Pada tanggal 21 Mei 1998,Presiden Soeharto berhenti sebagai Presiden dan di gantikan B.J
Habibi,institunialisasi sistem presidensial pada era pemerintahan Habibie belum menyentuh aspek
implementasi sepenuhnye.Saat itu merupakan pemerintahan transisi yang sangat singkat untuk
melakukan institusionalisasi sebuah sistem.Namun,cikal bakal proses pemurnian sistem presidensial
sudah mulai muncul.Pemilu 1998yang di selenggarakan pada massa pemerintahan Habibie merupakan
salah satu tonggak proses purifikasi sistem presidensial di indonesia .
Purifikasi sistem presiden sial sepanjang Pemilu 1999 hingga Pemilu 2004,selama pemerintahan
Abdurahman Wahid dan pemerintahan Megawati Soekarnoputri ditandai dua perubahan
mendasr,pertama,penguatan fungsi cheks and balance semakin kuat bersamaan dengan terbukanya
“keran”demokrasi untuk mendirikan partai.Sistem multipartai mulai tumbuh bersama perjalanan sitem
presidensial fungsi dan kedudukan parlemen menjadi kuat di bandingkan pada massa Orde Baru,bahkan
parlemen cenderung lebih kuat dari pada eksekutif.