Ikatan antara peptida dengan molekul mhc sangat penting dalam aktivasi respon sel t.

peptida berikatan dengan molekul mhc dalam suatu ikatan, membentuk suatu kompleks
peptida- yang kemudian akan dikenali oleh reseptor sel t Tab 3 yang dikenali oleh sel t
disebut epitop epitop berikatan dengan molekul mhc kelas 1 dan kelas 2 dikenali oleh c8
dan CD4. secara umum alat prediksi ikatan mhc memindai sekuens asam amino untuk
memperhitungkan afinitas ikatan dari setiap komponen peptida dengan MH spesifik. mhc
kelas 1 molekul Terbatas pada ukuran ligan kira-kira sepanjang 8 hingga 11 residu.
sementara molekul mhc kelas 2 dapat berikatan dengan ketidak yang lebih panjang
biasanya sepanjang 12 hingga 20 residu. kekuatan dari ikatan atau afinitas dari peptida
terhadap molekul mhc merupakan faktor yang sangat penting yang akan menentukan
imunogenisitas yang potensial.