Jelajahi eBook
Kategori
Jelajahi Buku audio
Kategori
Jelajahi Majalah
Kategori
Jelajahi Dokumen
Kategori
DISUSUN OLEH
3 FA 2 / 11161057
A. TUJUAN
- Dapat melakukan preparasi senyawa aktif dan decoys
- Dapat melakukan validasi metode docking
- Dapat melakukan simulasi molecular docking menggunakan metode hasil validasi
- Dapat melakukan running senyawa aktif dan decoys
- Dapat melakukan pengaturan grid box
- Dapat melakukan analisis hasil dari nilai ROC
-
B. DASAR TEORI
Virtual Screening adalah suatu metode komputasi yang berguna dalam rangka mengurangi
jumlah senyawa kimia yang akan di identifikasi secara eksperimental dan dilakukan dalam
waktu yang cepat (Yadav dkk., 2013)
C. PERLENGKAPAN
Software : PyRx, serta situs http://stats.drugdesign.fr/
D. PROSEDUR
pada kolom “workspace” diisi dengan nama folder tempat menyimpan file virtual screening
klik “OK”
Lalu klik file Load molecule masukkan decoys G01 – G09 satu persatu open
Lakukan hal yang sama seperti diatas untuk senyawa aktif G02 – G09 dan decoys G01 – G09
Atur dimensi untuk kotak grid box jangan sampai ligannya diluar box klik forward
Setelah proses running selesai, maka didapatkan list nilai binding affinitynya.
Lalu buka notepad, masukkan nilai binding affinity tiap senyawa aktif dan decoys yang
pertama saja.
Urutkan nilainya dari yang terbesar (kalau nilainya minus, maka dari angka yang paling kecil)
Lalu buka situs : http://stats.drugdesign.fr/ untuk mengetahui nilai ROC yang didapatkan.
Setelah situs dibuka, klik select file masukkan file nilai binding affinity yang telah
diurutkan tadi klik generate charts and metrics
E. HASIL PENGAMATAN
F. KESIMPULAN
Dalam percobaan virtual screening ini, menggunakan senyawa aktif G01-G09,
decoys G01-G09, dan protein.pdbqt menggunakan aplikasi PyRx. Setelah proses running,
didapati nilai binding affinity yang diambil yaitu -5.7 1; -6.1 1; -6.4 1; -6.4 1; -6.5 ; -6.6
1; -6.8 1; -7.0 0; -7.1 0; -7.6 1; -8.2 0; -8.5 0; -8.7 0; -8.9 1; -9.5 0; dan -10.1 0. Setelah
diurutkan dari yang terbesar, maka di lihat nilai ROC nya di situs
http://stats.drugdesign.fr/ Didapatilah nilai ROC nya yaitu 0.852 yang berarti bahwa
percobaan ini memberikan hasil yang valid karena nilai ROC yang didapat diatas 0.5