Dinamika molekuler merupakan suatu metode simulasi komputer yang digunakan untuk

merepresentasikan interaksi antara molekul dan atom dalam jangka waktu tertentu yang didasarkan pada
persamaan hukum Newton dan hukum mekanika klasik. Dinamika molekuler digunakan untuk
menyelidiki struktur dari zat padat, dan gas. Besar gaya antar molekul dihitung secara eksplisit dan
pergerakan molekul dikomputasi dengan metode integrasi yang digunakan untuk menyelesaikan
persamaan Newton pada atom yang konstituen. Kondisi awal dari molekul digambarkan dengan posisi
dan kecepatan atom. Berdasarkan presepsi Newton, dari posisi awal, dapat dilakukan penghitung posisi
dan kecepatan selanjutnya dalam interval waktu yang kecil serta penghitung gaya pada posisi yang baru
yang dapat berulang untuk beberapa saat, hingga ratusan kali.

Dalam penggunaan dinamika molekul, hokum newton adalah dasar sebagai pendahuluan untuk
melakukan simulasi, dimana Dalam dinamika molekul digunakan ketiga Hukum Newton:

1. Suatu partikel akan tetap diam atau bergerak dengan kecepatan tetap kecuali jika menerima gaya
gaya eksternal dengan resultan tidak sama dengan nol.
2. Jika partikel massa m menerima gaya F maka partikel tersebut mengalami percepatan sebesar:
a = 𝐹/𝑚
3. Jika partikel i memberikan gaya pada partikel j sebesar Fji, maka partikel j memberikan gaya
pada partikel i sebesar –Fij.
𝐹𝑗𝑖 = −𝐹𝑖𝑗

Didalam dinamika molekul juga terdapat Hukum yang berguna untuk simulasi dinamika molekul, yaitu
ada Hukum Konservasi. Hukum konservasi adalah ketikaDalam suatu sistem yang mempunyai energi
kinetik dan jumlah molekul tetap, momentum masing masing molekul dapat berubah ubah akibat
interaksi satu sama lain, namun momentum total tidak akan berubah. Momentum total system dapat
ditunjukan pada persamaan (3).

d d
∑𝑝𝑖 = ∑𝑚𝑣𝑖 = 0
dt dt

dimana m adalah massa molekul dan p adalah momentum molekul. Pada saat simulasi melalui verifikasi
konservasi dapat dilakukan identifikasi terhadap E.Karena persamaan gerak tidak terintegrasi secara tepat,
E tidak akan pernah benar-benar konstan. Hukum konservasi menyebutkan E tidak akan benar-benar
konstan. Maka simulasi Molekul Dinamik dapat menyebabkan fluktuasi pada nilai rata-rata.
 Simulasi menggunakan metoda dinamika molekuler pada dasarnya dimulai dengan menentukan
konfigurasi atom-atom bahan yang ditinjau, diman masing-masing atom tersebut saling berinteraksi satu
sama lain yang dapat diasumsikan memenuhi potensial Lennard-Jones, kemudian atom-atom tersebut
diberikan kecepatan awal yang random dan dipecahkan secara numerik dengan komputer. Kecepatan
awal masing-masing atom diberikan secara random dengan nilai antara 0-1, melalui random generator.
Sehingga titik potong terhadap sumbu horizontal dan kedalaman sumur potensial dianggap sebagai
parameter Lennard-Jones. Data kemudian difitting menggunakan persamaan Lennard-Jones berikut ini:

12 6
σ σ
u ( r )=4 ε [( ) ( ) ]
r
−
r

σ dan ε adalah parameter jarak dan energi. Penggunaan persamaan Lennard-Jones berikut sudah banyak
yang melakukan sehingga sudah banyak database yang dapat digunakan dalam simulasi dinamika
molekul ini. Dimana nilai dari parameter persamaan Lennard-Jones dapat dilihat pada tabel berikut:

Secara umum simulasi dengan menggunakan metoda molekular dinamik memerlukan kondisi
awal yang diketahui diantaranya adalah posisi dan kecepatan awal dari seluruh atom serta energi potensial
antar atom yang merupakan fungsi dari jarak. Persamaan differensial orde dua pada persamaan (4) dapat
dipecahkan dengan metoda beda hingga dengan interval waktu ∂t . Ada beberapa algoritma untuk
memecahkan persamaan diferensial ini antara lain leaf-frog , Verlet dan Gear predictor-corrector. Dalam
studi ini dipakai algoritma Gear predictor-corrector karena hasilnya lebih akurat. Dengan melakukan
perhitungan secara iteratif terhadap persamaan-persamaan diatas maka akan diperoleh kuantitas-kuantitas
makroskopik sistem seperti temperatur, tekanan, konstanta difusi, fungsi distribusi radial dll. Variabel
posisi dan kecepatan dapat dihubungkan dengan kuantitas makroskopik diatas melalui mekanika statistic
Dengan demikian maka kita dapat membuat simulasi dengan keadaan sistem yang kita inginkan dengan
cara scaling atau memakai algoritma Nose-Hover Thermostat. Dalam simulasi ini temperatur dibuat
dengan cara scaling.

gaya yang dialami oleh atom i akibat interaksi dengan N atom dinyatakan dalam persamaan di bawah ini:

Dengan simulasi yang digunakan dalam dinamika molekul adalah sebagai berikut step by stepnya:

Hal yang harus diperhatikan selama proses simulasi adalah energi total system harus relatif
konstan dengan simpangan sekitar 10 -8. Dalam laporan ini penulis akan melaporkan sifat statis yang
dihasilkan yang berupa fungsi distribusi radial pada beberapa temperatur , serta fluktuasi energi total
sebagai fungsi dari time-step. Karena didalam dinamika molekul juga terdapat beberapa hal yang
diperhatikan karena tak semua simulasi dalam dinamika molekul berjalan dengan baik. Keterbatasan
keterbatasan didalam dinamika molekul diantaranya :

1. Model dalam Interaksi interatomic

2. Jumlah Atom
3. Bahan-bahan di mana ikatan terdistorsi dari spherical symmetry
4. Adanya geometry sederhana pada simulasi
5. Alat simulasi yang digunkan

Namun dalam perkembangan dinamolekul kedepannya, banyak hal yang dapat dilakukan ketika
komputer baru dan pendekatan accelerated dynamics yang baru, kemampuan MD untuk berpasangan
langsung dengan eksperimen telah sangat meningkat, menghasilkan informasi mendasar yang tidak yang
tersedia secara eksperimental. Memang, sekarang ada hubungan langsung antara percobaan dan
pemodelan di beberapa bahan skala nano. Pada bagian selanjutnya kami mencantumkan beberapa contoh
representatif dari aplikasi dinamika molekuler.