METABOLISME

FRESTIKA DANIA YANTI

1. Jelaskan mekanisme replikasi DNA

2. Jelaskan mekanisme transkripsi DNA
3. Jelaskan mekanisme sintesis protein dan pengaturannya, pembentukan amino asiltRNA
dan inisiasi.
4. Jelaskan mekanisme sintesis protein inisiasi, elongasi dan terminasi
5. Jelaskan mekanisme hipotesis operon (sintesis protein mangalami induktif dan
pengaturannya.
6. Jelaskan aplikasi penyakit yang berhubungan dengan DNA

JAWAB

1.

Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai DNA.
Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10) untuk
mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8)
melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut
memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading
strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand harus
mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).
Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging strand
tersebut.
2.

Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks mitokondria dan
plastida. Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan.
Pada proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya
disebut gen konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu,
gen yang memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu;
gennya disebut gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus.
Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter inti,segmen gen yang berfungsi sebagai
pencerap RNA polimerase yang terletak di bagian hulu bagian yang akan disalin (disebut
transcription unit), tidak jauh dari ujung 5' gen.Promoter inti terdiri dari kotak TATA,
kotak CCAAT dan kotak GC.

Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor transkripsi
TFIID akan membentuk kompleks dengan kotak TATA. Inhibitor dapat mengikat pada
kompleks TFIID-TATA dan mencegah terjadinya kompleks dengan faktor transkripsi
lain, namun hal ini dapat dicegah dengan TFIIA yang membentuk kompleks DA-TATA.
Setelah itu TFIIB dan TFIIF akan turut terikat membentuk kompleks DABF-TATA.
Setelah itu RNA polimerase akan mengikat pada DABF-TATA, dan disusul dengan
TFIIE, TFIIH dan TFIIJ.

3. Sintesis protein sejatinya merupakan proses untuk mengubah asam amino yang terdapat
dalam linear menjadi protein dalam tubuh. Disini, peran DNA dan RNA menjadi penting
karena memiliki keterlibatan dalam proses. Molekul DNA adalah sumber pengkodean
asam nukleat untuk menjadi asam amino yang menyusun protein – tidak terlibat secara
langsung dalam proses. Sementara molekul RNA adalah hasil transkripsi dari molekul
DNA pada suatu sel. Molekul RNA inilah yang kemudian ditranslasi menjadi asam
amino sebagai penyusun protein.

Ada tiga aspek penting dalam mekasnisme sintesis protein, yakni lokasi
berlangsungnya sintesis protein pada sel; mekanisme berpindahnya Informasi atau hasil
transformasi dari DNA ke tempat terjadinya sintesis protein; dan mekanisme asam amino
penyusun protein pada suatu sel berpisah membentuk protein-protein yang spesifik.

Sintesis protein berlangsung di dalam ribosom, salah satu organel yang berukuran
kecil dan padat dalam sel (juga nukleus) dengan menghasilkan protein yang non-spesifik
atau sesuai dari mRNA yang di translasi. Ribosom sendiri memiliki diameter sekitar 20
nm serta terdiri atas 65% RNA ribosom (rRNA) dan 35% protein ribosom (disebut
Ribonukleoprotein atau RNP).

Pada dasarnya, sel menggunakan informasi genetik (gen) yang terdapat di DNA
untuk membuat protein, proses pembuatan protein atau sintesis protein ini dibagi menjadi
tiga langkah, yaitu transkripsi, translasi dan pelipatan protein.

1. Transkripsi
Transkripsi merupakan proses pembentukan RNA dari salah satu pita cetakan
DNA (DNA sense). Pada tahap ini, akan menghasilkan 3 jenis RNA, yaitu mRNA,
tRNA dan rRNA.Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan diawali
proses pembukaan rantai ganda yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA
polimerase. Pada tahap ini, ada rantai tunggal yang bertugas sebagai rantai sense,
sedangkan rantai lain yang berasal dari pasangan DNA dinamakan rantai anti sense.
Tahap transkripsi sendiri dibagi menjadi 3: tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.

Inisiasi
RNA polimerase terikat pada untaian DNA, yang disebut promoter, yang
ditemukan didekat awal dari suatu gen. Setiap gen mempunyai promoternya
tersendiri. Setelah terikat, RNA polimerase memisahkan untaian ganda DNA,
menyediakan template atau cetakan untaian tunggal yang siap untuk ditranskripsi.

Elongasi
Satu untaian DNA, untaian cetakan, bertindak sebagai cetakan untuk digunakan
oleh enzim RNA polimerase. Sambil ‘membaca’ cetakan ini, RNA polimerase
membentuk molekul RNA keluar dari nukleotida, membuat sebuah rantai yang
tumbuh dari 5′ ke 3′. RNA transkripsi membawa informasi yang sama dari untaian
DNA non-template (coding).

Terminasi
Urutan ini memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA telah selesai. Setelah
ditranskripsi, RNA polimerase melepaskan hasil transkripsi RNA.

2. Translasi
Translasi merupakan proses urutan nukleotida dalam mRNA yang diterjemahkan
ke dalam urutan asam amino dari rantai polipeptida. Selama proses ini, sel ‘membaca’
informasi pada messenger RNA (mRNA) dan menggunakannya untuk membuat
sebuah protein.Ada setidaknya 20 macam jenis asam amino yang dibutuhkan untuk
dapat membentuk protein yang berasal dari terjemahan kodon mRNA. Pada sebuah
mRNA, instruksi untuk membuat polipeptida adalah RNA nukleotida (Adenine,
 Uracil, Cytosine, Guanine) yang dibaca dalam kelompok tiga nukleotida, kelompok
tiga ini disebut kodon. Selanjutnya, beberapa dari asam amino tersebut akan
menghasilkan rantai polipeptida yang spesifik dan nantinya akan membentuk protein
yang spesifik pula.

Proses translasi sendiri terbagi atas 3 tahap:

Tahapawalatauinisiasi
Pada tahap ini ribosom merakit di sekitar mRNA untuk dibaca dan tRNA
pertama yang membawa asam amino metionin (yang cocok dengan start kodon,
AUG). Bagian ini diperlukan agar tahap translasi bisa dimulai.

ElongasiatauMemperpanjangRantai
Ini adalah tahap di mana rantai asam amino diperpanjang. Disini mRNA dibaca
satu kodon sekali, dan asam amino yang sesuai dengan kodon ditambahkan ke rantai
protein. Selama elongasi, tRNA bergerak melewati situs A, P, dan E dari ribosom.
Proses ini diulang terus-menerus saat kodon baru dibaca dan asam amino baru
ditambahkan ke rantai.

Terminasi
Ini adalah tahap dimana rantai polipeptida dilepaskan. Proses ini dimulai
ketika stop kodon (UAG, UAA atau UGA) memasuki ribosom, membuat rantai
polipeptida terpisah dari tRNA dan lepas keluar dari ribosom.

3. Pelipatan Protein
Rantai polipeptida yang baru disintesis tidak berfungsi sampai mengalami
modifikasi struktur tertentu seperti penambahan karbohidrat ekor (glikosilasi), lipid,
kelompok prostetik, dll., Agar menjadi fungsional, dilakukan dengan modifikasi
pasca-translasi dan pelipatan protein.Pelipatan protein dibagi ke dalam empat tingkat,
yakni tingkat primer (rantai polipeptida linier); tingkat menengah (α-heliks dan β-lipit
lembar); tingkat tersier (bentuk berserat dan bundar); dan tingkat Kuarter (protein
kompleks dengan dua atau lebih subunit.
Catatan :
Ada 61 kodon yang diketahui untuk asam amino. Setiap kodon itu ‘dibaca’ untuk
membangun asam amino tertentu dari 20 asam amino yang biasanya ditemukan di
protein.

Satu kodon, yakni AUG, mempunyai fungsi untuk membangun asam amino
methionine dan juga bertindak sebagai start codon untuk memberi sinyal mulai pada
pembuatan protein.

Tiga kodon yang tidak membuat asam amino, disebut stop codon, meliputi
UAA, UAG, dan UGA. Ketiganya  memberitahu sel jika pembuatan polipeptida telah
selesai.
4. Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan
atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan DNA
yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNA
untuk sintesis protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA
polimerase. Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan
merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polimerase merangkai nukleotida-
nukleotida RNA dari arah 5’ ? 3’, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang cetakan
DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik
di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri. 

Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan),

terminasi(pengakhiran)rantaimRNA. 

1. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi
disebut sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan. 
2. Elongasi 
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda
DNA, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNA-nya. 
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA
yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA
yang berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik,
transkripsi biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase
mencapai titik terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik
polimerase terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA.
Pada titik yang lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga
terlepas dari enzim tersebut. 

5.

Jenis pengaturan sintesis protein yang dilakukan oleh konsep operon dinamakan
kontrol trans kripsional.
 Jacob dan Monod mengusulkan bahwa 3 gen structuralz, y dan a, masing-masing
menyandi untuk sintesis B-galaktosidase, B-galaktosidase permease, dan protein A , yang
semuanya dapat diinduksi oleh laktosa , terletak berdekatan satu sama lain pada
kromosom E.coli . mereka lebih lanjut mengusulkan bahwa DNA mengandung tempat
lain di dekat gen-gen tersebut. Yang dinamakan tempat penghambat I, yang mampu
menghambat transkripsi 3 gen structural z, y dan a. daerah I tersebut diusulkan menjadi
gen pengatur yang menyandi bagi urutan asam amino protein pengatur yang disebut
repressor. Apabila gen ini disalin untuk membentuk mRNA yang bersangkutan, mRNA
tersebut akan berdifusi ke ribosom dan di ribosom akan bertindak sebagai cetakkan bagi
sintesis repressor. Protein repressor menpunyai tempat pengikat bagi segmen spesifik
DNA yang disebut operator.
6. Penyakit yang berhubungan dengan DNA sebagai berikut :
1. Alkaptonuria
Alkaptonuria adalah kelainan genetik yang diturunkan dari orangtua. Dalam
keadaan normal, tubuh akan memecah dua senyawa pembentuk protein (asam
amino), yaitu tirosin dan fenilalanin melalui serangkaian reaksi kimia. Namun dalam
kondisi alkaptonuria, tubuh tidak dapat memproduksi enzim homogentisate oxidase
dalam jumlah cukup. Enzim tersebut dibutuhkan untuk memecah hasil metabolisme
tirosin berupa asam homogentisat. Akibatnya, asam homogentisat menumpuk lalu
menjadi pigmen berwarna hitam atau gelap dalam tubuh, sementara sebagian lainnya
dikeluarkan melalui urine.Ketidakmampuan tubuh menghasilkan enzim
homogentisate oxidase disebabkan oleh adanya mutasi pada gen penghasil enzim
tersebut, yaitu gen homogentisate 1,2-dioxygenase (HGD). Kelainan ini diturunkan
secara autosomal resesif, yang artinya mutasi gen tersebut harus diturunkan dari
kedua orangtua baru menimbulkan kelainan ini, tidak hanya salah satu.
2. Hemofilia
Hemofilia merupakan kelompok kelainan pada darah yang terjadi secara turun
temurun. Kelainan genetik ini terjadi karena adanya kesalahan pada salah satu gen
pada kromosom X, yang menentukan bagaimana tubuh membuat faktor pembekuan
darah. Kondisi ini menyebabkan darah tidak dapat membeku secara normal, sehingga
ketika pengidapnya mengalami cedera atau luka, perdarahan yang terjadi akan lebih
lama.
3. Anemia Sel Sabit
Kelainan genetik ini disebabkan oleh adanya kesalahan gen yang kemudian
memengaruhi perkembangan sel darah merah. Sel darah merah pengidap penyakit ini
memiliki bentuk yang tidak wajar, sehingga menyebabkan sel darah tersebut tidak
dapat hidup lama seperti sel darah sehat pada umumnya.Anemia sel sabit dapat
menimbulkan masalah, karena memungkinkan sel darah tersebut terjebak di dalam
pembuluh darah. Anak dengan kondisi ini sejak lahir dapat mengalami anemia,
rentan terhadap infeksi, dan sakit di beberapa bagian tubuh. Meski begitu, ada juga
pengidap yang hanya mengalami sedikit gejala dan bisa hidup dengan normal.
4. Sindrom Klinefelter
 Merupakan kelainan genetik yang terjadi hanya pada laki-laki. Pengidap sindrom
Klinefelter memiliki gejala berupa bentuk Mr. P dan testis yang kecil, rambut hanya
tumbuh sedikit di tubuh, memiliki payudara yang besar, badan tinggi dan berbentuk
kurang proporsional. Ciri khas lain pada kelainan genetik ini adalah kurangnya
hormon testosteron dan infertilitas.
5. Sindrom Down
Sindrom Down terjadi karena adanya materi genetik yang berlebih pada anak,
sehingga menyebabkan perkembangan anak secara fisik dan mental terhambat.
Normalnya, seseorang mendapatkan 23 kromosom dari ayah dan 23 kromosom dari
ibu dengan total 46 kromosom. Pada sindrom Down, terjadi kelainan genetik dengan
jumlah kromosom 21 bertambah, sehingga total kromosom yang didapat oleh anak
adalah 47 kromosom.Kondisi ini tidak dapat dicegah karena merupakan kelainan
genetik, tetapi dapat dideteksi lebih awal sebelum anak lahir. Kondisi anak dengan
sindrom Down dapat berbeda antara satu dengan yang lainnya. Sebagian anak dapat
hidup dengan cukup sehat, sedangkan sebagian lagi memiliki masalah kesehatan,
seperti kelainan jantung atau kelainan otot.
6. Diabetes
Diabetes merupakan keadaan ketika terdapat kelainan pada metabolisme tubuh
yang ditentukan berdasarkan tingkat kandungan gula yang tinggi pada tubuh.
Penyakit diabetes terbagi menjadi dua tipe, yaitu tipe 1 dan tipe 2. Diabetes tipe 1
disebabkan oleh kondisi autoimunitas yang merusak antibodi. Kondisi tidak normal
pada sistem kekebalan tubuh pengidap diabetes tipe 1 tersebut dipercaya merupakan
penyakit yang disebabkan faktor genetik.