2.6.

Mekanisme Replikasi Genetika

DNA adalah materi herediter di dalam sel dan dalam bentuk urutan kode dari amina heterosiklik. Manusia memiliki
biasanya 46 untai DNA, mereka dikenal sebagai kromosom. Gen adalah daerah tertentu pada setiap kromosom yang
berisi informasi turun-temurun.
Replikasi DNA dimulai di lokasi tertentu yang dikenal sebagai asal replikasi. Replikasi DNA merupakan proses
semi-konservatif karena setiap sel anak menerima satu untai DNA induk dan untai yang baru disintesis. DNA untai
orangtua bertindak sebagai template untuk sintesis untai komplementer baru.

2.6.1. Pengertian Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli menghasilkan dua salinan identik DNA.
Replikasi DNA adalah proses biologis yang terjadi pada semua organisme hidup. Replikasi DNA merupakan dasar
untuk pewarisan. DNA terbuat dari dua helai dan setiap helai sel induk bertindak sebagai template untuk produksi
untai komplementer. Proses ini dikenal sebagai replikasi semi-konservatif DNA.

2.6.2. Proses DNA Replikasi

Gambar 2.6. Proses replikasi DNA

Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga langkah terkoordinasi yang dikatalisasi secara enzimatis. Langkah-
langkah replikasi DNA adalah sebagai berikut:

1. Inisiasi:
Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai “asal” yang dikatalisis oleh protein
inisiator. Urutan asal adalah A – T. Di lokasi situs asal protein inisiator membentuk kompleks pra-replikasi yang
membuka ritsleting DNA untai ganda.
Elongasi:

Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah menambahkan sedikit asam amino pada rantai protein yang
sedang tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis RNA primer dengan primase di lokasi asal.
Urutan nukleotida yang ditambahkan ke primer oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ‘ke 3’.

2. Garpu Replikasi
Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh enzim helikase yang
memutus ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama. Helai ini berfungsi sebagai template untuk
leading strand dan lagging strand. Leading Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis dalam arah yang
sama dengan garpu replikasi. Enzim polimerase membaca template Leading Strand dan hal itu menambah
nukleotida untuk melengkapi untai yang berkembang terus menerus. Dan Lagging Strand adalah untai DNA
berkembang yang disintesis berlawanan dengan arah garpu replikasi. Replikasi Lagging Strand lebih rumit
daripada Strand Leading. Lagging strand disintesis dalam segmen singkat dikenal sebagai fragmen Okazaki.
Dalam Lagging strand, template DNA memulai sintesis RNA primer singkat. Primer RNA kemudian dihapus dan
diganti dengan fragmen DNA dan bergabung bersama oleh DNA ligase.

3. Terminasi
Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi.

a. Replikasi DNA semikonservatif

Replikasi molekul DNA yang terjadi dengan dua untai komplementer yang dipisahkan oleh aksi enzim
tertentu. Enzim ini membuka molekul dan mengekspos basa nukleotida. Setiap untai molekul DNA tetap utuh dan
berfungsi sebagai template untuk sintesis untai komplementer. Modus replikasi DNA adalah semi-konservatif di
mana salah satu dari setengah molekul DNA yang lama dan setengah lainnya yang baru.
 Gambar 2.7. Replikasi DNA semikonservatif

Enzim Replikasi DNA

Berikut ini adalah enzim dan protein yang mengambil bagian dalam mekanisme replikasi DNA.
 DNA girase – enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur heliks ganda DNA dan memisahkan
masing-masing pihak.
 Helikase – Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.
 Strand tunggal Binding Protein – Ini adalah protein kecil yang mengikat sementara untuk setiap sisi untai
untuk menjaga mereka terpisah satu sama lain.
 DNA Polimerase – kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA menambahkan basa nukleotida ke setiap
helai. Nukleotida ditambahkan untuk melengkapi nukleotida yang terdapat pada untai yang ada.
 DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.
 DNA Ligase – enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai yang kontinu.
 DNA Polimerase
DNA polimerase adalah enzim yang melakukan segala bentuk replikasi DNA. DNA polimerase tidak
memulai proses sintesis untai baru. Mereka memperpanjang untai DNA atau RNA yang ada yang
dipasangkan dengan untai cetakan. DNA Polimerase juga memainkan peran penting dalam proses-proses lain
dalam sel seperti perbaikan DNA, rekombinasi genetik, transkripsi terbalik dan lain-lain. Enzim ini juga
digunakan di laboratorium biologi molekuler di PCR, sekuensing DNA dan teknik kloning molekuler.
Sehubungan dengan replikasi DNA, DNA polimerase menambahkan basa nukleotida pada satu untai tunggal
membuatnya menjadi DNA untai ganda. Enzim ini menambahkan nukleotida bebas di ujung untai 3′ cetakan
yang menghasilkan formasi untai baru dalam arah 5′-3′. DNA polimerase bergerak sepanjang untai template
dalam arah 3′-5 ‘ dan untai anak yang terbentuk dalam arah 5′-3’. Hal ini menyebabkan pembentukan DNA
antiparalel beruntai ganda untuk satu sama lain.

b. Replikasi DNA prokariotik

Replikasi DNA dalam prokariota digambarkan sebagai berikut:
 Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah besar protein dan enzim yang memainkan peran penting
selama proses tersebut.
 Salah satu enzim yang paling penting dalam proses ini adalah DNA polimerase, yang menambah urutan
nukleotida ke rantai DNA yang berkembang.
 Pada prokariota, ada urutan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai asal replikasi yang merupakan titik
inisiasi dari proses replikasi.
 E.coli memiliki asal replikasi tunggal yang kaya dengan urutan A T. Protein tertentu mengenali situs asal
dan mengikat dengan itu.
 Enzim helikase membuka DNA dengan memecah ikatan hidrogen.
 DNA membentuk struktur berbentuk Y disebut garpu replikasi.
 Untai tunggal yang mengikat protein melapisi untai DNA dekat garpu replikasi yang mencegah DNA tidak
berliku kembali.
 Enzim DNA Polimerase menambahkan nukleotida hanya pada arah 5′-3’.
 Leading stand yang melengkapi dari arah 3 ‘ke 5’ untai orangtua disintesis terus menerus menuju garpu
replikasi.
 lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ‘ke 3’ untai orangtua yang membutuhkan RNA primer untuk
mensintesis nukleotida dalam fragmen pendek yang dikenal sebagai fragmen Okazaki.
 enzim DNA Polimerase I menggantikan primer RNA dengan nukleotida DNA.
 DNA ligase menutup celah antara fragmen Okazaki yang bergabung dengan fragmen untuk membentuk
molekul DNA tunggal.
Replikasi DNA eukariotik
Replikasi DNA pada eukariota adalah proses yang sangat rumit yang melibatkan banyak enzim dan protein.
Proses ini terjadi dalam 3 tahap utama: inisiasi, elongasi dan terminasi.
 Inisiasi
Dalam proses inisiasi ada urutan spesifik nukleotida disebut asal replikasi yang merupakan situs untuk
inisiasi replikasi. Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim helikase membuka heliks DNA dan
membentuk dua garpu replikasi. Eukariota memiliki beberapa asal replikasi yang memungkinkan replikasi
secara simultan di beberapa tempat.
Elongasi
Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan nukleotida DNA pada
ujung 3 ‘ template. Leading adalah Untai yang disintesis dalam arah 5 ‘- 3’. Lagging strand, nukleotida baru
dalam bentuk nukleotida RNA kemplementer yang baru ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti
dengan nukleotida DNA. Leading strand yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis terus menerus
menuju garpu replikasi, karena DNA polimerase dapat mensintesis DNA dalam arah 5 ‘ke 3’. Lagging strand
disintesis dalam bentuk fragmen Okazaki. Fragmen ini memerlukan primer RNA untuk memulai sintesis.
Terminasi
Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus dan nukleotida RNA digantikan oleh nukleotida DNA oleh
polimerase DNA enzim. Celah antara fragmen ditutup oleh enzim DNA ligase.

c. Replikasi DNA eukariota

Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan
regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent
protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan
sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi
pada masing-masing ori.
Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, garpu replikasi pada eukariota bergerak hanya dengan
kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum melakukan penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada garpu
replikasi sehingga gerakan garpu replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb tiap detik. Dengan kecepatan
seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia.
Sederetan sekuens tandem yang terdiri atas 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi secara serempak pada waktu
tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami inisasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang
agak lambat adalah heterokromatin. Daerah sentromer dan telomer dari DNA bereplikasi paling lambat. Pola
semacam ini mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap faktor inisiasi.
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan protein replikasi A
atau replication protein A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA
polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal
diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA
polimerase a. Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA
polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e
mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang
disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang
fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada E. coli. Selain terjadi penggandaan DNA,
kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan dengan garpu replikasi akan diimobilisasi
di dalam matriks nuklear. Mesin-mesin tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli
DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog timidin, yaitu bromodeoksiuridin
(BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi
yang mengenali BUdR.
Ujung kromosom linier tidak dapat direplikasi sepenuhnya karena tidak ada DNA yang dapat menggantikan RNA
primer yang dibuang dari ujung 5’ untai tertinggal. Dengan demikian, informasi genetik dapat hilang dari DNA.
Untuk mengatasi hal ini, ujung kromosom eukariota (telomer) mengandung beratus-ratus sekuens repetitif
sederhana yang tidak berisi informasi genetik dengan ujung 3’ melampaui ujung 5’. Enzim telomerase
mengandung molekul RNA pendek, yang sebagian sekuensnya komplementer dengan sekuens repetitif tersebut.
RNA ini akan bertindak sebagai cetakan (templat) bagi penambahan sekuens repetitif pada ujung 3’.
Hal yang menarik adalah bahwa aktivitas telomerase mengalami penekanan di dalam sel-sel somatis pada
organisme multiseluler, yang lambat laun akan menyebabkan pemendekan kromosom pada tiap generasi sel.
Ketika pemendekan mencapai DNA yang membawa informasi genetik, sel-sel akan menjadi layu dan mati.
Fenomena ini diduga sangat penting di dalam proses penuaan sel. Selain itu, kemampuan penggandaan yang tidak
terkendali pada kebanyakan sel kanker juga berkaitan dengan reaktivasi enzim telomerase.

Sumber: Principle of Genome analysis and genomics, 2003. Primrose and Tmyman.