Tanaman gadung umumnya Besar Penelitian dan Pengembang- nakan untuk menyediakan bibit

belum dibudidayakan secara baik,
kecuali di Jawa Barat, Jawa Ti-
mur, dan Lampung. Perbanyakan
gadung biasanya dilakukan dengan
cara memotong umbi yang mempu-
nyai mata tunas. Namun, umbi baru
akan bertunas 2-3 bulan setelah di-
panen sehingga perbanyakannya
sangat lambat dibandingkan dengan
umbi-umbian lain.
Dengan teknik in vitro, masalah
laju pertumbuhan yang lambat ter-
sebut dapat diatasi, antara lain de-
ngan menggunakan formulasi me-
dia tertentu yang mengandung ga-
ram-garam mineral dan komponen
organik. Pada tahun 2000, Balai
an Bioteknologi dan Sumberdaya
Genetik Pertanian telah meneliti
perbanyakan tanaman gadung se-
cara in vitro. Bahan tanaman yang
diteliti diambil dari berbagai lokasi,
yaitu Bogor, Kuningan, Sumedang,
Subang, dan Rembang. Ternyata,
setiap bahan tanaman memberikan
reaksi yang berbeda terhadap me-
dia pertunasan. Gadung yang ber-
asal dari Bogor dan Kuningan lebih
responsif daripada yang berasal dari
daerah lain pada media Anderson
dan WPM. Umumnya, semua aksesi
gadung dapat ditumbuhkan dalam
kultur in vitro. Oleh karena itu, tek-
nik perbanyakan in vitro dapat digu-
gadung dalam jumlah banyak dan
seragam (Widiati H. Adil) .
Informasi lebih lanjut hubungi:
Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi dan
Sumberdaya Genetik Pertanian
Jalan Tentara Pelajar No. 3A
Bogor 16111
Telepon : (0251) 8 3 3 7 9 7 5
8339793
Faksimile : (0251) 8 3 3 8 8 2 0
E-mail :
bb-biogen@litbang.deptan.go.id

Menguji Ekspresi Gen Menggunakan Real-Time PCR

Real-Time PCR merupakan salah satu alat dalam penelitian bioteknologi. Alat ini digunakan untuk mendeteksi
dan mengukur ekspresi gen. Dibanding alat sejenis, Real-Time PCR lebih unggul karena hasil dapat diperoleh
dengan cepat, memerlukan sedikit sampel tanaman, dan dapat digunakan untuk melihat ekspresi gen pada
tanaman transgenik maupun mendeteksi produk transgenik.

E kspresi suatu gen secara mo-

lekuler dapat dideteksi pada
tahap transkripsi (mRNA) maupun
translasi (protein). Deteksi ekspresi
gen pada tingkat mRNA lebih sulit
dibandingkan pada tahap protein
karena memerlukan tahapan isolasi
mRNA pada fase atau bagian yang
mengekspresikan gen tersebut, se-
lain memerlukan alat yang sensitif.
Real-Time PCR merupakan alat
PCR yang paling sensitif untuk men-
deteksi dan mengukur kuantitas
mRNA. Real-Time PCR lebih unggul
dibandingkan dengan analisis
northern blot dan RNAse protection
assay, karena dapat digunakan
untuk mengukur kadar mRNA da-
lam sampel yang berukuran kecil.
Penggunaan alat tersebut memberi
beberapa keuntungan, yaitu hasil
dapat diperoleh dengan cepat dan
hanya memerlukan sedikit sampel
tanaman. Teknik Real-Time PCR
tidak hanya dapat digunakan untuk
melihat ekspresi transgen pada ta-
naman transgenik, tetapi juga un-
tuk mendeteksi produk transgenik,
baik secara kualitatif, semikuan-
titatif maupun kuantitatif.
Real-Time PCR merupakan su-
atu perangkat platform instru-
mentasi, yang terdiri atas satu buah
thermal cycler, satu buah kompu-
ter, lensa untuk eksitasi fluoresen
dan pengumpul emisi, serta
perangkat lunak untuk akuisisi dan
analisis data. Setiap perusahaan
memroduksi Real-Time PCR
dengan standar perangkat platform
yang sama, namun berbeda dalam
hal kapasitas sampel, metode ek-
sitasi, dan tingkat sensitivitas.
Prinsip kerja Real-Time PCR
adalah mendeteksi dan menguan-
tifikasi reporter fluoresen. Sinyal
fluoresen akan meningkat seiring
dengan bertambahnya produk PCR
dalam reaksi. Dengan mencatat
jumlah emisi fluoresen pada setiap
siklus, reaksi selama fase ekspo-
nensial dapat dipantau. Peningkat-
an produk PCR yang signifikan pada
fase eksponensial berhubungan
dengan jumlah inisiasi gen target.
Makin tinggi tingkat ekspresi gen
target maka deteksi emisi fluoresen
makin cepat terjadi.
Untuk mendeteksi ada tidak-
nya ekspresi gen partenokarpi pada
tanaman tomat transgenik, telah
dilakukan pengujian menggunakan
mesin Real-Time PCR. Galur tomat
transgenik tersebut diperoleh me-
lalui transformasi genetik meng-
gunakan vektor Agrobacterium
tumefaciens yang disisipi gen
partenokarpi DefH9-iaaM. Gen ini
dapat mengekspresikan senyawa
prekursor IAA pada awal pembu-
ngaan pada bagian ovul dan pla-
senta. Ekspresi gen partenokarpi
secara fenotipik ditandai dengan
terbentuknya buah tomat tanpa
melalui penyerbukan dan/atau
pembuahan. Buah partenokarpi ini
biasanya tanpa biji atau sedikit biji.
Sampel mRNA dari tomat
transgenik diisolasi dari bagian
kuncup bunga dengan menggu-
nakan dyna-bead kit, kemudian di-
buat cDNA dari mRNA dengan
menggunakan primer spesifik untuk
gen partenokarpi iaaM. Proses

Volume 32 Nomor 6, 2010 13

 tomat transgenik (galur OvR1#14-
4, OvM2#10-1, dan OvM2#6-2)
menunjukkan bahwa ketiga galur
tersebut mengekspresikan gen
iaaM. Tingkat ekspresi tertinggi
terdapat pada galur OvR1#14-4,
diikuti OvM2#10-1 dan terkecil
pada galur OvM2#6-2 (Saptowo J.
Pardal).

Deteksi ekspresi gen partenokarpi pada tomat dengan Real-Time PCR; kuncup
bunga tomat untuk isolasi mRNA (kiri) dan perangkat mesin Real-Time PCR
(kanan). Informasi lebih lanjut hubungi:

Balai Besar Penelitian dan

pembuatan (sintesis) cDNA iaaM
dilakukan dalam mesin Real-Time
PCR. Sebagai pembanding digu-
nakan gen aktin tomat. Setelah se-
lesai proses running RT-PCR, eks-
presi gen iaaM maupun gen aktin
dapat dilihat pada monitor kom-
puter/laptop yang terhubung de-
ngan mesin RT-PCR. Tingkat eks-
presi gen diketahui melalui muncul-
nya sinyal amplikon pada grafik.
Sinyal yang terdeteksi pada jumlah
siklus yang kecil menunjukkan ting-
kat ekspresi gen yang makin tinggi.
Hasil uji ekspresi gen parteno-
karpi iaaM pada tiga sampel mRNA
Pengembangan Bioteknologi dan
Sumberdaya Genetik Pertanian
Jalan Tentara Pelajar No. 3A
Bogor 16111
Telepon : (0251) 8 3 3 7 9 7 5
8339793
Faksimile : (0251) 8 3 3 8 8 2 0
E-mail :
bb-biogen@litbang.deptan.go.id

14 Warta Penelitian dan Pengembangan Pertanian

Penerapan Biosekuriti pada Peternakan Ayam Broiler
di Kabupaten Bogor
Untuk menanggulangi wabah flu burung, pemerintah mengeluarkan kebijakan tentang pencegahan,
pengendalian, dan pemberantasan penyakit unggas tersebut, Biosekuriti merupakan tindakan pertama dari
sembilan tindakan pengendalian wabah penyakit tersebut. Namun, penerapan elemen-elemen biosekuriti pada
peternakan ayam skala kecil masih bervariasi.

W abah flu burung atau avian

influenza (AI) mulai berjang-
kit di Indonesia sejak tahun 2003
dan menimbulkan kerugian cukup
besar, di samping membahayakan
kesehatan manusia. Dr. Heru Seti-
yanto, Komnas AI, dalam sambut-
annya pada Regional Workshop on
Funding Mechanism for Outbreak
Containment and Compensation di
Jakarta pada tahun 2009, menge-
mukakan terdapat 147 kasus AI
dengan 121 kematian.
Berkaitan dengan wabah pe-
nyakit flu burung, Pemerintah mela-
lui Direktur Jenderal Peternakan
mengeluarkan kebijakan tentang
pedoman pencegahan, pengendali-
an, dan pemberantasan penyakit
avian influenza (flu burung), yang
dituangkan dalam Keputusan No.
17/Kpts/Pp.640/F/02.04. Dalam
keputusan tersebut dinyatakan
bahwa metode yang digunakan
untuk mencegah penyebaran dan
menghilangkan agens penyebab
penyakit meliputi sembilan tindakan
yang merupakan satu kesatuan,
yaitu: (1) pelaksanaan biosekuriti
secara ketat; (2) pemusnahan ung-
gas secara selektif (depopulasi)
pada daerah tertular; (3) vaksinasi/
pengebalan; (4) pengendalian lalu
lintas; (5) surveilans dan penelu-
suran; (6) peningkatan kesadaran
masyarakat (public awareness); (7)
pengisian kembali (restocking)
unggas; (8) pemusnahan unggas
secara menyeluruh (stamping out)
pada daerah tertular baru; serta (9)
pemantauan, pelaporan, dan eva-
luasi. Penerapan biosekuriti pada
peternakan ayam broiler sektor 3
di Kabupaten Bogor dilaporkan
berikut ini.
Pola Usaha Ternak Ayam Broiler
Secara umum, pola usaha ternak
ayam broiler di Kabupaten Bogor
dapat dikelompokkan menjadi dua,
yaitu pola mandiri dan pola kemit-
raan. Pada pola mandiri, peternak
mengelola usahanya dengan modal
sebagian besar bersumber dari milik
sendiri. Karena itu, peternak dapat
mengambil keputusan sendiri ten-
tang perencanaan usaha serta
menentukan fasilitas perkandang-
an, jenis dan jumlah sapronak yang
akan digunakan, saat penebaran
DOC, manajemen produksi, serta