentifikasi obat kemoterapi baru untuk mengobati infeksi COVID-19. Untuk
mengembangkan profilaksis pra-dan pasca-paparan terhadap COVID-19, ada kebutuhan mendesak
untuk membuat model hewan untuk meniru penyakit parah saat ini diamati pada manusia. Beberapa
kelompok ilmuwan saat ini

bekerja keras untuk mengembangkan model primata bukan manusia untuk mempelajari infeksi
COVID19 untuk membangun terapi cepat novel dan untuk pengujian vaksin potensial selain memberikan
pemahaman yang lebih baik tentang interaksi host-virus.

7. Arah di masa depan untuk mengendalikan penyebaran penyakit Tindakan ekstensif untuk
mengurangi penularan dari orang ke orang COVID-19 diperlukan untuk mengendalikan wabah
saat ini. Perhatian khusus dan upaya untuk melindungi atau mengurangi penularan harus
diterapkan di populasi yang rentan termasuk anak-anak, penyedia layanan kesehatan, dan
Orang tua. Sebuah pedoman diterbitkan untuk staf medis, penyedia layanan kesehatan, dan,
individu dan peneliti kesehatan masyarakat yang tertarik pada 2019-nCoV [29]. Kasus kematian
dini Wabah COVID-19 terjadi terutama pada orang tua, kemungkinan karena ke sistem
kekebalan yang lemah yang memungkinkan perkembangan infeksi virus yang lebih cepat
[8,12]. Layanan dan fasilitas publik harus menyediakan reagen dekontaminasi untuk mencuci
tangan secara rutin. Fisik kontak dengan benda yang basah dan terkontaminasi harus
dipertimbangkan dalam berurusan dengan virus, terutama agen seperti feses dan urin sampel
yang berpotensi dapat berfungsi sebagai rute transmisi alternatif [15,16]. China dan negara-
negara lain termasuk AS telah menerapkan langkah-langkah pencegahan dan pengendalian
utama termasuk perjalanan pemutaran untuk mengendalikan penyebaran virus lebih lanjut [13].
Epidemiologis perubahan pada infeksi COVID-19 harus dipantau dengan mempertimbangkan
rute potensial penularan dan infeksi subklinis, di samping itu untuk adaptasi, evolusi, dan
penyebaran virus di antara manusia dan kemungkinan hewan dan reservoir menengah. Masih
ada sejumlah pertanyaan yang perlu ditangani. Ini termasuk, tetapi tidak terbatas pada,
perincian tentang siapa dan berapa banyak diuji, apa proporsi ini berubah positif dan apakah
angka ini tetap konstan atau variabel. Sangat sedikit kasus pediatrik sejauh ini dilaporkan;
apakah ini karena kurangnya tes atau benar-benar infeksi / kerentanan? Dari yang sudah diuji
sejauh ini, berapa yang sudah mengembangkan penyakit parah dan berapa banyak yang dites
positif tetapi tidak menunjukkan tanda klinis penyakit? Ada beberapa pertanyaan mendasar itu
akan memberikan kerangka kerja yang lebih spesifik dan rinci publik langkah-langkah
kesehatan dapat diterapkan. Deklarasi kepentingan yang bersaing Penulis menyatakan tidak
ada konflik kepentingan.
Ucapan Terima Kasih
Pekerjaan ini sebagian didukung oleh National Institute of Allergy dan Hibah Penyakit Menular
R01 AI129745 untuk SNB. Kami berterima kasih nona Michellie Thurman untuk bantuan
editorial.