Anda di halaman 1dari 11

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

VIRTUAL SCREENING (VALIDASI METODA)

DISUSUN OLEH

Via Tria Hasyifa

3 FA 2 / 11161057

PROGRAM STUDI STRATA 1

SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG

TAHUN AJARAN 2018-2019


MODUL 9

Virtual Screening (Validasi Metoda)

A. TUJUAN
- Dapat melakukan preparasi senyawa aktif dan decoys
- Dapat melakukan validasi metode docking
- Dapat melakukan simulasi molecular docking menggunakan metode hasil validasi
- Dapat melakukan running senyawa aktif dan decoys
- Dapat melakukan pengaturan grid box
- Dapat melakukan analisis hasil dari nilai ROC
-
B. DASAR TEORI

Virtual Screening adalah suatu metode komputasi yang berguna dalam rangka mengurangi
jumlah senyawa kimia yang akan di identifikasi secara eksperimental dan dilakukan dalam
waktu yang cepat (Yadav dkk., 2013)

C. PERLENGKAPAN
Software : PyRx, serta situs http://stats.drugdesign.fr/

Bahan : Senyawa aktif G01 – G09, Decoys G01 – G09, Protein.pdbqt

D. PROSEDUR

Buat 1 folder yang berisi datasetaktif, datasetdecoys, dan protein.pdbqt

Lalu buka aplikasi PyRx

Klik edit  Preferences


Muncul seperti dibawah ini

pada kolom “workspace” diisi dengan nama folder tempat menyimpan file virtual screening
klik “OK”

Selanjutnya klik “file” pilih “Load molecule”

pilih “protein.pdbqt” didalam folder penyimpanan.

Maka muncul seperti dibawah ini


Lalu klik file  Load molecule  masukkan senyawa aktif G01 – G09 satu persatu  open

Lalu klik file  Load molecule  masukkan decoys G01 – G09 satu persatu  open

Klik kanan pada protein  autodock  make macromolecule

Klik kanan pada senyawa aktif G01  autodcok  make ligand

Lakukan hal yang sama seperti diatas untuk senyawa aktif G02 – G09 dan decoys G01 – G09

Setelah itu klik “start”


Blok semua senyawa aktif dan decoys lalu klik “protein.pdbqt” setelah itu cek dibagian kotak
dialog bawah untuk memastikan ligan yang di blok berjumlah 18 ligan  klik forward

Atur dimensi untuk kotak grid box jangan sampai ligannya diluar box  klik forward

Lalu tunggu proses running di vina wizard…

Setelah proses running selesai, maka didapatkan list nilai binding affinitynya.

Lalu buka notepad, masukkan nilai binding affinity tiap senyawa aktif dan decoys yang
pertama saja.
Urutkan nilainya dari yang terbesar (kalau nilainya minus, maka dari angka yang paling kecil)

Simpan list nilai binding affinity yang telah diurutkan tadi.

Lalu buka situs : http://stats.drugdesign.fr/ untuk mengetahui nilai ROC yang didapatkan.

Setelah situs dibuka, klik select file masukkan file nilai binding affinity yang telah
diurutkan tadi  klik generate charts and metrics

Ditunggu nilai ROC serta kurva nya muncul


Selain nilai ROC, disitus ini juga mencantumkan kurva ROC seperti gambar dibawah

E. HASIL PENGAMATAN

N KETERANGAN GAMBAR PENGAMATAN


O
1. Senyawa aktif dan
decoys yang diselubungi
dengan protein.pdbqt

2. Grid box yang


didalamnya terdapat
senyawa aktif dan decoys
tanpa diselubungi
protein.pdbqt

3. Grid box yang


didalamnya ada senyawa
aktif, decoys dan terdapat
pula protein.pdbqt.

4. Nilai binding Affinity,


dari setiap senyawa aktif
dan decoys ambil nilai
yang pertamanya saja
untuk di ujikan ke tahap
selanjutnya.
Senyawa aktif G01 = -7.6
Decoys G01 = -8.5
Dan seterusnya.
5. Nilai binding affinity
yang didapatkan,
kemudian diurutkan dari
yang terbesar

6. Didapati nilai ROC yaitu


sebesar 0.852 yang
artinya > 0.5
7. Kurva ROC yang
didapatkan dengan nilai
ROC 0.852

F. KESIMPULAN
Dalam percobaan virtual screening ini, menggunakan senyawa aktif G01-G09,
decoys G01-G09, dan protein.pdbqt menggunakan aplikasi PyRx. Setelah proses running,
didapati nilai binding affinity yang diambil yaitu -5.7 1; -6.1 1; -6.4 1; -6.4 1; -6.5 ; -6.6
1; -6.8 1; -7.0 0; -7.1 0; -7.6 1; -8.2 0; -8.5 0; -8.7 0; -8.9 1; -9.5 0; dan -10.1 0. Setelah
diurutkan dari yang terbesar, maka di lihat nilai ROC nya di situs
http://stats.drugdesign.fr/ Didapatilah nilai ROC nya yaitu 0.852 yang berarti bahwa
percobaan ini memberikan hasil yang valid karena nilai ROC yang didapat diatas 0.5