Escherichia coli (E.coli) merupakan kuman penyebab tersering (60-80%) pada ISK serangan pertama.

5
Kuman lain penyebab ISK yang sering lainnya adalah Proteus mirabilis, Klebsiella pneumonia, Klebsiella
oksitoka, Proteus vulgaris, Pseudomonas aeroginosa, Enterobakter aerogenes, dan Morganella morganii,
Stafilokokus, dan Enterokokus

Pada ISK kompleks, sering ditemukan kuman yang virulensinya rendah seperti Pseudomonas, golongan
Streptokokus grup B, Stafilokokus aureus atau epidermidis. Haemofilus influenzae dan parainfluenza
dilaporkan sebagai penyebab ISK pada anak. Kuman ini tidak dapat tumbuh pada media biakan standar
sehingga sering tidak diperhitungkan sebagai penyebab ISK. Bila penyebabnya Proteus, perlu dicurigai
kemungkinan batu struvit (magnesium- ammonium-fosfat) karena kuman Proteus menghasilkan enzim
urease yang memecah ureum menjadi amonium, sehingga pH urin meningkat menjadi 8-8,5. Pada urin
yang alkalis, beberapa elektrolit seperti kalsium, magnesium, dan fosfat akan mudah mengendap.