MODUL III

MATA KULIAH BIOLOGI DASAR

a. Identitas Mata Kuliah

Mata Kuliah : Biologi Dasar
SKS/Kode Mata Kuliah : 3/18Y02111103
Semester : I (Ganjil) atau II (Genap)
Program Studi : Biologi
Mata Kuliah Prasyarat : -
Tim Dosen : Drs. Ambeng, M.Si dan Tim Dosen Biologi

b. Capaian Pembelajaran Mata Kuliah (CPMK) :

Setelah mengikuti mata kuliah Biologi Dasar, mahasiswa mampu menjelaskan konsep
dasar pada organisme, dan interaksi organisme dengan lingkungan sertaevolusinya
sehingga pengetahuan yang diperoleh dapat dijadikan dasar pengembangan di
departemennya masing-masing.

c. Judul Pokok Bahasan

Metabolisme Sel: Katabolisme

d. Metode Pembelajaran
 Luring (Off line) : Bentuk Kuliah, Metode Ceramah dan Diskusi Interaktif.
 Daring (On line) : Tugas-tugas (LMS Modul 3)

e. Sub Capaian Pembelajaran Mata Kuliah (Sub-CPMK):

Setelah mengikuti proses pebelajaran Metabolisme Sel: Katabolisme, mahasiswa
mampu menjelaskan Respirasi (oksidasi biologis), Glikolisis, Dekarboksilasi oksidatif
piruvat, Siklus krebs (siklus asam sitrat), Sistem transpor elektron, Fermentasi, Oksidasi 
asam lemak, Hidrolisis protein.

f. Perilaku Awal/ Entry Behavior

1. Mahasiswa telah membuat rangkuman mengenai Katabolisme.
2. Mahasiswa yang akan melakukan presentasi telah membuat materi dalam bentuk
Powerpoint.

g. Dosen Pengampu Pokok Bahasan

Drs. Ambeng, M.Si

h. Urutan Pembahasan
Pendahuluan secara berurutan akan meliputi
 Katabolisme
 Respirasi (oksidasi biologis)
- Glikolisis
- Dekarboksilasi oksidatif piruvat

IV-1
 - Siklus krebs (siklus asam sitrat)
- Sistem transpor electron
 Fermentasi
 Oksidasi  asam lemak
 Hidrolisis protein

i. Uraian Materi
Metabolisme meliputi semua reaksi kimia yang terjadi di dalam makhluk hidup, mulai dari
makhluk bersel satu yang sangat sederhana seperti bakteri, protozoa, jamur, tumbuhan, hewan sampai
kepada manusia yang susunan tubuhnya sangat kompleks. Di dalam proses ini makhluk hidup
mendapat, mengubah dan memakai senyawa kimia dari sekitarnya untuk mempertahankan
kelangsungan hidupnya.

Pada metabolisme selular bahan dan energi diperoleh dari lingkungannya yang berbentuk
cairan (cairan ekstra seluler). Cairan ekstraseluler terdiri dari ion dan gas yaitu :

1. Bentuk gas yaitu O2 dan CO2.

2. Bentuk ion anorganik yaitu Na2+, Cl2-, dan lain-lain.
3. Bentuk senyawa organik yaitu nutrisi (karbohidrat, lemak, dan protein) dan vitamin.
4. Hormon

Bahan-bahan yang terdapat dalam cairan ekstra sel dapat digunakan sebagai bahan baku
untuk mensintesis glukosa, asam lemak, gliserol dan asam amino yang kemudian unit tersebut disusun
menjadi makromolekul seperti polisakarida, lipid, protein dan asam nukleat.

Proses metabolisme yang melalui serangkaian reaksi kimia yang dilakukan oleh sel hanya
dapat berlangsung oleh adanya suatu biokatalisator yang disebut enzim. Enzim dapat
mempercepat reaksi tanpa mengalami perubahan struktur kimia. Cara kerja enzim dikenal ada
dua yaitu :

1. Model kunci gembok (Lock And Key)

Enzim dimisalkan sebagai gembok karena memiliki sebuah bagian kecil yang dapat berikatan
dengan substrat, yang disebut sebagai situs aktif. Sedangkan substrat dimisalkan sebagai kunci
karena dapat berikatan secara pas dengan situs aktif enzim.

2. Induksi pas (Induced Fit)

Pada model ini, situs aktif enzim dapat berubah bentuk sesuai dengan bentuk substrat.
Metabolisme digolongkan dalam dua kelompok besar yaitu :
i. Anabolisme,
ii. Katabolisme,

IV-2
Katabolisme
merupakan proses penguraian molekul besar menjadi molekul kecil. melepaskan
energi.

Respirasi (oksidasi biologis)

Proses respirasi adalah mobilisasi senyawa organik dan mengoksidasi senyawa-senyawa

tersebut secara bertahap dan terkendali untuk membebaskan energi bagi penyelenggaraan kehidupan.
Proses ini berlangsung di dalam sitosol dan mitokondria. Senyawa biologis yang dioksidasi pada
umumnya adalah :

1. Karbohidrat (oksidasi glukosa)

2. Lipid (oksidasi  asam lemak)
3. Protein.

1. Oksidasi Glukosa
Reaksi keseluruhan proses oksidasi dari glukosa (Gambar 3.1) adalah sebagai berikut :

C6H12O6 + 6 O2  6 CO2 + 6 H2O + energi

Oksidasi glukosa berlangsung dalam empat tahapan, yaitu :

a. Glikolisis
b. Dekarboksilasi oksidatif piruvat
c. Daur asam sitrat
d. Oksidasi terminal rantai respiratoris

IV-3
Gambar 3.1 Gambaran umum respirasi selular. Glikolisis terjadi di luar mitokondria di dalam
sitosol. Siklus Krebs dan rantai transport elektron terjadi di dalam mitokondria.
Selama Glikolisis setiap molekul gula pecah menjadi 2 molekul piruvat. Piruvat
masuk ke dalam matriks mitokondria dimana Siklus Krebs merubahnya menjadi
karbon dioksida. NADH diproduksi dari Krista. Rantai transpor elektron kemudian
mengubahnya menjadi ATP melalui fosforilasi.

a) Glikolisis
Adalah serangkaian reaksi yang menguraikan satu molekul glukosa menjadi dua molekul asam
piruvat serta NADH dan ATP. Jalur reaksi ini disebut juga jalur Embden-Mayerhoff-Parnas
(EMP). Jalur ini juga merupakan dasar dari respirasi anaerob atau fermentasi.

Sifat-sifat glikolisis ialah :

1. Dapat berlangsung secara aerob maupun anaerob.

2. Terdapat kegiatan enzimatis dan ATP serta ADP
3. ADP dan ATP berperan dalam pemindahan fosfat dari molekul satu ke molekul yang lain.
Persamaan reaksi keseluruhan glikolisis dapat dituliskan sebagai berikut :

C6H12O6 + 2 NAD + 2 ADP + 2 Pi  2 C3H4O3 + 2 NADH2 + 2 ATP

glukosa fosfat asam piruvat

anorganik

Proses glikolisis berlangsung dalam sepuluh tahapan reaksi dan berlangsung dalam sitoplasma
dan tidak memerlukan oksigen. Fase pertama atau fase persiapan terdiri dari lima tahapan reaksi

IV-4
 yang mengubah glukosa menjadi dua senyawa berkarbon tiga yaitu gliseraldehid-3-fosfat
(PGAL) dan dihidroksi aseton fosfat (DHAP). Fase kedua atau fase oksidasi terdiri dari lima
tahapan reaksi yang mengoksidasi kedua senyawa berkarbon tiga DHAP dan gliseraldehid-3-
fosfat menjadi asam piruvat (berkarbon tiga).

ATP yang digunakan pada fase persiapan adalah dua untuk setiap molekul glukosa yang diubah
menjadi dua molekul senyawa tiga karbon. Dalam fase oksidasi dihasilkan empat ATP serta dua
molekul NADH2 (satu molekul NADH2 setara tiga ATP). Jadi total ATP yang dihasilkan adalah 2
x 3 ATP + 4 ATP = 10 ATP – 2 ATP (yang terpakai)= 8 ATP. (Lihat Gambar 3.2).

b) Dekarboksilasi oksidatif piruvat

Jika tersedia cukup oksigen maka terjadi proses dekarboksilasi oksidatif pada mitokondria dari 2
molekul asam piruvat membentuk 2 molekul asetil-SKoA serta CO2 dan 2 molekul NADH2.
Reaksinya sebagai berikut:

2 (C3H4O3) + 2 NAD + 2 TPP–asam lipo at  2 (C3H3O)-KoA + 2 NADH2 + CO2

asam piruvat asetil-KoA

IV-5
 Gambar 3.2. Jalur glikolisis

Reaksi ini sangat kompleks dan memerlukan beberapa kofaktor dan suatu kompleks enzim.
Kofaktor yang diperlukan untuk keberhasilan pembentukan asetil-SKoA adalah tiamin pirofosfat

IV-6
 (TPP), NAD, koenzim A (KoA-SKoA) dan asam lipoat. Asetil-KoA yang terbentuk kemudian
memasuki siklus Krebs. ATP yang terbentuk berasal dari reduksi dua molekul NADH dari dua
molekul asam piruvat setara enam ATP (Gambar 3.3).

Gambar 3.3. Dekarboksilasi oksidatif piruvat. Perubahan piruvat menjadi Asetil-KoA. Protein
membran dalam mitokondria mentranslokasikan piruvat dari sitosol ke dalam matriks
mitokondria. 1) Gugus karboksil piruvat dioksidasi melepaskan CO 2, 2) NAD
direduksi menjadi NADH; 3) Senyawa Asetil bergabung dengan koenzim-A
membentuk Asetil KoA.

c) Siklus Krebs (Siklus Asam Sitrat)

Siklus Krebs ini berlangsung di dalam matriks mitokondria, dimana Asetil-KoA diubah menjadi
KoA. Asetil-KoA ini merupakan rantai penghubung antara glikolisis dan siklus Krebs. Asetil-
KoA bergabung dengan asam oksaloasetat membentuk asam sitrat. KoA dilepaskan sehingga
memungkinkan untuk mengambil fragmen dua karbon lain dari asam piruvat.

Pembentukan asam sitrat terjadi di awal siklus Krebs. Sementara itu sisa dua karbon dari glukosa
dilepaskan sebagai CO2. Selama proses berlangsung energi yang diperlukan dilepaskan untuk
menggabungkan fosfat dengan ADP membentuk molekul ATP. Beberapa atom hidrogen juga
dilepaskan dalam siklus Krebs. hidrogen tersebut diambil oleh NAD+ atau pembawa (carrier)
untuk ditransfer ke sistem transpor elektron. Pada siklus Krebs pemecahan rantai karbon pada
glukosa selesai dan menghasilkan 24 molekul ATP. Perlu diingat bahwa atom hidrogen yang
terlepas akan segera ditranspor ke sistem transpor elektron oleh molekul pembawa atom hidrogen
(Lihat Gambar 3.4)

IV-7
 Gambar 3.4. Siklus Krebs

d) Sistem transpor elektron

Pada sistem transpor elektron berlangsung pengepakan energi dari glukosa menjadi ATP.
Hidrogen dari siklus Krebs yang tergabung dalam FADH2 dan NADH diubah menjadi elektron
dan proton. Pada sistem transpor elektron ini oksigen adalah akseptor elektron (hidrogen) yang
terakhir. Setelah menerima elektron O2 akan bereaksi dengan H+ membentuk H2O.

Senyawa yang akan dioksidasi (substrat) mula-mula bereaksi dengan piridin nukleotida. Biasanya
NAD, tetapi kadang-kadang NADP, dapat berlaku sebagai substrat yaitu 3-fosfogliseraldehid,
asam piruvat, asam -ketoglutarat, asam suksinat dan asam malat. Reduksi NAD pada transport
elektron akan menghasilkan 3 ATP, Reduksi FAD akan menghasilkan 2 ATP dan GDP akan
menghasilkan 1 ATP untuk setiap molekulnya.

Total ATP yang dihasilkan dalam respirasi selular adalah sebagai berikut :

Glikolisis : oksidasi senyawa tereduksi 2 NADH2 = 6 ATP

penghasilan langsung = 2 ATP

Dekarboksilasi oksidatif piruvat :oksidasi senyawa tereduksi 3 NADH2 = 6 ATP

Siklus Krebs :oksidasi senyawa tereduksi 6 NADH 2 =18 ATP

IV-8
 2 FADH2 = 4 ATP

2 GDP = 2 ATP

Total 38 ATP

2. Fermentasi
Respirasi anaerob disebut pula fermentasi atau respirasi intramolekul. Proses ini terjadi pada
Sacharomyces bertujuan sama dengan respirasi aerob yaitu mendapatkan energi. Hanya saja energi
yang dihasilkan dalam respirasi dalam respirasi anaerob jauh lebih sedikit daripada respirasi aerob.

Perhatikan reaksi di bawah ini :

Respirasi aerob : C6H12O6  6 CO2 + 6 H2O + 675 kalori + 38 ATP

Respirasi anaerob : C6H12O6  2 C2H5OH + 2 CO2 + 21 kalori + 2 ATP

3. Oksidasi  Asam Lemak

Lemak sebelum memasuki sel dihidrolisa oleh enzim lipase menjadi gliserol dan asam-asam
lemak. Proses hidrolisis ini terjadi dalam saluran pencernaan kemudian gliserol dan asam-asam lemak
ini berdifusi ke dalam sistem darah. Selanjutnya darah mengangkut molekul-molekul ini ke dalam sel.
Molekul gliserol lalu diubah menjadi fosfogliseraldehid (PGAL) dan masuk ke jalur glikolisis.
Sedangkan asam lemak diubah oleh enzim -oksidase menjadi Asetil-KoA yang selanjutnya
dioksidasi melalui jalur siklus Krebs menghasilkan CO 2 dan H2O serta melepaskan molekul-molekul
ATP.

4. Hidrolisis Protein
Protein seperti halnya lipid sebelum memasuki sel dihidrolisa dahulu menjadi asam amino
oleh enzim protease dalam saluran pencernaan. Asam amino ini selanjutnya ditransfer oleh darah ke
dalam sel dan di sini dioksidasi membentuk ATP.

- Latihan
Setelah pemaparan materi bahasan tersebut di atas mahasiswa diberi kesempatan
latihan atau diskusi atau kegiatan brain storming dengan tetap berada dalam kendali atau
pengawasan fasilitator untuk tetap berfungsinya expert judgement sebagai narasumber.

j. Penutup.
Fasilitator merangkum materi kuliah ini dengan memberikan esensi dari materi
bahasan dan keterhubungannya dengan materi bahasan sebelumnya dan berikutnya

IV-9
k. Tugas

Fasilitator memberikan Tugas kepada peserta kuliah untuk membaca materi bahan
ajar/referensi dan membuat rangkuman tentang Metabolisme Sel: Katabolisme meliputi:
Katabolisme, Respirasi (oksidasi biologis), Glikolisis, Dekarboksilasi oksidatif piruvat,
Siklus krebs (siklus asam sitrat), Sistem transpor electron, Fermentasi, Oksidasi  asam
lemak, Hidrolisis protein.

l. Umpan Balik

Mahasiswa dapat mengajukan hal tentang kondisi yang dialami dan diharapkannya
untuk memahami materi bahasan terkait.

m. Referensi
Bahan Ajar/ Materi Biologi dasar pada LMS.
Barrett, J,M., 1986. Biologi. Prentice-Hall, Englewood Cliffs, New Jersey
Campbell, et al. 2003. Biologi Jilid 1. Jakarta : Erlangga, hal 153-157

IV-10