HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

Sampel Pita Sampel Pita Sampel Pita

N1 # N2 # N2 #
# # #
Sampel Sampel Pita Sampel
# Pita # Pita
N3
# 0
N4# # N7 #
# # #
# # 0 0
# # 0 # #
0 0 #
# # 1 1
# # 0 1 0
1 0 0
# # 0 0
# # 0 1 0
0 0 1
# # 1 1
# 0 0
# 0 0
# 1 0
Sampel Sampel Pita Sampel Pita 0
Pita N14
N11 N12 #
# #
Sampel # Sampel #
Pita
# Pita
N16 Sampel # Pita N18 #
## N17 0
0 #
0# # 1
Sampel Sampel 1 #
0# Pita #
Pita Sampel 1
Sampel
Sampel
N21 Sampel
Sampel
N22 1Pita Sampel
Sampel #
Pita
1Pita
0Pita Pita
# N23 1 Pita Pita
N27
N24 N29N25 1 # N26
N29 0
10 # 0 0 #
0# 0 ### # #1
00 #
0## 0 ##1# 0 # ##1
01
0# 0 ##1# 0 # ##1
00 0
0# 1 ##1# 1 # #0
10 1
0#1 0#00 # #0
0 0#
1 0#00 # #10
0 ##
0 1#01 # #1
##0 0#10 # #0
##0 0#0 # ##
##1 0#0 # ##
## 11 0 ##
Sampel
Pita
N30
#
#
#
#
#
#
#
#
#
#
#
Ket:

- Panjang Basepairs N1 adalah 3.500.000

- Panjang Basepairs N2 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N3 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N4 adalah 3.500.000
- Panjang Basepairs N7 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N11 adalah 3.500.000
- Panjang Basepairs N12 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N14 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N16 adalah 3.500.000
- Panjang Basepairs N17 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N18 adalah 2.250.000
- Panjang Basepairs N21 adalah 2.300.000
- Panjang Basepairs N22 adalah 2.500.000
- Panjang Basepairs N23 adalah 2.500.000
- Panjang Basepairs N24 adalah 2.500.000
- Panjang Basepairs N25 adalah 5.000.000
- Panjang Basepairs N26 adalah 4.000.000
- Panjang Basepairs N27 adalah 2.750.000
- Panjang Basepairs N29 adalah 4.500.000
- Panjang Basepairs N30 adalah 4.500.000

Pembahasan

Skoring adalah suatu teknik dalam penentuan atau pemberian kode pada

pita yang muncul. Berdasarkan pada atau tidaknya pita, profil pita diterjemahkan

kedalam data biner. Pita yang muncul diberi kode 1 dan 0 jika tidak ada. Hal ini

sesuai dengan literature Gupta (2002) yang menyatakan bahwa fragmen DNA

hasil amplifikasi RAPD diskoring dengan ketentuan 1 untuk ada pita dan 0 untuk

tidak ada pita.

Pita polimorfik yaitu pada hasil amplifikasi menunjukkan adanya

perbedaan komponen nukleotida. Dalam untaian DNA, nukelotida yang berbeda

bisa dikarenakan adanya peristiwa delesi maupun insersi pada DNA. Hal ini
sesuai literature Toha (2001) yang menyatakan bahwa skoring pita dilakukan

terhadap pita yang memiliki intensitas dan kecerahan yang kuat. Penanda RAPD

dapat digunakan untuk identifikasi kultivar dan klon tanaman.

Pita monomorfik adalah pita yang menunjukkan adanya sekuen DNA yang

sama yang teramplifikasi. Prubahan kondisi reaksi dan intensitas pita yang

dihasilkan bervariasi sehingga menyulitkan dalam skoring pola pita. Hal ini sesuai

literature Restu (2012) yang menyatakan bahwa pada hasil skoring marka yang

dilakukan dapat di lihat bahwa pita pada masing-masing sampel tidak jelas

menunjukkan genotipe resesif.

Berdasarkan ada atau tidaknya pita, profil pita diterjemahkan kedalam data

biner. Pita yang muncul diberi kode 1 (ada) dan 0 (tidak ada). Penanda RAPD

bersifat dominan, fragmen DNA yang dihasilkan tidak dapat membedakan

individu yang memiliki genotipe homozigot dengan heteroizigot. Hal ini sesuai

literature Ausubel (2003) yang menyatakan bahwa fragmen DNA hasil

amplifikasi RAPD diskoring dengan ketentuan 1 untuk ada pita dan 0 untuk tidak

ada pita.

Faktor yang mempengaruhi pita DNA yang terlalu tipis atau tidak begitu

jelas dikarenakan pada saat proses PCR kurang optimal hal ini sesuai literature

Fatchiyah (2011) yang menyatakan bahwa pita DNA yang tidak jelas dikarenakan

proses PCR yang bias terjadi karena suhu Annelingt dan primer yang tidak sesuai.