A. TUJUAN - Dapat melakukan preparasi senyawa aktif dan decoys - Dapat melakukan validasi metode docking - Dapat melakukan simulasi molecular docking menggunakan metode hasil validasi - Dapat melakukan running senyawa aktif dan decoys - Dapat melakukan pengaturan grid box - Dapat melakukan analisis hasil dari nilai ROC - B. DASAR TEORI
Virtual Screening adalah suatu metode komputasi yang berguna dalam rangka mengurangi jumlah senyawa kimia yang akan di identifikasi secara eksperimental dan dilakukan dalam waktu yang cepat (Yadav dkk., 2013)
C. PERLENGKAPAN Software : PyRx, serta situs http://stats.drugdesign.fr/
Bahan : Senyawa aktif G01 – G09, Decoys G01 – G09, Protein.pdbqt
D. PROSEDUR
Buat 1 folder yang berisi datasetaktif, datasetdecoys, dan protein.pdbqt
Lalu buka aplikasi PyRx
Klik edit Preferences
Muncul seperti dibawah ini
pada kolom “workspace” diisi dengan nama folder tempat menyimpan file virtual screening klik “OK”
Selanjutnya klik “file” pilih “Load molecule”
pilih “protein.pdbqt” didalam folder penyimpanan.
Maka muncul seperti dibawah ini
Lalu klik file Load molecule masukkan senyawa aktif G01 – G09 satu persatu open
Lalu klik file Load molecule masukkan decoys G01 – G09 satu persatu open
Klik kanan pada protein autodock make macromolecule
Klik kanan pada senyawa aktif G01 autodcok make ligand
Lakukan hal yang sama seperti diatas untuk senyawa aktif G02 – G09 dan decoys G01 – G09
Setelah itu klik “start”
Blok semua senyawa aktif dan decoys lalu klik “protein.pdbqt” setelah itu cek dibagian kotak dialog bawah untuk memastikan ligan yang di blok berjumlah 18 ligan klik forward
Atur dimensi untuk kotak grid box jangan sampai ligannya diluar box klik forward
Lalu tunggu proses running di vina wizard…
Setelah proses running selesai, maka didapatkan list nilai binding affinitynya.
Lalu buka notepad, masukkan nilai binding affinity tiap senyawa aktif dan decoys yang pertama saja. Urutkan nilainya dari yang terbesar (kalau nilainya minus, maka dari angka yang paling kecil)
Simpan list nilai binding affinity yang telah diurutkan tadi.
Lalu buka situs : http://stats.drugdesign.fr/ untuk mengetahui nilai ROC yang didapatkan.
Setelah situs dibuka, klik select file masukkan file nilai binding affinity yang telah diurutkan tadi klik generate charts and metrics
Ditunggu nilai ROC serta kurva nya muncul
Selain nilai ROC, disitus ini juga mencantumkan kurva ROC seperti gambar dibawah
E. HASIL PENGAMATAN
N KETERANGAN GAMBAR PENGAMATAN
O 1. Senyawa aktif dan decoys yang diselubungi dengan protein.pdbqt
2. Grid box yang
didalamnya terdapat senyawa aktif dan decoys tanpa diselubungi protein.pdbqt
3. Grid box yang
didalamnya ada senyawa aktif, decoys dan terdapat pula protein.pdbqt.
4. Nilai binding Affinity,
dari setiap senyawa aktif dan decoys ambil nilai yang pertamanya saja untuk di ujikan ke tahap selanjutnya. Senyawa aktif G01 = -7.6 Decoys G01 = -8.5 Dan seterusnya. 5. Nilai binding affinity yang didapatkan, kemudian diurutkan dari yang terbesar
6. Didapati nilai ROC yaitu
sebesar 0.852 yang artinya > 0.5 7. Kurva ROC yang didapatkan dengan nilai ROC 0.852
F. KESIMPULAN Dalam percobaan virtual screening ini, menggunakan senyawa aktif G01-G09, decoys G01-G09, dan protein.pdbqt menggunakan aplikasi PyRx. Setelah proses running, didapati nilai binding affinity yang diambil yaitu -5.7 1; -6.1 1; -6.4 1; -6.4 1; -6.5 ; -6.6 1; -6.8 1; -7.0 0; -7.1 0; -7.6 1; -8.2 0; -8.5 0; -8.7 0; -8.9 1; -9.5 0; dan -10.1 0. Setelah diurutkan dari yang terbesar, maka di lihat nilai ROC nya di situs http://stats.drugdesign.fr/ Didapatilah nilai ROC nya yaitu 0.852 yang berarti bahwa percobaan ini memberikan hasil yang valid karena nilai ROC yang didapat diatas 0.5
