Clonidine akan diabsorpsi secara cepat setelah pemberian per oral dan mencapai kadar puncak plasma dalam waktu 60 sampai 90 menit, bioavailabitasnya mencapai 70-80%. Waktu paruh eliminasinya antara 9 sampai 12 jam, dimana 50% nya akan dimetabolisme di hepar, dan akan diekskresikan dalam bentuk utuh melalui urine. Efek hipotensi setelah pemberian dosis tunggal dapat mencapai 8 jam, dan pemberian melalui jalur transdermal membutuhkan waktu 48 jam untuk mencapai kadar konsentrasi plasma. Kurang dari setengah bagian yang diserap dari dosis yang diberikan secara oral akan dimetabolisme oleh hati menjadi metabolit yang tidak aktif, dengan kira-kira separuh sisanya diekskresikan tidak berubah oleh ginjal. Kira- kira seperlima dari dosis oral tidak akan diserap, dan karenanya dikeluarkan dalam tinja. Waktu paruh clonidine sangat bervariasi, dengan perkiraan antara 6 dan 23 jam.
4.Hubungan struktur dengan aktivitas
Klonidin termasuk prototype dari kelas 2-aminoimidazolin (α2- agonist). Obat ini selektif terhadap α2-agonis. Klonidin juga memiliki beberapa aktibitas α1-agonis dalam perifer. Obat ini juga bekerja di reseptor imidazolin dalam SSP untuk mengontrol tekanan darah. Tekanan darah awalnya akan meningkat akibat aktivitas α1-agonis. Obat ini melati sawar darah otak dan berinteraksi dengan reseptor α2-agonis. Dilihat dari struktur klonidin, obat ini memiliki substituen lipofilik pada posisi orto di cincin fenil. Pada cincin aromatiknya disubstitusi oleh atom halogen yaitu klorida. Adanya gugus orto-klorida dapat memperbaiki aktivitas dibandingkan gugus orto-metil pada α2-reseptor. Kehadiran gugus amino membuat cincin imidazolin bagian dari gugus guanidine. Sesungguhnya, akibat klonidin, pKa basa dari gugus guanidine (pKa 13,6) turun menjadi pKa 8,0 karena gugus amino menyerang langsung cincin orto-diklorofenil. Pada pH psikologi ini, klonidin ada dalam bentuk tak terionkan sehingga klonidin dapat melewati SSP (Moffat, tt).