Nama : Irma Damayanti

NIM : 1708531051
Mata Kuliah : Prinsip Bioteknologi

Soal
Jelaskan persamaan dan perbedaan pada proses transkripsi DNA dan PCR
(Polymerase Chain Reaction)!

Jawab
 Persamaan proses transkripsi DNA dan PCR (Polymerase Chain Reaction)
1. Kedua proses ini menggunakan enzim polymerase untuk memecah
rantai double helix DNA.
2. Kedua proses ini menggunakan template DNA yang berfungsi sebagai
cetakan untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama.

 Perbedaan proses transkripsi DNA dan PCR (Polymerase Chain Reaction)

Proses transkripsi DNA berlangsung dalam 4 tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan terminasi. Sedangkan PCR berlangsung
dalam 3 tahap, yaitu pemisahan (denaturasi) DNA template, penempelan
(annealing) primer, dan pemanjangan (extension) primer.
1. Proses transkripsi DNA
a. Pengenalan promoter
Molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA,
dengan dipisahkan kedua untaiannya satu sama lain di tempat
terjadinya penambahan basa pada RNA. Selanjutnya, begitu
penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai DNA segera
menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi
di suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim
RNA polimerase di sisi 5’ (upstream) dari urutan basa penyandi
(gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini dinamakan promoter.
b. Inisiasi
 Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan
terikat pada suatu tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat
awal polimerisasi atau tapak inisiasi (initiation site). Tempat ini
sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang akan
ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak
inisiasi dan sintesis RNA pun segera dimulai.
c. Elongasi
Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya
pada untai DNA cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama
sintesis RNA berlangsung kompleks transkripsi akan bergeser di
sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi
nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang
diperpanjang pada ujung 3’ nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi
RNA berlangsung dari arah 5’ ke 3’, sementara RNA polimerasenya
sendiri bergerak dari arah 3’ ke 5’ di sepanjang untai DNA cetakan.
d. Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks
transkripsi atau terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor
– kofaktornya dari untai DNA cetakan. Begitu pula halnya dengan
molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika RNA polimerase
mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu
terminasi yang hanya bergantung kepada urutan basa cetakan
(disebut terminasi diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran
suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi diri
lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa
palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom
adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan.
Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa
basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai
ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop).
2. Proses PCR (Polymerase Chain Reaction)
a. Pemisahan (Denaturasi) DNA Template Denaturasi adalah
perubahan atau modifikasi struktur sekunder, tersier dan kuartener
molekul tanpa adanya pemecahan ikatan peptida. Denaturasi DNA
tamplate adalah proses terputusnya ikatan hidrogen antar basa yang
terdapat dalam pasangan untai DNA tamplate. Untai ganda DNA
template (unamplified DNA) dipisahkan dengan denaturasi termal
(suhu 95°C). Proses ini menyebabkan DNA yang semula untai
ganda, kini terpecah menjadi untai tunggal. Sampai di sini, proses
berlanjut pada tahapan berikutnya yaitu penempelan primer.
b. Penempelan (Annealing) Primer Tahapan ini merupakan tahap
lanjutan dari terputusnya ikatan ganda DNA tamplate menjadi untai
tunggal. Masing – masing untai tunggal DNA template akan
mengalami proses ‘pendinginan’ hingga mencapai suhu tertentu. Hal
ini dimaksudkan untuk memberi jeda bagi penempelan primer.
Setiap untai tunggal DNA template akan ditempeli pasangan primer.
Di alam, primer dibuat oleh enzim yang disebut primase. Ada dua
jenis primer yang akan menempel, yaitu primer maju (forward
primer) dan primer mundur (reserve primer). Setiap pasangan primer
tersebut telah dipilih sedemikian rupa agar satu primer bersifat
komplementer terhadap salah satu ujung gen yang diinginkan pada
salah satu rantai. Jadi, masing-masing primer akan menempati ujung
yang berbeda pada untai DNA. Pasangan primer ini akan
membentuk ikatan hidrogen dengan sekuen komplementernya.
Dengan demikian maka akan terbentuk molekul untai ganda yang
stabil.
c. Pemanjangan (Extension)
Primer DNA Polimerase digunakan untuk proses memperpanjang
primer (extend primers) dengan adanya bantuan dari dNTPs (dATP,
dCTP, dGTP, dan dTTP) dan buffer yang sesuai. DNA Polimerase
yang paling sering digunakan dalam PCR berasal dari strain bakteri
Thermus aquaticus yang hidup di sumber air panas Yellowstone
National Park. Bakteri ini dapat bertahan hidup pada suhu medekati
titik didih dan bekerja optimal pada 72 °C (162 ° F). Primer yang
telah menempel pada untai tunggal DNA template akan mengalami
perpanjangan pada sisi 3’ dengan penambahan dNTP yang
komplemen dengan template DNA polimerase. Proses pemanjangan
(extension) primer ini juga dikenal dengan istilah polimerisasi
primer.