Manajemen Spesimen dan

Diagnosis Laboratorium
Kasus Suspek 2019-nCoV
Pengurus Pusat
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik dan
Kedokteran Laboratorium Indonesia
(PDS PatKLIn)

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Corona Virus
Ordo: Nidovirales

Family: Coronaviridae

Genus:
• Alpha corona virus
• Beta corona virus
• Delta corona virus
• Gamma corona virus

Group : Group IV ((+) ssRNA)

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Corona Virus
Common human coronaviruses
• 229E (alpha coronavirus)
• NL63 (alpha coronavirus)
• OC43 (beta coronavirus)
• HKU1 (beta coronavirus)

Manusia di seluruh dunia biasanya terinfeksi human

coronaviruses 229E, NL63, OC43, dan HKU1.

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Corona Virus
Human coronaviruses
(yang menyebabkan outbreak)
• MERS-CoV (beta coronavirus penyebab Middle
East Respiratory Syndrome, or MERS)
• SARS-CoV (the beta coronavirus penyebab severe
acute respiratory syndrome, or SARS)
• 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV)

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Human Corona Virus outbreak

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 2019-nCoV
Informasi yang terkait dengan 2019- nCoV yang saat ini
tersedia terbatas hanya mengenai gejala klinis penyakit

Belum ada vaksin yang tersedia atau pengobatan khusus

untuk infeksi 2019-nCoV ini

Penanganan yang direkomendasikan hanya simptomatik

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Kriteria pasien dalam investigasi
(Patient under investigation (PUI)) untuk 2019-nCoV
Gejala Klinis & Resiko epidemiologi
Demam dan gejala dan Adanya riwayat perjalanan ke Wuhan, Cina
infeksi saluran nafas dalam waktu 14 hari sebelum munculnya
bagian bawah gejala klinis
(batuk dan sesak Atau
nafas) Dalam waktu 14 hari sebelum muncul nya
gejala terdapat riwayat kontak dengan
orang sakit yang dalam pengawasan infeksi
2019-nCov
Demam dan gejala dan Dalam waktu 14 hari sebelum munculnya
infeksi saluran nafas gejala, terdapat riwayat kontak dengan
bagian bawah pasien yang terbukti secara laboratorium
(batuk dan sesak menderita infeksi 2019-nCoV dalam waktu 14
nafas) hari sebelum timbulnya gejala

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 • Alur tatalaksana
Sumber : Perhimpunan Dokter Paru Indonesia

Peran Laboratorium

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 SPESIMEN UNTUK PENEGAKAN DIAGNOSIS

Jenis spesimen dan prioritas

Untuk meningkatkan deteksi CDC merekomendasikan:
• Pengambilan 3 jenis spesimen dari saluran nafas
bagian bawah, saluran nafas bagian atas dan serum
• Jika memungkinkan dilakukan pengambilan spesimen
lainnya seperti urine dan feses untuk disimpan sampai
diperlukan dikirim ke lab rujukan untuk pemeriksaan
selanjutnya
• Spesimen harus diambil segera setelah pasien masuk
dalam kriteria pengawasan (Patients under
Investigation/PUI) tanpa melihat onset gejala
• Selalu perhatikan pencegahan dan penanggulangan
infeksi saat melakukan pengambilan spesimen

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
 Waktu Pengambilan Spesimen n-CoV
Waktu pengambilan spesimen saluran nafas:
• Diambil pada hari 1, 2, 3, setelah pasien dinyatakan suspek
2019- nCoV
• Spesimen diambil lagi: Jika terdapat permintaan dari Reff
Lab

Waktu pengambilan spesimen serum :

} Diambil akut diambil pada hari 1 setelah pasien dinyatakan suspek
2019- nCoV
} Spesimen konvalesen diambil 14 hari setelah spesimen akut

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Spesimen Saluran Nafas

Spesimen Saluran Nafas Bagian Atas

• Nasopharyngeal swab and oropharyngeal swab
(NP/OP swab)-Swab Nasofaring (NP) dan swab
orofaring (OP)
• Nasopharyngeal wash/aspirat

Spesimen Saluran Nafas Bagian Bawah

• Sputum & Induced sputum
• Bronchoalveolar lavage, tracheal aspirate
www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
 A. Spesimen Saluran Nafas Bagian Atas
1. Nasopharyngeal swab and oropharyngeal
swab (NP/OP swab)
Swab yang digunakan swab sintetik (dacron) dengan gagang plastik

Jangan menggunakan swab calcium alginate swabs atau swab dengan

gagang kayu karena dapat mengandung bahan yang mengaktivasi virus
dan menghambat proses PCR.

Masukkan segera swab ke dalam tabung berisi Virus transport media

(VTM)

Spesimen Nasofaring (NP) dan Orofaring (OP) sebaiknya dimasukkan ke

dalam tabung VTM yang sama untuk meningkatkan hasil positif

Simpan spesimen pada suhu 4°C segera kirim ke reff lab dalam rantai
dingin

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Nasopharyngeal swab and oropharyngeal
swab (NP/OP swab)
Nasopharyngeal swab:
• Masukkan swab kedalam lubang hidung
sejajar langit langit mulut.
• Diamkan beberapa saat agar sekret NP
meresap pada swab
• Segera masukan swab ke dalam tabung
berisi VTM
• Lakukan NP swab dari kedua belah lubang
hidung.

Oropharyngeal swab (e.g., throat swab):

• Lakukan swab pada daerah belakang faring
jangan sampai menyentuk lidah
• Segera masukkan swab ke dalam tabung berisi
VTM
www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
A. Spesimen Saluran Nafas Bagian Atas
2. Nasopharyngeal wash/aspirat

• Dilakukan oleh klinis

• 2-3 mL spesimen dimasukkan ke dalam wadah, steril
tidak bocor dengan tutup ulir
• Simpan pada suhu 4 °C dan segera kirim ke Reff Lab
dengan rantai dingin

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

A. Spesimen Saluran Nafas Bagian Bawah
1. Sputum & Induced sputum
Sputum
• Pasien diminta kumur kumur terlebih dahulu
dengan air
• Sputum dibatukkan ke dalam pot steril, tidak bocor
dengan tutup ulir
• Segera kirim spesimen dengan rantai dingin
• Bila tidak segera dikirim simpan spesimen dalam
kulkas 2-8 C maksimal 48 jam
• Bila akan dibekukan specimen di alikuot dalam
cryo vial (tabung Nunc)
Induced Sputum
• Dikerjakan oleh dokter yang merawat atau perawat
• Spesimen yang akan kita terima dalam tabung Mucus extractor
mucus extractor
• Simpan pada suhu 2-8 C segera kirim ke Reff Lab
dengan rantai dingin

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

B. Saluran nafas bagian bawah
2. Bronchoalveolar lavage, tracheal aspirate
• Dilakukan oleh klinisi
• 2-3 mL spesimen dimasukkan ke dalam wadah steril,
tidak bocor dengan tutup ulir
• Simpan pada suhu 4°C dan segera kirim ke Reff Lab
dengan rantai dingin

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Spesimen Serum
Kebutuhan minimal :
Anak dan Dewasa:
• Darah sebanyak 3-10 mL darah dalam tabung tutup merah
atau tutup kuning (serum separator tube) .

Bayi
• Untuk bayi kebutuhan darah minimal adalah 1 mL serum
dalam tabung tutup kuning.

Cara Pembuatan serum

• Letakkan tabung pada posisi tegak selama 30 menit, putar
dengan putaran 1000–1300 relative centrifugal force (RCF)
selama10 menit,
• Pisahkan serum dam masukkan ke dalam cryo vial
• Simpan serum pada suhu 4°C segera kirim ke Reff Lab dalam
rantai dingin

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Hal hal yang perlu diperhatikan dalam
Pengambilan spesimen
1. Perhatikan kewaspadaan universal
a. Gunakan APD lengkap
b. Masker N95
c. Sarung tangan
d. Pelindung wajah atau mata
e. Baju / coat / apron
f. Tutup kepala
g. Sepatu tertutup atau memakai cover
shoes
2. Hygiene pribadi
3. Kebersihan ruangan
www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
Sistem Pengepakan 3 Lapis untuk Spesimen
2019-nCoV

Bio bottle :
For carry biological
samples and specimens
in a safe way for all
transport modes,

Box container
/ Styrofoam

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 2. Alat dan Bahan untuk pengambilan
spesimen

I Persiapan

Tongue
Masker Sarung tangan
bebas serbuk
Swab depressor VTM

Pengambilan
spesimen
II

This image cannot

currently be displayed. This image
cannot currently
III labeling
be displayed.

Seal :paraflim
pengemasan
Pengemasan
www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik
Pengemasan Spesimen 2019- nCoV
Bahan Tidak Habis Pakai

• 1. Kotak Pendingin (second

contaiment)
• 2&3. Ice Pack
• 4. Tabung Alumunium/paralo/bio
bottle (primer containment)
• 5. Insulator Bundar (bila ada)
• 6. Penempatan insulator
• 7. Thermometer

Bahan Habis Pakai

• Lakban Plastik 2 Inci

• Plastik Klip
• Tissue
• Parafilm

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Pengemasan Spesimen 2019-nCoV

1 2 3

6 5 4

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Formulir Pengiriman Spesimen 2019- nCoV

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Alur Pengiriman spesimen
Pengambilan Spesimen
Suspek di RS

Dikirim Ke Balitbangkes

Sampel Positif Sampel

Negatif
Dilanjutkan dgn Proses
Sequensing

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Pemeriksaan Laboratorium

Pemeriksaan diagnostik

Pemeriksaan konfirmasi

Pemeriksaan Imunologi

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Pemeriksaan Diagnostik
Data sekuens dari 2019-nCoV saat ini sudah dapat
diperoleh dan dapat digunakan untuk merancang
primer untuk pemeriksaan PCR yang dapat
mendeteksi sekuens dari 2019-nCoV.

• Pemeriksaan penegakkan diagnosis 2019-n-Cov

adalah PCR yaitu Conventional RT- PCR dan
Real-time RT PCR

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Beberapa protocol telah dipublish dan
dapat dipakai sebagai referensi
pemeriksaan untuk diagnosis 2019-n-CoV

Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time

RT-PCR – Charité, Berlin Germany (pdf) (pdf) 1609 KB

Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) in suspected

human cases by RT-PCR – Hong Kong University (pdf) 1021 KB

China CDC Primers and probes for detection 2019-nCoV

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Pemeriksaan Konfirmasi
Untuk konfirmasi dilakukan pemeriksan sekuensing

Saat ini protocol yang telah publis adalah protocol dari:

WHO:
• https://www.who.int/blueprint/what/norms-
standards/GSDDraftCodeConduct_forpublicconsultation-
v1.pdf?ua=1

Negara lain:
• PCR and sequencing protocol for 2019-nCoV - Department of
Medical Sciences, Ministry of Public Health, Thailand
• PCR and sequencing protocols for 2019-nCoV- National
Institute of Infectious Diseases Japan

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Pemeriksaan Konfirmasi

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Pemeriksaan Serologi

Pemeriksaan serologi berguna untuk

melihat respon imun terhadap virus.

Spesimen paling baik adalah specimen

sepasang akut dan konvalesen.

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

Informasi lebih lanjut tentang 2019-nCoV,
dapat menghubungi:

POSKO KLB
No. Hp. 087777591097 (Whatsapp)

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Reff Lab 2019-nCoV
(Laboratorium Rujukan)

Cq. DR. Dr. Vivi Setiawaty

Laboratorium PPI Puslitbang Biomedis dan

Teknologi Dasar Kesehatan
Jl. Percetakan Negara No. 23, Komplek
Pergudangan Depkes
Jakarta Pusat

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

 Referensi
• https://www.who.int/docs/default-
source/coronaviruse/20200114-interim-laboratory-
guidance-version.pdf?sfvrsn=6967c39b_4&download=true
• https://www.who.int/health-
topics/coronavirus/laboratory-diagnostics-for-novel-
coronavirus
• https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-
ncov/index.html?CDC_AA_refVal=https%3A%2F%2Fwww.cdc.
gov%2Fcoronavirus%2Fnovel-coronavirus-2019.html
• https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/guidance-
laboratories.html
• https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/guidelines-
clinical-specimens.html
• https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab-
biosafety-guidelines.html

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik

TERIMA KASIH

www.pdspatklin.or.id @pdspatklin @patologi_klinik PDS PatKLIn Dokter Patologi Klinik