1. Mikrobiologi menjadi penting untuk dipelajari karena mikroorganisme ada yang
dapat menyebabkan penyakit dan ada juga yang berguna untuk pangan, sehingga dengan mempelajari mikrobiologi, kita dapat membuat makanan yang stabil dan efisien untuk proses pengolahan dan pengawetan pangan. Keamanan pangan menjadi poin yang sangat penting dalam memproduksi makanan, sehingga kebutuhan akan kecepatan, sensitifitas dan kemudahan dalam pengujian mikroorganisme terus meningkat. Dengan adanya teknologi, pengujian mikroorganisme juga dapat menggantikan organ kita seperti electronic nose, menguji reaksi dalam tubuh kita seperti penggunaan ELISA dan menguji sampai kepada DNA dan bagaimana reaksi rantai polimerasenya (PCR). Dalam hal penggunaan mikroorganisme dalam industri pangan, teknologi terus berkembang termasuk dalam hal fermentasi, pengolahan limbah, pembuatan enzim, atau pengubahan gen mikroorganisme. 2. Faktor intrinsik merupakan sifat-sifat yang terdapat pada pangan itu sendiri. Faktor intrinsik yang dapat mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme dalam pangan diantaranya : nutrisi, pH, potensial redoks, aktivitas air (aw), zat antimikrobial dan struktur biologi. Lactobacillus merupakan mikroba yang menguntungkan dan merupakan bakteri gram positif dan dapat hidup pada kondisi kurang oksigen serta aw pada 0,9. Sedangkan Clostridium merupakan mikroba merugikan yang membutuhkan potensial redoks yang negative serta aw pada 0,94. 3. Tape: jamur Aspergillus oryzae dan Saccharomyces cerevisiae Roti: jamur Saccharomyces cerevisiae Tempe: jamur Rhizopus oligosporus Oncom: jamur Neurospora sitophila Yoghurt: bakteri Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus thermophilus Kecap: jamur Aspergillus oryzae Mentega: bakteri Lactococcus lactis Keju: jamur Penicillium roqueforti Nata de coco: bakteri Acetobacter xylinum 4. Menurut FAO, 2002 Probiotik merupakan mikroba hidup yang apabila dikonsumsi dalam jumlah yang memadai akan bermanfaat terhadap kesehatan penjamunya. Probiotik yang sering digunakan adalah golongan bakteri asam laktat. Contoh bahan pangan yang mengandung probiotik yaitu kimci, kefir, coklat, sereal, jus buah. Sedangkan prebiotik adalah nondigestible food ingredient yang mempunyai pengaruh baik terhadap host dengan memicu aktivitas, pertumbuhan yang selektif, atau keduanya terhadap satu atau lebih jenis bakteri penghuni kolon. Prebiotik pada umumnya adalah karbohidrat yang tidak dicerna dan tidak diserap, biasanya dalam bentuk oligosakarida dan serat pangan. Contoh bahan pangan yang mengandung prebiotik yaitu Pisang, bawang merah, bawang putih. 5. Kerusakan makanan akibat faktor mikrobiologi diakibatkan oleh mikroba perusak atau pembusuk yang tumbuh pada bahan pangan. Bahan makanan memiliki kandungan nutrisi yang cukup sehingga dapat digunakan untuk pertumbuhan mikroba. Selain nutrisi utama seperti karbohidrat, protein dan lemak, keberadaan air pada bahan pangan menjadi faktor utama yang mempengaruhi pertumbuhan mikroba. Daging dan produk olahannya merupakan pangan yang bersifat perishable food (pangan mudah rusak) karena sangat rentan terkontaminasi oleh mikroorganisme pembusuk maupun mikroorganisme patogen. Daging dan produk olahannya yang telah rusak dapat mengandung bakteri pathogen (bakteri yang dapat menyebabkan penyakit). Contoh bakteri yang bersifat patogen pada daging dan produk olahannya adalah Salmonella sp. yang dapat menyebabkan gangguan pencernaan, Clostridium perfringens yang dapat menyebabkan sakit perut dan diare, Staphylococcus aureus yang menghasilkan racun enterotoksin yang dapat menyebabkan gejala keracunan seperti kekejangan pada perut dan muntah-muntah, dan Clostridium botulinum yang dapat menyebabkan keracunan fatal ditandai dengan lesu, sakit kepala, pusing, muntah dan diare. Beberapa gejala penyakit dapat timbul setelah seseorang mengkonsumsi daging atau produk olahannya yang tercemar oleh mikroorganisme patogen. Mekanisme terjadinya keracunan bakteri pathogen akibat mengkonsumsi daging dan produk olahannya yaitu intoksikasi dan infeksi.