Anda di halaman 1dari 48

“Analisis DNA Secara Kualitatif

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI

Oleh:
Nama : Aditya Rico Armyandi
NIM : 170210103012
Kelas :A

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI


JURUSAN PENDIDIKAN MIPA
FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS JEMBER
2020
BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang


PCR (Polymerase Chian Reaction) merupakan teknik untuk melakukan
perbanyakan (amplifikasi) molekul DNA dengan ukuran tertentu dilakukan secara
enzimatik melalui mekanisme perubahan suhu yang dilakukan pada mesin PCR
(Rantam, et al., 2014). Setelah memperbanyak DNA yang akan digunakan, maka
untuk mengetahui apakah DNA tersebut cocok untuk digunakan dalam
menyembuhkan penyakit maka dilakukan dengan menganalisis DNA tersebut.
Analisis DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara salah satunya adalah dengan
elektroforesis. Elektroforesis merupakan proses bergeraknya molekul yang
bermuatan (dari kutub negative menuju ke kutub positif) yang dilakukan di dalam
gel yang terendam dalam larutan penyangga. Bergeraknya molekul ini berupa
fraksi-fraksi dimana berdasarkan migrasi partikel yang bermuatan karena adanya
pengaruh dibawah medan listrik.
Terdapat bermacam-macam zat kimia yang dapat digunakan sebagai gel di
dalam proses elektroforesis. Penggunaan jenis gel ini disesuaikan dengan tujuan
yang akan dicapai. Selain itu dipertimbangkan akan penggunaan elektroforesis
yang digunnakan yaitu elektroforesis vertikal maupun elektroforesis horizontal.
Secara umum ada 2 jenis gel yang biasa digunakan yaitu AGE (Agarose Gel
Electrophoresis) dengan visualisasi mengggunakan ethidium bromide dan
PAGE(Polyacrilamide Gel Electrophoresis) dengan visualisasi menggunakan silver
staining. Biasanya secara umum kedua cara elektroforesis ini banyak digunakan
dalam melakukan visualisasi hasil produk dari PCR. Berdasarkan prinsip alat
elektroforesis terbagi menjadi 2 yaitu elektroforesis horizontal dan elektroforesis
vertikal.
1.2 Rumusan Masalah
1.2.1 Apakah tujuan dilakukan elektroforesis?
1.2.2 Apa komponen yang menysusun elektroforesis?
1.2.3 Ada berapakah jenis elektroforesis?
1.2.4 Bagaaimanakah prinsip kerja elektroforesis?
1.2.5 Bagaimana cara membaca visualisasi yang dihasilkan dari
elektroforesis?
1.2.6 Apakah yang menjadi faktor yang mempengaruhi elektroforesis?

1.3 Tujuan
1.3.1 Untuk mengetahui tujuan dilakukan elektroforesis
1.3.2 Untuk mengetahui komponen penyusun elektroforesis
1.3.3 Untuk mengetahui jenis elektroforesis
1.3.4 Untuk mengetahui prinsip kerja elektroforesis
1.3.5 Untuk mengetahui cara membaca hasil visualisasi elektroforesis
1.3.6 Untuk mengetahui faktor yang mempengaruhi elektroforesis
BAB 2. METODE

2.1 Alat dan Bahan


2.1.1 Alat
• Neraca
• Mikropipet
• Eppendorf
• Cetakan gel
• Alat elektroforesis
• UV transilluminator
2.1.2 Bahan
• Ekstrak DNA
• Loading dye
• DNA ladder
• Gel agarose
• TAE (Tris Acetic Acid EDTA) 1x
• EtBr (Ethidium Bromide)
2.2 Langkah Kerja
2.2.1 Pembuatan Gel

Menimbang agarose sebanyak 0,5 gram, kemudian menambahkan


50 ml TAE 1x kemudian mendidihkannya

Menambahkan 1µl EtBr lalu mencatak dalam cetakan agarose dan


menunggu hingga padat

Menuang TAE 1x ke dalam chamber (buffer), dimana hasil ini


akan digunakan untuk elektroforesis
2.2.2 Preparasi Sampel

Menambahkan 1 µl loading dye pada 5 µl DNA sampel kemudian


mencampurkan hingga homogen

Memasukkan campuran tersebut dalam sumuran agarose kemudian


melakukan running dengan voltase 100 Volt selama 45 menit

Hasil visualisasi pita DNA dapat dilakukan dengan UV


transilluminator
BAB 3. HASIL DAN PEMBAHASAN

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu teknik yang digunakan


untuk memperbanyak (amplifikasi) DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang
dibatasi oleh sepasang primer (Nugroho & Rahayu, 2018). Setalah melakukan
perbanyakan DNA maka perlu dilakukan analisis DNA, dimana dapat
menggunakan cara elektroforesis. Sehingga elektroforesis merupakan suatu teknik
yang mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel-partikel bermuatan
dalam suatu medan listrik. Perpindahan partikel atau molekul yang bermuatan
sebagai adanya respon terhadap medan listrik. Angka perpindahan tergantung pada
kekuatan medan listrik, muatan listrik ukuran dan bentuk molekul, kekuatan ionik,
viskositas, dan suhu medium yang digunakan oleh molekul tersebut untuk
berpindah (Hartatik, 2019).

Elektroforesis adalah suatu teknik pemisahan molekul selular berdasarkan


atas ukurannya, dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan pada suatu
medium yang mengandung sampel yang dipisahkan. Teknik dapat digunakan
dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul misalnya DNA
yang bermuatan negatif. Teknik elektroforesis dapat digunakan untuk analisis
DNA, RNA maupun protein. Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya
pergerakan komponen bermuatan positif pada kutub negatif serta komponen
bermuatan negatif pada kutub positif. Pergerakan molekul dalam medan listrik
dipengaruhi oleh bentuk, ukuran, besar muatan dan sifat kimia dari molekul.
Elektroforesis horizontal menggunakan gel agarosa. Sedangkan elektroforesis
vertikal menggunakan gel akrilamid (Maftuchah, et al., 2014).

Tujuan dilakukan proses elektroforesis yaitu untuk memisahkan fraksi-


fraksi suatu partikel berdasarkan migrasi partikel dibawah pengaruh medan listrik
sehingga DNA dapat dilakukan proses analisis DNA tersebut (Rajkumar, et al.,
2018). Analisis DNA dapat terjadi secara kualitatif dan kuantitatif. Secara kualitatif
hasil berupa gambar atau pita-pita band yang sudah divisualisasi dalam bentuk
urutan basa nitrogennya sedangkan secara kauntitatif berupa angka-angka berkaitan
dengan panjang dari pita DNA yang telah divisualisasi dengan satuan bp
(biosphare). Perpindahan untaian DNA disesuaikan dengan bentuk, ukuran, dan
muatan dari DNA itu sendiri. Molekul DNA memiliki muatan negatif, sehingga
apabila molekul DNA ditempatkan pada medan listrik maka akan berpindah dari
kutub negatif menuju kutub posistif (Rahmaningsih, 2018).

Prinsip kerja dari elektroforesis yaitu perpindahan partikel-partikel yang


bermuuatan karena adanya pengaruh medan listrik (Rahmaningsih, 2018).
Perangkat atau komponen elektroforesis terdiri atas: power suuply, mesin
elektroforesis, cetakan gel dan sisir, electrophoresis chamber, dan lid (belov, et al.,
2017). Selain komponen yang terlihat pada elektroforesis yang terdapat dalam
mesin elektroforesis, komponen yang penting dalam menjalankan elektroforesis
yaitu larutan elektrolit, medium pemisah, dan elektroda. Larutan elektrolit
meruipakan pembawa komponen berupa larutan buffer dengan pH terttentu sesuai
dengan karakteristik DNA yang akan dilakukan elektroforesis. Sedangkan medium
pemisah digunakan sebagai tempat proses pemisahan terjadi yaitu dapat berupa
kertas (Selulosa asetat, nitrat, dll), gel kanji, gel agarose, ataupun gel poliakrilamid.
Selain itu dengan adanya elektroda yang berfungsi sebagai penghubung arus listrik
dengan berbagai arus pemisah.

Alat elektroforesis sesuai dengan prinsipnya terbagi menjadi 2 jenis yaitu


elektroforesis horizontal dan elektroforesis vertikal (Rahmaningsih, 2018).
Elektroforesis horizontal bekerja untuk DNA dengan menggunakan gel agarose
dengan visualisasi menggunakan ethidium bromide, sedangkan elektroforesis
vertikal bekerja lebih spesisifk untuk protein dimana menggunakan gel
poliakrilamid dengan visualisasi menggunakan silver staining atau dapat pula
dengan commasie blue. Metode elektroforesis gel agarose di dasarkan pada partikel
molekul bermuatan dalam media penyangga mtariks yang stabil dibawah pengaruh
medan listrik (Tobler, et al., 2018). Elektroforesis gel agarose digunakan untuk
memisahkan fragmen DNA yang berukuran lebih besar dari 100pb dan dijalankan
dengan horizontal, sedangkan elektroforesis vertikal dengan poliakrilamid gel
biasanya dgunakan untuk memisahkan protein dengan ukuran 1 pb.
Elektroforesis memiliki 6 komponen yaitu gel agarose, buffer TAE, loading
dye, ethidium bromide, DNA sampel, dan DNA ladder. Gel agarose berguna
sebagai matriks DNA sampel saat elektroforesis. Buffer TAE berfungsi sebagai
penghantar arus listrik. TAE meupakan buffer yang umum digunakan sebagai
buffer elektroforesis karena memiliki kapasitas buffering yang tinggi pada titik
isoelektriknya terutama buffer yang mengandung borrat (Sanderson, 2014).
Loading dye memiliki 2 komponen yaitu glycerol sebagai pemberat DNA sampel
dan ada 3 pewarna yaitu Xylen Xyanol (ungu), bromo Phenol Blue (biru), Orange
G. Ethidium Bromide (EtBr) berfungsi sebagai pewarna DNA yang akan berikatan
dengan DNA, sehingga ketika medium berisi DNA disinari sinar UV akan
berpendar. EtBr ini juga mampu berikatan dengan RNA yang biasanya ketika
disinari menggunakan sinar UV, RNA berada dibagian paling bawah. EtBr bersifat
karsinogenik. DNA sampel merupakan DNA hasil freeze and thaw. DNA ladder
merupakan marker pembanding DNA sehingga pengamat mengetahui ukuran suatu
DNA genom serta penanda posisi DNA genom (Nzilbili, et al., 2018).

Agarosa dalam polisakarida terdiri dari unit pengulangan agarobiose dasar


1,3-linked beta-galactopyranose dan 1,4-linked 3,6-anhydro-alfa-L
galactopyranose. Unit-unit ini membentuk rantai panjang sekitar 400 pengulangan,
mencapai berat molekul sekitar 12000 dalton. Rantai polimer panjang menghitung
sejumlah kecil residu bermuatan, sebagian besar terdiri dari piruvat dan sulfat.
Untuk elektroforesis DNA, agarosa dengan EEO (phenomenon of
electroendosmosis) serendah mungkin direkomendasikan untuk pemisahan
maksimum molekul DNA. Laju migrasi elektroforetik DNA melalui agarosa
tergantung pada parameter berikut: ukuran molekul DNA, konsentrasi gel agarosa,
tegangan yang dipasang, konformasi DNA, dan buffer yang digunakan untuk
elektroforesis (Surzycki, 2010).

Elektroforesis gel agarosa bekerja pada premis bahwa semua DNA


bermuatan negatif. Ketika DNA ditambahkan ke kutub bermuatan negatif dari
medan listrik, itu akan bergerak ke arah kutub bermuatan positif. Karena ukuran
pori dari matriks agarose, molekul DNA besar akan terbelakang dalam matriks
daripada molekul kecil, sehingga molekul kecil akan bermigrasi lebih cepat melalui
gel. Pita-pita berbeda yang dipesan sesuai dengan ukuran dapat divisualisasikan jika
medan listrik dihentikan sebelum pita-pita itu melepaskan gel (Carson, et al., 2011).

Ethidium bromide (EtBr) adalah pewarna kationik yang digunakan untuk


memvisualisasikan DNA setelah memisahkan fragmen pada elektroforesis gel
agarosa. Ini banyak digunakan karena peningkatan fluoresensi mencolok tersebut
ditampilkan pada interkalasi ke dalam DNA di alur minor. Ethidium bromide
adalah senyawa aromatik heterosiklik yang biasa digunakan untuk mendeteksi
nukleat (Mathur, et al., 2017).

Elektroforesis biasanya dilakukan pada suhu kamar. Gel diwarnai dengan


pewarna fluorescent ethidium bromide yang diselingi dan sedikitnya 0,05
mikrogram DNA dalam satu pita dapat dideteksi sebagai fluoresensi yang terlihat
di bawah sinar ultraviolet. Etidium bromida adalah mutagen yang kuat, toksik, dan
karenanya penanganan yang tepat harus selalu diambil untuk menangani larutan,
dan larutan pewarnaan harus selalu didekontaminasi setelah digunakan (Chawla,
2009).

Elektroforesis gel agarose adalah salah satu metode paling mendasar.


Metode ini mudah, bekerja cepat, dan lebih banyak keuntungan daripada metode
lain yang tidak dapat memisahkan pita DNA dengan cukup. Sulit bagi molekul
untuk bergerak pada pori gel selama elektroforesis. Laju pergerakan di bawah
medan listrik bergantung pada kekuatan medan listrik, ukuran dan bentuk molekul,
hidrofobisitas relatif sampel, kandungan ionik dan suhu buffer di mana molekul
bergerak. Molekul DNA ukuran besar diblokir dari melewati pori-pori kecil dalam
gel. Dengan demikian, fragmen DNA ukuran besar bergerak kurang lambat dari
molekul DNA ukuran kecil (Turan, et al., 2016).

Elektroforesis gel poliakrilamid asli (N-PAGE) teknologi elektroforesis


sederhana untuk analisis protein. Ini mengukur mobilitas elektroforesis protein
melalui matriks gel tanpa adanya agen denaturasi, seperti natrium dodecylsulfate.
Mobilitas tergantung pada ukuran hidrodinamik dan keadaan terisi. Jadi, ada
perubahan di dalamnya properti dapat mengubah mobilitas, misalnya perubahan
konformasi, agregasi atau oligomerisasi, dan pengikatan makromolekul atau
dibebankan molekul kecil. Meskipun tekniknya kualitatif, itu sederhana dan dapat
menganalisis banyak sampel secara bersamaan (Li dan Arakawa, 2019).

Gel agarose pada elektroforesis dapat melakukan pemisahan sampel DNA


dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang basa (pb) (Onomi dan
Yamagishi, 2019). Molekul DNA bermuatan negatif sehingga nanti di dalam medan
listrik akan mermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif (anode). Makin
besar ukuran molekulnya, maka akan semakin rendah laju migrasinya. Sehingga
ketika molekul DNA dilewatkan pada matriks gel dengan aliran listrik maka akan
berpindah berdasarkan ukurannya. Molekul yang berukuran besar, memiliki
kesulitan melewati pori-pori gel sehingga akan bermigrasi lebih lambat melalui gel
dibandingkan DNA yang berukuran lebih kecil. Fragmen DNA yang lebih kecil
berat molekulnya akan berjalan lebih cepat dari molekul DNA yang lebih besar,
sehingga molekul yang mempunyai panjang berbeda-beda akan membentuk pita di
dalam gel tersebut. Semakin besar tegangan arus litrik maka perjalanan molekul
DNA akan semakin cepat demikian pula sebaliknya (Mckey dan Pannatoni, 2017).
Elektroforesis biasanya dilakukan pada suhu kamar. Gel diwarnai dengan
pewarna fluorescent ethidium bromide yang diselingi dan sedikitnya 0,05
mikrogram DNA dalam satu pita dapat dideteksi sebagai fluoresensi yang terlihat
di bawah sinar ultraviolet. Etidium bromida adalah mutagen yang kuat, toksik, dan
karenanya penanganan yang tepat harus selalu diambil untuk menangani larutan,
dan larutan pewarnaan harus selalu didekontaminasi setelah digunakan (Chawla,
2009).
Makin besar ukuran molekulnya, maka akan semakin rendah laju
migrasinya. Berat molekul suatu fragmen DNA dapat diperkirakan dengan
membandingkan laju migrasinya dengan laju migrasi fragmen molekul DNA
standar (DNA marker). Visualisasi DNA selanjutnya dilakukan di bawah paparan
sinar ultraviolet dengan menggunakan UV trasilluminator (Moya, et al., 2017).
Pada saat loading sampel-sampel di gel agarose, maka dengan gel yang sama
penanda atau marker juga ikut dimasukkan. Hal ini penting untuk dilakukan dengan
tujuan konfirmasi agar bisa memperkirakan ukuran panjang fragmen dengan tepat.
Tinjauan yang dilakukan untuk pembanding akan ukuran secara tepat dapat
dilakukan dengan petunjuk marker DNA yang digunakan sehingga hasil
elektroforesis DNA dapat dibandingkan dengan DNA marker yang ada. Visualiasai
dan perhitungan pita fragmen DNA dapat dilakukan apabila pita fragmen DNA
dapat terlihat. Pita fragmen DNA dapat diukur dengan menggunakan suatu kurva
regresi linier (Jha, et al, 2017).
Visualiasasi dapat dilakukan dengan alat UV transilluminator, akan tetapi
untuk menentukan seberapa panjang dan cocok maka menggunakan DNA marker
sebagai pembanding dan melihat pada marker atau penanda pada panduan baik
jurnal maupun panduan penggunaan marker untuk membandingkan hasil
visualisasi elektroforesis yang telah dilakukan (Moya, et al., 2017). Fragmen DNA
dapat dideteksi oleh elektroforesis medan berdenyut. Fragmen-fragmen DNA besar
mengalami pembelahan lebih lanjut sebagai akibat dari aktivasi faktor fragmentasi
DNA dan endonucleases yang bergantung pada Ca dan Mg. Sebanyak 30% dari
kromatin dapat dipotong antara nukleosom di situs penghubung, menghasilkan
oligomer yang kelipatannya sekitar 180 bp yang, pada gel agarosa, muncul sebagai
karakteristik "DNA ladder". DNA ladder adalah penanda fragmen DNA yang baik
ketika proses penyinaran UV (Brady, 2012).
UV transiluminator series memberikan sumber sinar (radiasi) ultraviolet
yang seragam dan intens. Desain spesialnya memberikan satu atau dua intensitas
eksitasi panjang gelombang UV untuk iluminasi belakang material transparan yang
berpendar. Mode 312 nm (302 nm) disarankan untuk pemakaian gel secara umum.
Mode panjang gelombang tunggal mempunyai intensitas tinggi dan rendah yang
dilengkapi dengan tombol switch. UV transiluminator dirancang untuk
menghasilkan sumber cahaya UV yang seragam untuk eksitasi warna fluoresens
seperti Ethidium Bromide. Hal ini cocok untuk analisis dan pencitraan foto gel
elektroforesis pada permukaan penglihatan kaca. Panjang gelombang menengah
dari UV transiluminator ini adalah 302 nm (Kulichova et al., 2017).
Transiluminator UV menggunakan radiasi ultraviolet untuk
memvisualisasikan protein, DNA, RNA, dan prekursornya dalam prosedur
elektroforesis gel. Untuk pemisahan molekul DNA mulai dari beberapa ratus
hingga beberapa ribu bp, baik TAE maupun TBE memberikan resolusi fragmen
DNA yang baik dengan pemisahan fragmen yang lebih kecil pada TBE dan ukuran
yang lebih besar dalam TAE (Khanzadeh and Blourchian, 2014: 493).
Keberhasilan dari proses elektroforesis tidak lepas dari berbagai faktor yang
mempengaruhinya. Faktor yang mempengaruhi elektroforesis yaitu sampel, larutan
buffer, medan listrik, konsentrasi gel, densitas muatan, dan pori-pori gel
(Rahmaningsih, 2018). Sampel dapat mempengaruhi laju perpindahan molekul
yang akan dipisahkan berkaitan dengan muatan, bentuk, ukuran molekul. Semakin
besar ukuran molekul maka semakin besar pula energi yang dibutuhkan dan
perpindahan juga akan semakin menurun. Sehingga yang paling berpengaruh
adalah ukuran molekul tersebut. Molekul yang berukuran blebih kecil akan cepat
bergerak melewati gel karena hambatan yang akan dihadapi tidak lebih besar
dibandingkan molekul berukuran yang lebih besar.
Larutan buffer berfungsi dalam mempertahankan pH di dalam medium
pemisah, media penyedia elektrolit yang digunakan untuk aliran perpindahan, pH
harus benar-benar diteliti agar tidak mengalami perubahan struktur poada molekul
misalkan DNA. Sedangkan medan listrik berpengaruh terhadap elektroforesis yaitu
apabila voltase tinggi dari medan listrik maka pemisahan akan semakin cepat pula.
Selain itu konsentrasi gel juga berpengaruh yaitu semakin tinggi konsentrasi
agarose maka akan semakin kaku gel yang dibuat. Hal tersebut berakibat sukar
untuk dilewati molekul-molekul DNA. Konsentrasi agarose yang lebih tinggi
memudahkan pemisahan DNA yang berukuran kecil, sedangkan konsentrasi
agarose yang lebih rendah akan memudahkan pemisahan DNA dengan ukuran yang
lebih besar.
Bentuk molekul terdapat berbagai bentuk, molekul dengan bentuk ellips
atau fibril akan lebih cepat bergerak menembus agarose dibandingkan dengan yang
berbentuk bulat (Hartatik, 2019). Sedangkan densitas muatan yang lebih tinggi akan
bergerak lebih cepat didandingkan dengan molekul dengan densitas muatan yang
rendah. Selain itu yang berpengaruh juga pori-pori dari gel untuk melakukan
perpindahan dari molekul DNA. Dimana semakin kecil pori-pori gel maka akan
semakin lambat pergerakan molekul. Hal tersebut dikarenakan semakin sulit untuk
menembus pori-pori dari gel tersebut.
BAB 4. PENUTUP

4.1 Kesimpulan
4.1.1 Tujuan dilakukan elektroforesis adalah untuk memisahkan fraksi-
fraksi suatu partikel berdasarkan migrasi partikel dibawah pengaruh
medan listrik sehingga DNA dapat dilakukan proses analisis DNA.
4.1.2 Komponen elektroforesis yaitu power suuply, mesin elektroforesis,
cetakan gel dan sisir, electrophoresis chamber, lid,larutan elektrolit,
medium pemisah, dan elektroda. Selain itu terdapat pula komponen
pendukung yang sangat penting pula dalam proses elektroforesis
yaitu gel agarose, buffer TAE, loading dye, ethidium bromide, DNA
sampel, dan DNA ladder.
4.1.3 Jenis-jenis elektroforesis berdasarkan prinsip kerjanya terbagi
menjadi 2 macam yaitu elektroforesis horizontal dan elektroforesis
vertikal. Elektroforesis horizontal bekerja untuk DNA dengan
menggunakan gel agarose dengan visualisasi menggunakan
ethidium bromide, sedangkan elektroforesis vertikal bekerja lebih
spesisifk untuk protein dimana menggunakan gel poliakrilamid
dengan visualisasi menggunakan silver staining dan commasie blue.
4.1.4 Prinsip kerja elektroforesis adalah perpindahan partikel-partikel atau
molekul seperti DNA yang bermuuatan karena adanya pengaruh
medan listrik. DNA bermuatan negatif akan berpindah dari anode
negatif ke anode positif.
4.1.5 Membaca hasil visualisasi dapat dilakukan di bawah paparan sinar
ultraviolet dengan menggunakan UV trasilluminator. Dapat
dilakukan pula dengan tinjauan marker yang digunakan. Visualiasai
dan perhitungan pita fragmen DNA dapat dilakukan apabila pita
fragmen DNA dapat terlihat. Pita fragmen DNA dapat diukur
dengan menggunakan suatu kurva regresi linier.
4.1.6 Faktor yang mempengaruhi elektroforesis yaitu sampel, larutan
buffer, medan listrik, konsentrasi gel, densitas muatan, dan pori-pori
gel. Yang paling berpengaruh sebagai faktor utama dalam
mempercepat elektroforesis yaitu ukuran molekul. Dimana semakin
besar ukuran molekul maka perpindahan akan semakin lambat dan
membutuhkan energi perpindahan dan voltase yang semakin tinggi
pula untuk mempercepat perpindahan.
4.2 Saran
Untuk praktikum analisis DNA secara kualitatif sebaiknya asisten
memberikan perbandingan antara kualitatif dan kauntitatif agar praktikan tidak
membingungkan. Selain itu karena praktikum secara online sehingga membuat
praktikan merasa kurang puas dan bingung akan praktikum yang sifatnya
molekular, tetapi tidak masalah dikarenakan lebih baik seperti ini karena
pandemi covid-19 ini. Sebaiknya asisten memerikan solusi untuk
terkendalanya praktikum secara online ini.
DAFTAR PUSTAKA

Belov, A. M., R. Viner., M. R. Santos., D. M. Horn., M. Bern., B. L. Karger., dan


A. R. Ivanov. 2017. Analysis of Proteins, Protein Complexes, and
Organellar Proteomes Using Sheathless Capillary Zone Electrophoresis-
Native Mass Spectrometry. Journal American Society Mass Spectrometry.
28(1): 2614-2634.
Brady, H. J. M. 2012. Apoptosis Method and Protocols. Amerika: Human Press Inc.
Carson, S., H. B. Miller, D. S. Witherow, and M. C. Srougi. 2011. Molecular
Biology Techniques Fourth Edition. London: Academic Press.
Chawla, H. S. 2009. Introduction to Plant Biotechnology Second Edition. America:
Science Publishers.
Hartatik, T. 2019. Pendekatan praktis deteksi polimorfisme DNA sapi Aceh.
Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.
Jha, P., X. Wang., dan J. Auwerx. 2017. Analysis of mitochondrial respiratory chain
supercomplexes using blue native polyacrylamide gel electrophoresis
(BN-PAGE). Curr Protoc Mouse biol. 6(1): 1-14.
Khanzadeh, A. and J. Blourchain. 2014. Ultraviolet Radiation Exposure From UV-
Transilluminators. J Occup Environ Hyg. 2(10): 493-506.
Kulichova, Z. V. D. W., Hilde, C. C., Mahaletchumy, A., Caroline, W., Patricia, O.
2017. The Role of Scientists in Policy-Making regarding Agricurtural
Biotechnology: From Traditional to Alternative Views. Biotechnology
Journal. Vol. 14(3): 171- 190.
Kumar, Y., K. R. Mani., dan A. K. Tahlan. 2019. Analysis of Salmonella enterica
Serovar Typhi by Outer Membrane Protein (OMP) Profiling, Random
Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) and Pulsed Field Gel
Electrophoresis (PFGE). Tropical Life Science Researce. 30(1): 57-71.
Li, C., dan T. Arakawa. 2019. Application of native polyacrylamide gel
electrophoresis for protein analysis: bovine serum albumin as a model
protein. International Journal of Biological Macromolecules. 125(1): 566-
571.
Maftuchah., A. Winaya., dan A. Zainudin. 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi
Molekuler. Yogyakarta: Deepublisher.
Mathur, M., O. Sharma, P. Yadav, C. Joseph. 2017. A Comparative Docking
Analysis of Non-Carcinogenic DNA Staining Dyes to Propose the Best
Alternative to Ethidium Bromide. International Journal od Advance
Research, Ideas and Innovations in Technology. 3(2): 215-220.
Maurey, P., A. Basu., J. K. Biswas., dan T. K. Bandyopadhayay. 2015.
Electrophoresis-staining apparatus for DNA agarose gels 5 with solution
exchange and image acquisition. Instrumentation Science And
Technology. 1(1): 1-14.
Mckee, J., dan C. Panattoni. 2017. Polyacrylamide electrophoress gels with
protection against oxygen exposure. United State Patent. 1(1): 1-7.
Moya, C. A. M. W., J. B. Cattan., G. i. C. Arriagada. 2017. Method for visualising
biomolecules, such as proteins or nucleic acids, with the unaided eye,
without needing to use potentiallly toxic compounds, exposure to
ultraviolet ( uv ) light or fluorescence. Patent Application Publication.
1(1): 1-7.
Nugroho, E. D., dan D. A. Rahayu. 2018. Pengantar Bioteknologi (teori &
aplikasi). Yogyakarta: Deepublish.
Nzilibili, S. M. M., M. K. H. Ekodiyanto., P. Hardjanto., dan A. Yudianto. 2018.
Concentration and Purity DNA Spectrophotometer: Sodium
Monofluorophosphate forensic impended effect. Egyptian Journal of
Forensic Sciences. 8(34): 1-7.
Onomi, R., K. Hatate., dan N. Yamagishi. 2019. Determination of plasma bone-
specific alkaline phosphatase isoenzyme activity in Holstein calves using
a commercial agarose gel electrophoresis kit. Polish Journal of Veterinary
Sciences. 22(4): 789-792.
Rahmaningsih, S. 2018. Hama dan penyakit ikan. Yogyakarta: Deepublish.
Rajkumar, M., R. Aravind., dan P. K. Pandey. 2018. Characterization of microbial
populations in litopenaeus vannamei (boone, 1931) based biofloc system
using denaturing gradient gel electrophoresis profiles of 16s rrna. Asian
Journal of Microbial and Biotech. 20(4): 1246-1252.
Rantam, F. A., Ferdiansyah., dan Purwati. 2014. STEM Cell edisi kedua. Surabaya:
Airlangga University Press.
Sanderson, B., N. Araki, J. L. Lielly, G. Guerrero, and L. K. Lewis. 2014.
Modification Of Gel Architecture And TBE/TAE Buffer Composition To
Minimize Heating During Agarose Gel Electrophoresis. Anal Biochem.
4(5): 44-52.
Stickney, M., P. Sanderson., F. E. L. Ill., F. Zhang., R. J. Linhardt., dan L. J. Amster.
2019. Online capillary zone electrophoresis negative electron transfer
dissociation tandem mass spectrometry of glycosaminoglycan mixtures.
International Journal of Mass Spectrometry. 44(5): 1-11.
Surzycki, S. 2010. Basic Techniques in Molecular Biology. New York: Springer-
Verlag Heidelberg.
Tobler, M., J. Caslavska., P. Burda., dan W. Thormann. 2018. High-resolution
capillary zone electrophoresis for transferrin glycoform analysis
associated with congenital disorders of glycosylation. Journal of
Separation Science. 1(23): 1-33.
Turan, M. K., A. Elen, dan E. Sehirli. 2016. Analysis of DNA gel electrophoresis
images with backpropagation neural network based canny edge detection
algorithm. International Journal of Scientific and Technological
Research. 2(2): 55-63.
LAMPIRAN