PENJELASAN SLIDE 1

1. Merupakan judul sub pokok bahasan mengenai Metabolisme Mikroba (Bagian 3)

PENJELASAN SLIDE 2

Bagaimana nasib glukosa dalam proses respirasi sel?

Glukosa adalah senyawa yang menjadi substrat awal proses glikolisis (lihat kembali glikolisis
pada materi slide sebelumnya). Perhatikan reaksi kimia berikut yang tertera pada slide 2)

C6H12O6 + O2 6CO2 + 6H20 + ENERGY

Perhatikan apa makna dari O2, CO2 dan H20 dan energi? Ya, proses ini biasa kita sebut: respirasi
tapi yang lengkapnya adalah respirasi sel, kenapa? Sebab disitu ada oksigen yang mengoksidasi
senyawa karbon menjadi karbon yang tuntas yaitu CO2. Apakah reaksi kimia tersebut bisa
terjadi diluar sel, ya bisa. Coba bakar glukosa tentu dengan api, lihat apa yang anda saksikan,
disitu ada terbentuk gas dan juga air (meski tidak terlihat) dan energi (panas). Namun dalam
sel tidak akan terjadi seperti itu karena suhu terlalu tinggi (sudah pernah dibahas ini
sebelumnya). Produk akhir glikolisis sebagai senyawa kunci adalah asam piruvat yang nasibnya
nanti akan tergantung pada proses respirasi sel (ada tidaknya oksigen). Asam piruvat kemudian
masuk ke dalam proses berikutnya yaitu Siklus Krebs (Siklus asam sitrat) yang akan dibahas
pada slide berikutnya. Selanjutnya senyawa tersebut akan mengalami proses berikutnya yang
disebut Rantai Transpor Elektron. Nah oksigen sebagai senyawa yang ada pada reaksi kimia
diatas akan terpakai pada RTE tersebut, bukan pada glikolisis atau Siklus Krebs. Cermati pula
darimana oksigen ini berasal, apakah hasil reaksi kimia atau bukan!

PENJELASAN SLIDE 2 dan 3

SIKLUS KREBS

• Piruvat dioksidasi lebih lanjut menjadi CO2 melalui siklus asam sitrat yang
juga dikenal dengan istilah siklus asam trikarboksilat

• Piruvat tidak masuk secara langsung kedalam jalur ini, tetapi harus dilakukan
konversi lebih dulu menjadi asetil co-enzim A.

PERHATIKAN, darimana pula CO2 berasal?, ya akhir proses glikolisis sudah mulai dibentuk
senyawa ini. Perhatikan pula secara cermat siklus krebs, apa anda menemukan senyawa CO2?

Selain CO2 yang anda temukan, anda juga menemukan adanya pembentukan berbagai
senyawa seperti citrat, iso sitrat dan sebagainya. Satu hal yang anda jangan lewatkan adalah
senyawa yang kita diskusikan sebelumnya, oksidasi atau reduksi yaitu NADH, FADH2 dan GTP.
Kenapa senyawa ini terbentuk disini? Lihat kembali proses pelepas-ikatan H atau senyawa
lainnya. Tapi jangan anda anggap enteng senyawa ini? Kenapa, senyawa ini penting dalam
produksi ATP pada proses berikutnya. Anda boleh menganalogikan senyawa ini seperti jika
anda memarut kelapa untuk ambil santannya. Santan adalah produk utama, namun ada juga
terbentuk ampas kelapa, air kelapa, sabut kelapa dan tempurung kelapa (bisa dibuang atau
anda boleh manfaatkan), nah ampas inilah yang saya sebut analog dengan NADH, FADH dan
GTP.

PENJELASAN SLIDE 5

Perhatikan gambar ini? Saya yakin sekali kalau anda sudah paham gambar ini dan dimana
keberadaannya serta apa fungisnya. Ya gambar ini adalah potongan membran mitokondria.
Perhatikan crista (membran dalam) dengan segala balon-balon berwarna (ini bukan balon
betulan, iyakan), yang paling kanan ada gambar ATP sintase.

Kembali lihat di gambar itu ada senyawa yang kita bahas yaitu NADH, FADH (analogi ampas,
atau air kelapa pada siklus Krebs). Lihat juga H+ pada ruang antara membran luar dan
membran dalam, dari mana ion H ini? Ya, lihat kembali senyawa NADH, senyawa ini adalah
hasil dari proses reduksi NAD+ menjadi NADH. Nah….ketika terjadi proses oksidasi yang
difasilitasi oleh protein dalam membran dalam, maka ion H terlepas dari NADH. Ion ini berdifusi
keluar melalui membran, namun uniknya tidak bisa kembali masuk ke dalam membran dalam.
Makin lama semakin banyak terbentuk ion H yang membuatnya menjadi asam sehingga terjadi
kelandaian ion H yang terperangkap dalam ruang antar membran tersebut. Ajaibnya ion H ini
harus dikurangi dengan cara mendorong masuk ke dalam senyawa (enzim) ATP sintase. Nah…
aliran ion H ini menyebabkan terbentuknya ATP. Inilah yang disebut proton motive force (lihat
kembali materi pembentukan ATP melalui Posporilasi Oksidasi. Andai bisa dianalogikan, dengan
air yang mengalir (mirip ion H+) dari hulu sungai ke muara yang ada bendungannya. Air
mengalir memiliki energi potensil yang masih kecil, namun setelah melewati bendungan, air itu
jatuh menghasilkan energi kinetik yang tinggi. Energi ini akan memutar turbin (ATP sintase) lalu
energinya nanti menjadi energi lain seperti listrik yang kita gunakan dalam kehidupan sehari-
hari (ATP sel). Perhatikan pula bahwa ion H+ ada sebagian yang akan bereaksi dengan oksigen
(O2) menghasilkan air (H2O). Lagi-lagi anda harus cermati, apa sesungguhnya fungsi oksigen
itu? Ya oksigen bertindak sebagai penerima elektron terakhir (masih ingat kalau senyawa
menerima elektron? Reduksi atau oksidasi?) yaitu dari ion H itu sendiri menjadi air (H2O). Jika
lebih kritis lagi kenapa harus oksigen, apa bisa senyawa lain?

Simpulan dari slide ini adalah: NADH sebagai hasil sampingan (ampas kelapa, atau air kelapa)
ternyata berpotensi menghasilkan lebih banyak ATP. Kok sampah bisa berguna? Jika air kelapa
dibuat nata de coco, ternyata tidak sedikit uang yang masuk kantong dibanding jual santan.

PENJELASAN SLIDE 6
Slide 6 ini menjelaskan mekanisme seperti slide 5 tapi ini adalah membran pada bakteri (yang
tidak memiliki mitokondria). Perhatikan secara seksama, tidak ada bedanya dengan mekanisme
seperti yang dijelaskan di slide 5 diatas.

PENJELASAN SLIDE 7 dan 8

RESPIRASI AEROBIK, proses pemecahan glukosa menggunakan oksigen.

Aerobik sendiri bermakna aerasi (udara), itulah yang menjadi dasar dari proses respirasi sel ini
sehingga disebut; respirasi aerob. Meski udara bukan semuanya oksigen tapi pemaknaan ini
sudah lazim bahwa udara itu adalah sumber oksigen.

Untuk lebih detailnya perhatikan juga slide 8 berikut ini:

Seperti yang sudah dijelaskan diawal diskusi bahwa dalam respirasi aerobik, maka glukosa
diproses secara sempurna menjadi karbon dioksida dan air dengan adanya keterlibatan oksigen
dalam proses seperti diatas: glikolisis, siklus krebs dan rantai transpor elektron. Semua tahapan
menghasilan ATP.

PENJELASAN SLIDE 9 dan 10

FERMENTASI, Proses pemecahan glukosa tanpa melibatkan oksigen. Lalu melibatkan senyawa
apa kalau bukan oksigen? Kenapa tidak disebut saja respirasi anaerob? Atau samakah respirasi
anaerob dengan Fermentasi?

Mari kita simak gambar berikut ini:

Kita sudah paham pada penjelasan sebelumnya bahwa oksigen dibutuhkan pada Rantai
Transfer Elektron sebagai penerima elektron terakhir. Nah jika tidak ada oksigen, bagaimana
nasib asam piruvat yang terbentuk dari Glikolisis? Lihat jika tidak ada oksigen maka siklus Krebs
macet apalagi Rantai Transfer Elektron. Kenapa macet, ya karena tidak ada yang menerima
elektron jika tidak ada oksigen. Lalu bagaimana caranya sel memperoleh enegri (ATP) dalam
proses fermentasi, silakan simak slide berikutnya (Slide 11).

PENJELASAN SLIDE 11
Mekanisme Fermentasi

Perhatikan senyawa Glukosa, meski tidak ada oksigen maka glukosa tetap dipecah melalui
Glikolisis (masih ingat glikolisis tidak mensyaratkan adanya oksigen, iyakan). Hasil pemecahan
glukosa adalah senyawa ASAM PIRUVAT. Nah…disini nasib asam piruvat ditentukan oleh ada
atau tidaknya oksigen. Lihat tanda panah ke kiri (jika ada oksigen), maka sel akan meneruskan
asam piruvat ke dalam siklus Krebs (seperti yang telah disinggung sebelumnya) dan Rantai
Transpor Elektron. Nah…sekarang bagaimana jika sekiranya tidak oksigen (O2)? Lihat…sel
melakukan proses yang disebut FERMENTASI, yaitu mengubah asam piruvat menjadi asam
laktat atau etanol (bergantung jenis mikrobanya). Kalau kita lihat gambar (lihat kotak yang
ditengahnya tertulis Fermentasi), maka proses ini tidak menghasilkan ATP, lalu kenapa sel
memilih jalur ini. Jawabannya adalah, dalam proses ini meski sel tidak dapat ATP tapi proses ini
masih mampu menjalankan tugas pokok yaitu mengoksidasi NADH menjadi NAD +. Apa
untungkan proses oksidasi ini? Lihat, senyawa ini penting dalam proses glikolisis, nah jika NADH
tidak dioksidasi menjadi NAD+, maka sel akan kehabisan ATP karena untuk menjalankan
glikolisis diperlukan NAD+ (ingat glikolisis menghasilkan 2 ATP untuk tiap 1 molekul glukosa).
Itulah sebabnya ada yang mengatakan bahwa fermentasi itu tidak menghasilkan ATP.

PENJELASAN SLIDE 12
Caption ini menjelaskan proses fermentasi pada Otot dan Ragi

Perhatikan glikolisis (glukosa dipecah menjadi asam piruvat, namun tidak masuk siklus Krebs),
maka asam piruvat diubah menjadi senyawa etanol (ragi, khamir) atau laktat (otot atau bakteri
asam laktat)

PENJELASAN SLIDE 13

RESPIRASI ANAEROB, Yaitu Proses pemecahan glukosa tidak menggunakan OKSIGEN, tetapi
senyawa penerima elektron lain seperti S, N, P.

Nah…dari sini sudah jelas perbedaannya dengan fermentasi yang dibahas diatas. Jika dilihat
proses ini, maka bagaimana nasib Asam piruvat? Apakah tetap masuk ke Siklus Krebs dan
Rantai transpor elektron? Jawabnya ya, tetap masuk meski tidak ada oksigen. Ingat oksigen
adalah senyawa penerima elektron terakhir, apakah ada senyawa yang bisa bertindak sebagai
penerima elektron selain oksigen? Jawabnya ada, yaitu senyawa dari Sulfur, Nitrogen atau
Posfat. Inilah yang membedakannya antara respirasi anaerob dengan fermentasi. Masih ingat
senyawa apa yang bertindak sebagai akseptor elektron pada fermentasi?
Perhatikan gambar diatas tersebut, tampak bahwa ada oksidasi NADH menjadi NAD+, kira-kira
darimana asal senyawa ini?

Perhatikan bahwa rantai transpor elektron masih berfungi sebagai proses oksidasi senyawa
yang melibatkan protein pada membran selnya, namun yang dihasilkan bukan H2O tetapi N2O
karena yang bertindak sebagai akseptor elektronnya adalah senyawa dari N. Demikian pula jika
yang bertindak sebagai penerima elektronnya adalah Sulfur yang akan menghasilkan H2S dsb.

Nah…sudah jelaskan perbedaan antara respirasi anaerob dengan fermentasi.

PENJELASAN SLIDE 15

Selayang pandang tiga jalur utama katabolisme

Cermati gambar ini dan lihat ketiga proses yang sudah dijelaskan sebelumnya: respirasi aerob,
anaerob dan fermentasi. Lihat pula proses mana yang tidak jalan serta jumlah ATP yang
dihasilkan dari ketiga proses tersebut beserta senyawa sampingan yang dihasilkan.

PENJELASAN SLIDE 16

Ini adalah gambaran yang menganalogikan semua yang telah dijelaskan diatas mengenai cara
sel memenuhi kebutuhan akan energi (ATP). Jangan berharap analogi ini anda akan dapatkan
dalam buku-buku atau literatur manapun karena ini hanya analogi semata dari saya. Analogi ini
mungkin ada yang kurang cocok namun sebagai cara untuk menggambarkan atau
memvisualisasikan penjelasan kita tentang cara kerja sel memenuhi energinnya, maka itu ndak
masalah.
Perhatikan Gambar A. Kita analogikan bahwa air yang diambil di dalam sumur menggunakan
katrol merupakan gambaran proses glikolisis. Ketika air (analogikan dengan glukosa)
diciduk/diambil di dalam sumur menggunakan timba, maka hal pertama yang kita bayangkan
adalah keluarnya energi untuk menggerek katrol. Ini gambaran bahwa dalam proses awal
glikolisis ternyata langsung dipakai ATP (tahap investasi).

Gambar B. Di dalam rumah kita ada bak untuk menampung air. Jika kita ditanya apakah air di
dalam sumur bisa langsung masuk ke dalam bak tanpa ada usaha? Jawabnya bisa….jika tiba-
tiba ada Tsunami dari dalam sumur anda. Nah…air yang anda ciduk tadi, kemudian dibawa
masuk ke dalam rumah untuk mengisi bak. Ini artinya anda gunakan lagi energi untuk angkat
air, lihat tahap selanjutnya pada glikolisis yang menggunakan lagi ATP padahal belum ada
tahap yang menghasilkan ATP. Sekarang anda sudah memiliki banyak air dalam bak, bisa
digunakan untuk mandi, mencuci dsb artinya anda sudah mendapatkan keuntungan dari kerja
ini (ATP). Selanjutnya air yang anda sudah gunakan untuk mencuci atau mandi tentu mengalir
dan terbuang dan tidak dimanfaatkan lagi (lihat kembali analogi dari air atau ampas kelapa
NADH, FADH yang sebelumnya kita anggap sebagai hasil sampingan proses siklus Krebs).

Gambar C. Perhatikan bagaimana air yang terbuang percuma dan tidak bermanfaat, lalu dibuat
suatu saluran tertentu yang lebih sempit keluar rumah (ini analogi dari Rantai Transfer Elektron,
lihat kembali aliran elektron H+). Kekuatan air yang terbuang dari saluran air dimanfaatkan
untuk memutar kincir (analogi dari ATP sintase). Apa yang terjadi? Lihat gambar berikutnya.

Gambar D. Kincir yang terputar oleh aliran air, menyebabkan turbin menyala dan menghasilkan
energi yang luar biasa, seperti Pembangkit Listrik Tenaga Air (PLTA) yang menggunakan air
yang jatuh dari bendungan sebagai tenaga untuk menggerakkan turbin.

Lihat dari gambar diatas, bagian mana yang paling banyak menghasilkan energi? Tentu rantai
transfer elektron yang hanya menggunakan bahan baku dari hasil sampingan namun
menghasilkan banyak energi/ATP, silakan simak cerita nata de coco dari limbah air kelapa.
PERHATIKAN BAGAIMANA CERDIKNYA SEL MEMANFAATKAN POTENSI YANG DIMILIKI,
BAHKAN LIMBAH PUN DISULAP MENJADI PRODUK YANG SANGAT BERMANFAAT UNTUK
DIRINYA.

Setelah mempelajari dan menyimak diskusi diatas, maka bisa mengetahui kenapa mikroba
dibagi dalam beberapa kategori berdasarkan cara mendapatkan energinya.

PENJELASAN SLIDE 17, 18 dan 19

Kadang kita lihat ada mikroba yang mati karena ada atau tidaknya oksigen. Mikroba hidup jika
ada oksigen karena oksigen sebagai senyawa yang sangat penting untuk respirasinya. Ada juga
mikroba yang tidak mati meskipun tidak ada oksigen yaitu mikroba yang mampu melakukan
proses fermentasi atau respirasi anaerobik. Bahkan ada yang bersifat respirasi fakultatif
anaerobik yaitu lebih suka jika ada oksigen namun tidak mati jika tidak ada karena mampu
melakukan fermentasi, misalnya Saccahromyces sp.

Namun ada juga yang tidak menggunakan oksigen tapi mati oleh oksigen, nah yang ini beda
penjelasannya. Silakan simak slide lainnya, ternyata keberadaan oksigen mampu berinteraksi
dengan proses oksidasi-reduksi senyawa dalam sel sehingga menghasilkan oksigen radikal yang
beracun, misalnya: superoksida, radikal hidroksil, dan hidrogen peroksida. Namun mikroba
punya cara lain untuk mengatasinya seperti kehadiran enzim katalase yang mampu mengubah
hidrogen peroksida H2O2 menjadi senyawa yang tidak beracun.

Demikian sekilas penjelasan mengenai materi Metabolisme, semoga kalian dapat memahami
terutama aspek dasarnya. Tks