22/09/2016

1
Teknik Bioproses (TKT-3402)
Mikroorganisme

Oleh :
Dewi Wahyuningtyas, S.T., M.Eng.

Institut Sains & Teknologi AKPRIND Yogyakarta

2016

Pendahuluan
2

 Mikroorganisme/mikroba mampu untuk

memperbanyak diri dalam waktu yang sangat
singkat dengan melangsungkan reaksi biokimia
yang rumit dalam sel.

 Penguasaan pengetahuan tentang biokimia sel

terutama metabolisme sel, sebagai sistem
dasar mikroba untuk melaksanakan aktivitas
pertumbuhan dan perkembang-biakannya.
 Fisiologi : ilmu yang mempelajari perubahan-
perubahan kimia yang terjadi di dalam sel
dikaitkan dengan perkembangan,
pertumbuhan dan siklus hidupnya.

1
 22/09/2016

Struktur Sel Mikroorganisme

3

 Teori Sel : semua makhluk hidup terdiri dari sel-sel

 Sel : satuan kehidupan terkecil yang membentuk

struktur dan fungsi tertentu (menyusun tubuh makhluk
hidup)  tempat terselenggaranya fungsi kehidupan
 Jenis Sel : berdasarkan organisasi struktur selnya
(organisasi bahan selulernya)
- Prokariot (tanpa membran inti sel )
- Eukariot (mempunyai membran inti sel)

Klasifikasi makhluk hidup

4

MAKHLUK
HIDUP

BERDASARKAN
JUMLAH SEL

BER SEL
SATU/TUNGGAL BANYAK SEL
(UNISELULER/MON (MULTISELULER)
OSELULER)
AMOEBA, TUMBUHAN,
BAKTERI HEWAN,
MANUSIA,DLL

2
 22/09/2016

SEL
BERDASARKAN
MEMBRAN INTI
5

SEL PROKARIOTIK SEL EUKARIOTIK

(BELUM MEMILIKI (SUDAH MEMILIKI
MEMBRAN INTI) MEMBRAN INTI)

BAKTERI, TUMBUHAN, HEWAN,

MONERA CENDAWAN,
PROTISTA

Sel Prokariotik (1)

6

Terdapat pada mikroorganisme sel tunggal (bakteri &

sianobakteri (akuatik & yg mendapatkan makanan/ energi
sendiri melalui fotosintesis)
 Ciri-ciri sel prokariotik adalah tidak mempunyai inti sel

(nukleus) sejati (Prokariot berarti “pra inti)

 Bahan genetik (DNA) tidak terstruktur dalam bentuk nukleus
(DNA terdapat pada nukleoid yang tidak diselubungi oleh
membran)  tidak mempunyai membran yang memisahkan
nukleus dengan sitoplasma

Pembagian nukleus dengan cara pembelahan (aseksual

sederhana)
Beberapa prokariotik mempunyai flagela.

3
 22/09/2016

Sel Prokariotik
(http://micro.magnet.fsu.edu/cells/bacteriacell.html)

Sel Prokariotik (2)

8

 Sel prokariotik biasanya berukuran sel lebih kecil dan lebih

sederhana dibandingkan sel eukariotik .

 Lebih kecil sel, maka nisbah permukaan sel terhadap

volumenya lebih besar .
 Contoh : sel bulat berdiameter 2 µm mempunyai nisbah
permukaan thd volume sekitar 3:1. Sedangkan sel
berdiamater 20 µm mempunyai nisbah permukaan thd volume
0.3:1.
 Lebih besar nisbah permukaan sel thd volumenya (sel
prokariotik ), berarti nutrien lebih mudah dan cepat berdifusi
mencapai setiap bagian di dalam sel, dibandingkan sel
eukariotik  metabolisme dan pertumbuhan sel lebih cepat

4
 22/09/2016

Sel Eukariotik (1)

9

 Terdapat pada alga, fungi, protozoa, tumbuhan dan

hewan
 Mempunyai inti sel sejati dan sistem membran internal
 memiliki inti sel yang amat kompleks dan dikelilingi oleh
selubung inti (membran)
 Pembagian nukleus lebih rumit (mitosis)

 Sel eukariotik membutuhkan organel internal sel yang

lebih bervariasi untuk melangsungkan metabolisme,
menghasilkan energi dan mentrasportasikan nutrien ke
seluruh bagian selnya

10

Sel Eukariotik
(http://people.eku.edu/ritchisong/301notes1.htm)

5
 22/09/2016

Sel Prokariotik vs Sel Eukariotik

11

KARAKTERISTIK Sel Prokariotik Sel Eukariotik

 Jumlah molekul  Satu  Banyak

DNA
 Kromosom  Tidak ada  Ada
 Membran inti  Tidak ada  Ada
 Organel  Sangat sederhana  Lebih kompleks
 Ukuran  Lebih kecil dari  Lebih besar
eukariotik
 Spora  Lebih tahan suhu  Tidak tahan suhu
tinggi tinggi

Penggolongan Organisme
12

 Sistem 5 Dunia (Kingdom) oleh Robert Whitaker (1969 ) :

 1. Kingdom Prokariota (Monera) : bakteri
- Diketahui merupakan sel tertua
- Tak memiliki inti sel dan membran pada organelnya

 Kingdom lain adalah : Eukarota yg memiliki inti sel dan

membran, terdiri dari :
 2. Kingdom Protista: kebanyakan uniseluler, tak memiliki
struktur jaringan dan kebanyakan memiliki flagela
Contoh : protozoa, alga bersel tunggal

6
 22/09/2016

13

 3. Kingdom Fungi : dapat uniselular (khamir) atau

multiselular (kapang). Banyak yang “saprotrophs”.

 4. Kingdom Plantae : multiselular, fotosintetik  alga

multiseluler, tumbuhan

 5. Kingdom Animalia : Multiseluler, heterotrof  hewan

Komponen Dasar Sel

14
 Membran sel
 Batas antara sel dan lingkungannya, phospholipid bilayer, menyaring
bahan-bahan yang masuk dan keluar sel, semipermeable, tempat
enzim, tempat metabolisme
 Dinding sel
 Melindungi membran, polysaccharide (gram -), amino acid (gram +)
 Sitoplasma
 Bagian dalam sel, tdr dr air dan makromolekul yang diperlukan dalam
metabolisme, melakukan fungsi pertumbuhan dan metabolisme
 Cytoplasmic inclusion (cadangan makanan)
 Kromosom
 Menyimpan kode genetik untuk fungsi yang diturunkan dan biokimia
 Ribosom
 Mengubah kode genetik menjadi katalis yang berfungsi dalam reaksi
 Enzim
 Katalis yang diperlukan dalam reaksi-reaksi biokimia

7
 22/09/2016

Komposisi Sel dan Fungsinya (1)

15

1). Air 80-90 % b.k sel,

sisanya : C (50 %), O2 (20 %), N2 (14 %), H (8 %),
P (3 %), S (1 %) dan sekitar 18 unsur (K, Na, Ca,
Mg, Cl) dan vitamin (contoh sel bakteri)
 Membentuk komponen seluler utama : protein,
asam nukleat, polisakarida dan lemak

Komposisi Sel dan Fungsinya (2)

16

2). Asam Amino & Protein

- Protein tersusun dari asam amino bentuk L (bentuk D sangat
jarang dijumpai di alam; banyak terdapat di dinding sel)
 Fungsi Biologis Protein :

 1). Bagian stuktural struktur sel, contoh glikoprotein (dinding sel)

 2). Katalis biologis (enzim)

 3). Transport/carrier senyawa agar masuk ke dalam sel

 4). Hormon : insulin, hormon pertumbuhan, hormon

 reproduksi dll
 5). Toksin (botulinum dari Clostridium botulinum), difteri

 6). Antibodi

8
 22/09/2016

Komposisi Sel dan Fungsinya (3)

17

 3). Lemak & Steroid

 Fungsi lemak dalam sel :
 a. Komponen struktural membran  menentukan
 permebilitas sel
 b. Simpanan energi
 c. Supply energi yg dpt ditranportasikan
 d. Pelindung dinding sel
 Steroid : terbuat dari sterol;variasi steroid ditentukan
berdasarkan gugus fungsionalnya
 Steroid ditemukan pada sel fungi

Aplikasi Steroid :
18

- Turunan progesteron & estrogen untuk kontrasepsi

- Cortisone untuk anti-inflamatory (rematik dan penyakit

kulit)

-
-1-methyl-Δ-androstenolone  anabolic steroid

9
 22/09/2016

Komposisi Sel dan Fungsinya (4)

19

 4). Karbohidrat
 Sebagai bahan bakar bagi sel, terdapat sbg struktur
sel (e.g. dinding sel) & senyawa simpanan glukosa 
karbohidrat)
 Glikogen (contohnya murein)
 merupakan peptidoglikan dalam dinding sel
bakteri, terdiri dari N-acetyl-D-glucosamine +
N-acetyl-muramic acid.

Komposisi Sel dan Fungsinya (5)

20
 5). Asam Nukleat :
- berperan utama dlm mekanisme reproduksi
- Terbuat dari nukleotida yang juga sbg molekul untuk
menyimpan energi, koenzim & agen pereduksi
 Nukleotida penting :
 ATP, GTP (adenosine(guanine)-5-triphosphate)  pembawa
energi (ADP, AMP, cAMP)
 UDP  pembawa residu gula pada sintesis polisakarida
 Coenzyme A  bergabung dgn acetyl membentuk acetyl CoA
(awal Siklus Krebs)
 NAD, NADP & d-FMN (nicotine-amid-adenine dinucleotide
(phosphate) dan flavin-mononucleotide)  pembawa “reducing
power”

10
 22/09/2016

BAKTERI
21

 Morfologi (Bentuk) Bakteri :

 1. Cocci (spherical/bulat)  Streptococcus
 2. Bacilli (rod-like/batang)  E. coli
 3. Spirilla (spiral)  Leptospira
 Bentuk bakteri  merupakan karakteristik bakteri
tertentu
 Bentuk sel bervariasi tergantung kondisi pertumbuhan

Fungsi dan Komposisi Kimiawi Sel Bakteri :

22

 Bagian Ukuran Komposisi

 1. Lendir (Slime) :
 a. Mikrokapsul 5-10µ -Protein, polisakarida,
 lipida kompleks.
 -Bertanggungjawab u/
 antigen spesifik.
 b. Kapsul 0.5-2µ -Polisakarida, kadang-
 kadang lipid.
 -Pelindung sel dari
suhu tinggi.
 c. Lendir tak tentu -Polisakarida
 -Pelindung sel

11
 22/09/2016

 Bagian Ukuran Komposisi

23

 2. Dinding sel:
Gram (+) 10-20µ - Membentuk sel,
pelindung plasma,
kekakuan sel.
- Makromolekul camp.
N-acetyl muramic-
peptide-teichoic acid
dan polisakarida.

b. Gram (-) 10-20µ - Fungsi idem Gram (+)

- Kompleks protein-
polisakarida-lipida
dan sedikit polimer

 Bagian Ukuran Komposisi

24

3. Plasma Membran 5-10µ -Tempat lewatnya nutrien

-Metabolisme (respirasi)
-Semipermeabel
-protein, lipida, air
4. Flagela 4-12µ - Protein
- Untuk motilitas
5.Pili 0.5-2µ - Protein
- Untuk bergerak
6. Bahan Inti Sel ½ sel -DNA
- Untuk reproduksi dan
pertumbuhan
7. Ribosom 10-30mµ - RNA & protein.
- Untuk sintesis protein/enzim

12
 22/09/2016

Biofilm
25

 Beberapa jenis bakteri memiliki lapisan lendir (slime, viscous,

polymer/ polisaccharide):
- berguna perlindungan dan sarana pembentukan agregat (baik
dengan sesama bakteri maupun dengan suatu permukaan)
- untuk biofilm (banyak dimanfaatkan dalam bioproses)

Importance of Bacteria
26

 Bacteria are vital to maintaining the living world.

 Bacteria can take on the role of producer or decomposer.

 Decomposers - return nutrients to the soil.

 Without decomposers nutrients like phosphorous and nitrogen

would be locked up in the dead bodies of organisms.
 Nitrogen Fixing Bacteria enrich plants.

 Nitrogen is a component of protein.

 Bacteria transform atmospheric nitrogen into an absorbable form,

ammonia.
 Human Uses of Bacteria

 Used in manufacturing of food : Yogurt, olives, pickles, sauerkraut

 Biotechnology - used to make drugs such as insulin.

13
 22/09/2016

FUNGI (Kapang & Khamir)

27

Karakteristik Fungi
 Mikroorganisme Eukariotik
 Uniseluler dan multiseluler (hifa)  lSaprofit,
parasit dan mutualistis
 Distribusi suhu -20 s.d 30 C
o

 Lebih menyukai pH asam  mencegah

kontaminasi bakteri
 Kebanyakan aerob atau fakultatif (sedikit)
 Khamir kebanyakan osmotoleran (tahan terhadap
kadar gula tinggi) organisme heterotrofik, tak
memiliki khlorofil

28

KHAMIR UNISELULER

KHAMIR UNISELULER

14
 22/09/2016

29

Kapang Berfilamen

Kapang
30

 Lebih tahan kekeringan dibanding khamir atau bakteri,

mesofilik & lebih menyukai kondisi asam
 Umumnya hanya dapat hidup dengan adanya oksigen
(obligat aerob)  perlu aerasi; tebal hamparan
terbatas pada kultivasi substrat padat (fermentasi
tempe, kecap, asam sitrat dll)
 Cara reproduksi : pembelahan sel, pertunasan atau
pembentukan spora aseksual (lebih banyak) dan
seksual (lebih sedikit & pd waktu tertentu)
 Multiseluler, pertumbuhan pd ujung hifa  membentuk
miselium  pemisahan sel dg filtrasi membran

15
 22/09/2016

Khamir (Ragi)
31
 Uniseluler, beberapa spesies multiseluler dengan adanya
pseudo hifa/miselium
 Bentuk sel : bulat, oval (seperti lemon/pir) atau silindris
 Ukuran sangat bervariasi, lebih besar dari bakteri
 Reproduksi aseksual dgn “budding” (pertunasan),
pembelahan biner atau sporulasi (askospora)
 S. cerevisiae  pertunasan
 Schizosaccharomyces pombe  pembelahan biner

S. cerevisiae

32
Morfologi Koloni Khamir

Pertunasan (Budding)
Pembelahan Biner

16
 22/09/2016

Khamir (2)
33

 Khamir termasuk kemoorganotrof

Sumber karbon utama gula heksosa (glukosa, fruktosa),
disakarida (sukrosa, maltosa)
Beberapa spesies dapat menggunakan gula pentosa
(ribosa), alkohol dan asam organik  bisa untuk identifikasi
Biasanya membutuhkan sumber N berupa protein hidrolisat

(pepton, yeast extract dll)

 Aerobik obligat, anaerob fakultatif (S. cerevisiae  ada O2

respirasi  biomassa & bila tdk ada O2 fermentasi 

etanol)
 Tumbuh baik pada pH netral atau sedikit asam

Substrat
34

Untuk pertumbuhan dan maintenance:

 Harus ada nutrient (biasa disebut substrat)

 Micro nutrients (minor elements)  diperlukan <

10-4 M (Mo2+, Zn2+, Cu2+, Mn2+, Ca2+, Na+,
vitamin, hormon)
 Macro nutrients(major elements)  diperlukan >
10-4 M (C, H, O, N, S, P, Mg2+, K+)
 Substrat bersifat spesifik untuk masing-masing spesies
bakteri

17