Prebiotikmadu&Np 5

KINERJA PERTUMBUHAN DAN KERAGAMAN MIKROBIOTA
SALURAN PENCERNAAN UDANG VANAME YANG DIBERI

PROBIOTIK Bacillus sp. NP5 DAN PREBIOTIK MADU
WAHID HASYIMI
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2020
PERNYATAAN MENGENAI TESIS DAN
SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA
Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul “Kinerja Pertumbuhan

dan Keragaman Mikrobiota Saluran Pencernaan Udang Vaname yang diberi
Probiotik Bacillus sp. NP5 dan Prebiotik Madu” adalah benar karya saya dengan
arahan dari komisi pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apapun kepada
perguruan tinggi manapun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya
yang diterbitkan maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam
teks dan dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir tesis ini.
Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut
Pertanian Bogor.
Bogor, Januari 2020
Wahid Hasyimi
C151170101
RINGKASAN
WAHID HASYIMI. Kinerja Pertumbuhan dan Keragaman Mikrobiota Saluran

Pencernaan Udang Vaname yang diberi Probiotik Bacillus sp. NP5 dan Prebiotik
Madu. Dibimbing oleh WIDANARNI dan MUNTI YUHANA.
Udang merupakan komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomis

tinggi di Indonesia. Peningkatan produksi udang khususnya udang vaname dapat
dilakukan dengan menerapkan sistem budidaya intensif. Penerapan sistem
budidaya intensif dengan menggunakan padat tebar tinggi untuk memenuhi
kebutuhan produksi udang memiliki dampak negatif seperti menurunnya kinerja
pertumbuhan dan meningkatnya resiko serangan penyakit. Salah satu upaya
alternatif dalam meningkatkan kinerja pertumbuhan dan penanggulangan penyakit
pada budidaya udang vaname dapat dilakukan dengan aplikasi probiotik,
prebiotik, dan sinbiotik. Beberapa penelitian melaporkan bahwa aplikasi
probiotik, prebiotik, dan sinbiotik mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan dan
respons imun udang vaname dari infeksi bakteri dan virus. Bacillus sp. NP5
sebagai probiotik, diketahui mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan ikan dan
udang, sedangkan madu sebagai prebiotik juga telah diketahui mampu
meningkatkan kinerja pertumbuhan udang vaname. Penelitian ini bertujuan untuk
mengevaluasi kinerja pertumbuhan dan keragaman mikrobiota saluran pencernaan
udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5, prebiotik madu, dan
sinbiotik.
Penelitian ini dilakukan selama 45 hari dengan desain penelitian
menggunakan rancangan acak lengkap yang terdiri dari empat perlakuan dan tiga
ulangan. Probiotik yang digunakan adalah Bacillus sp. NP5 koleksi dari
Laboratorium Kesehatan Organisme Akuatik, Departemen Budidaya Perairan,
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB. Prebiotik yang digunakan adalah
madu multiflora yang diperoleh dari pembudidaya lebah madu CV. Madu Apiari
Mutiara, Depok. Hewan uji yang digunakan adalah benur udang vaname stadia
pasca larva (PL) 13 yang berasal dari hatchery CV. Star Sea Rajabasa, Lampung
Selatan. Udang vaname yang digunakan sebelumnya diadaptasikan terlebih
dahulu selama 30 hari hingga mencapai ukuran 2.11±0.02 g. Udang vaname
dengan bobot awal 2.11±0.02 g, kemudian dipindahkan pada akuarium uji dengan
kepadatan 80 ekor m-2. Selama pemeliharaan, udang diberi pakan sesuai perlakuan
yaitu probiotik (1% (v/w) Bacillus sp. NP5 RfR), prebiotik (0.5% (v/w) madu),
sinbiotik (1% (v/w) Bacillus sp. NP5 RfR dan 0.5% (v/w) madu), dan kontrol
(tanpa penambahan probiotik dan prebiotik) secara at satiation dengan frekuensi
pemberian pakan lima kali sehari (06.00, 10.00, 14.00, 18.00, dan 22.00 WIB).
Pengelolaan kualitas air dilakukan dengan penyifonan dan pergantian air sebanyak
30 sampai 50% setiap hari sebelum pemberian pakan. Variabel pengamatan
meliputi kinerja pertumbuhan (laju pertumbuhan spesifik (LPS), rasio konversi
pakan (RKP), dan tingkat kelangsungan hidup (TKH), jumlah konsumsi pakan
(JKP), aktivitas enzim saluran pencernaan (amilase, protease, dan lipase), total
bakteri pada saluran pencernaan, serta keragaman mikrobiota saluran pencernaan.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa LPS pada udang vaname yang diberi
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki nilai lebih
tinggi (p<0.05) dibandingkan kontrol. Hasil yang sejalan diperoleh pada RKP
udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan
sinbiotik memiliki nilai lebih rendah (p<0.05) dibandingkan kontrol. Hasil terbaik
LPS, RKP ditemukan pada perlakuan prebiotik madu, dengan nilai masing-
masing sebesar 3.09±0.02 % hari-1 dan 1.45±0.00. JKP udang vaname yang diberi
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki nilai lebih
rendah (p<0.05) dibandingkan kontrol. Nilai JKP terendah adalah pada perlakuan
prebiotik madu dan sinbiotik, dengan masing-masing sebesar 136.83±0.26 g dan
136.61±0.10 g. Aktivitas enzim pencernaan pada perlakuan probiotik Bacillus sp.
NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki nilai yang lebih tinggi
dibandingkan kontrol. Perlakuan prebiotik madu memiliki nilai aktivitas enzim
pencernaan seperti aktivitas enzim amilase, protease, dan lipase tertinggi
dibandingkan kontrol. Peningkatan aktivitas enzim pencernaan selanjutnya terjadi
pada perlakuan sinbiotik yang diikuti dengan perlakuan probiotik Bacillus sp.
NP5 RfR.
Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik lebih tinggi (p<0.05)
dibandingkan kontrol, dengan nilai tertinggi pada perlakuan prebiotik madu
(5.65±0.06 Log CFU g-1) yang tidak berbeda nyata (p>0.05) dengan sinbiotik
(5.50±0.04 Log CFU g-1). Total bakteri Bacillus sp. NP5 RfR pada saluran
pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan
sinbiotik memiliki nilai masing-masing sebesar 4.06±0.15 Log CFU g-1 dan
4.26±0.35 Log CFU g-1, sedangkan perlakuan lainnya tidak ditemukan Bacillus
sp. NP5 RfR. Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname
menggunakan teknik next generation sequencing (NGS) menunjukkan bahwa
pemberian prebiotik madu didominasi oleh filum Bacteroidetes, sedangkan
pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, sinbiotik, dan kontrol didominasi oleh
filum Proteobacteria. Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu,
dan sinbiotik memiliki jumlah Operational Taxonomic Units (OTUs) dan nilai
index Shannon lebih tinggi dibandingkan kontrol. Jumlah OTUs pada perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, sinbiotik, dan kontrol memiliki
nilai masing-masing sebesar 470, 480, 451 dan 334 OTUs. Perlakuan probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki kelimpahan
mikrobiota level genus lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol. Perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR pada penelitian ini, mampu meningkatkan
keragaman mikrobiota dari genus Neptunomonas dan Sphingomonas. Perlakuan
prebiotik madu juga mampu meningkatkan kelimpahan genus Microbacterium,
Lactobacillus, dan Neptunomonas, sedangkan pada sinbiotik mampu
menstimulasi pertumbuhan genus Pseudoalteromonas dan Ruegeria. Mikrobiota
saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR,
prebiotik madu, dan sinbiotik merupakan mikrobiota yang telah dikenal sebagai
kandidat probiotik dalam akuakultur. Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR,
prebiotik madu, dan sinbiotik pada penelitian ini mampu menstimulasi
pertumbuhan mikrobiota saluran pencernaan udang vaname sehingga mampu
meningkatkan kinerja pertumbuhan dan aktivitas enzim pencernaan (amilase,
protease, dan lipase) dengan hasil terbaik pada perlakuan prebiotik madu 0.5%.
Kata kunci : madu, NGS, pertumbuhan, udang vaname

SUMMARY
WAHID HASYIMI. Growth Performance and Gastrointestinal Microbiota

Diversity of Pacific White Shrimp Fed by Bacillus sp. NP5 Probiotic and Honey
Prebiotic. Supervised by WIDANARNI and MUNTI YUHANA.
Shrimp is aquaculture commodity with high economical value in

Indonesia. Increased shrimp production, particularly Pacific white shrimp can be
done by applying intensive culture system. Intensive culture system with high
stocking density to fulfill shrimp production target has negative impact, namely
decreased growth performance and increased diseases attack risk. Alternative
efforts enhancing growth performance and disease management on Pacific white
shrimp culture can be performed through probiotic, prebiotic, and sinbiotic
applications. Several studies have reported that probiotic, prebiotic, and sinbiotic
applications are able to improve the growth performance and immune response of
Pacific white shrimp against bacterial and viral infections. Bacillus sp. NP5 as
probiotic is known to improve the growth performance of fish and shrimp, while
honey as prebiotic has also been known to improve the growth performance of
shrimp. The study aimed to evaluate the growth performance and intestinal
microbiota diversity of Pacific white shrimp after given Bacillus sp. NP5
probiotic, honey prebiotic, and sinbiotic.
This study was conducted for 45 days using completely randomized design
method containing four treatments and three replications. Probiotic used is
Bacillus sp. NP5 collected from Aquatic Organism Health laboratory, Department
of Aquaculture, Faculty of Fisheries and Marine Sciences, IPB University.
Prebiotic used was multiflora honey obtained from honey bee cultivation of CV.
Madu Apiari Mutiara, Depok. Pacific white shrimp at post larvae (PL) 13 stadia
derived from CV. Star Sea Rajabasa Hatchery, Lampung Selatan were used as
animal assay. Pacific white shrimp were previously adapted for 30 days until
reaching 2.11 ± 0.02 g weight. Pacific white shrimps were maintained in aquarium
with 15 shrimps per aquarium. During maintenance, shrimps were fed at satiation
based on the treatments given, namely probiotic (1% (v/w) Bacillus sp. NP5 RfR),
prebiotic (0.5% (v/w) honey), synbiotic (1% (v/w) Bacillus sp. NP5 Rf R and 0.5%
(v/w) honey), and control (without probiotic and prebiotic) with five times a day
(06.00, 10.00, 14.00, 18.00, and 22.00 GMT+7) feeding frequency. Water quality
management was performed by water sampling and exchange with 30% daily
before feeding. The observation variables included growth performance (specific
growth rate (SGR), feed conversion rate (FCR), survival rate (SR) and feeding
consumption, digestive enzyme activity (amylase, protease, and lipase), total
bacteria in gastrointestinal, and gastrointestinal microbiota diversity.
The results showed that SGR on Pacific white shrimp given Bacillus sp.
NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and synbiotic had higher value (p < 0.05) than
control. These results were in line with FCR which showed lower value (p<0.05)
after given Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and synbiotic than
control. The best results of SGR and FCR were found in honey prebiotic treatment
with 3.09 ± 0.02 % day-1 and 1.45 ± 0.00, respectively. feeding consumption of
vaname shrimp given Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and
synbiotic had lower values (p <0.05) than control. The lowest feeding
consumption values were honey prebiotic and synbiotic treatments with 136.83 ±
0.26 g and 136.61 ± 0.10 g, respectively. Digestive enzyme activity in the
treatment of Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and synbiotic have
higher values than control. Honey prebiotic treatment has the highest value of
digestive enzyme activity such as amylase, protease, and lipase activity compared
to control. The increased activity of digestive enzymes then occurs in synbiotic
treatment followed by Bacillus sp. NP5 RfR probiotic.
Total bacteria in gastrointestinal of Pacific white shrimp fed with Bacillus
sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and synbiotic were higher (p<0.05) than
the control with the highest value was obtained from honey prebiotic treatment
(5.65±0.06 Log CFU g-1) which was insignificantly different (p>0.05) from
synbiotic treatment (5.50±0.03 Log CFU g-1). Total Bacillus sp. NP5 RfR bacteria
in gastrointestinal of Pacific white shrimps given Bacillus sp. NP5 RfR probiotic
and synbiotic had respective value of 4.06±0.15 Log CFU g-1 and 4.26±0.35 Log
CFU g-1, while others treatment were not found Bacillus sp. NP5 RfR. Microbiota
diversity of Pacific white shrimp gastrointestinal observed with next generation
sequencing (NGS) technique indicated that gastrointestinal was dominated by
Bacteroidetes phylum after fed with honey prebiotic treatment, while Bacillus sp.
NP5 RfR probiotic, synbiotic, and control were dominated by Proteobacteria
phylum. Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and synbiotic treatment
had number of operational taxonomic units (OTUs) and Shannon index value
higher than control. The number of OTUs in the treatment of Bacillus sp. NP5 RfR
probiotic, honey prebiotic, synbiotic, and control with values of 470, 480, 451 and
334 OTUs, respectively. Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic, and
synbiotic treatment had microbiota genera level abundance higher than control.
Bacillus sp. NP5 RfR probiotic treatment in this study was able to improve the
microbiota diversity of Neptunomonas and Sphingomonas genus. Honey prebiotic
treatment was also able to increase the abundance of Microbacterium,
Lactobacillus, and Neptunomonas genus, whereas synbiotic was able to stimulate
the growth of Pseudoalteromonas and Ruegeria genus. The gastrointestinal
microbiota of Pacific white shrimp given Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey
prebiotic, and synbiotic are microbiota known as probiotic candidates in
aquaculture. The application of Bacillus sp. NP5 RfR probiotic, honey prebiotic,
and synbiotic in this study is able to stimulate microbiota gastrointestinal growth
of Pacific white shrimp, thus improving the growth performance with the best
results are obtained from 0.5% honey as prebiotic treatment.
Keywords: growth, honey, NGS, Pacific white shrimp

© Hak Cipta Milik IPB, Tahun 2020
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang mengutip sebagian atau seluruh karya tulis ini tanpa mencantumkan
atau menyebutkan sumbernya. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan,
penelitian, penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik, atau
tinjauan suatu masalah; dan pengutipan tersebut tidak merugikan kepentingan
IPB
Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh karya tulis ini
dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB
KINERJA PERTUMBUHAN DAN KERAGAMAN MIKROBIOTA
SALURAN PENCERNAAN UDANG VANAME YANG DIBERI
PROBIOTIK Bacillus sp. NP5 DAN PREBIOTIK MADU
WAHID HASYIMI
Tesis
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar
Magister Sains
pada
Program Studi Ilmu Akuakultur
SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2020
Penguji Luar Komisi pada Ujian Tesis: Dr Alimuddin, SPi MSc
PRAKATA
Puji dan syukur penulis ucapkan kepada Allah SWT atas segala karunia
dan rahmat-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penulisan tesis yang
berjudul “Kinerja Pertumbuhan dan Keragaman Mikrobiota Saluran Pencernaan
Udang Vaname yang diberi Probiotik Bacillus sp. NP5 dan Prebiotik Madu”
pada Program studi Ilmu Akuakultur, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian
Bogor.
Penulis mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah
membantu selama penelitian dan penulisan tesis ini, yakni kepada Ibu Prof Dr Ir
Widanarni, MSi dan Ibu Dr Munti Yuhana, SPi MSi selaku dosen pembimbing
atas segala bimbingan, pengarahan dan motivasi yang diberikan kepada penulis.
Terima kasih juga diucapkan kepada Bapak Dr Alimuddin, SPi MSc selaku
penguji luar komisi dan Ibu Dr Julie Ekasari, SPi MSc selaku perwakilan
Program Studi Ilmu Akuakultur. Selanjutnya ucapan terima kasih kepada
Ayahanda tercinta Zulkifli (alm.), Ibunda tercinta Nursetia, SPdSD, dan saudara
tersayang (Asnawi, AmdPer, Akhmad Syukri, dan M. Isnaini) yang terus berdoa
supaya tugas akhir ini cepat selesai. Selain itu penulis juga berterima kasih
kepada Dewi Rahmi SPi, Diana Purnamasari, SPi, Dian Novitasari, SPi, Dian
Eka Ramadhani, SPi MSi, Waode Munaeni, SPi MSi, Dendi Hidayatullah, SPi
MSi, Muhammad Subhan Hamka, SPi MSi, laboran LKI, teman-teman
mahasiswa S1 dan S2 LKI, serta mahasiswa Ilmu Akuakultur 2017 atas segala
bantuan, doa, dan dukungan yang telah diberikan. Semua pihak yang telah
membantu dalam penulisan karya ilmiah ini, yang tidak dapat disebutkan satu
persatu.
Semoga karya ilmiah ini bermanfaat bagi pembaca.
Bogor, Januari 2020
Wahid Hasyimi
DAFTAR ISI
DAFTAR TABEL xii

DAFTAR GAMBAR xii
DAFTAR LAMPIRAN xiii
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang 1
Rumusan Masalah 2
Tujuan Penelitian 3
Manfaat Penelitian 3
Hipotesis 3
2 METODE
Waktu dan Tempat 3
Materi Uji 3
Rancangan Penelitian 4
Prosedur Penelitian 4
Parameter Pengamatan 6
Analisis Data 8
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil 8
Pembahasan 14
4 SIMPULAN DAN SARAN 17
DAFTAR PUSTAKA 17
LAMPIRAN 23
RIWAYAT HIDUP 31
DAFTAR TABEL
1. Rancangan perlakuan pemberian probiotik, prebiotik, dan sinbiotik

pada udang vaname 4
2. Laju pertumbuhan spesifik (LPS), rasio konversi pakan (RKP), tingkat
kelangsungan hidup (TKH), dan jumlah konsumsi pakan (JKP) pada
udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan 9
3. Aktivitas enzim pencernaan pada udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik setelah 45 hari
pemeliharaan 9
4. Hasil analisis pyrosequencing dari komunitas mikrobiota saluran
pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR,
prebiotik madu, dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan 10
DAFTAR GAMBAR
1. Total bacterial count (TBC) dan total bakteri Bacillus sp. NP5 RfR (TB
NP5) pada saluran pencernaan udang vaname setelah 45 hari
pemeliharaan yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik),
prebiotik madu (prebiotik), dan sinbiotik. Huruf yang berbeda di atas
diagram batang dengan pola yang sama menunjukkan pengaruh
perlakuan berbeda nyata (Duncan, p<0.05) 10
2. Kurva rarefaction mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang
diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik), prebiotik madu
(prebiotik), dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan 11
3. Dendrogram UPGMA berdasarkan jarak unweighted unifrac pada
mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik), prebiotik madu (prebiotik), dan
sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan 11
4. Diagram Venn mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang
5. Kelimpahan relatif mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang
6. Kelimpahan mikrobiota pada level genus pada saluran pencernaan
udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik),
prebiotik madu (prebiotik), dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan 13
DAFTAR LAMPIRAN
1. Sertifikat specific pathogen free (SPF) benur udang vaname 24

2. Prosedur analisis aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname 26
3. Analisis statistik kinerja pertumbuhan udang vaname setelah pemberian
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik melalui
pakan pada akhir perlakuan 28
4. Analisis statistik total bacterial count dan total bakteri Bacillus sp. NP5
RfR pada saluran pencernaan udang vaname setelah pemberian Bacillus
sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik melalui pakan pada akhir
perlakuan 29
1
1 PENDAHULUAN
Latar Belakang
Udang merupakan komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomis

penting di Indonesia. FAO (2019) melaporkan bahwa Indonesia merupakan
produsen udang terbesar keempat setelah China, India, dan Vietnam dengan nilai
produksi pada tahun 2018 sebesar 315 000 sampai 355 000 ton. Kebutuhan
produksi yang tinggi menyebabkan pembudidaya meningkatkan produksi dengan
cara menerapkan sistem budidaya intensif. Menurut Paul dan Vogl (2011) sistem
budidaya intensif dapat menyebabkan penurunan kinerja pertumbuhan dan tingkat
kelangsungan hidup organisme budidaya akibat infeksi penyakit yang disebabkan
oleh bakteri maupun virus. Umumnya penyakit yang timbul dalam budidaya
udang vaname ditanggulangi dengan pemberian antibiotik. Penggunaan antibiotik
pada saat ini sudah banyak dilarang karena dampak negatif yang ditimbulkan
seperti resistansi patogen terhadap antibiotik yang diberikan, residu pada tubuh
inang, dan dampak negatif pada manusia (Zhang et al. 2014). Penggunaan
antibiotik pada saat ini telah dibatasi sehingga diperlukan alternatif lain,
diantaranya dengan aplikasi probiotik (Li et al. 2009). Probiotik merupakan
mikroorganisme hidup yang ditambahkan ke pakan untuk meningkatkan respons
imun, sistem pencernaan, dan kinerja pertumbuhan inang (Ringo et al. 2010). Saat
ini, berbagai probiotik yang sering digunakan dalam bidang akuakultur,
khususnya udang vaname adalah Bacillus sp. (Chai et al. 2016), Bacillus cereus
(Hao et al. 2014), Lactococus plantarum (Kongnum dan Hongpattarakere 2012;
Ramírez et al. 2013), Bacillus subtilis (Liu et al. 2010; Zokaeifar et al. 2012;
Interaminense et al. 2019), Bacillus aryabhattai (Tepaamorndech et al. 2018),
Vibrio alginolyticus (Nurhayati et al. 2015), Clostridium butyricum (Duan et al.
2018) dan Pediococcus acidilactici (Boonanuntanasarn et al. 2015). Penelitian ini
menggunakan probiotik Bacillus sp. NP5 yang diisolasi dari saluran pencernaan
ikan nila (Oreochromis sp.) (Putra dan Widanarni 2015), dan telah teruji mampu
meningkatkan kinerja pertumbuhan dan respons imun udang vaname terhadap
infeksi infectious myonecrosis virus (IMNV) (Widanarni et al. 2014).
Peran probiotik pada organisme akuakultur dapat ditingkatkan melalui
aplikasi prebiotik. Prebiotik merupakan bahan pangan yang tidak dapat dicerna
oleh inang namun dapat memberikan efek menguntungkan bagi inang dengan cara
merangsang aktivitas sejumlah bakteri di usus (Ringo et al. 2010). Beberapa hasil
penelitian menunjukkan bahwa prebiotik dapat meningkatkan pertumbuhan,
kelangsungan hidup, efisiensi pakan, komposisi mikrobiota dalam usus dan
meningkatkan sistem imunitas udang (Li et al. 2009; Zhang et al. 2012; Aktas et
al. 2014), maupun ikan (Merrifield et al. 2010; Ringo et al. 2010). Beberapa jenis
prebiotik yang telah diteliti dan diaplikasikan dalam akuakultur antara lain adalah
inulin (Ali et al. 2016; Li et al. 2018), isomaltooligosakarida (IMO) (Li et al.
2009; Ringo et al. 2010), fruktooligosakarida (FOS) (Hu et al. 2018), mannan
oligosakarida (MOS) (Zhang et al. 2012), galaktooligosakarida (GOS) (Nedaei et
al. 2018; Mustafa et al. 2019), fruktooligosakarida rantai pendek (scFOS)
(Guerreiro et al. 2016), xylo-oligosakarida (XOS), transgalactooligosaccharides
(TOS), dan arabinoxylooligosaccharides (AXOS) (Ringo et al. 2010). Prebiotik
2
yang digunakan dalam penelitian adalah madu yang memiliki kriteria sebagai
prebiotik dikarenakan tahan terhadap hidrolisis enzim percernaan dan asam
lambung, mampu mempengaruhi aktifitas fermentasi dan memiliki kemampuan
menstimulasi pertumbuhan bakteri secara selektif (Karimah et al. 2011). Madu
mengandung karbohidrat yang terdiri dari monosakarida, polisakarida (Landry et
al. 2016), dan oligosakarida (Karimah et al. 2011; Ruiz-Matute et al. 2010).
Oligosakarida yang terkandung dalam prebiotik madu adalah FOS, inulin, dan
GOS (Fuandila et al. 2019). Prebiotik madu telah teruji mampu meningkatkan
kinerja pertumbuhan, respons imun, dan resistansi udang vaname terhadap infeksi
Vibrio parahaemolyticus (Fuandila et al. 2019). Sinbiotik merupakan kombinasi
yang seimbang dari probiotik dan prebiotik (Huynh et al. 2017). Probiotik akan
berpengaruh langsung pada inang sedangkan prebiotik akan mendorong
pertumbuhan dan aktivitas bakteri probiotik maupun mikrobiota dalam saluran
pencernaan inang. Pemberian sinbiotik yang terdiri dari probiotik Bacillus OJ dan
prebiotik isomaltooligosakarida dapat meningkatkan populasi mikroba usus,
respons imun, dan resistansi udang vaname terhadap infeksi white spot syndrome
virus (WSSV) (Li et al. 2009).
Pemberian probiotik, prebiotik, dan sinbiotik telah dilaporkan dapat
meningkatkan populasi mikroba usus. Analisis mikrobiota saluran pencernaan
yang sering digunakan adalah teknik tradisional, clone libraries, dan denaturing
gradient gel electrophoresis (DGGE) berdasarkan sekuensing gen 16S rRNA
(Fakruddin dan Chowdhury 2012). Metode tersebut memiliki kelemahan yaitu
hasil yang diperoleh tidak dapat memberikan gambaran secara komprehensif
terhadap komunitas mikrobiota (Fakruddin dan Chowdhury 2012). Selain itu,
mikroorganisme yang dapat diidentifikasi dan ditumbuhkan pada media hanya
kurang dari 0.1% (Nayak 2010; Romero et al. 2014; Zhou et al. 2014; Ghanbari
et al. 2015) sehingga banyak bakteri lain yang tidak teridentifikasi. Analisis
menggunakan pyrosequencing merupakan platform dari teknik next generation
sequencing (NGS) memiliki kemampuan pembacaan pasang basa yang panjang
untuk beberapa sampel secara paralel yaitu sekitar 600 juta bacaan per 600 pasang
basa (Methé et al. 2012). Teknik NGS telah banyak digunakan untuk
mengkarakterisasi mikrobiota pada ikan (Ghanbari et al. 2015). Hingga saat ini,
penelitian tentang pengaruh pemberian Bacillus sp. NP5 sebagai probiotik, madu
sebagai prebiotik, dan kombinasi Bacillus sp. NP5 dan madu dalam meningkatkan
keragamaan mikrobiota saluran pencernan udang vaname dengan menggunakan
teknik NGS belum pernah dilakukan, sehingga hal tersebut mendorong peneliti
untuk melakukan penelitian ini.
Rumusan Masalah
Penerapan sistem budidaya intensif sering memiliki kendala yaitu

rendahnya kinerja pertumbuhan dan tingkat kelangsungan hidup organisme yang
dibudidayakan, akibat infeksi bakteri maupun virus. Alternatif untuk mengatasi
masalah tersebut dapat dilakukan dengan aplikasi probiotik, prebiotik, dan
sinbiotik. Probiotik telah banyak diteliti dan diaplikasikan dalam bidang
akuakultur yang diketahui mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan dan sistem
imun ikan maupun udang. Peran bakteri probiotik dapat ditingkatkan melalui
aplikasi prebiotik, dan pada beberapa penelitian menunjukkan apabila probiotik
3
dan prebiotik digabung dalam suatu produk tunggal (sinbiotik) maka manfaatnya
akan meningkat. Bacillus sp. NP5 sebagai probiotik, diketahui mampu
meningkatkan kinerja pertumbuhan ikan dan udang, sedangkan madu sebagai
prebiotik juga telah diketahui mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan udang
vaname. Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname dianalisis
menggunakan teknik NGS karena dapat memberikan gambaran secara
komprehensif tentang komunitas mikrobiota. Bacillus sp. NP5 sebagai probiotik
dan madu sebagai prebiotik serta gabungan keduanya diharapkan bisa
meningkatkan kinerja pertumbuhan dan meningkatkan komunitas mikrobiota
yang berada pada saluran pencernaan udang vaname.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja pertumbuhan dan

keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5, prebiotik madu dan sinbiotik.
Manfaat Penelitian
Manfaat yang diperoleh dari penelitian ini adalah dapat memberikan

pengetahuan dan informasi mengenai potensi probiotik Bacillus sp. NP5,
prebiotik madu dan sinbiotik dalam meningkatkan kinerja pertumbuhan dan
keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname.
Hipotesis
Hipotesis dalam penelitian ini adalah pemberian probiotik Bacillus sp. NP5,
prebiotik madu dan sinbiotik dapat meningkatkan kinerja pertumbuhan dan
keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname.
2 METODE
Waktu dan Tempat
Penelitian ini dilakukan pada bulan Desember 2018 sampai April 2019.
Penyiapan probiotik, prebiotik, sinbiotik, dan pemeliharaan udang vaname
dilakukan di Laboratorium Kesehatan Organisme Akuatik, Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan, IPB sedangkan untuk analisis keragaman mikrobiota saluran
pencernaan udang vaname dilakukan di PT. Genetika Science Indonesia.
Materi Uji
Hewan Uji yang digunakan untuk penelitian ini adalah udang vaname yang
berasal dari hatchery CV. Star Sea Rajabasa, Lampung Selatan dengan sertifikat
4
specific pathogen free (SPF) seperti disajikan pada Lampiran 1. Probiotik pada
penelitian ini menggunakan Bacillus sp. NP5 koleksi dari Laboratorium
Kesehatan Organisme Akuatik, Departemen Budidaya Perairan, Fakultas
Perikanan dan Ilmu Kelautan, IPB. Prebiotik yang digunakan adalah madu
multiflora yang diperoleh dari pembudidaya lebah madu CV. Madu Apiari
Mutiara, Depok.
Rancangan Penelitian
Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental menggunakan rancangan

acak lengkap (RAL) dengan 4 perlakuan dan 3 ulangan seperti disajikan pada
Tabel 1. Penambahan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR sebanyak 1% (v/w) pada
perlakuan probiotik dan sinbiotik mengacu Widanarni et al. (2014), sedangkan
penambahan prebiotik madu sebanyak 0.5% pada perlakuan prebiotik dan
sinbiotik dilakukan berdasarkan Fuandilla et al. (2019).
Tabel 1 Rancangan perlakuan pemberian probiotik, prebiotik, dan sinbiotik pada

udang vaname
Perlakuan Keterangan
Kontrol Pemberian pakan tanpa penambahan probiotik, prebiotik dan sinbiotik
Probiotik Pemberian pakan dengan penambahan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR
1% (v/w) (108 CFU mL-1)
Prebiotik Pemberian pakan dengan penambahan prebiotik madu 0.5% (v/w)
Sinbiotik Pemberian pakan dengan penambahan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR
1% (v/w) (108 CFU mL-1) dan prebiotik madu 0.5% (v/w)
Prosedur Penelitian
Persiapan wadah pemeliharaan dan udang vaname

Wadah yang digunakan untuk pemeliharaan selama perlakuan adalah
akuarium kaca berukuran 60×30×30 cm3 sebanyak 12 unit yang telah dicuci
dengan air tawar dan dikeringkan. Akuarium kemudian diisi air tawar dan
ditambahkan klorin dengan konsentrasi 10% sebanyak 30 μL L-1 dan dibiarkan
selama 24 jam. Akuarium selanjutnya dibilas dengan air tawar dan dikeringkan.
Akuarium kemudian dilapisi plastik hitam lalu diisi air laut sebanyak 27 L serta
dipasang aerasi. Hewan uji yang digunakan adalah benur udang vaname stadia
post larva (PL) 13. Hewan uji dipelihara pada bak fiber berukuran 200×100×40
cm3 dengan volume air sebesar 400 L untuk proses adaptasi dan pemeliharaan
awal hingga mencapai ukuran 2.11±0.02 g. Pada pemeliharaan awal, udang
diberikan pakan sebanyak 5 kali sehari yaitu pada pukul 06.00, 10.00, 14.00,
18.00, dan 22.00 WIB secara at satiation. Penyiponan dan pergantian air
sebanyak 30 sampai 50% dilakukan setiap hari sebelum diberikan pakan.
Persiapan bakteri probiotik

Persiapan bakteri probiotik dilakukan mengacu pada Munaeni et al. (2014).
Bakteri Bacillus sp. NP5 dikultur dan diberi rifampicin resistant marker (RfR)
5
sebagai penanda molekuler untuk memonitor keberadaan bakteri tersebut di

saluran pencernaan udang vaname. Bakteri Bacillus sp. NP5 RfR kemudian
dikultur kembali dalam media sea water complete (SWC) agar (17 g bacto agar,
5 g bacto peptone, 1 g yeast extract, 3 mL glycerol, 750 mL air laut, dan 250 mL
akuades) yang telah diberi antibiotik rifampisin 50 µg mL-1 pada suhu 29 oC
selama 24 jam. Kemudian dilakukan uji pewarnaan gram dan uji biokimia untuk
melihat karakteristik dari bakteri tersebut. Bakteri probiotik selanjutnya
diinokulasikan sebanyak satu ose ke dalam 25 mL media SWC broth dan
diinkubasi dalam waterbath shaker selama 24 jam pada suhu 29 oC dengan
kecepatan 140 rpm. Selanjutnya dilakukan penghitungan total plate count (TPC)
untuk mengetahui kepadatan bakteri mengacu pada Madigan et al. (2003).
Kepadatan bakteri yang digunakan adalah 108 CFU mL-1.
Persiapan pakan uji

Pakan yang digunakan adalah pakan komersial dengan kadar protein sebesar
42%. Proses persiapan pakan uji memiliki tiga tahap persiapan yaitu: tahap
pertama adalah persiapan pakan uji probiotik. Pakan uji probiotik dilakukan
mengacu pada metode Widanarni et al. (2014). Pakan uji probiotik disiapkan
dengan cara mencampurkan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dengan kepadatan
bakteri 108 CFU mL-1 sebanyak 1% (v/w) dari bobot pakan yang diberikan.
Putih telur kemudian ditambahkan ke pakan sebanyak 2% (v/w) dari bobot pakan.
Sebelum pakan dicampurkan dengan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, dilakukan
penimbangan pakan sesuai dengan biomassa udang vaname. Penambahan
probiotik dan putih telur dilakukan dengan cara disemprotkan ke pakan dan
diaduk rata. Pakan kemudian dikeringudarakan selama 30 menit pada suhu
ruangan. Kemudian pakan dimasukkan ke dalam kantong plastik dan disimpan
dalam lemari pendingin pada suhu 4 oC sampai saat akan digunakan. Sebelum
diberikan kepada udang vaname, dilakukan pengukuran viabilitas bakteri pada
pakan dengan menggunakan penghitungan TPC untuk mengetahui kepadatan
bakteri pada pakan yang mengacu pada Madigan et al. (2003). Kepadatan bakteri
pada pakan adalah 106 CFU mL-1.
Tahap kedua merupakan persiapan pakan uji prebiotik dengan mengikuti
metode Fuandila et al. (2019). Pakan uji prebiotik disiapkan dengan
mencampurkan prebiotik madu dengan konsentrasi 0.5% (v/w) yang sudah
diencerkan menggunakan phosphate buffered saline (PBS) dengan perbandingan
madu dan PBS adalah 1:1. Putih telur kemudian ditambahkan sebanyak 2% (v/w)
dari bobot pakan. Prebiotik madu dan dan putih telur ditambahkan dengan cara
disemprotkan ke pakan dan diaduk rata. Pakan kemudian dikeringudarakan
selama 30 menit pada suhu ruangan. Kemudian pakan dimasukkan ke dalam
kantong plastik dan disimpan dalam lemari pendingin pada suhu 4 oC sampai saat
akan digunakan.
Tahap selanjutnya adalah persiapan pakan sinbiotik. Pakan sinbiotik
disiapkan dengan mencampurkan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dengan
kepadatan 108 CFU mL-1 sebanyak 1% (v/w) dan prebiotik madu 0.5% (v/w)
pada pakan yang akan diberikan. Putih telur kemudian ditambahkan sebanyak 2%
(v/w) dari total pakan yang akan diberikan. Selanjutnya, pakan dikeringudarakan
terlebih dahulu selama ±30 menit pada suhu ruangan. Kemudian pakan
dimasukkan ke dalam kantong plastik dan disimpan dalam lemari pendingin
6
sampai saat akan digunakan. Tahap terakhir adalah persiapan pakan kontrol.
Pakan kontrol disiapkan dengan cara mencampurkan putih telur sebanyak 2% ke
dalam pakan. Selanjutnya, pakan dikeringudarakan terlebih dahulu selama 30
menit pada suhu ruangan. Kemudian pakan dimasukkan ke dalam kantong plastik
serta disimpan dalam lemari pendingin pada suhu 4 oC sampai saat akan
digunakan.
Pemeliharaan udang vaname

Udang vaname yang sudah mencapai ukuran 2.11±0.02 g, kemudian
dipelihara pada akuarium yang telah disiapkan dengan kepadatan 80 ekor m-2.
Udang vaname dipelihara selama 45 hari dan pemberian pakan dilakukan secara
at satiation. Frekuensi pemberian pakan yang dilakukan adalah sebanyak 5 kali
sehari (06.00, 10.00, 14.00, 18.00, dan 22.00 WIB) menggunakan pakan
perlakuan yang sudah disiapkan terlebih dahulu. Kualitas air dijaga dengan
penyiponan dan pergantian air sebanyak 30 sampai 50% setiap hari sebelum
pemberian pakan. Kualitas air selama masa pemeliharaan adalah suhu 28 sampai
29 oC, dissolved oxygen (DO) 5.7 sampai 6.8 mg L-1, pH 7.0 sampai 7.6,
alkalinitas 95 sampai 150 mg L-1 CaCO3, TAN 0.02 sampai 0.14 mg L-1, nitrit
0.23 sampai 0.88 mg L-1, nitrat 0.30 sampai 1.37 mg L-1 dan salinitas 20 sampai
25 g L-1.
Parameter Pengamatan
Laju pertumbuhan spesifik (LPS)

Laju pertumbuhan spesifik (LPS) udang vaname dihitung pada akhir
perlakuan menggunakan rumus dari Liu et al. (2019):
(Ln Wt -W0)
LPS = 100 ×
t
Keterangan :
LPS = Laju pertumbuhan spesifik (% hari-1)
W0 = Rata-rata bobot udang pada awal perlakuan (g)
Wt = Rata-rata bobot udang pada akhir perlakuan (g)
t = Lama pemeliharaan (hari)
Rasio konversi pakan (RKP)

Rasio konversi pakan (RKP) udang dihitung pada akhir perlakuan dengan
menggunakan rumus Liu et al. (2019):
F
RKP =
Bt + Bm - B0
Keterangan :
RKP = Rasio konversi pakan
F = Jumlah pakan yang diberikan selama perlakuan (g)
Bt = Biomassa udang pada saat akhir pelakuan (g)
Bm = Biomassa udang yang mati saat perlakuan (g)
B0 = Biomassa udang pada saat awal perlakuan (g)
7
Tingkat kelangsungan hidup (TKH)

Tingkat kelangsungan hidup (TKH) udang vaname dihitung pada akhir
perlakuan dengan menggunakan rumus Liu et al. (2019):
Jumlah udang pada akhir perlakuan (ekor)

TKH (%) = 100 ×
Jumlah udang pada awal perlakuan (ekor)
Jumlah konsumsi pakan (JKP)

Jumlah konsumsi pakan (JKP) pada udang vaname dihitung dengan cara
jumlah pakan awal dikurangkan dengan jumlah sisa pakan.
Aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname

Aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname meliputi aktivitas enzim
amilase, protease, dan lipase. Pengambilan sampel saluran pencernaan udang
vaname dilakukan pada akhir perlakuan. Saluran pencernaan udang vaname
diambil secara aseptik dan dimasukkan ke dalam botol sampel sebanyak 0.5 g dari
15 ekor udang vaname. Kemudian sampel disimpan dalam deep freezer pada suhu
-80 oC. Prosedur analisis aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname secara
lengkap disajikan pada Lampiran 2.
Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname

Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname dianalisis mengacu
pada metode perhitungan bakteri menurut Madigan et al. (2003) dengan
menggunakan metode TPC. Sebanyak 0.1 g dari 6 ekor udang vaname. Saluran
pencernaan udang vaname kemudian digerus dan dicampurkan dengan
menggunakan PBS sebanyak 0.9 mL. Selanjutnya diencerkan secara serial.
Setelah diencerkan, diambil sebanyak 0.05 mL dan dikultur dengan cara disebar
merata pada media SWC dan media SWC yang ditambahkan 50 μg mL-1
rifampisin. Kemudian diinkubasi pada suhu 29 oC selama 24 jam. Hasil populasi
bakteri yang tumbuh dapat dihitung dengan menggunakan rumus:
1 1
Total bakteri (CFU g-1) = Jumlah koloni × ×
Faktor pengencer Sampel (mL)
Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname

Analisis keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname
dilakukan pada akhir perlakuan dengan menggunakan teknik NGS. Analisis
parameter ini menggunakan jasa dari PT. Genetika Science Indonesia. Preparasi
sampel DNA dilakukan pada akhir perlakuan. Saluran pencernaan udang vaname
diambil secara aseptik dan dimasukkan ke dalam tube steril sebanyak 0.1 g dari 6
ekor udang vaname. Preparasi sampel dilakukan on ice menggunakan dry ice yang
kemudian disimpan dalam deep freezer pada suhu -80 oC. Tahap selanjutnya
adalah ekstraksi DNA sampel menggunakan metode CTAB. Konsentrasi hasil
ekstraksi DNA diukur menggunakan Nano Drop dengan minimal konsentrasi
genomic DNA sebesar 50 ng μL-1. Kemudian dilakukan Amplicon generation
menggunakan primer spesifik (338F dan 907R) dan Phusion® high-fidelity PCR
master mix (New England Bio labs). Selanjutnya dilakukan kuantifikasi dan
8
kualifikasi produk PCR yang menggunakan satu kali loading buffer dan SYBR
premix EXTaq super mix. Tahap akhir dari analisis keragaman mikrobiota saluran
pencernaan adalah pyrosequencing DNA sampel. Analisis dilakukan
menggunakan Sequencing DNA IonS5TMXL. Hasil pyrosequencing dari
komunitas mikrobiota saluran pencernaan udang vaname diubah menjadi raw
read dan disimpan di sequence read archive (SRA) dan NCBI.
Analisis Data
Analisis data dilakukan secara statistik dan deskriptif. Analisis statistik

dilakukan untuk data laju pertumbuhan spesifik, rasio konversi pakan, tingkat
kelangsungan hidup, jumlah konsumsi pakan, dan total bakteri pada saluran
pencernaan udang vaname. Data yang diperoleh ditabulasi menggunakan
microsoft excel 2016, kemudian dianalisis menggunakan ANOVA, jika terdapat
pengaruh maka dilakukan uji lanjut Duncan dengan selang kepercayaan 95%
menggunakan program SPSS versi 22. Analisis deskriptif dilakukan untuk data
dari aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname dan keragaman mikrobiota
saluran pencernaan udang vaname. Data aktivitas enzim saluran pencernaan
udang vaname yang diperoleh ditabulasi menggunakan microsoft excel 2016.
Analisis keragaman mikrobiota dilakukan menggunakan MEGAN dengan
alogartima Lowest Common Ancestor (LCA), Metagenomics RAST server (MG-
RAST), RDP Classifier versi 2.6, Qiime versi 1.7.0, algoritma UCHIME, Uparse
software, Mothur software, MUSCLE versi 3.8.31, dan R software versi 2.15.3.
3 HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil
Kinerja pertumbuhan udang vaname

Kinerja pertumbuhan udang vaname meliputi laju pertumbuhan spesifik
(LPS), rasio konversi pakan (RKP), tingkat kelangsungan hidup (TKH), dan
jumlah konsumsi pakan (JKP) setelah 45 hari pemeliharaan disajikan pada Tabel
2. LPS udang vaname yang diberi perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR,
prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki nilai yang lebih tinggi (p<0.05)
dibandingkan kontrol. LPS tertinggi diperoleh pada perlakuan prebiotik madu
(3.09±0.02) yang tidak berbeda nyata (p>0.05) dengan perlakuan sinbiotik
(3.04±0.03). RKP pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu,
dan sinbiotik lebih rendah (p<0.05) dibandingkan kontrol. RKP terendah
diperoleh pada perlakuan prebiotik madu, yang tidak berbeda nyata (p>0.05)
dengan perlakuan sinbiotik, namun berbeda nyata (p<0.05) dengan perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR. TKH udang vaname pada semua perlakuan adalah
100%. JKP pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan
sinbiotik memiliki nilai lebih rendah (p<0.05) dibandingkan kontrol. JKP terendah
diperoleh pada perlakuan prebiotik madu dan sinbiotik.
9
Tabel 2 Laju pertumbuhan spesifik (LPS), rasio konversi pakan (RKP), tingkat
kelangsungan hidup (TKH), dan jumlah konsumsi pakan (JKP) pada
udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan
Perlakuan
Parameter
Kontrol Probiotik Prebiotik Sinbiotik
LPS (% hari-1) 2.68±0.02a 3.03±0.02b 3.09±0.02c 3.04±0.03bc
RKP 2.15±0.03c 1.49±0.01b 1.45±0.00a 1.47±0.01ab
TKH (%) 100.00±0.00a 100.00±0.00a 100.00±0.00a 100.00±0.00a
JKP (g) 160.65±0.58c 137.85±0.50b 136.83±0.26a 136.61±0.10a
Keterangan: Angka-angka pada baris yang sama yang diikuti oleh huruf yang sama tidak berbeda
nyata pada taraf uji 5% (uji selang berganda Duncan). Probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik),
prebiotik madu (prebiotik)
Aktivitas enzim pencernaan udang vaname

Aktivitas enzim pencernaan meliputi aktivitas enzim amilase, protease,
dan lipase setelah 45 hari pemeliharaan disajikan pada Tabel 3. Pemberian
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik mampu
meningkatkan aktivitas enzim amilase, protease, dan lipase dibandingkan kontrol.
Perlakuan prebiotik madu memiliki nilai aktivitas enzim pencernaan seperti
aktivitas enzim amilase, protease, dan lipase tertinggi dibandingkan kontrol.
Peningkatan aktivitas enzim pencernaan selanjutnya terjadi pada perlakuan
sinbiotik yang diikuti dengan perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR.
Tabel 3 Aktivitas enzim pencernaan pada udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik setelah 45 hari
pemeliharaan
Perlakuan
Parameter
Aktivitas enzim amilase (UI g-1 protein) 0.941 1.336 1.388 1.241
Aktivitas enzim protease (UI g-1 protein) 0.009 0.014 0.055 0.024
-1
Aktivitas enzim lipase (UI g protein) 0.117 0.126 0.152 0.145
Keterangan: Probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik), prebiotik madu (prebiotik)
Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname

Pengamatan total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname setelah 45
hari pemeliharaan meliputi total bacterial count (TBC) dan total Bacillus sp. NP5
RfR disajikan pada Gambar 1. Total bakteri pada saluran pencernaan udang
vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
lebih tinggi (p<0.05) dibandingkan kontrol, dengan nilai tertinggi pada perlakuan
prebiotik madu (5.65±0.06 Log CFU g-1) yang tidak berbeda nyata (p>0.05)
dengan sinbiotik (5.50±0.03 Log CFU g-1). Total bakteri saluran pencernaan pada
perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan kontrol masing-masing sebesar 5.39
±0.09 Log CFU g-1 dan 4.43±0.16 Log CFU g-1. Total bakteri Bacillus sp. NP5
10
RfR pada saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp.
NP5 RfR dan sinbiotik memiliki nilai masing-masing sebesar 4.06±0.15 Log CFU
g-1 dan 4.26±0.35 Log CFU g-1, sedangkan perlakuan lainnya tidak ditemukan
Bacillus sp. NP5 RfR.
6.00 b c bc
Total bakteri (Log CFU g-1)
a b TBC
b
4.00 TB NP5
2.00
a a
0.00
Perlakuan
Gambar 1 Total bacterial count (TBC) dan total bakteri Bacillus sp. NP5 RfR (TB
NP5) pada saluran pencernaan udang vaname setelah 45 hari
pemeliharaan yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik),
prebiotik madu (prebiotik), dan sinbiotik. Huruf yang berbeda di atas
diagram batang dengan pola yang sama menunjukkan pengaruh
perlakuan berbeda nyata (Duncan, p<0.05)
Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname

Hasil analisis pyrosequencing dari komunitas mikrobiota saluran
pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, dan sinbiotik disajikan pada Tabel 4.
Tabel 4 Hasil analisis pyrosequencing dari komunitas mikrobiota saluran

pencernaan udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR,
prebiotik madu, dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan
Perlakuan Jumlah sekuens Jumlah OTUs Index Shannon
Kontrol 96012 385 2.657
Probiotik Bacillus sp. NP5 RfR 75679 470 2.757
Prebiotik madu 99183 501 2.783
Sinbiotik 116416 479 2.699
Keterangan: Operational taxonomic units (OTUs)
Kurva rarefaction menunjukkan nilai kelimpahan mikrobiota saluran

pencernaan udang vaname. Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, dan sinbiotik memiliki nilai kelimpahan mikrobiota yang lebih tinggi
dibandingkan kontrol (Gambar 2).
11
500
Kontrol
Total spesies yang diamati

400 Probiotik
Prebiotik
300 Sinbiotik
200
100
0
0 20000 40000 60000 80000
Total sekuens
Gambar 2 Kurva rarefaction mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

(prebiotik), dan sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan
Dendrogram unweighted pair group method with arithmetic mean
(UPGMA) menunjukkan tingkat kemiripan mikrobiota saluran pencernaan udang
vaname pada setiap perlakuan (Gambar 3). Perlakuan sinbiotik memiliki tingkat
kemiripan yang tinggi dengan kontrol, diikuti perlakuan probiotik Bacillus sp.
NP5 RfR, sedangkan perlakuan prebiotik madu memiliki tingkat kemiripan yang
paling rendah terhadap ketiga perlakuan lainnya.
Gambar 3 Dendrogram UPGMA berdasarkan jarak unweighted unifrac pada

mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang diberi probiotik
Bacillus sp. NP5 RfR (probiotik), prebiotik madu (prebiotik), dan
sinbiotik setelah 45 hari pemeliharaan
Jumlah OTUs mikrobiota yang mendominasi saluran pencernaan udang
vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
disajikan pada Gambar 4. Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, dan sinbiotik mampu memberikan total OTUs yang lebih tinggi
dibandingkan kontrol, masing-masing sebesar 470, 480, 451, dan 344 OTUs.
12
Jumlah OTUs tertinggi terdapat pada perlakuan prebiotik madu. Jumlah OTUs
yang hanya dimiliki oleh perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik
madu, sinbiotik, dan kontrol, masing-masing sebesar 30, 63, 36, dan 12 OTUs.
Gambar 4 Diagram Venn mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

Kelimpahan relatif mikrobiota saluran pencernaan udang vaname pada

setiap perlakuan disajikan pada Gambar 5.
60
Kontrol
50 Probiotik
Kelimpahan relatif (%)
Prebiotik
40 Sinbiotik
30
20
10
0
Proteobacteria Bacteroidetes Firmicutes Tenericutes Actinobacteria Others
Mikroflora dalam filum
Gambar 5 Kelimpahan relatif mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

Kelimpahan relatif pada level filum pada semua perlakuan didominasi oleh
5 filum yaitu Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Tenericutes, dan
13
Actinobacteria. Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, sinbiotik, dan kontrol
didominasi filum Proteobacteria, sedangkan perlakuan prebiotik madu didominasi
dari filum Bacteroidetes. Kelimpahan relatif filum Proteobacteria pada perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, sinbiotik, dan kontrol masing-
masing sebesar 56.80%, 35.91%, 58.00%, dan 52.19%. Kelimpahan relatif filum
Bacteroidetes pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu,
sinbiotik, dan kontrol masing-masing sebesar 30.12%, 54.40%, 34.42%, dan
39.27%.
Gambar 6 Kelimpahan mikrobiota pada level genus pada saluran pencernaan

udang vaname yang diberi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR
(probiotik), prebiotik madu (prebiotik), dan sinbiotik setelah 45 hari
pemeliharaan
Komposisi mikrobiota level genus pada perlakuan probiotik Bacillus sp.
NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik disajikan pada Gambar 6. Perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik memiliki
kelimpahan mikrobiota level genus lebih tinggi dibandingkan dengan kontrol.
Mikrobiota saluran pencernaan udang vaname pada perlakuan probiotik Bacillus
sp. NP5 RfR didominasi genus Nocardioides, Neptunomonas, Spongiimonas,
Desulfopila, Bryobacter, Lentzea, Photobacterium, Marinobacterium, Shimia,
Terasakiella, Tamlana, Fodinicola, Clostridium sensu stricto 1, Marinomonas,
Candidatus Bacilloplasma, dan Sphingomonas. Mikrobiota pada perlakuan
prebiotik madu didominasi oleh genus Microbacterium, Tessaracoccus,
Corynebacterium 1, unidentified Alteromonadales, Lactobacillus,
Stenotrophomonas, Nocardioides, Neptunomonas, Spongiimonas, Desulfopila,
Bryobacter, Lentzea, dan Arcobacter, sedangkan pada perlakuan sinbiotik
didominasi oleh genus Vibrio, Gordonia, Pseudoalteromonas, Paracoccus,
Mycobaterium, Dietzia, Exiguobacterium, Nocardia, Acinetobacter, dan
Ruegeria. Genus Bacillus tidak ditemukan pada semua perlakuan.
14
Pembahasan
Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
melalui pakan mampu meningkatkan laju pertumbuhan spesifik dan aktivitas
enzim saluran pencernaan udang vaname. Hal ini sejalan dengan hasil penelitian
yang dilakukan oleh Kewcharoen dan Srisapoome (2019) bahwa pemberian
probiotik Bacillus spp. mampu meningkatkan laju pertumbuhan spesifik pada
udang vaname. Selanjutnya, Fuandila et al. (2019) melaporkan bahwa pemberian
prebiotik madu pada udang vaname mampu memberikan nilai laju pertumbuhan
spesifik yang tinggi dibandingkan kontrol. Li et al. (2009) juga melaporkan
bahwa pemberian probiotik Bacillus OJ, prebiotik isomaltooligosakarida, dan
sinbiotik mampu meningkatkan laju pertumbuhan pada udang vaname. Huynh et
al. (2017) menyatakan bahwa penambahan probiotik atau prebiotik pada pakan
mampu meningkatkan aktivitas enzim pencernaan, keragaman mikrobiota saluran
pencernaan, mikrovilli usus, dan kemampuan penyerapan nutrien pada organisme
budidaya. Pemberian prebiotik madu pada penelitian ini mampu memberikan nilai
laju pertumbuhan spesifik dan aktivitas enzim pencernaan udang vaname paling
tinggi dibandingkan perlakuan lainnya. Ringo et al. (2010) menyatakan dengan
pemberian prebiotik pada inang mampu meningkatkan mikrobiota usus inang
sehingga meningkatkan aktivitas enzim pencernaan inang yang memberikan efek
positif pada kinerja pertumbuhan. Selanjutnya, Huynh et al. (2017) juga
menyatakan bahwa peningkatan aktivitas enzim akibat keragaman mikrobiota
saluran pencernaan pasca pemberian prebiotik dapat meningkatkan kinerja
pertumbuhan pada udang dan ikan.
Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
juga mampu menghasilkan nilai rasio konversi pakan dan jumlah konsumsi pakan
yang lebih rendah dibandingkan kontrol. Hal ini sejalan dengan hasil penelitian
yang dilakukan oleh Kewcharoen dan Srisapoome (2019) bahwa pemberian
probiotik Bacillus spp. memberikan nilai rasio konversi pakan yang rendah pada
udang vaname. Selanjutnya, Fuandila et al. (2019) melaporkan bahwa pemberian
prebiotik madu mampu memberikan nilai rasio konversi pakan yang rendah pada
udang vaname. Munaeni et al. (2014) juga melaporkan bahwa udang vaname
yang diberi mikrokapsul sinbiotik memiliki nilai rasio konversi pakan yang
rendah. Rendahnya nilai rasio konversi pakan pada penelitian ini diduga karena
peningkatan populasi dan keragaman mikrobiota di saluran pencernaan serta
aktivitas enzim pencernaan udang vaname yang lebih tinggi yang mampu
meningkatkan penyerapan nutrien dibandingkan kontrol. Hasil penelitian yang
dilakukan oleh Xie et al. (2019) menunjukkan bahwa pemberian kombinasi dari
probiotik Bacillus subtilis, Bacillus licheniformis, dan Lactobacillus sp. mampu
meningkatkan komposisi mikrobiota saluran pencernaan udang vaname sehingga
memberikan nilai konversi pakan yang rendah. Hu et al. (2018) juga menunjukkan
dengan pemberian prebiotik fruktooligosakarida mampu meningkatkan
mikrobiota saluran pencernaan sehingga memberikan efek positif terhadap kinerja
pertumbuhan udang vaname. Selanjutnya, hasil penelitian Munaeni et al. (2014)
menunjukkan bahwa pemberian mikrokapsul sinbiotik mampu meningkatkan total
bakteri pada saluran pencernaan sehingga memberikan nilai konversi pakan yang
lebih rendah pada udang vaname. Pemberian prebiotik madu pada penelitian ini
memberikan nilai konversi pakan paling rendah dibandingkan perlakuan lainnya,
15
diduga karena peningkatan mikrobiota pada saluran pencernaan menyebabkan

peningkatan penyerapan nutrien dan aktivitas enzim pencernaan pada udang
vaname yang diberikan prebiotik madu. Anguiano et al. (2012) menyatakan
bahwa penyerapan nutrien meningkat karena ada peningkatan aktivitas enzim dari
bakteri menguntungkan pada saluran pencernaan inang.
Hasil analisis mikrobiota pada saluran pencernaan udang vaname yang
diberi perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
menunjukkan bahwa ada lima filum mikrobiota yang dominan yaitu
Proteobacteria, Bacteroidetes, Firmicutes, Tenericutes, dan Actinobacteria.
Perlakuan prebiotik madu didominasi oleh filum Bacteroidetes, sedangkan pada
perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan sinbiotik didominasi oleh filum
Proteobacteria. Fan dan Li (2019) melaporkan bahwa udang vaname yang
memiliki pertumbuhan normal didominasi oleh filum Bacteroidetes dibandingkan
dengan udang vaname yang memiliki pertumbuhan lambat. Tingginya mikrobiota
dari filum Bacteroidetes pada saluran pencernaan udang vaname dengan
pemberian prebiotik madu, diduga menjadi penyebab tingginya kinerja
pertumbuhan pada udang vaname. Penelitian lain oleh Gilliland et al. (2012) juga
melaporkan bahwa sebagian besar spesies dari filum Bacteroidetes memiliki peran
dalam proses metabolisme tubuh inang. Pemberian prebiotik madu pada penelitian
ini mampu meningkatkan mikrobiota dari genus Microbacterium, Lactobacillus
dan Neptunomonas pada saluran pencernaan udang vaname. Penelitian Yang et al.
(2016) menyatakan bahwa Microbacterium sp. merupakan mikrobiota kandidat
probiotik yang mampu menghasilkan antimikroba dari xantho-oligosakarida.
Huynh et al. (2017) menyatakan bahwa dengan pemberian probiotik dari genus
Lactobacillus mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan dan respons imun pada
ikan dan udang. Kongnum dan Hongpattarakere (2012) menyatakan bahwa
probiotik Lactobacillus plantarum mampu meningkatkan kinerja pertumbuhan
dan tingkat kelangsungan hidup udang vaname yang terinfeksi Vibrio harveyi.
Selanjutnya, Kesarcodi-Watson et al. (2012b) melaporkan bahwa probiotik
Neptunomonas sp. mampu meningkatkan kelangsungan hidup larva Pecten
maximus yang terinfeksi Vibrio coralliilyticus dan Vibrio splendidus.
Pertumbuhan udang vaname pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan
sinbiotik yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan perlakuan prebiotik
madu, diduga karena perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan sinbiotik
meningkatkan jumlah bakteri dari filum Proteobacteria. Hal ini didukung oleh
Blandford et al. (2018) yang melaporkan bahwa mikrobiota dari filum
Proteobacteria didominasi oleh bakteri Gram negatif yang dapat menurunkan
kesehatan ikan dan udang. Wang et al. (2018b) menyatakan bahwa komunitas
mikrobiota dari filum Proteobacteria di saluran pencernaan udang vaname
mengalami peningkatan setelah terinfeksi WSSV. Peningkatan mikrobiota dari
filum Proteobacteria pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan sinbiotik
pada penelitian ini, diduga karena probiotik dan sinbiotik mampu memodulasi
pertumbuhan mikrobiota pada filum Proteobacteria. Hal ini sejalan dengan
penelitian yang dilakukan oleh Jaramillo-Torres et al. (2019) bahwa ikan salmon
yang diberi probiotik Pediococcus acidilactici mampu memodulasi dan
meningkatkan mikrobiota pada saluran pencernaan yang salah satunya adalah
mikrobiota dari filum Proteobacteria. Selanjutnya, Xia et al. (2019) menyatakan
16
dengan pemberian probiotik B. subtilis dan Bacillus cereus pada ikan nila mampu
meningkat komposisi mikrobiota dari filum Proteobacteria.
Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
memiliki nilai OTUs lebih tinggi dibandingkan kontrol. Hal ini sesuai dengan
penelitian yang dilakukan oleh Fan dan Li (2019) bahwa udang vaname yang
tumbuh normal memiliki nilai OTUs lebih tinggi dibandingkan udang vaname
yang tumbuh lambat. Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu,
dan sinbiotik memiliki kelimpahan mikrobiota level genus yang lebih tinggi
dibandingkan dengan perlakuan kontrol. Perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR
mampu meningkatkan keragaman mikrobiota dari genus Neptunomonas dan
Sphingomonas yang memiliki potensi sebagai kandidat probiotik. Penelitian
Kesarcodi-Watson et al. (2012a) melaporkan bahwa Neptunomonas sp.
merupakan mikrobiota kandidat probiotik yang dapat meningkatkan kelangsungan
hidup larva Perna canaliculus dan mampu menekan pertumbuhan Vibrio sp. serta
V. splendidus. Selanjutnya, hasil penelitian Yun et al. (2019) juga menunjukkan
bahwa probiotik Sphingomonas sp. yang diberikan pada lingkungan perairan
budidaya udang vaname mampu menekan pertumbuhan Vibrio spp.. Peningkatan
mikrobiota dari genus Neptunomonas dan Sphingomonas pada perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, diduga karena probiotik Bacillus sp. NP5 RfR
mampu memodulasi peningkatan komposisi mikrobiota dari genus Neptunomonas
dan Sphingomonas. Hal ini sejalan dengan penelitian yang dilakukan Xia et al.
(2019) bahwa pemberian probiotik B. subtilis dan B. cereus mampu meningkatkan
mikrobiota genus Plesiomonas, Cetobacterium, Phyllobacterium, dan Escherichia
Shigella pada saluran pencernaan ikan nila. Tingginya kinerja pertumbuhan pada
perlakuan sinbiotik juga diduga karena perlakuan sinbiotik mampu menstimulasi
pertumbuhan mikrobiota dari genus Pseudoalteromonas dan Ruegeria yang
berpotensi sebagai kandidat probiotik. Hal ini sesuai dengan penelitian dari
Fjellheim et al. (2010) yang menyatakan bahwa mikrobiota dari genus Ruegeria
merupakan mikrobiota probiotik yang mampu meningkatkan kelangsungan hidup
larva Gadus morhua yang terinfeksi Vibrio anguillarum. Wang et al. (2018a)
melaporkan bahwa pemberian probiotik Pseudoalteromonas spp. mampu
meningkatkan kelangsungan hidup udang vaname dan menekan pertumbuhan V.
parahaemolyticus. Selanjutnya, Hamsah et al. (2019) juga melaporkan bahwa
pemberian probiotik Pseudoalteromonas piscicida mampu meningkatkan respons
imun dan resistansi udang vaname terhadap infeksi V. harveyi. Pada perlakuan
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan sinbiotik pada penelitian ini tidak ditemukan
mikrobiota dari genus Bacillus, diduga karena kelimpahan mikrobiota dari genus
Bacillus pada saluran udang vaname lebih rendah dibandingkan dengan
mikrobiota yang mendominasi pada perlakuan probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan
sinbiotik. Hal ini sejalan dengan penelitian yang dilakukan oleh Xia et al. (2019)
bahwa mikrobiota yang mendominasi saluran pencernaan ikan nila setelah diberi
probiotik B. subtilis dan B. cereus adalah mikrobiota genus Plesiomonas,
Cetobacterium, Phyllobacterium, dan Escherichia Shigella, sedangkan probiotik
B. subtilis dan B. cereus memiliki kelimpahan sangat rendah pada saluran
pencernaan ikan nila. Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu,
dan sinbiotik pada penelitian ini diketahui mampu menstimulasi pertumbuhan
mikrobiota dari genus tertentu di saluran pencernaan udang vaname dan
berpotensi sebagai probiotik sehingga mampu meningkatkan aktivitas enzim,
17
kinerja pertumbuhan, menurunkan rasio konversi pakan, dan jumlah konsumsi

pakan.
4 SIMPULAN DAN SARAN
Simpulan
Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5, prebiotik madu, dan gabungan

keduanya (sinbiotik) melalui pakan dapat meningkatkan kinerja pertumbuhan dan
keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname dengan hasil terbaik
pada perlakuan prebiotik madu 0.5%.
Saran
Aplikasi probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
melalui pakan untuk pembesaran udang vaname disarankan menggunakan aplikasi
prebiotik madu. Aplikasi sinbiotik, perlu penelitian lebih lanjut terkait kombinasi
dosis probiotik Bacillus sp. NP5 RfR dan prebiotik madu yang tepat.
DAFTAR PUSTAKA
Aktas M, Ciger O, Genc E, Genc MA, Cavdar N. 2014. Effects of mannan

oligosaccharide and serotonin on molting, gowth, body composition and
hepatopancreas histology of white leg shrimp (Litopenaeus vannamei Boone
1931). Turkish Journal of Fisheries and Aquatic Sciences. 14: 205-211.
Ali SSR, Ambasankar K, Nandakumar S, Praveena PE, Syamadayal J. 2016.
Effect of dietary prebiotic inulin on growth, body composition and gut
microbiota of Asian seabass (Lates calcarifer). Animal Feed Science and
Technology. doi:10.1016/j.anifeedsci.2016.04.011.
Anguiano M, Pohlenz C, Buentello A, Gatlin DM. 2012. The effects of prebiotics
on the digestive enzymes and gut histomorphology of red drum (Sciaenops
ocellatus) and hybrid striped bass (Moronechrysops x M. saxatilis). British
Journal of Nutrition. 109(4): 623–629.
Bergmeyer HU, Grossi M, Walter HE. 1983. Samples, reagents, assessment of
results. Volume 2. Di dalam: Bergmeyer HU, editor. Methods of Enzymatic
Analysis 3rd edition. Michigan (US): Academic Press, The University of
Michigan. 274-275.
Blandford MI, Taylor-Brown A, Schlacher TA, Nowak B, Polkinghorne A. 2018.
Epitheliocystis in fish: An emerging aquaculture disease with a global
impact. Transboundary and Emerging Diseases. 65: 1436-1446.
Boonanuntanasarn S, Wongsasak U, Pitaksong T, Chaijamrus S. 2015. Effects of
dietary supplementation with β-glucan and synbiotics on growth,
haemolymph chemistry, and intestinal microbiota and morphology in the
Pacific white shrimp. Aquaculture Nutrition. 22(4): 837–845.
18
Borlongan IG. 1990. Studies on the lipases of milkfish (Chanos chanos).

Aquaculture. 89: 315–325.
Chai P-C, Song X-L, Chen G-F, Xu H, Huang J. 2016. Dietary supplementation
of probiotic Bacillus PC465 isolated from the gut of Fenneropenaeus
chinensis improves the health status and resistance of Litopenaeus vannamei
against white spot syndrome virus. Fish & Shellfish Immunology doi:
10.1016/j.fsi.2016.05.011.
Duan Y, Wang Y, Dong H, Zhang J-S. 2018. Changes in the intestine microbial,
digestive and immune-related genes of Litopenaeus vannamei in response to
dietary probiotic Clostridium butyricum supplementation. Frontiers in
Microbiology. 9: 2191. doi:10.3389/fmicb.2018.02191.
[FAO] Food and Agriculture Organization of the United Nations. 2019. Globefish
highlights a quarterly update on world seafood markets 2nd issue 2019.
Fisheries and Aquaculture Department. Roma (RM): FAO.
Fakruddin Md, Chowdhury A. 2012. Pyrosequencing-an alternative to traditional
Sanger sequencing. American Journal of Biochemistry and Biotechnology.
8(1): 14–20.
Fan L, Li QX. 2019. Characteristics of intestinal microbiota in the Pacific white
shrimp (Litopenaeus vannamei) differing growth performances in the
marine cultured environment. Aquaculture. 505: 450–461.
Fjellheim AJ, Klinkenberg G, Skjermo J, Aasen IM, Vadstein O. 2010. Selection
of candidate probionts by two different screening strategies from Atlantic
cod (Gadus morhua L.) larvae. Veterinary Microbiology. 144: 153-159.
Fuandila NN, Widanarni, Yuhana M. 2019. Growth performance and immune
response of prebiotic honey fed Pacific white shrimp (Litopenaeus
vannamei) to Vibrio parahaemolyticus infection. Journal of Applied
Aquaculture. doi:
10.1080/10454438.2019.1615593.
Ghanbari M, Kneifel W, Doming KJ. 2015. A new view of the fish gut
microbiome: advances from next-generation sequencing. Aquaculture. 448:
464–475.
Gilliland MG, Young VB, Huffnagle GB. 2012. Chapter 40 - Gastrointestinal
microbial ecology with perspectives on health and disease. Di dalam:
Johnson LR, Ghishan FK, Kaunitz JD, Merchant JL, Said HM, Wood JD,
editor. Physiology of the Gastrointestinal Tract (Fifth Edition). Boston
(US): Academic Press. 1119-1134.
Guerreiro I, Serra CR, Enes P, Couto A, Salvador A, Costas B, Oliva-Teles A.
2016. Effect of short chain fructooligosaccharides (scFOS) on
immunological status and gut microbiota of gilthead sea bream (Sparus
aurata) reared at two temperatures. Fish & Shellfish Immunology. 49: 122–
131.
Hamsah H, Widanarni W, Alimuddin A, Yuhana M, Junior MZ, Hidayatullah D.
2019. Immune response and resistance of Pacific white shrimp larvae
administered probiotic, prebiotic, and synbiotic through the bio-
encapsulation of Artemia sp. Aquaculture International.
doi:10.1007/s10499-019-00346-w.
Hao K, Liu J-Y, Ling F, Liu X-L, Lu L, Xia L, Wang G-X. 2014. Effects of
dietary administration of Shewanella haliotis D4, Bacillus cereus D7 and
19
Aeromonas bivalvium D15, single or combined, on the growth, innate

immunity and disease resistance of shrimp, Litopenaeus vannamei.
Aquaculture, 428-429: 141–149.
Hu X, Yang H-L, Yan Y-Y, Zhang C-X, Ye J-d, Lu K-L, Hu L-H, Zhang J-J,
Ruan L, Sun Y-Z. 2018. Effects of fructooligosaccharide on growth,
immunity and intestinal microbiota of shrimp (Litopenaeus vannamei) fed
diets with fish meal partially replaced by soybean meal. Aquaculture
Nutrition. 25: 194–204.
Huynh T-G, Shiu Y-L, Nguyen T-P, Truong Q-P, Chen J-C, Liu C-H. 2017.
Current applications, selection, and possible mechanisms of actions of
synbiotics in improving the growth and health status in aquaculture: A
review. Fish & Shellfish Immunology. 64: 367-382.
Interaminense JA, Vogeley JL, Gouveia CK, Portela RS, Oliveira JP, Silva
SMBC, Coimbra MRM, Peixoto SM, Soares RB, Buarque DS, Bezerra RS.
2019. Effects of dietary Bacillus subtilis and Shewanella algae in expression
profile of immune-related genes from hemolymph of Litopenaeus vannamei
challenged with Vibrio parahaemolyticus. Fish & Shellfish Immunology. 86:
253–259.
Jaramillo-Torres A, Rawling MD, Rodiles A, Mikalsen HE, Johansen L-H,
Tinsley J, Forberg T, Aasum E, Castex M, Merriﬁeld DL. 2019. Inﬂuence of
dietary supplementation of probiotic Pediococcus acidilactici MA18/5M
during the transition from freshwater to seawater on intestinal health and
microbiota of atlantic salmon (Salmo salar L.). Frontiers in Microbiology.
doi: 10.3389/fmicb.2019.02243.
Karimah U, Anggowo YN, Falah S, Suryani. 2011. Isolasi oligosakarida madu
lokal dan analisis aktivitas prebiotiknya. Jurnal Gizi dan Pangan. 6:217–
224.
Kesarcodi-Watson A, Kaspar H, Lategan MJ, Gibson L. 2012a. Performance of
single and multi-strain probiotics during hatchery production of
Greenshell™ mussel larvae, Perna canaliculus. Aquaculture. 354-355: 56–
63.
Kesarcodi-Watson A, Miner P, Nicolas J-L, Robert R. 2012b. Protective effect of
four potential probiotics against pathogen-challenge of the larvae of three
bivalves: Pacific oyster (Crassostrea gigas), flat oyster (Ostrea edulis) and
scallop (Pecten maximus). Aquaculture. 344-349: 29–34.
Kewcharoen W, Srisapoome P. 2019. Probiotic effects of Bacillus spp. from
pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei) on water quality and shrimp
growth, immune responses, and resistance to Vibrio parahaemolyticus
(AHPND strains). Fish & Shellfish Immunology. 94: 175–189.
Kongnum K, Hongpattarakere T. 2012. Effect of Lactobacillus plantarum isolated
from digestive tract of wild shrimp on growth and survival of white shrimp
(Litopenaeus vannamei) challenged with Vibrio harveyi. Fish & Shellfish
Immunology. 32: 170-177.
Landry BKU, Moumita S, Jayabalan R, François ZN. 2016. Honey, probiotics and
prebiotics: Review. Research Journal of Pharmaceutical, Biological and
Chemical Sciences. 7:24–28.
Li J, Tan B, Mai K. 2009. Dietary probiotic Bacillus OJ and
isomaltooligosaccharides influence the intestine microbial populations,
20
immune responses and resistance to white spot syndrome virus in shrimp

(Litopenaeus vannamei). Aquaculture. 291: 35–40.
Li Y, Liu H, Dai X, Li J, Ding F. 2018. Effects of dietary inulin and mannan
oligosaccharide on immune related genes expression and disease resistance
of Pacific white shrimp, (Litopenaeus vannamei). Fish & Shellfish
Immunology. doi: 10.1016/j.fsi.2018.02.034.
Liu K-F, Chiu C-H, Shiu Y-L, Cheng W, Liu C-H. 2010. Effects of the probiotic,
Bacillus subtilis E20, on the survival, development, stress tolerance, and
immune status of white shrimp, (Litopenaeus vannamei) larvae. Fish &
Shellfish Immunology. 28(5-6): 837–844.
Liu Y, Xing R, Liu S, Qin Y, Li K, Yu H, Li P. 2019. Effects of
chitooligosaccharides supplementation with different dosages, molecular
weights and degrees of deacetylation on growth performance, innate
immunity and hepatopancreas morphology in Pacific white shrimp
(Litopenaeus vannamei). Carbohydrate Polymers. 226: 115254.
Madigan MT, Martinko JM, Parker J. 2003. Brock Biology of Microorganisms
Tenth Edition. Amerika (US): Prentice-Hall Inc.
Merrifield DL, Dimitroglou A, Foey A, Davies SJ, Baker RTM, Bogwald J,
Castex M, Ringo E. 2010. The current status and future focus of probiotic
and prebiotic applications for salmonids. Aquaculture. 302: 1-18.
Methé BA, Nelson KE, Pop M, Creasy HH, Giglio MG, Huttenhower C, Gevers
D, Petrosino JF, Abubucker S, Badger JH. 2012. A framework for human
microbiome research. Nature. 486: 215–221.
Munaeni W, Yuhana M, Widanarni. 2014. Effect of micro-encapsulated synbiotic
at different frequencies for luminous vibriosis control in white shrimp
(Litopenaeus vannamei). Microbiology Indonesia. 8(2): 73-80.
Mustafa A, Buentello A, Gatlin D, Lightner D, Hume M, Lawrence A. 2019.
Dietary supplementation of galactooligosaccharides (GOS) in Pacific white
shrimp (Litopenaeus vannamei) cultured in a recirculating system and its
effects on gut microflora, growth, stress, and immune response. Journal of
Immunoassay and Immunochemistry. doi:
10.1080/15321819.2019.1675694.
Nayak SK. 2010. Role of gastrointestinal microbiota in fish. Aquaculture
Research. 41(11): 1553–1573.
Nedaei S, Noori A, Valipour A, Khanipour AA, Hoseinifar SH. 2018. Effects of
dietary galactooligosaccharide enriched commercial prebiotic on growth
performance, innate immune response, stress resistance, intestinal
microbiota and digestive enzyme activity in Narrow clawed crayfish
(Astacus leptodactylus Eschscholtz, 1823). Aquaculture.
doi:10.1016/j.aquaculture.2018.08.076.
Nurhayati D, Widanarni, Yuhana M. 2015. Dietary synbiotic influence on the
growth performance and immune response to co-infection with infectious
Myonecrosis virus and Vibrio harveyi in Litopenaeus vannamei. Journal of
Fisheries and Aquatic Sciences. 10: 13-23.
Paul BG, Vogl CR. 2011. Impacts of shrimp farming in Bangladesh: Challenges
and alternatives. A review. Ocean & Coastal Management. 54: 201-211.
21
Putra AN, Widanarni. 2015. Screening of amylolytic bacteria as candidates of

probiotics in tilapia (Oreochromis sp.). Research Journal of Microbiology.
10(1): 1-13.
Ramírez NB, Seiffert WQ, Vieira FdN, Mouriño JLP, Jesus GFA, Ferreira GS,
Andreatta ER. 2013. Prebiotic, probiotic, and symbiotic-supplemented diet
for marine shrimp farming. Pesquisa Agropecuaria Brasileira. 48(8):913-
919.
Ringo E, Olsen RE, Gifstad TO, Dalmo RA, Amlund H, Hemre G-I, Bakke AM.
2010. Prebiotics in aquaculture: a review. Aquaculture Nutrition. 16: 117-
136.
Romero J, Ringø E, Merrifield DL. 2014. The gut microbiota of fish. Di dalam:
Merrifield D, Ringø E, editor. Aquaculture Nutrition: Gut Health,
Probiotics and Prebiotics. New Jersey (US): Wiley-Blackwell Publishing.
75–100.
Ruiz-Matute AI, Brokl M, Soria AC, Sanz ML, Matinez-Castro I. 2010. Gas
chromatographic mass pectrometric characterisation of tri and
tetrasaccharides in honey. Food Chemistry. 120:637–642.
Tepaamorndech S, Chantarasakha K, Kingcha Y, Chaiyapechara S, Phromson M,
Sriariyanun M, Kirschke CP, Huang L, Visessanguan W. 2018. Effects of
Bacillus aryabhattai TBRC8450 on vibriosis resistance and immune
enhancement in Pacific white shrimp, (Litopenaeus vannamei). Fish &
Shellfish Immunology. doi:10.1016/j.fsi.2018.11.010.
Wang H, Wang C, Tang Y, Sun B, Huang J, Song X. 2018a. Pseudoalteromonas
probiotics as potential biocontrol agents improve the survival of Penaeus
vannamei challenged with acute hepatopancreatic necrosis disease
(AHPND)-causing Vibrio parahaemolyticus. Aquaculture. 494: 30–36.
Wang J, Huang Y, Xu K, Zhang X, Sun H, Fan L, Yan M. 2018b. White spot
syndrome virus (WSSV) infection impacts intestinal microbiota
composition and function in Litopenaeus vannamei. Fish & Shellfish
Immunology. 84: 130–137.
Widanarni, Yuhana M, Muhammad A. 2014. Bacillus NP5 improves growth
performance and resistance against infectious myonecrosis virus in white
shrimp (Litopenaeus vannamei). Ilmu Kelautan. 19(4): 211-218.
Worthington V. 1993. Worthington Enzyme Manual. Enzymes and Related
Biochemicals. New Jersey (US): Worthington Biochemical Corporation.
Xia Y, Wang M, Gao F, Lu M, Chen G. 2019. Effects of dietary probiotic
supplementation on the growth, gut health and disease resistance of juvenile
Nile tilapia (Oreochromis niloticus). Animal Nutrition. doi:
10.1016/j.aninu.2019.07.002.
Xie J-J, Liu Q, Liao S, Fang H-H, Yin P, Xie S-W, Niu J. 2019. Effects of dietary
mixed probiotics on growth, non-specific immunity, intestinal morphology
and microbiota of juvenile pacific white shrimp, (Litopenaeus vannamei).
Fish & Shellfish Immunology. doi:10.1016/j.fsi.2019.04.301
Yang F, Li L, Si Y, Yang M, Guo X, Hou Y, Chen X, Li X. 2016. Complete
genome sequence of a xanthan-degrading Microbacterium sp. strain XT11
with the potential for xantho-oligosaccharides production. Journal of
Biotechnology. 222: 19–20.
22
Yun L, Yu Z, Li Y, Luo P, Xiao Jiang X, Tian Y, Ding X. 2019. Ammonia

nitrogen and nitrite removal by a heterotrophic Sphingomonas sp. strain
LPN080 and its potential application in aquaculture. Aquaculture. 500: 477–
484.
Zhang J, Liu Y, Tian L, Yang H, Liang G, Xu D. 2012. Effects of dietary mannan
oligosaccharide on gowth performance, gut morphology and stress tolerance
of juvenile Pacific white shrimp (Litopenaeus vannamei). Fish & Shellfish
Immunology. 33(4): 1027-1032.
Zhang Q, Yu H, Tong T, Tong W, Dong L, Xu M. 2014. Dietary supplementation
of Bacillus subtilis and fructooligosaccharide enhance the growth, non-
specific immunity of juvenile ovate pompano, Trachinotus ovatus and its
disease resistance against Vibrio vulnificus. Fish & Shellfish Immunology.
38: 7-14.
Zhou Z, Yao B, Romero J, Waines P, Ringø E, Emery M. 2014. Methodological
approaches used to assess fish gastrointestinal communities. Di dalam:
Merrifield D, Ringø E, editor. Aquaculture Nutrition: Gut Health,
Probiotics and Prebiotics. New Jersey (US): Wiley-Blackwell Publishing.
101–127.
Zokaeifar H, Balcázar JL, Saad CR, Kamarudin MS, Sijam K, Arshad A, Nejat N.
2012. Effects of Bacillus subtilis on the growth performance, digestive
enzymes, immune gene expression and disease resistance of white shrimp,
(Litopenaeus vannamei). Fish & Shellfish Immunology. 33(4): 683–689.
23
LAMPIRAN
24
Lampiran 1 Sertifikat specific pathogen free (SPF) benur udang vaname

25
26
Lampiran 2 Prosedur analisis aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname

1. Aktivitas enzim amilase (Worthington 1993)
Saluran pencernaan udang vaname ditimbang, dan kemudian ditambahkan
dengan larutan buffer Tris (20 mM Tris HCl, 1 mM EDTA, dan 10 mM CaCl2 pH
7.5) dengan perbandingan 10% (b/v). Selanjutnya dimasukkan ke dalam tabung
eppendorf dan disentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan 12 000 rpm pada
suhu 4 oC. Supernatan kemudian diambil dan dilakukan berbagai analisis enzim
amilase sebagai berikut:
1. Supernatan ditambahkan dengan larutan pati sebanyak 1% (b/v) (dalam 20
mM sodium fosfat pH 6.9) yang terkandung 6.0 mM NaCl sebagai
substrat.
2. Kemudian dipipet larutan pati diatas sebanyak 0.5 mL, dan dimasukkan
kedalam tabung reaksi.
3. Selanjutnya ditambahkan 0.5 mL sampel atau contoh dan diinkubasi
selama 3 menit pada suhu 95 oC (waterbath).
4. Ditambahkan larutan asam dinitrosalisilat (DNS) sebanyak 0.5 mL,
kemudian diinkubasikan kembali pada suhu 95 oC selama 5 menit.
5. Nilai absorbansnya dibaca menggunakan spektrofotometer dengan panjang
gelombang π 540 nm.
Aktivitas enzim amilase dapat diukur dengan menggunakan rumus sebagai
di bawah ini:
Aktivitas enzim amilase Jumlah maltosa yang dihasilkan (µM)

=
(UI g-1 protein) Jumlah enzim dalam campuran (g) × 3 menit
2. Aktivitas enzim protease (Bergmeyer et al. 1983)

Analisis aktivitas enzim protease diawali dengan melakukan preparasi
sampel. Sampel saluran pencernaan udang vaname yang digunakan ditambahkan
protease sebagai berikut:
1. Tabung reaksi untuk sampel, larutan standar dan blanko disiapkan
2. Kemudian ditambahkan 1 mL phosphate buffer (0.05 M pH 7.0) dan 1 mL
larutan substrat kasein (20 mg mL-1 pH 7) ke semua tabung.
3. Selanjutnya dimasukkan 0.2 mL supernatan ke tabung sampel, 0.2 mL
larutan standar Tirosin (5 mM L-1) ke tabung standar, dan 0.2 mL akuades
ke tabung blanko.
4. Kemudian diinkubasi pada suhu 37 oC selama 10 menit.
5. Sebanyak 2 mL larutan Trichloroacetic acid (TCA) (0.1 M) ditambahkan
ke semua tabung.
6. Selanjutnya ditambahkan larutan CaCl2 (2 mM L-1) sebanyak 0.2 mL ke
dalam tabung blanko dan standar, sedangkan ke dalam tabung sampel
ditambahkan 0.2 mL akuades.
27
7. Sampel diinkubasi suhu 37 ºC selama 10 menit, dan dicentrifuge selama

10 menit dengan kecepatan 3 500 rpm.
8. Filtrat dari masing-masing tabung diambil sebanyak 1.5 mL kemudian
ditambahkan 5 mL Na2CO3 (0.4 M) dan 1 mL larutan folin ciaocalteau
(1:1).
9. Sampel didiamkan selama 20 menit pada suhu 37 ºC
10. Kemudian absorbansinya diukur dengan spektrofotometer pada panjang
gelombang (λ) 578 nm.
Aktivitas enzim protease dapat diukur dengan menggunakan rumus sebagai
di bawah ini:
ABsp - ABbl 1
UA = × FP ×
ABst - ABbl T
Keterangan:
UA = Jumlah enzim yang dapat menghasilkan 1µM tirosin per menit (UI g-1
protein)
ABsp = Absorbansi sampel
ABbl = Absorbansi blanko
ABst = Absorbansi standar
FP = Faktor pengencer
T = Waktu inkubasi (menit)
3. Aktivitas enzim lipase (Borlongan 1990)

Saluran pencernaan udang vaname ditimbang, dan kemudian ditambahkan
lipase sebagai berikut:
1. Minyak zaitun murni sebanyak 1.5 mL dimasukkan ke dalam erlenmeyer
ukuran 100 sampai 125 mL.
2. Kemudian ditambahkan 1 mL Tris-HCl (0.1 M pH 8.0) dan 1 mL
supernatan.
3. Selanjutnya diinkubasi pada suhu 37 ºC selama 6 jam.
4. Hasil inkubasi, ditambahkan dengan indikator Thymolphtalein 0.9%.
5. Kemudian ditambahkan 3 mL etil alkohol 95% dan dititrasi dengan NaOH
0.01 N.
Aktivitas enzim lipase dapat diukur dengan menggunakan rumus sebagai di
bawah ini:
U = (V titrasi sampel-blanko) × w protein
Keterangan:
U = Aktivitas dalam internasional unit per menit (UI g-1 protein)
V = Volume (mL)
W = Berat (g)
28
Lampiran 3 Analisis statistik kinerja pertumbuhan udang vaname setelah

pemberian probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan
sinbiotik melalui pakan pada akhir perlakuan
Uji ANOVA
Sum of Mean
Squares df Square F Sig.
Laju pertumbuhan Between 172.43
.315 3 .105 .000
spesifik (LPS) Groups 8
Within Groups .005 8 .001
Total .320 11
Rasio konversi pakan Between 1372.0
1.029 3 .343 .000
(RKP) Groups 00
Total 1.031 11
Tinggi kelangsungan Between
.000 3 .000 . .
hidup (TKH) Groups
Total .000 11
Jumlah konsumsi pakan Between 416.97 2514.3
1250.928 3 .000
(JKP) Groups 6 01
Within Groups 1.327 8 .166
Total 1252.254 11
Laju pertumbuhan spesifik (LPS)
Subset for alpha = 0.05
Perlakuan N 1 2 3
Kontrol 3 2.6833
Probiotik 3 3.0333
Duncana Sinbiotik 3 3.0433 3.0433

Prebiotik 3 3.0867
Sig. 1.000 .633 .064
29
Rasio konversi pakan (RKP)

Perlakuan N 1 2 3
Prebiotik 3 1.4500
Sinbiotik 3 1.4767 1.4767
Duncana Probiotik 3 1.4867

Kontrol 3 2.1467
Sig. .073 .461 1.000
Jumlah konsumsi pakan (JKP)

Perlakuan N 1 2 3
Sinbiotik 3 136.6067
Prebiotik 3 136.8300
a
Duncan Probiotik 3 137.8523
Kontrol 3 160.6503
Sig. .521 1.000 1.000
Lampiran 4 Analisis statistik total bacterial count dan total bakteri Bacillus sp.
NP5 pada saluran pencernaan udang vaname setelah pemberian
probiotik Bacillus sp. NP5 RfR, prebiotik madu, dan sinbiotik
melalui pakan pada akhir perlakuan
Uji ANOVA
Sum of Mean
Squares df Square F Sig.
Total bacterial Between Groups 2.743 3 .914 93.772 .000
count (TBC) Within Groups .078 8 .010
Total 2.821 11
Total bakteri Between Groups 51.977 3 17.326 485.651 .000
Bacillus sp. NP5 Within Groups .285 8 .036
Total 52.262 11
30
Total bacterial count (TBC)

Perlakuan N 1 2 3
Kontrol 3 4.4300
Probiotik 3 5.3900
Duncana Sinbiotik 3 5.5000 5.5000
Prebiotik 3 5.6500
Sig. 1.000 .210 .100
Total bakteri Bacillus sp. NP5

Perlakuan N 1 2
Kontrol 3 .0000
Prebiotik 3 .0000
Duncana Probiotik 3 4.0600
Sinbiotik 3 4.2600
Sig. 1.000 .231
31
RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Batu Malenggang, Langkat pada 20 Desember 1992

dari Bapak Zulkifli (alm.) dan Ibu Nursetia, SPdSD. Penulis merupakan anak
kedua dari empat bersaudara. Penulis menyelesaikan pendidikan formal di
Sekolah Usaha Perikanan Menengah (SUPM) Negeri Ladong pada tahun 2010
dan pendidikan sarjana di Departemen Budidaya Perairan, Fakultas Perikanan dan
Ilmu Kelautan, Universitas Riau pada tahun 2014. Pada tahun 2017, penulis
melanjutkan studi dengan menempuh program magister pada Program Studi Ilmu
Akuakultur, Sekolah Pascasarjana, Institut Pertanian Bogor.
Karya Ilmiah berjudul “Growth performance and intestinal microbiota
diversity in Pacific white shrimp Litopenaeus vannamei fed by probiotic Bacillus
sp. NP5 and prebiotic honey” sedang dalam proses under review pada Jurnal
Aquaculture International. Karya ilmiah tersebut merupakan bagian dari tesis
program S-2 penulis dibawah bimbingan Ibu Prof Dr Ir Widanarni, MSi dan Ibu
Dr Munti Yuhana, SPi MSi.

Prebiotikmadu&Np 5

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Prebiotikmadu&Np 5

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

KINERJA PERTUMBUHAN DAN KERAGAMAN MIKROBIOTA

SALURAN PENCERNAAN UDANG VANAME YANG DIBERI

Dengan ini saya menyatakan bahwa tesis berjudul “Kinerja Pertumbuhan

Bogor, Januari 2020

WAHID HASYIMI. Kinerja Pertumbuhan dan Keragaman Mikrobiota Saluran

Udang merupakan komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomis

Kata kunci : madu, NGS, pertumbuhan, udang vaname

WAHID HASYIMI. Growth Performance and Gastrointestinal Microbiota

Shrimp is aquaculture commodity with high economical value in

Keywords: growth, honey, NGS, Pacific white shrimp

Bogor, Januari 2020

DAFTAR TABEL xii

1. Rancangan perlakuan pemberian probiotik, prebiotik, dan sinbiotik

1. Sertifikat specific pathogen free (SPF) benur udang vaname 24

Udang merupakan komoditas perikanan yang memiliki nilai ekonomis

Penerapan sistem budidaya intensif sering memiliki kendala yaitu

Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi kinerja pertumbuhan dan

Manfaat yang diperoleh dari penelitian ini adalah dapat memberikan

Waktu dan Tempat

Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental menggunakan rancangan

Tabel 1 Rancangan perlakuan pemberian probiotik, prebiotik, dan sinbiotik pada

Persiapan wadah pemeliharaan dan udang vaname

Persiapan bakteri probiotik

sebagai penanda molekuler untuk memonitor keberadaan bakteri tersebut di

Persiapan pakan uji

Pemeliharaan udang vaname

Laju pertumbuhan spesifik (LPS)

Rasio konversi pakan (RKP)

Tingkat kelangsungan hidup (TKH)

Jumlah udang pada akhir perlakuan (ekor)

Jumlah konsumsi pakan (JKP)

Aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname

Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname

Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname

Analisis data dilakukan secara statistik dan deskriptif. Analisis statistik

3 HASIL DAN PEMBAHASAN

Kinerja pertumbuhan udang vaname

Aktivitas enzim pencernaan udang vaname

Total bakteri pada saluran pencernaan udang vaname

Keragaman mikrobiota saluran pencernaan udang vaname

Tabel 4 Hasil analisis pyrosequencing dari komunitas mikrobiota saluran

Kurva rarefaction menunjukkan nilai kelimpahan mikrobiota saluran

Total spesies yang diamati

Gambar 2 Kurva rarefaction mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

Gambar 3 Dendrogram UPGMA berdasarkan jarak unweighted unifrac pada

Gambar 4 Diagram Venn mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

Kelimpahan relatif mikrobiota saluran pencernaan udang vaname pada

Gambar 5 Kelimpahan relatif mikrobiota saluran pencernaan udang vaname yang

Gambar 6 Kelimpahan mikrobiota pada level genus pada saluran pencernaan

diduga karena peningkatan mikrobiota pada saluran pencernaan menyebabkan

kinerja pertumbuhan, menurunkan rasio konversi pakan, dan jumlah konsumsi

4 SIMPULAN DAN SARAN

Pemberian probiotik Bacillus sp. NP5, prebiotik madu, dan gabungan

Aktas M, Ciger O, Genc E, Genc MA, Cavdar N. 2014. Effects of mannan

Borlongan IG. 1990. Studies on the lipases of milkfish (Chanos chanos).

Aeromonas bivalvium D15, single or combined, on the growth, innate

immune responses and resistance to white spot syndrome virus in shrimp

Putra AN, Widanarni. 2015. Screening of amylolytic bacteria as candidates of

Yun L, Yu Z, Li Y, Luo P, Xiao Jiang X, Tian Y, Ding X. 2019. Ammonia

Lampiran 1 Sertifikat specific pathogen free (SPF) benur udang vaname

Lampiran 2 Prosedur analisis aktivitas enzim saluran pencernaan udang vaname

Aktivitas enzim amilase Jumlah maltosa yang dihasilkan (µM)

2. Aktivitas enzim protease (Bergmeyer et al. 1983)