Metodologi pengawasan harus fleksibel untuk menghadapi kompleksitas situasi kehidupan nyata. Tidak
ada metode tunggal yang berlaku dalam semua kasus. Metodologi harus dapat mengakomodasi
beragam spesies hewan akuatik, berbagai penyakit yang relevan, beragam sistem produksi, dan jenis
serta jumlah data dan informasi yang tersedia. Metodologi yang digunakan harus didasarkan pada
informasi terbaik yang tersedia yang sesuai dengan pemikiran ilmiah saat ini. Ini harus
didokumentasikan dengan baik dan didukung dengan referensi ke literatur ilmiah dan sumber lainnya,
termasuk pendapat para ahli. Upaya harus dilakukan untuk mengatasi kesenjangan informasi sedapat
mungkin.
Dokumentasi
Metodologi yang konsisten dan transparan sangat penting untuk memastikan keadilan dan rasionalitas,
konsistensi dalam pengambilan keputusan dan kemudahan pemahaman oleh semua pihak yang
berkepentingan. Presentasi hasil yang dihasilkan melalui pengawasan (mis. Pengakuan kebebasan
penyakit atau ukuran frekuensi penyakit) harus mendokumentasikan ketidakpastian, asumsi yang
dibuat, dan dampak potensial dari ini pada estimasi akhir.