SARBEL

DEFINISI VIRUS: Virus adalah kompleks yang terdiri dari protein dan genom RNA atau DNA.
Mereka kekurangan struktur seluler dan proses metabolisme independen. Mereka mereplikasi
hanya dengan memanfaatkan sel hidup berdasarkan informasi di dalam virus genom.. Virus
adalah partikel infeksius otonom yang sangat berbeda dari mikroorganisme lain dalam beberapa
karakteristik: mereka tidak memiliki struktur seluler, hanya terdiri dari protein dan asam nukleat
(DNA atau RNA). (Kayser, Medical Microbiology 2015)
virus adalah suatu jasad renik yang berukuran sangat kecil dan hanya dapat dilihat dengan
mikroskop elektron yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi
(hidup) didalam sel yang hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel tersebut karena virus
tidak memiliki perlengkapan seluler untuk bereproduksi sendiri. Virus merupakan parasit obligat
intraseluler. Virus mengandung asam nukleat DNA atau RNA sajatetapi tidak kombinasi
keduanya, dan yang diselubungi oleh bahan pelindung terdiri atas protein, lipid, glikoprotein,
atau kombinasi ketiganya.
Virus adalah parasit intraseluler obligat yang berukuran antara 20-300 nm, bentuk dan komposisi
kimianya bervariasi, tetapi hanya mengandung RNA atau DNA saja. Partikelnya secara utuh
disebut virion yang terdiri dari capsid yang dapat terbungkus oleh sebuah glikoprotein atau
membran lipid, dan virus resisten terhadap antibiotik. Bentuk virus berbeda-beda ada yang :
bulat, batang polihidris, dan seperti huruf T. (suprobowati oki dwi & kurniati iis, 2018 “virologi”
kementrian kesehatan republic Indonesia).
Mereka tidak memiliki sistem metabolisme sendiri, melainkan bergantung pada mekanisme
sintetik sel inang yang hidup, di mana virus mengeksploitasi metabolisme sel normal dengan
mengirimkan informasi genetiknya sendiri, yaitu asam nukleat, ke dalam sel inang. Sel inang
menerima asam nukleat dan mulai menghasilkan komponen virus baru sesuai dengan informasi
genetik yang dikandungnya. Karena itu, orang mungkin menyebut virus sebagai "gen
pengembara". Virus menginfeksi bakteri (disebut bakteriofag), tumbuhan, hewan, dan manusia.
Halaman-halaman berikut terutama membahas virus patogen manusia.
(lihat Gambar 7.1). Tabel 7.1 mencantumkan karakteristik penting dari virus.

Ukuran, 25 nm (picornavirus) hingga 250! 350 nm (virus cacar). Daya pecahkan mikroskop
cahaya: 300 nm, bakteri: 500–5000 nm. Ukuran komparatif diilustrasikan pada Gambar 7.1.
Genom, DNA atau RNA. Asam nukleat beruntai ganda atau beruntai tunggal, bergantung pada
spesiesnya.
Struktur, Virus adalah kompleks yang terdiri dari protein berkode virus dan asam nukleat;
beberapa spesies virus membawa komponen berkode sel
(membran, tRNA).
Reproduksi, Hanya di sel hidup. Virus memasok informasi dalam bentuk asam nukleat dan
dalam beberapa kasus beberapa enzim; sel menyediakan enzim yang tersisa, peralatan sintesis
protein, bahan kimia pembangun, energi, dan kerangka struktural untuk langkah-langkah sintesis.
Antibiotik, Virus tidak terpengaruh oleh antibiotik, tetapi dapat dihambat oleh interferon dan
agen kemoterapi tertentu.

SIKLUS HIDUP VIRUS

Bakteriofaga (sederhananya faga) merupakan virus yang menginfeksi/ menyerang bakteri. Virus
ini sering digunakan oleh para ilmuwan untuk penelaahan lebih mendalam tentang virus. Virus
fage mudah ditumbuhkan pada bakteri (inang). Virus yang hidup pada bakteri tersebut mudah
dipelihara dengan kondisi yang dapat dikendalikan seperti waktu, kerja, dan ruangan yang relatif
sedikit dibandingkan dengan pemeliharaan inang berupa tumbuhan dan hewan. Oleh karena
itulah, bakteriofaga menjadi perhatian yang besar untuk penelitian virus. (Jawetz, 2013)

Faga bereplikasi dalam dua kemungkinan yaitu profaga pathway dan lytic pathway.Pada profaga
pathway, genom faga kan berintegrasi pada kromosom bakteri dan akan terus disana dan
membelah sejalan dengan pembelahan kromosom bakteri. Sedangkan pada lytic pathway, genom
faga tidak berintegrasi pada kromosom bakteri tetapi membelah dalam sitoplasma, bertranskripsi
dan bertranslasi dan membentuk virion baru yang mengakibatkan sel bakteri menjadi lisis
(anonim, 2017)

Bakteriofaga bereproduksi pada gambar berikut:

Litik atau virulen, bila fage litik menginfeksi sel dan sel tersebut memberikan tanggapan dengan
cara menghasilkan virus-virus baru dalam jumlah yang besar, yaitu pada masa akhir inkubasi.
Sel ini akan pecah atau mengalami lisis yang akan melepaskan fage-fage baru untuk menginfeksi
sel-sel inangnya.
 1. Fase absorbsi
2. Fase injeksi

Daur Lisogenik Pada daur ini juga mengalami fase yang sama dengan daur litik, yaitu melalui
fase adsorbsi dan fase injeksi. Selanjutnya, akan mengalami fase-fase berikut.

1. Fase penggabungan
2. Fase pembelahan
3. Fase sintesis
4. Fase perakitan
5. Fase litik

Semua fagaharus melakukan serangkaian reaksi tertentu untuk membuat lebih banyak dari diri mereka
sendiri. Pertama, fagaharus bisa mengenali bakteri yang bisa berkembang biak mengikat permukaan sel
bakteri. Selanjutnya, fagaharus menyuntikkan genomnya dan Genom harus dilindungi dari nuklease
bakteri di sitoplasma. Faga Genom harus direplikasi, ditranskripsi, dan diterjemahkan sehingga sejumlah
besar genom, protein kapsid, dan protein ekor, jika ada, diproduksi pada saat yang sama atau hampir
bersamaan. Partikel fagalengkap kemudian dirakit dan faganya Harus keluar dari bakteri. Fagayang
berbeda menggunakan strategi yang berbeda untuk dibawa masing reaksi ini.

Siklus hidup faga, Adsorbsi, Faga mengidentifikasi bakteri inang dengan mengikat atau
mengadsorpsi ke struktur spesifik pada permukaan sel. Banyak struktur sel permukaan yang berbeda
dapat digunakan sebagai tempat pengikatan. Dasar-dasar adsorpsi adalah bahwa struktur spesifik pada
permukaan fagaberinteraksi dengan struktur spesifik pada permukaan bakteri. Saya terikat pada
membranefrin luar yang disebut LamB melalui protein yang berada di ujung ekor l yang disebut Jprotein.
LamB biasanya berfungsi dalam pengikatan dan pengambilan gula maltosa dan maltodekstrin.

Injeksi DNA, Awalnya, Faga mengikat LamB dan ikatannya dapat dibalik. Langkah ini hanya
membutuhkan protein ltail dan LamB. Selanjutnya, fagaterikat mengalami perubahan dan pengikatan ke
LamB menjadi tidak dapat diubah. Sifat perubahan itu tidak diketahui tapi mewajibkan kepala
fagamenempel pada ekor faga. Selanjutnya DNA saya dikeluarkan dari pepatah dan diambil oleh bakteri.
DNA di kepala fagasangat kencang. Jika keadaan kental DNA fagadistabilkan, pengulangan DNA tidak
terjadi. Penambahan molekul bermuatan positif kecil seperti putrescineto fagamenangkal DNA
bermuatan negatif dan menstabilkan DNA di kepala paha. Ini menyiratkan bahwa pengikatan DNA yang
ketat digunakan untuk membantu mengeluarkan DNA dari partikel fag. Ketika l DNA dimasukkan ke
dalam kapsid, satu ujung diketahui akhir kiri dimasukkan terlebih dahulu. Ketika DNA saya keluar dari
kepala fag, hak kanan keluar lebih dulu. Tidak seperti faga T4 (lihat di bawah), tidak ada perubahan
dalam struktur ekor l terlihat.

KLASIFIKASI VIRUS

1 dna

klasifikasi virus yang akan kita sajikan dalam 2 topik, yaitu virus DNA (tingkat klasifikasi virus, dasar
klasifikasi secara taksonomi, dan struktur virus) dan virus RNA (tingkat klasifikasi virus, dasar klasifikasi
secara taksonomi, struktur virus). Kita masih ingat bahwa pada topik yang lalu sebagai patokan dasar
penting yang digunakan untuk melakukan klasifikasi virus adalah ciri morfologi dan sifat-sifat biokimiawi.
Sedangkan ciri-ciri khusus, yaitu jenis asam nukleatnya, RNA atau DNA, ukuran dan bentuk virus, berat
molekul asam nukleat, susunan simetri nukleokapsid, ada tidaknya selubung (amplop) pembungkus
nukleo kapsid, jumlah kapsomer kapsid, ukuran virion, adanya enzim spesifik, lokasi tempat
terbentuknya virus dalam sel, daya tahan virus terhadap bahan kimia, misalnya eter, pengaruh
perubahan fisika terhadap virus, sifat imunologik, cara penularan secara alami, hospes atau inang,
jaringan, dan sel yang sering diserang virus, sifat patologik virusterhadap sel atau jaringan hospes, gejala
klinis yang ditimbulkan virus terhadap hospes. (Soedarto,2010).

Jumlah informasi yang tersedia untuk masing-masing kategori tidak sama untuk semua virus. Cara
mengkarakterisasi virus senantiasa berubah dengan cepat. Penentuan sekuens genom saat ini sering
dilakukan secara dini untuk mengidentifikasi virus (Jawet, 2014). Untuk saat ini, klasifikasi virus yang
penting hanya dari tingkat famili ke bawah. Semua famili virus memiliki akhiran viridae, misal :
Poxviridae, Herpesviridae, Parvoviridae, dan Retroviridae. Anggota-anggota famili Picornaviridae
umumnya ditularkan melalui jalur fekal/oral dan melalui udara. Genus memiliki nama dengan akhiran
virus. Misalnya : famili Picornaviridae terdiri dari 5 genus. Definisi “spesies” merupakan hal yang paling
penting, tetapi sulit dilakukan untuk virus. Penentuan spesies virus mengandung unsur subyektif.
Misalnya genus Lentivirus terdiri dari banyak spesies yang berbeda (Kuswiyanto,2016).

DASAR KLASIFIKASI SECARA TAKSONOMI Sifat-sifat berikut yang disusun berdasarkan kepentingan telah
digunakan sebagai dasar untuk klasifikasi virus menurut (Soedarto, 2010) yaitu :

1. Jenis asam nukleat DNA, beruntai tunggal atau berutai ganda.

2. Ukuran dan morfologi, termasuk jenis simetri, jumlah kapsomer dan ada atau tidaknya selaput.
3. Kerentanan terhadap pengaruh fisik dan kimia, terutama eter.

4. Adanya enzim khusus, terutama polimerase DNA yang berhubungan dengan replikasi genom dan
neuraminidase yang diperlukan untuk pelepasan patikelpartikel virus tertentu (influenza) dari sel tempat
virus dibentuk.

5. Sifat-sifat imunologik.

6. Metode penularan alami.

7. Inang, jaringan dan tropisme sel.

8. Sifat patologik virus terhadap sel atau jaringan hospes

9. Gejala klinik yang ditimbulkan virus terhadap hospes

virus DNA adalah virus yang memiliki DNA sebagai materi genetic dan bergantung pada DNA untuk
mereplika diri, menggunakan DNA polymerase sebagai DNAdependent. Asamnukleat yang dimiliki
biasanya DNA beruntai ganda (dsDNA atau double stranted-DNA) tetapi bisa juga DNA beruntai tunggal
(ssDNA atau single stranted-DNA). Virus DNA memiliki Kelompok I atau Kelompok II dari system
klasifikasi Baltimore untuk virus. Virus DNA beruntai tunggal bias anya berkembang menjadi rantai
ganda saat terdampar di sel yang terinfeksi.

Kelompok I : virus dsDNA (virus DNA beruntai ganda) 1. Ordo Caudovirales Famili Myoviridae
(termasuk fag T4 Enterobacteria),Famili Podoviridae, Famili Siphoviridae(termasuk fag λ Enterobacteria)
2. Ordo Herpesvirales Famili Alloherpesviridae, Famili Herpesviridae (termasuk virus herpes manusia),
virus Varicella Zoster, Famili Malacoherpesviridae 3. Famili yang belum ditandai Famili Ascoviridae,
Famili Adenoviridae (termasuk virus yang menyebabkan infeksi adenovirus manusia), Famili Asfarviridae
(termasuk virus demam babi Afrika),Famili Baculoviridae, Famili Coccolithoviridae, Famili Corticoviridae,
Famili Fuselloviridae, Famili Guttaviridae, Famili Iridoviridae, Famili Lipothrixviridae, Famili Mimiviridae,
Famili Nimaviridae, Famili Papillomaviridae, Famili Phycodnaviridae, Famili Plasmaviridae, Famili
Polyomaviridae (termasuk Simian virus 40, virus JC), Famili Poxviridae (termasuk cacar sapi virus,
cacar),Famili Rudiviridae, Famili Tectiviridae 4. Genera yang belum bertanda Ampullavirus, Nudivirus,
Salterprovirus, Sputnik virophage, Rhizidiovirus

Kelompok II: virus ssDNA (virus DNAberuntai tunggal) 1. Famili bakteriofage yang belum bertanda Famili
Inoviridae, Famili Microviridae 2. Famili yang belum bertanda Famili Anelloviridae, Famili Circoviridae,
Famili Geminiviridae, Famili Nanoviridae, Famili Parvoviridae (termasuk Parvovirus B19) V  Virologi 46
Sesuai dengan namanya, virus DNA hanya memiliki asam deoksiribonukleat. Familifamili yang termasuk
dalam golongan virus DNA ini adalah Parvoviridae, Papovaviridae, Adenoviridae, Herpetoviridae,
Iridoviridae, Poxviridae, dan Hepadnaviridae (Soedarto, 2010).

TINGKAT KLASIFIKASI VIRUS

Famili Virus DNA

1. Famili : Poxviridae (Poxvirus) a. Subfamili : Chordopoxvirinae(virus cacar vertebrata) Genus : 

Orthopoxvirus (subkelompok virusvaccinia) :Virus cacar yang menyerang padasapi, unta, mencit, kelinci,
dan kera.  Parapoxvirus (subkelompok virus orf) : Virus dermatitis, cacar semu, dan stomatitis papula
sapi.  Avipoxvirus (subkelompok virus cacar unggas): Virus cacar yang khusus pada unggas. 
Capripoxvirus (subkelompok virus cacar domba) : Virus penyebab cacar pada domba, kambing, dan
penyakit kulit bebenjol pada sapi.  Leporipoxvirus (subkelompok virus myxoma) : Virus myxoma dan
fibroma pada kelinci.  Suipoxvirus (subkelompok virus cacar babi).  Moluscipoxvirus (subkelompok
virus molusca).  Yabapoxvirus (subkelompok virus cacar yaba/ tana dan monyet). b. Subfamili :
Entomopoxvirinae (virus cacar serangga).

2. Famili : Iridoviridae(Icosahedral Cytoplasmic Deoxyvirus) Genus :  Ranavirus (virus kodok) 

Lymphocystivirus (virus limfosistis ikan)  Virus African Swine Fever (belum jelas masuk famili mana)

3. Famili : Herpesviridae (Herpesviruses) a. Subfamili : Alphaherpevirinae (virus serupa-herpes simplex)

Genus :  Simplexvirus(virus serupa-herpes simplex)  Varicellovirus (virus serupa-varicella) b. Subfamili :
Bethaherpesvirinae (cytomegaloviruses) Genus :  Cytomegalovirus (cytomegalovirus manusia) 
Roseolovirus (virus herpes manusia) c. Subfamili : Gammaherpevirinae (virus lymphoproliferative) Genus
:  Lymphocryptovirus (virus Epstein-barr)  Rhadinovirus (herpesvirus ateline) 47 Virologi 

4. Famili : Hepadnaviridae (Hepatitis B-like viruses) Genus :  Orthohepadnavirus (virus serupa-hepatitis

B mamalia)  Avihepadnavirus (virus serupa-hepatitis B unggas)

5. Famili : Parvoviridae (Parvoviruses) Genus :  Parvovirus (parvovirus dari mamalia dan unggas) 
Dependovirus (virus terkait adeno)

6. Famili : Circoviridae (Ciroviruses)

2 rna
Golongan virus RNA hanya memiliki asam ribonukleat (ribonukleat acid). Dalam kelompok virus RNA
banyak dijumpai virus-virus yang dapat menimbulkan penyakit pada manusia. Famili-famili yang
termasuk virus-virus RNA adalah : Picornaviridae, Reoviridae, Togaviridae, Arenaviridae, Coronaviridae,
Retroviridae, Bunyaviridae, Orthomyxoviridae, Paramyxoviridae, Rhabdoviridae.

Coronaviridae

Coronavirus adalah virus dengan virion berselubung yang berbentuk pleomorfik atau sferis dengan
diameter 70-160 nm mengandung genom single stranded RNA yang positif dan tidak bersegmen.
Nukleokapsid virus ini berbentuk helikal, mempunyai ukuran garis tengah antara 11-13 nm.Terdapat 4
struktur protein utama pada Coronavirus yaitu : protein N (nukleokapsid), glikoprotein M (membran),
glikoprotein spike S (spike), protein E (selubung). Morfologi virusnya mirip Orthomyxovirus. Infeksi pada
manusia disebabkan oleh Human Coronavirus (HcoV) dan Human Enteric Corona Virus (HECV). Virus ini
dapat diisolasi dari saluran napas bagian atas dari penderita yang mengalami demam. Coronavirus
diduga sebagai penyebab penyakit SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome), selain itu pada manusia
dapat pula menyebabkan gangguan pada sistem pencernaan dan sistem saraf pusat. Contoh
penyakitnya adalah: SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome) Sindrom pernafasan akut yang
parah/Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) disebabkan oleh infeksi virus dan hadir dengan gejala-
gejala seperti flu (demam, sakit kepala, menggigil, dan sakit otot) dan kesulitan bernafas, yang
kadangkala menjadi parah. Infeksi tersebut bisa jadi fatal. SARS pertama kali dideteksi di Guangdong
propinsi Cina pada akhir 2002. Menjangkiti seluruh dunia hingga menghasilkan hampir 8.500 kasus di 29
negara termasuk Kanada dan Amerika Serikat, menjelang pertengahan 2003. Perjangkitan tersebut
menyebar ke beberapa negara disebabkan perjalanan internasional. Setelah perjangkitan pertama kali,
beberapa kasus terjadi di Asia (terutama Cina) pada akhir 2006 dan awal 2004. Pertengahan 2006, tidak
terdapat kasus yang dilaporkan dunia sejak 2004. Secara keseluruhan, sekitar 10% orang penderita SARS
meninggal meskipun resiko kematian bervariasi sesuai usia orang dan akses ke perawatan medis tingkat
lanjut. Orang yang berusia di atas 60 tahun lebih beresiko untuk meninggal.

Struktur Covid

Virus corona berbentuk bulat dengan diameter sekitar 125 nm seperti yang
digambarkan dalam penelitian menggunakan cryo-electron microscopy. Partikel
virus corona mengandung empat protein struktural utama, yaitu protein S
(spike protein) yang berbentuk seperti paku, protein M (membrane protein),
protein E (envelope protein), dan protein N (nucleocapside protein). Protein S
( ~150 kDa), protein M (~25–30 kDa), protein E (~8–12 kDa), sedangkan protein
N terdapat di dalam nukleokapsid.(Parwanto MLE, 2020)