Tugas Critical Jurnal

Mata Kuliah Biologi Molekuler

A comparison of homologous recombination rates in bacteria and archaea

Dosen Pengampu:
Dra. Fauziah Harahap, M.Si.

Disusunoleh:

Yolinda Br Ginting (4163141054)

BIOLOGI DIK D 2016

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIMED
2019
 Perbandingan Tingkat Rekombinansi Homolog Pada Bakteri Dan Archaea

Jurnal ini menjelaskan tentang perbandingan keanekaragaman pada sekelompok

bakteri. Penelitian ini didasari karena sudah bnayaknya rekombinasi homolog yang
sangat bervariasi pada jenis hewan. Jadi jurnal ini menjelaskan beberapa macam jenis
bakteri dan beberapa jenis archaea. Jadi dalam megukur tingkat rekombinasi homolog
dpat digunakan coronal frame, dimana ini adalah yang paling sering digunakan pada
bakteri supaya dapat diketahui tingkat rekombinasi homolog dan mutasi.

Jadi dalam pengukuran efek relatif dari rekombinasi homolog digunakan dengan
rasio r/y yang berarti ukuran frekuensinya rekatif terhadap mutasi karena memiliki
¼
interpretasi intuitif. Sebagai contohnya adalah r/y jadi peristiwa ini akan terjadi dua
kali dalam evolusi dari populasinya yang disebabkan karena terjadinya perpanjangan
dan keanekaragaman nukleotida fragmen inpor.

Sedangkan untuk mengukur efek relatif dari rekombinasi homolog

menggunakan rasio r/m yang artinya rasio tingkat nukleotida diganti sebagai akibat dari
¼
rekombinasi dan mutasi, sebagai contohnya adalah r/y 10, artinya rekombinasi akan
memperkenalkan 10 kali lebih cepat nukleotida daripada mutasi titik selama evolusi
populasi yang terjadi. Tetapi metode ini memiliki kekurangan yaitu hanya mampu pada
perbedaan kerabat dekat, oleh sebab itu hanya berhasil apabila peran rekombinasinya
meningkat juga dalam beberapa waktu terakhir.

Semua hasil dari hasil penelitian sudah terlampir didalam tabel 1 dan sudah
disesuaikan dengan urutan rata yang sudah disimpulkan r/m. Jadi data yang sudah
diberikan r / m nilai-nilai yang disebut sebagai rendah ( kurang dari 1), menengah (1-
2), tinggi (2-10) atau sangat tinggi ( 4 10). Batas batas yang sudah tertera ini sudah
cukup baik dan sesuai dengan interpretasi dari tingkat rekombinasi dari literatur yang
sudah tersedia.

Dari tabel satu juga sudah tersedia nilai yang akan dijadikan indikator dari HRR
dari satu spesiesnya. Dan hasilnya akan bervariasi apabila strain yang digunakan
berbeda dengan sampel yang digunakan. Urutan kombinasi dari alel bisa diguakan
kedalam analisis, dan bisa ke statistik agar lebih mudah untuk menyimpulkannya. Jadi
hasil akhirnya adalah apabila berasal dari populasi yang tidak sama dari spesies yang
sama dapat terjadi memili HRR yang tidak sama juga.

Dalam penelitian ini metode yang dilakukan peneliti pada saat pertama kalii
adalah pemilihan lokus, yang artinya pemberian batasan lalu pemilihan strain, apabila
ekotipe berbeda dalam HRR disebabkan karena evolusi adaptif atau kendala
lingkungan. Ketika sampel populasi mengandung ekotipe yang berbeda menghuni
berbeda, spasial terpisah mikro-ceruk yang menghalangi kontak dekat yang diperlukan
untuk pertukaran genetik, HRR akan dianggap remeh. Demikian pula, ekotipe
mendiami identik mikro-ceruk di lokasi yang berbeda cenderung untuk bertukar DNA
dari klon dari lokasi yang sama. Bukti untuk proses ini telah ditemukan dalam bakteri
tanah Rhizobium leguminosarum, di mana Klonalitas itu kurang diucapkan pada skala
regional daripada di skala global.

Oversampling dari klon tunggal dalam struktur populasi akan mengakibatkan

meremehkan HRR. Meskipun penyatuan populasi yang berbeda umumnya akan
menghasilkan meremehkan HRR, adalah mungkin untuk melebih-lebihkan HRR dari
ekotipe diberikan bila disamakan dengan ekotipe yang memiliki HRR lebih tinggi.
Untuk menghindari efek perancu potensial dari struktur populasi spasial, koleksi strain
lokal atau regional dianalisis bukan koleksi global ketika memungkinkan. Untuk studi
di mana strain ditemukan mengelompok dalam beberapa, clades deep-bercabang, hanya
satu clade tersebut dianalisis untuk menghindari kemungkinan penyatuan ekotipe yang
berbeda.

spesies bakteri diklasifikasikan menurut ekologi dalam kelompok luas berikut:

(1) extremophiles, (2) kelautan dan bakteri air, (3) terestrial bakteri, (4) komensal, yaitu
spesies yang merupakan bagian dari flora normal manusia atau hewan lain, (5) wajib
patogen dan (6) endosymbionts.

Dalam hasil penelitian yang sudah dilakukan dapat diketahui juga bahwa
Helicobacter sering digunakan sebagai contoh bakteri dengan HRR sangat tinggi, tetapi
spesies yang kurang dikenal Flavobacterium dan Pelagibacter ditemukan untuk menjadi
lebih rekombinogenik. Selain itu dalam extremophiles telah menarik perhatian dari ahli
ekologi mikroba sebagian karena isolasi habitat mereka (seperti ventilasi panas bumi,
merembes, mata air dan danau garam) menghasilkan populasi berpotensi kuat
terstruktur, dan karena itu menawarkan kesempatan khusus untuk mempelajari
biogeografi mikroba. Panas cyanobacterium semi menghuni Mastigocladus laminosus
memiliki HRR rendah sampai menengah. Dua archaea, thermoacidophile yang
Sulfolobus dan halophile yang Halorubrum, memiliki yang sama, HRR menengah.
rekombinasi homolog telah terdeteksi dalam bakteri Thermotoga. Selain itu ditemukan
juga dalam penelitian MLST telah dilakukan untuk Proteobacteria yang hidup di tanah,
atau berhubungan dengan tanaman. Itu Sebuah- proteobacterium Rhizobium gallicum
memiliki sangat rendah HRR, yang b- proteobacterium Ralstonia solanacearum
memiliki HRR menengah dan d- proteobacterium Myxococcus xanthus memiliki HRR
tinggi

Jadi dari data hasil yang terdapat dalam jurnal tersebut dapat disimpulkan bahwa
metode komparatif adalah cara yang paling umum yang digunakan untuk mendekati
pola perubahan evolusioner, dan sebagian besar spesies yang datanya tersedia saat ini
(oportunistik) patogen atau bakteri agronomis penting. Namun, metode MLST
mendapatkan popularitas di kalangan ahli ekologi mikroba, dan lebih banyak data pada
struktur penduduk mayoritas freeliving, bakteri non-patogen diharapkan dalam waktu
dekat.

DAFTAR PUSTAKA

Vos, Michiel. 2008. A comparison of homologous recombination rates in bacteria and

archaea. The ISME Journal. VOL 1(1-10)