No.

FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 1 dari 15

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA

ACARA 4

Klasifikasi Mikrobia dengan Taksonomi Molekular Fenetik

Nama : Titik Tri Hastiwi

NIM : 17/411744/BI/09884
Lab/Gol/ Kel : Gedung Baru/B/1
Asisten :

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI
FAKULTAS BIOLOGI
UNIVERSITAS GADJAH MADA
YOGYAKARTA
2019
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 2 dari 15

Acara 4
Klasifikasi Mikrobia dengan Taksonomi Molekular Fenetik

A. PENDAHULAN
a. Latar Belakang
Mikrobia merupakan organisme yang sangat beranekaragam dan memiliki
banyak karakter yang bersifat umum maupun khusus. Keberadaan mikrobia
dapat diidentifikasi berdasarkan karakter fenetik maupun karakter molekular.
Berdasarkan fungsi dan dampaknya sistematika mikrobia adalah salah satu
cabang ilmu mikrobiologi yang menitikberatkan pada klasifikasi mikrobia.
Salah satu cara klasifikasi yang dilakukan dalam sistematika mikrobia adalah
menggunakan metode taksonomi molekular fenetik. Prosedur taksonomi
molekular fenetik dilakukan dengan menggunakan metode taksonomi numerik
fenetik yang berdasarkan data molekular.
Oleh karena itu pada praktikum ini dilakukan klasifikasi strain bakteri untuk
menentukan hubungan kemiripan antar strain dengan metode taksonomi
numerik fenetik berdasarkan data fingerprinting DNA dari sebuah jurnal.

b. Tujuan
Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari prosedur taksonomi molekular
fenetik berdasarkan data fingerprinting DNA, membandingkan hasil dendogram
indeks similaritas Ssm dan Sj strain mikrobia, serta mengatahui kofenetik-
korelasi antar strain mikrobia.

B. METODE
a. Alat dan Bahan
Alat-alat yang digunakan pada praktikum ini antara lain jurnal yang
memiliki data hasil elektroforesis DNA bakteri yang digunakan sebagai sumber
data dan satu buah laptop yang telah memiliki aplikasi paint shop pro (PSP),
MVSP, program file editor(PFE), dan microsoft excel yang berfungsi untuk
menganalisis taksonomi molekular fenetik.
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 3 dari 15

b. Cara Kerja
1.      Pembuatan diagram representatif
Mula-mula gambar fingerprint yang diambil dari jurnal disimpan
dalam bentuk JPG. Kemudian, pada program paint shop pro, klik file>
New, lalu klik OK. Maka akan muncul halaman baru. Setelah itu, klik File>
Open dan gambar fingerprint dibuka. Tampilan pada program tersebut
dijadikan sebagai “Background”. Selanjutnya, layer di atas background
dibuat dengan cara klik Layer> New> OK. Kemudian, band-band DNA
pada background dibuat gambar representatifnya pada layer dengan cara
mengklik ikon “Shape” pada toolbar sebelah kiri sehingga band-band dapat
direpresentasikan sebagai kotak-kotak kosong. Setelah itu, kotak
representasi band diwarnai dengan mengklik ikon “Flood Fill” pada toolbar
di sebelah kiri. Lalu, diklik pada masing-masing band sehingga semua band
terwarnai dengan jelas. Untuk menampilkan hasil diagram representatif,
maka background dihapus dengan cara klik Layer> Background>.
Kemudian, klik Layer> Delete. Background akan terhapus sehingga hanya
menampilkan diagram representatif. Selanjutnya pada setiap band ditarik
garis horizontal, di mana satu garis horizontal merupakan satu karakter
dengan cara mengklik ikon “Line” pada toolbar sebelah kiri. Lalu, setiap
satu strain diberi lambang amjad dengan cara mengklik ikon “Word” pada
toolbar.

2. Penyusunan table n x t
File representative data fingerprinting dapat disimpan dan diolah
menjadi table n xt untuk dapat dianalisi secara numerik. Konversi diagram
representatif menjadi table n x t didasarkan pada asumsi bahwa adanya band
pada posisi Rf yang mirip (sati garis) diartikan sebagai adanya persamaan
dalam kepemilikan karakter tertentu.
3. Pengeditan File
Program PFE dibuka, kemudian dipilih “file” lalu diklik “new”.
Setelah tersedia kotak kosong, diketik dalam kotak tersebut “*L (spasi)
Jumlah karakter (spasi) jumlah strain)” dan dienter. Setelah itu matriks n x t
di copy dan di paste di bawah kata-kata yang sudah diketik tadi. Kemudian
file disimpan dalam format “.mvs”
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 4 dari 15

4. Analisis dengan MVSP

Aplikasi MVSP dibuka, kemudian dipilih “file” lalu diklik “open”
untuk membuka file PFE yang sudah disimpan sebelumnya. Setelah file
terbuka kemudian diklik analyses dan dipilih opsi cluster analyses.
Kemudian untuk data transformation pilih “none”, untuk clustering method
polih “UPGMA”, ketika ingin mendapatkan nilai silimaritas Ssm maka
untuk opsi similarity or distant pilih “Simple Matching Coefficient”,
sedamgkan jika ingin mendapatkan nilai similaritas Sj maka opsi similarity
or distant pilih “Jaccard’s Coefficient”. Setelah itu untuk bagian advanced
dicentang opsi similarity/distance matrix, clustering report, dan text
dendogram.

Setelah perhitungan dan pembuatan matriks Ssm dan Sj, maka

dilanjutkan dibuat clustering analysis Ssm dan Sj. Setelah itu dibuat
matriks turunan dendogram Ssm dan Sj. Hasil turunan yang didapat
digunakan untuk menghitung nilai r (kolersi-kofenetik) dari Ssm dan Sj.
Berikut merupakan rumus dari korelasi-kofenetik :
n( ∑ xy)−( ∑ x)( ∑ y )
r= 2 2 2 2
x 100 %
√[(n ∑ x −( ∑ x) ][(n ∑ y )−( ∑ y ) ]
n : jumlah pasangan strain yang dibandingkan
x : nilai indeks similaritas berdasarkan perhitungan
y : nilai indeks similaritas berdasarkan turunan dendogram
(Bagchi et al.,2012)
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 5 dari 15

C. HASIL
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan, didapatkan hasil sebagai berikut :
a. Fingerprinting DNA

Gambar 1. Fingerpringting DNA

b. Diagram Representatif

Gambar 2. Diagram Representatif

 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 6 dari 15

c. Tabel n x t
Tabel 1. Matriks n x t
  A B C D E F G H I J K L M N O
1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0
3 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0
5 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0
6 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1
8 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 1 1 0 0 0
9 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0
10 0 1 0 1 0 0 0 0 1 1 1 0 0 1 1
11 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0
12 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1
14 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1 1 0 0 0
15 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0
16 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
17 0 1 0 0 0 1 0 1 0 1 1 1 0 0 0
18 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1
19 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1
20 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
21 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 1 1
22 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0
23 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0
24 1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1
25 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
26 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1 1 1 0 0
27 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1
28 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 0
29 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 1 1
30 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0
31 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
32 0 0 0 0 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0
33 1 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 1 1 1
34 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
35 0 0 1 1 0 1 1 0 0 1 1 1 0 1 1
36 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1
37 0 0 0 1 0 0 0 1 0 1 0 0 1 0 1
38 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0
39 0 0 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 1 0 0
40 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0
41 0 0 1 0 1 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0
42 1 0 0 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 1
43 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0
44 0 0 0 1 0 1 0 1 1 0 1 1 0 0 1
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 7 dari 15

45 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
46 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1
47 1 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 1 0 0 1
48 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1
49 0 0 0 1 1 0 1 1 1 0 1 1 0 0 0
50 0 1 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0

d. Matriks Similaritas Ssm dan Sj

Tabel 2. Matriks similaritas Ssm 

 
  A B C D E F G H I J K L M N O
A 1                            
B 0.8 1                          
0.86
C 0.8 7 1                        
D 0.533 0.6 0.6 1                      
0.73 0.73
E 0.8 3 3 0.6 1                    
0.73
F 0.8 0.6 3 0.467 0.6 1                  
0.73 0.86
G 0.667 3 7 0.467 0.733 0.6 1                
0.66 0.66 0.66 0.66
H 0.733 7 7 0.533 0.933 7 7 1              
0.66 0.66
I 0.733 0.8 0.8 0.8 0.667 7 7 0.6 1            
0.73 0.73 0.73 0.93
J 0.667 3 3 0.733 0.6 0.6 3 0.533 3 1          
0.66 0.66 0.53 0.53 0.86
K 0.6 7 7 0.933 0.667 3 3 0.6 7 0.8 1        
0.46 0.46 0.66
L 0.533 7 0.6 0.6 0.733 7 0.6 0.667 7 0.6 0.667 1      
0.73 0.53 0.46 0.46
M 0.667 0.6 0.6 0.333 0.733 3 0.6 0.8 3 7 0.4 7 1    
0.86 0.86 0.73 0.73 0.93 0.86
N 0.8 7 7 0.733 0.733 3 3 0.667 3 7 0.8 0.6 0.6 1  
0.66 0.66 0.73 0.66 0.66
O 0.6 0.8 0.8 0.533 0.533 7 7 0.6 3 7 0.6 0.4 7 0.8 1

Tabel 3. Matriks similaritas Sj

  A B C D E F G H I J K L M N O
A 1                            
B 0.25 1                          
0.33
C
0 3 1                        
0.14
D
0 3 0 1                      
E 0.25 0.2 0 0.14 1                    
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 8 dari 15

3
F 0.25 0 0 0 0 1                  
G 0 0.2 0.333 0 0.2 0 1                
0.16 0.12 0.16
H
0.2 7 0 5 0.75 7 0.167 1              
I 0 0.25 0 0.4 0 0 0 0 1            
0.33 0.66
J
0 0.2 0 3 0 0 0.2 0 7 1          
0.16
K
0 7 0 0.8 0.167 0 0 0.143 0.5 0.4 1        
0.16 0.28
L
0 0 0 0.25 0.333 0 0.143 0.286 7 0.143 6 1      
0.14 0.33
M
0.167 3 0 0 0.333 3 0.143 0.5 0 0 0 0.111 1    
0.33
N
0 3 0 0.2 0 0 0 0 0.5 0.333 0.25 0 0 1  
0.12 0.16 0.14 0.28
O
0 0.4 0.25 5 0 7 0.167 0.143 0.2 0.167 3 0 6 0.25 1

e. Clustering Analysis Ssm dan Sj

Tabel 4. Clustering Analysis Ssm
  L D K E H M I J A C N B G F O
0.93
3 L DK EH M IJ A C N B G F O
0.93
1 L DK EH M IJ A CN B G F O
0.86
3 L DK EH M IJ ACN B G F O
0.83 L DK EH M IJACN B G F O
0.80
2 L DK EH M IJACNB G F O
0.79 L DK EH M IJACNBG F O
0.77
9 L DK EH M IJACNBGF O
0.76
7 L DK EHM IJACNBGF O
0.73 L DK EHM IJACNBGFO
0.71
5 L DK EHMIJACNBGFO
0.67
7 L DKEHMIJACNBGFO
0.64
1 LDKEHMIJACNBGFO

Tabel 5. Clustering Analysis Sj

 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 9 dari 15

  B O G C J I N K D M E H L F A
0.8 B O G C J I N KD M E H L F A
0.75 B O G C J I N KD M EH L F A
0.66
7 B O G C JI N KD M EH L F A
0.41
7 B O G C JIN KD MEH L F A
0.4 BO G C JIN KD MEH L F A
0.34
7 BO G C JINKD MEH L F A
0.33
3 BO GC JINKD MEH L F A
0.25 BO GC JINKD MEH L FA
0.24
3 BO GC JINKD MEHL FA
0.23
7 BOGC JINKD MEHL FA
0.14 BOGC JINKD MEHLFA
0.10
9 BOGCJINKD MEHLFA
0.06
4 BOGCJINKDMEHLFA

f. Dendogram Ssm dan Sj

 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 10 dari 15

UPGMA
L
K
D
M
H
E
O
F
G
B
J
I
N

C
A

0.64 0.7 0.76 0.82 0.88 0.94 1

Simple Matching Coefficient

Gambar 3. Dendogram Ssm

UPGMA

N
J
I
K
D
G
C
O
B
L
M
H
E
F
A

-0.2 0 0.2 0.4 0.6 0.8 1

Jaccard's Coefficient

Gambar 4. Dendogram Sj

g. Matriks Turunan Ssm dan Sj

 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 11 dari 15

Tabel 4. Matriks Turunan Dendogram Ssm

  A B C D E F G H I J K L M N O
A 1                            
0.80
B
2 1                          
0.86 0.80
C
3 2 1                        
0.67 0.67 0.67
D
7 7 7 1                      
0.71 0.71 0.71
E
5 5 5 0.68 1                    
0.77 0.77 0.77
F
9 9 9 0.68 0.72 1                  
0.77
G
0.79 0.79 0.79 0.68 0.72 9 1                
0.71 0.71 0.71 0.71
H
5 5 5 0.68 0.93 5 0.72 1              
0.80 0.77
I
0.83 2 0.83 0.68 0.72 9 0.79 0.72 1            
0.80 0.77
J
0.83 2 0.83 0.68 0.72 9 0.79 0.72 0.93 1          
0.67 0.67 0.67 0.67
K
7 7 7 0.93 0.68 7 0.68 0.68 0.68 0.68 1        
0.64 0.64 0.64 0.64
L
1 1 1 0.64 0.64 1 0.64 0.64 0.64 0.64 0.64 1      
0.71 0.71 0.71 0.71
M
5 5 5 0.68 0.77 5 0.72 0.77 0.72 0.72 0.68 0.64 1    
0.86 0.80 0.93 0.77
N
3 2 1 0.68 0.72 9 0.79 0.72 0.83 0.83 0.68 0.64 0.72 1  
O 0.73 0.73 0.73 0.68 0.72 0.73 0.73 0.72 0.73 0.73 0.68 0.64 0.72 0.73 1

Tabel 5. Matriks Turunan Dendogram Sj

  A B C D E F G H I J K L M N O
A 1                            
0.06
B 4 1                          
0.06 0.2
C 4 4 1                        
0.06 0.1 0.10
D 4 1 9 1                      
0.0 0.06 0.0
E 0.14 6 4 6 1                    
0.0 0.06 0.0 0.1
F 0.25 6 4 6 4 1                  
0.06 0.2 0.33 0.1 0.0 0.0
G 4 4 3 1 6 6 1                
H 0.14 0.0 0.06 0.0 0.7 0.1 0.0 1              
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 12 dari 15

6 4 6 5 4 6
0.06 0.1 0.10 0.3 0.0 0.0 0.1 0.0
I 4 1 9 5 6 6 1 6 1            
0.06 0.1 0.10 0.3 0.0 0.0 0.1 0.0 0.6
J 4 1 9 5 6 6 1 6 7 1          
0.06 0.1 0.10 0.0 0.0 0.1 0.0 0.3 0.3
K 4 1 9 0.8 6 6 1 6 5 5 1        
0.0 0.06 0.0 0.2 0.1 0.0 0.2 0.0 0.0 0.0
L 0.14 6 4 6 4 4 6 4 6 6 6 1      
0.0 0.06 0.0 0.4 0.1 0.0 0.4 0.0 0.0 0.0 0.0
M 0.14 6 4 6 2 4 6 2 6 6 6 6 1    
0.06 0.1 0.10 0.3 0.0 0.0 0.1 0.0 0.4 0.4 0.3 0.0 0.0
N 4 1 9 5 6 6 1 6 2 2 5 6 6 1  
0.06 0.23 0.1 0.0 0.0 0.2 0.0 0.1 0.1 0.1 0.0 0.0 0.1
O 4 0.4 7 1 6 6 4 6 1 1 1 6 6 1 1

h. Nilai r Ssm dan Sj

Kofenetik-korelasi Ssm
 Nilai korelasi-kofenetik
r (Ssm) : 65.53 %
Kofenetik-korelasi Sj
 Nilai korelasi-kofenetik
r (Sj) : 83.98 %

D. PEMBAHASAN
Pada praktikum ini digunakan jurnal penelitian yang berjudul
“Burkholderia humi sp. nov., Burkholderia choica sp. nov., Burkholderia
telluris sp. nov., Burkholderia terrestris sp. nov. and Burkholderia udeis sp.
nov.:Burkholderia glathei-like bacteria from soil and rhizosphere soil” sebagai
sumber fingerprinting DNA mikrobia. Jurnal ini membahas tentang nalisis
sekuens gen gyrB parsial yang menghasilkan enam taksa dalam kelompok 17
isolat Burkholderia glatheilike yang selanjutnya diperiksa oleh sidik jari (GTG)
5-PCR, analisis sekuens gen 16S rRNA, hibridisasi DNA-DNA, penentuan
kandungan G + C DNA, analisis asam lemak wholecell dan analisis morfologi
sel dan koloni dan lebih dari 180 karakteristik biokimia. Hasil menunjukkan
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 13 dari 15

bahwa satu takson yang terdiri dari tiga isolat mewakili Burkholderia
zhejiangensis, bakteri pendegradasi metil-parathion yang baru-baru ini diisolasi
dari sistem pengolahan air limbah di Cina. Taksanya yang tersisa mewakili lima
spesies baru yang diisolasi dari tanah atau sampel tanah rhizosfer, dan dapat
dibedakan berdasarkan karakteristik genotipik dan fenotipiknya. Karena itu
bakteri ini diklasifikasikan sebagai Burkholderia humi sp. November (tipe
regangan, LMG 22934T5CCUG 63059T), Burkholderia choica sp. November
(jenis regangan, LMG 22940T5CCUG 63063T), Burkholderia telluris sp.
November (tipe regangan, LMG 22936T5CCUG 63060T), Burkholderia udeis
sp. November (tipe regangan, LMG 27134T5CCUG 63061T) dan Burkholderia
terrestris sp. November (jenis regangan, LMG 22937T5CCUG 63062T). Pada
jurnal ini, praktikan mengambil data fingerprinting DNA untuk 15 strain dan 50
karakter (band) (Vandamme et al., 2013)

Salah satu tujuan utama klasifikasi adalah untuk menyediakan skema di

mana organisme yang tidak dikenal dapat diidentifikasi. Salah satu metode
klasifikasi untuk mikrobia adalah klasifikasi molekular fenetik. Klasifikasi
molecular fenetik merupakan pengembangan dari klasifikasi numerical fenetik.
Keduanya memiliki prinsip yang sama yaitu menggunakan karakter untuk
identifikasi, perbedaannya terdapat pada karakter yang digunakan. Pada
klasifikasi numerical-fenetik digunakan karakter morfologi yang terlihat,
sedangkan pada klasifikasi molekular fenetik digunakan karakter molecular
seperti fingerprinting DNA (Jackson, 2009)
Pada praktikum ini digunakan empat program komputer yaitu PSP (Paint
Shop Pro), PFE (Program File Editor) MVSP (Multivariate Statistical
Package), dan Microsoft excel. Rangkaian prosedur yang dilakukan pada
praktikum ini yaitu pertama pembuatan diagram representative menggunakan
program computer grafis PSP. PSP (paint shop pro) merupakan sebuah program
penyunting foto yang digunakan untuk membuat diagram representatif dari
gambar fingerprinting DNA. Data yang didapatkan dari program PSP berupa
gambar diagram representatif yang selanjutnya akan diolah menjadi matriks n x
t. Pembuatan matriks n x t dilakukan dengan menggunakan program Microsoft
excel. Microsoft excel digunakan untuk membuat tabel n x t dengan melihat
kesamaan karakter pada strain-strain bakteri yang ditampilkan oleh gambar
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 14 dari 15

kotak-kotak pada diagram representatif. Kemudian matriks n x t dari excel

diubah menjadi file “.mvs” menggunakan program PFE. PFE merupakan
program untuk mengedit file matriks n x t  agar dapat dibaca oleh program
MVSP. Setelah itu dilakukan analisis data emnggunakan program MVSP
(multivariate statistical package) merupakan program untuk menganalisis klaster
untuk mendapatkan matriks similaritas, matriks turunan dendogram, dan
dendogram.
Metode UPGMA adalah metode sederhana untuk konstruksi pohon yang
mengasumsikan rata-rata perubahan sepanjang pohon adalah konstan dan
jaraknya kira-kira ultrameric (ultrameric biasanya diekspresikan sebagai
molecular clock tree). Metode UPGMA dimulai dengan kalkulasi panjang
cabang diantara sekuen paling dekat yang saling berhubungan, kemudian rata-
rata jarak antara sekuen ini atau kelompok sekuen dan sekuen berikutnya atau
kelompok sekuen dan berlanjut sampai semua sekuen yang termasuk dalam
pohon. Akhirnya metode ini memprediksi posisi root dari pohon (Dharmayanti,
2011).
Dalam mengkontruksi matriks similaritas dan disimilaritas dapat ditentukan
dari kombinasi individu-individu yang digunakan dalam mengkarakterisasi
struktur populasi berdasarkan hubungan persamaan yang dimiliki antara
individu yang satu dengan individu yang lain. Tingkat kemiripan antar individu
dapat ditentukan dengan menggunakan formula koefisien. Ada beberapa
formula koefisien similaritas yang umum digunakan antara lain Simple
Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (Js). Koefisien jaccard tidak
mempertimbangkan kemunculan negative pada kedua individu, sedangkan Ssm
tetap memasukkannya dalam rumus. Pada Jaccard Coefficien nilai hubungan
similaritas selalu lebih rendah dari pada Simple Matching Coefficient. Diantara
kedua metode terebut dapat diaplikasikan sesuai dengan tipe organisme yang
diteliti (Dalirsefat et al., 2009).
Identifikasi dan determinasi suatu mikrobia yang diperoleh dari hasil isolasi
dapat dilakukan dengan berbagai cara, salah satunya menggunakan
Fingerprinting DNA untuk sumber data dalam analisis taksonomi numerik-
fenetik. Berdasarkan hasil analisis fingerprinting DNA bakteri, didapatkan 50
karakter dari 15 strain bakteri. Ke-50 karakter yang didapat disusun dalam
matriks n x t agar dapat dihitung matriks similaritas dengan cara Ssm dan Sj
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 15 dari 15

dengan MVSP. Berdasarkan matriks similaritas Ssm dapat diketahui bahwa

indeks similaritas tertinggi yaitu antara strain D dengan K (DK), E dengan
H(EH), I dengan N (IN), dan I dengan J (IJ). Keempat pasangan strain tersebut
memiliki nilai similaritas sebesar 0, 93 (93%). Sedangkan indeks similaritas
terendah yaitu antara strain D dengan M (DM) yang bernilai sebesar 0,333
(33%). Berdasarkan matriks similaritas Sj dapat diketahui bahwa indeks
similaritas tertinggi yaitu antara strain E dengan H (EH) bernilai sebesar 0,75
(75%). Sedangkan indeks similaritas terendah yaitu antara strain AC, AD, AG,
AI, AJ, AK, AL, AN, AO, BF, BL, CD, CE, CF, CH, CI, CJ, CK, CL, CM,
CM, DF, DG, DM, EF, EI, EJ, EN, EO, FG, FI, FJ, FK, FL, FN, GI, GK, GN,
HI, HJ, HN, IM, JM, KM, LN, LO, MN dengan nilai sebesar 0 (0%).
Selanjutnya dilakukan clustering analysis yang berfungsi untuk mengetahui
pada tahap mana suatu strain akan bergabung (mengalami fusi) dengan strain
lain sehingga dapat diketahui seberapa dekat kemiripan yang dimiliki strain-
strain tersebut. Jika clustering analisis telah selesai dilakukan dendogram untuk
memperjelas hasil kemiripan antar strain. Berdasarkan dendogram yang dibuat,
dapat dilakukan evaluasi dendogram dalam bentuk matriks similaritas. Fungsi
dari evaluasi dendogram ini adalah untuk mempertegas pada daerah mana strain
yang diuji tersebut bergabung atau memiliki kemiripan (similaritas > 70%).
Berdasarkan percobaan tidak terdapat perbedaan saat dilakukan clustering
analysis pada metode Ssm dan Sj. Hasil yang didapatkan dari analisis
pengklasteran dan pembuatan dendogram menggunakan indeks similaritas Ssm
dan Sj menunjukkan terdapat strain yang bergabung pada level > 70% artinya
tingkat similaritas antar strain tersebut tinggi. Oleh karena itu berdasarkan
metode Ssm dari kelimabelas strain yang ada dapat dinyatakan sebagai dua
spesies yang berbeda. Strain D,K,E,H,M,I,J,A,C,N,B,G,F, dan O merupakan
satu spesies yang sama karena berfusi dengan nilai similaritas >70%,
keempatbelas strain tersebut merupakan spesies yang berbeda dengan strain L
karena berfusi dengan nilai similaritas <70%. Sedangkan berdasarkan metode
Sj dari kelimabelas strain yang ada dapat dinyatakan sebagai 13 spesies yang
berbeda. Strain K dengan D (KD) dan strain E dengan H (EH) merupakan
spesies yang sama, karena K dengan D maupun E dengan H berfusi dengan
indeks similaritas > 70. Ketigabelas strain lain merupakan spesies yang berbeda
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 16 dari 15

satu dengan yang lainnya karena mereka saling berfusi dengan nilai similaritas
<70%.
Kemudian dari matriks similaritas awal dan matriks similaritas evaluasi
dendogram dapat dilakukan analisis korelasi kofenetik hingga didapatkan
koefisien korelasi dengan lambang r. Tidak ada perbedaan saat dilakukan
clustering analisis pada metode Ssm dan Sj. Perhitungan yang dilakukan
dengan matriks similaritas awal (x) dan matriks similaritas evaluasi dendogram
(y) akan menghasilkan korelasi-kofenetik yang dapat digunakan untuk mencari
nilai koefisien korelasi (r). Nilai koefisien korelasi ini dinyatakan ‘dapat
diterima’ dan dipertanggung jawabkan klasifikasinya jika didapatkan hasil >
60%. Hasil yang didapatkan dalam percobaan, baik dengan menggunakan
pendekatan Ssm dan Sj mencapai nilai >60% yaitu pada r (Ssm) sebesar 65.3%
dan pada r (Sj) sebesar 83.98%.. Hal ini menunjukkan bahwa hasil klasifikasi
yang dilakukan selama praktikum oleh praktikan dapat diterima. Nilai r (Ssm)
lebih rendah daripada nilai r (Sj). Perbedaan ini dimungkinkan karena sifat
double negative yang terhitung dalam karakterisasi tidak sebanyak sifat double
positive karena kita tahu bahwa indeks similaritas Ssm menggunakan sifat
positif-positif (double positive), positif-negatif, negatif-positif, dan negatif-
negatif (double negative). Sedangkan pada indeks similaritas Sj hanya
menggunakan sifat positif-positif(double positive), positif-negatif, dan negatif-
positif.

E. KESIMPULAN
Berdasaran Praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa
dalam melakukan klasifikasi taksonomi molekular fenetik dapat menggunakan data
fingerprinting DNA dengan bantuan program PSP, PFE, MVSP, dan Microsoft
Excel. Berdasarkan dendogram Ssm diperoleh 2 spesies berbeda, sedangkan dari
dendogram Sj diperoleh 13 spesies berbeda. Indeks similaritas tertinggi dengan
metode Ssm yaitu antara strain D dengan K (DK), E dengan H(EH), I dengan N
(IN), dan I dengan J (IJ) dan berdasarkan matriks similaritas Sj dapat diketahui
bahwa indeks similaritas tertinggi yaitu antara strain E dengan H (EH). Indeks
kofenetik korelasi antara keenam strain bakteri dengan cara Ssm dan Sj memiliki
nilai >60% sehingga hasil kedua matriks similaritas dapat diterima.
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 17 dari 15

F. DAFTAR PUSTAKA
Bagchi, B., J. Chakrabarti, and P. B. Roy. 2012. Influence of Working Capital
Management on Profitability: A Study on Indian FMCG Companies.
International Journal of Business and Management. 7 (22) : 1-10
Dalirsefat, S. B., A. S. Meyer and S. Z. Mirhoseini. 2009. Comparison of similarity
coefficients used for cluster analysis with amplified fragment length
polymorphism markers in the silkworm, Bombyx mori. Journal of Insect
Science. 9(71) : 1-8.
Dharmayanti, I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme
Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa. 21(1): 1-10.
Jackson R. W. 2009.Plant Pathogenic Bacteria: Genomics and Molecular Biology.
Norfolk : Caister Academic Press. p. 41
Vadamme, P., E. D. Brandt, K. Houf, J. F. Salles, J. D. Elsas, T. Spilker and J. J.
LiPuma. 2013. Burkholderia humi sp. nov., Burkholderia choica sp. nov.,
Burkholderia telluris sp. nov., Burkholderia terrestris sp. nov. and
Burkholderia udeis sp. nov.: Burkholderia glathei-like bacteria from soil and
rhizosphere soil. International Journal of Systematic and Evolutionary
Microbiology. 63 (2013) : 4707–4718.

Lampiran
Tabel 6. matriks kofenetik korelasi Ssm
Ssm x y x2 y2 xy
AB 80 80 6400 6400 6400
AC 80 86 6400 7396 6880
AD 53 67 2809 4489 3551
AE 80 71 6400 5041 5680
AF 80 78 6400 6084 6240
AG 67 79 4489 6241 5293
AH 73 71 5329 5041 5183
AI 73 83 5329 6889 6059
AJ 67 83 4489 6889 5561
AK 60 67 3600 4489 4020
AL 53 64 2809 4096 3392
AM 67 71 4489 5041 4757
AN 80 86 6400 7396 6880
AO 60 73 3600 5329 4380
BC 87 80 7569 6400 6960
BD 60 67 3600 4489 4020
BE 73 71 5329 5041 5183
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 18 dari 15

BF 60 77 3600 5929 4620

BG 73 79 5329 6241 5767
BH 67 71 4489 5041 4757
BI 80 80 6400 6400 6400
BJ 73 80 5329 6400 5840
BK 67 67 4489 4489 4489
BL 47 64 2209 4096 3008
BM 60 71 3600 5041 4260
BN 87 80 7569 6400 6960
BO 80 73 6400 5329 5840
CD 60 67 3600 4489 4020
CE 73 71 5329 5041 5183
CF 73 77 5329 5929 5621
CG 87 79 7569 6241 6873
CH 67 71 4489 5041 4757
CI 80 83 6400 6889 6640
CJ 73 83 5329 6889 6059
CK 67 67 4489 4489 4489
CL 60 64 3600 4096 3840
CM 60 71 3600 5041 4260
CN 87 93 7569 8649 8091
CO 80 73 6400 5329 5840
DE 60 67 3600 4489 4020
DF 47 67 2209 4489 3149
DG 47 67 2209 4489 3149
DH 53 67 2809 4489 3551
DI 80 67 6400 4489 5360
DJ 73 67 5329 4489 4891
DK 93 93 8649 8649 8649
DL 60 64 3600 4096 3840
DM 33 67 1089 4489 2211
DN 73 67 5329 4489 4891
DO 53 67 2809 4489 3551
EF 60 71 3600 5041 4260
EG 73 71 5329 5041 5183
EH 93 93 8649 8649 8649
EI 67 71 4489 5041 4757
EJ 60 71 3600 5041 4260
EK 67 67 4489 4489 4489
EL 73 64 5329 4096 4672
EM 73 76 5329 5776 5548
EN 73 71 5329 5041 5183
EO 53 71 2809 5041 3763
FG 60 77 3600 5929 4620
FH 67 71 4489 5041 4757
FI 67 77 4489 5929 5159
FJ 60 77 3600 5929 4620
FK 53 67 2809 4489 3551
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 19 dari 15

FL 47 64 2209 4096 3008

FM 73 71 5329 5041 5183
FN 73 77 5329 5929 5621
FO 67 73 4489 5329 4891
GH 67 71 4489 5041 4757
GI 67 79 4489 6241 5293
GJ 73 79 5329 6241 5767
GK 53 67 2809 4489 3551
GL 60 64 3600 4096 3840
GM 60 71 3600 5041 4260
GN 73 79 5329 6241 5767
GO 67 73 4489 5329 4891
HI 60 71 3600 5041 4260
HJ 53 71 2809 5041 3763
HK 60 67 3600 4489 4020
HL 67 64 4489 4096 4288
HM 80 76 6400 5776 6080
HN 67 71 4489 5041 4757
HO 60 71 3600 5041 4260
IJ 93 93 8649 8649 8649
IK 87 67 7569 4489 5829
IL 67 64 4489 4096 4288
IM 53 71 2809 5041 3763
IN 93 83 8649 6889 7719
IO 73 73 5329 5329 5329
JK 80 67 6400 4489 5360
JL 60 64 3600 4096 3840
JM 47 71 2209 5041 3337
JN 87 83 7569 6889 7221
JO 67 73 4489 5329 4891
KL 67 64 4489 4096 4288
KM 40 67 1600 4489 2680
KN 80 67 6400 4489 5360
KO 60 67 3600 4489 4020
LM 47 64 2209 4096 3008
LN 60 64 3600 4096 3840
LO 40 64 1600 4096 2560
MN 60 71 3600 5041 4260
MO 67 71 4489 5041 4757
NO 80 73 6400 5329 5840
Σ 7060 7613 490754 557197 517882
2.4E+1
Σ2 5E+07 57957769 1 3.1E+11 2.7E+11

Tabel 7. matriks kofenetik korelasi Sj

Ssm x y x2 y2 xy
AB 25 6 625 36 150
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 20 dari 15

AC 0 6 0 36 0
AD 0 6 0 36 0
AE 25 14 625 196 350
AF 25 25 625 625 625
AG 0 6 0 36 0
AH 20 14 400 196 280
AI 0 6 0 36 0
AJ 0 6 0 36 0
AK 0 6 0 36 0
AL 0 14 0 196 0
AM 17 14 289 196 238
AN 0 6 0 36 0
AO 0 6 0 36 0
BC 33 24 1089 576 792
BD 14 11 196 121 154
BE 20 6 400 36 120
BF 0 6 0 36 0
BG 20 24 400 576 480
BH 17 6 289 36 102
BI 25 11 625 121 275
BJ 20 11 400 121 220
BK 17 11 289 121 187
BL 0 6 0 36 0
BM 14 6 196 36 84
BN 33 11 1089 121 363
BO 40 40 1600 1600 1600
CD 0 11 0 121 0
CE 0 6 0 36 0
CF 0 6 0 36 0
CG 33 33 1089 1089 1089
CH 0 6 0 36 0
CI 0 11 0 121 0
CJ 0 11 0 121 0
CK 0 11 0 121 0
CL 0 6 0 36 0
CM 0 6 0 36 0
CN 0 11 0 121 0
CO 25 24 625 576 600
DE 14 6 196 36 84
DF 0 6 0 36 0
DG 0 11 0 121 0
DH 12 6 144 36 72
DI 40 35 1600 1225 1400
DJ 33 35 1089 1225 1155
DK 80 80 6400 6400 6400
DL 25 6 625 36 150
DM 0 6 0 36 0
DN 20 35 400 1225 700
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 21 dari 15

DO 12 11 144 121 132

EF 0 14 0 196 0
EG 20 6 400 36 120
EH 75 75 5625 5625 5625
EI 0 6 0 36 0
EJ 0 6 0 36 0
EK 17 6 289 36 102
EL 33 24 1089 576 792
EM 33 42 1089 1764 1386
EN 0 6 0 36 0
EO 0 6 0 36 0
FG 0 6 0 36 0
FH 17 14 289 196 238
FI 0 6 0 36 0
FJ 0 6 0 36 0
FK 0 6 0 36 0
FL 0 14 0 196 0
FM 33 14 1089 196 462
FN 0 6 0 36 0
FO 17 6 289 36 102
GH 17 6 289 36 102
GI 0 11 0 121 0
GJ 20 11 400 121 220
GK 0 11 0 121 0
GL 14 6 196 36 84
GM 14 6 196 36 84
GN 0 11 0 121 0
GO 17 24 289 576 408
HI 0 6 0 36 0
HJ 0 6 0 36 0
HK 14 6 196 36 84
HL 29 24 841 576 696
HM 50 42 2500 1764 2100
HN 0 6 0 36 0
HO 14 6 196 36 84
IJ 67 67 4489 4489 4489
IK 50 35 2500 1225 1750
IL 17 6 289 36 102
IM 0 6 0 36 0
IN 50 42 2500 1764 2100
IO 20 11 400 121 220
JK 40 35 1600 1225 1400
JL 14 6 196 36 84
JM 0 6 0 36 0
JN 33 42 1089 1764 1386
JO 17 11 289 121 187
KL 29 6 841 36 174
KM 0 6 0 36 0
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 22 dari 15

KN 25 35 625 1225 875

KO 14 11 196 121 154
LM 11 6 121 36 66
LN 0 6 0 36 0
LO 0 6 0 36 0
MN 0 6 0 36 0
MO 29 6 841 36 174
NO 25 11 625 121 275
Σ 1534 1504 53312 43658 43927
226201
Σ2 2353156 6 2.84E+09 2E+09 1.9E+09

Perhitungan kofenetik korelasi :

n( ∑ xy)−( ∑ x)( ∑ y )
r= 2 2 2 2
x 100 %
√[(n ∑ x −( ∑ x) ][(n ∑ y )−( ∑ y ) ]
105 ( 517882 ) – ( 7060 )( 7613 )
r ( Ssm ) : x 100 %
√[ ( ( 105 )( 490754 ) )− ( 49843600 ) ][ ( ( 105 ) (557197 ) )−( 57957769 ) ]
54377610−53747780
r ( Ssm ) : x 100 %
√[ 51529170−49843600 ] [58505685−57957769]
629830
r ( Ssm ) : x 100 %
√[ 1685570 ] [547916]
629830
r ( Ssm ) : x 100%
961015,5
r ( Ssm ) :65,53 %

105 ( 43927 ) – (1534 ) (1504 )

r ( Sj ) : x 100 %
√[ ( ( 105 )( 53312 ) )−( 2353156 ) ][ ( (105 )( 43658 ) )−( 2262016 ) ]
 No. FO-UGM-BI-07-
BORANG Dokumen 13
Berlaku sejak 03 Maret 2008
LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA MIKROBIA Revisi 00
LABORATORIUM MIKROBIOLOGI Halaman 23 dari 15

4612335−2307136
r ( Sj ) : x 100 %
√[ 5597760−2353156 ] [4584090−2262016]
2305199
r ( Sj ) : x 100 %
√[ 3244604 ] [2322074]
2305199
r ( Sj ) : x 100%
2744851.7
r ( Sj ) :83,98 %