The Epidemiology and Pathogenesis of Coronavirus Disease (COVID-19)

Outbreak

ABSTRAK

Coronavirus disease (COVID-19) is caused by SARS-COV2 and represents the causative agent of a
potentially fatal disease that is of great global public health concern. Based on the large number of
infected people that were exposed to the wet animal market in Wuhan City, China, it is suggested
that this is likely the zoonotic origin of COVID-19. Person-to-person transmission of COVID-19
infection led to the isolation of patients that were subsequently administered a variety of treatments.
Langkah-langkah ekstensif untuk mengurangi penularan COVID-19 dari orang ke orang telah
diterapkan untuk mengendalikan wabah saat ini. Perhatian khusus dan upaya untuk melindungi atau
mengurangi penularan harus diterapkan pada populasi yang rentan termasuk anak-anak, penyedia
layanan kesehatan, dan orang tua. Dalam ulasan ini, kami menyoroti gejala, epidemiologi,
penularan, patogenesis, analisis filogenetik, dan arah masa depan untuk mengendalikan penyebaran
penyakit fatal ini.

Kata kunci : Coronavirus, COVID-19, kota Wuhan, Pneumonia, Patogenesis.

Latar Belakang

Coronavirus adalah salah satu patogen utama yang terutama menargetkan sistem
pernapasan manusia. Wabah sebelumnya dari coronavirus (CoV) termasuk sindrom
pernafasan akut yang parah (SARS) -CoV dan sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS)
-CoV yang sebelumnya telah ditandai sebagai agen yang merupakan ancaman kesehatan
masyarakat yang besar. Pada akhir Desember 2019, sekelompok pasien dirawat di rumah
sakit dengan diagnosis awal pneumonia dari etiologi yang tidak diketahui. Pasien-pasien ini
secara epidemiologis terkait dengan pasar grosir makanan laut dan hewan basah di Wuhan,
Provinsi Hubei, Cina. Laporan awal memperkirakan timbulnya wabah Coronavirus
potensial mengingat perkiraan jumlah reproduksi untuk Novel 2019 (Baru) Coronavirus
(COVID-19, dinamai oleh WHO pada 11 Februari 2020) yang dianggap secara signifikan
lebih besar dari 1 (kisaran). dari 2,24 ke 3,58).
 Kronologi infeksi COVID-19 adalah sebagai berikut. Kasus pertama dilaporkan
pada Desember 2019. Dari 18 Desember 2019 hingga 29 Desember 2019, lima pasien
dirawat di rumah sakit dengan sindrom gangguan pernapasan akut dan salah satu pasien ini
meninggal. Pada 2 Januari 2020, 41 pasien yang dirawat di rumah sakit telah diidentifikasi
memiliki infeksi COVID-19 yang dikonfirmasi di laboratorium, kurang dari setengah
pasien memiliki penyakit yang mendasarinya, termasuk diabetes, hipertensi, dan penyakit
kardiovaskular. Pasien-pasien ini diduga terinfeksi di rumah sakit itu, kemungkinan karena
infeksi nosokomial. Disimpulkan bahwa COVID-19 bukanlah virus penyebaran super-
panas (disebarkan oleh satu pasien ke banyak lainnya), tetapi lebih cenderung menyebar
karena banyak pasien terinfeksi di berbagai lokasi di seluruh rumah sakit melalui
mekanisme yang tidak diketahui. Selain itu, hanya pasien yang sakit klinis yang diuji,
sehingga ada kemungkinan lebih banyak pasien yang mungkin terinfeksi. Pada 22 Januari
2020, total 571 kasus coronavirus baru 2019 (COVID-19) dilaporkan di 25 provinsi
(kabupaten dan kota) di Cina. Komisi Kesehatan Nasional China melaporkan perincian 17
kematian pertama hingga 22 Januari 2020. Pada 25 Januari 2020, total 1975 kasus
dipastikan terinfeksi COVID-19 di daratan Tiongkok dengan total 56 kematian . Laporan
lain pada tanggal 24 Januari 2020 memperkirakan insiden kumulatif di Tiongkok adalah
5502 kasus. Pada 30 Januari 2020, 7734 kasus telah dikonfirmasi di Cina dan 90 kasus
lainnya juga telah dilaporkan dari sejumlah negara termasuk Taiwan, Thailand, Vietnam,
Malaysia, Nepal, Sri Lanka, Kamboja, Jepang, Singapura, Republik Korea, Uni Emirat
Arab, Amerika Serikat, Filipina, India, Australia, Kanada, Finlandia, Prancis, dan Jerman.
Tingkat fatalitas kasus dihitung menjadi 2,2% (170/7824). Kasus pertama infeksi COVID-
19 yang dikonfirmasi di Amerika Serikat mengarah pada deskripsi, identifikasi, diagnosis,
perjalanan klinis, dan manajemen kasus ini. Ini termasuk gejala ringan awal pasien pada
presentasi dan berkembang menjadi pneumonia pada hari ke 9 penyakit. Selanjutnya, kasus
pertama penularan COVID-19 dari manusia ke manusia dilaporkan di AS pada 30 Januari
2020 (https://www.cdc.gov/media/releases/2020/p0130). CDC sejauh ini telah menyaring>
30.000 penumpang yang tiba di bandara AS untuk virus corona baru. Setelah skrining awal
tersebut, 443 orang telah diuji untuk infeksi coronavirus di 41 negara bagian di AS. Hanya
15 (3,1%) yang diuji positif, 347 negatif dan hasil pada 81 sisanya tertunda. Sebuah laporan
yang diterbitkan di Nature mengungkapkan bahwa otoritas kesehatan Tiongkok
menyimpulkan bahwa pada 7 Februari 2019, ada 31.161 orang yang telah tertular infeksi di
China, dan lebih dari 630 orang telah meninggal dari infeksi. Pada saat mempersiapkan
naskah ini, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) melaporkan 51.174 kasus yang
dikonfirmasi termasuk 15, 384 kasus parah dan 1.666 kasus kematian di Cina. Secara
global, jumlah kasus yang dikonfirmasi pada tulisan ini (16 Februari 2020) telah mencapai
51.857 di 25 negara.

Gejala

Gejala-gejala infeksi COVID-19 muncul setelah masa inkubasi sekitar 5,2 hari.
Periode mulai timbulnya gejala COVID-19 berkisar antara 6 hingga 41 hari dengan median
14 hari. Periode ini tergantung pada usia pasien dan status sistem kekebalan pasien. Itu
lebih pendek di antara pasien> 70 tahun dibandingkan dengan mereka yang berusia di
bawah 70 tahun. Gejala yang paling umum pada awal penyakit COVID-19 adalah demam,
batuk, dan kelelahan, sementara gejala lainnya termasuk produksi dahak, sakit kepala,
hemoptisis, diare. , dyspnoea, dan lymphopenia. Gambaran klinis yang diungkapkan oleh
CT scan dada disajikan sebagai pneumonia, namun, ada fitur abnormal seperti RNAaemia,
sindrom gangguan pernapasan akut, cedera jantung akut, dan kejadian kekeruhan kaca yang
menyebabkan kematian. Dalam beberapa kasus, beberapa opasitas ground-glass perifer
diamati di daerah subpleural kedua paru-paru yang kemungkinan menginduksi respon imun
sistemik dan lokal yang menyebabkan peningkatan peradangan. Sayangnya, pengobatan
beberapa kasus dengan inhalasi interferon tidak menunjukkan efek klinis dan malah
tampaknya memperburuk kondisi dengan meningkatkan kekeruhan paru.

Gangguan sistemik dan pernapasan yang disebabkan oleh infeksi COVID-19. Masa
inkubasi infeksi COVID-19 adalah sekitar 5,2 hari. Ada kesamaan umum dalam gejala
antara COVID-19 dan betacoronavirus sebelumnya. Namun, COVID-19 menunjukkan
beberapa fitur klinis unik yang mencakup penargetan jalan napas bawah yang dibuktikan
dengan gejala saluran pernapasan atas seperti rhinorrhoea, bersin, dan sakit tenggorokan.
Selain itu, pasien yang terinfeksi COVID-19 mengalami gejala usus seperti diare, hanya
sebagian kecil pasien MERS-CoV atau SARS-CoV yang mengalami diare.

Penting untuk dicatat bahwa ada kesamaan dalam gejala antara COVID-19 dan
betacoronavirus sebelumnya seperti demam, batuk kering, dispnea, dan kekeruhan bilateral
ground-glass pada CT scan dada. Namun, COVID-19 menunjukkan beberapa fitur klinis
unik yang mencakup penargetan jalan napas bawah yang dibuktikan dengan gejala saluran
pernapasan atas seperti rhinorrhoea, bersin, dan sakit tenggorokan. Selain itu, berdasarkan
hasil dari radiografi dada saat masuk, beberapa kasus menunjukkan infiltrat di lobus atas
paru-paru yang berhubungan dengan peningkatan dispnea dengan hipoksemia. Yang
penting, ketika pasien yang terinfeksi COVID-19 mengalami gejala gastrointestinal seperti
diare, persentase yang rendah dari pasien MERS-CoV atau SARS-CoV mengalami tekanan
GI yang serupa. Oleh karena itu, penting untuk menguji sampel feses dan urin untuk
mengecualikan rute alternatif penularan yang potensial, khususnya melalui petugas
kesehatan, pasien dll. Oleh karena itu, pengembangan metode untuk mengidentifikasi
berbagai mode penularan seperti sampel feakal dan urin sangat diperlukan untuk
mengembangkan strategi untuk menghambat dan / atau meminimalkan penularan dan untuk
mengembangkan terapi untuk mengendalikan penyakit.

Patogenesis

Gejala parah COVID-19 dikaitkan dengan peningkatan jumlah dan tingkat kematian
khususnya di wilayah epidemi Cina. Pada 22 Januari 2020, Komisi Kesehatan Nasional
China melaporkan rincian 17 kematian pertama dan pada 25 Januari 2020 kasus kematian
meningkat menjadi 56 kematian. Persentase kematian di antara 2684 kasus COVID-19
yang dilaporkan adalah sekitar 2,84% pada 25 Januari 2020 dan usia rata-rata kematian
adalah 75 (kisaran 48-89) tahun. Pasien yang terinfeksi COVID-19 menunjukkan jumlah
leukosit yang lebih tinggi, temuan pernapasan abnormal, dan peningkatan kadar sitokin
pro-inflamasi plasma. Salah satu laporan kasus COVID-19 menunjukkan seorang pasien
yang menderita demam 5 hari mengalami batuk, bunyi napas kasar dari kedua paru-paru,
dan suhu tubuh 39,0 ° C. Dahak pasien menunjukkan hasil reaksi rantai polimerase real-
time positif yang mengkonfirmasi infeksi COVID-19. Studi laboratorium menunjukkan
leukopenia dengan jumlah leukosit 2,91 × 10 ^ 9 sel / L di mana 70,0% adalah neutrofil.
Selain itu, nilai 16,16 mg / L protein C-reaktif darah tercatat di atas kisaran normal (0-10
mg / L). Tingkat sedimentasi eritrosit yang tinggi dan D-dimer juga diamati. Patogenesis
utama infeksi COVID-19 sebagai virus penargetan sistem pernapasan adalah pneumonia
berat, RNAaemia, dikombinasikan dengan kejadian kekeruhan tanah-kaca, dan cedera
jantung akut. Kadar sitokin dan kemokin dalam darah yang sangat tinggi tercatat pada
pasien dengan infeksi COVID-19 yang mencakup IL1-β, IL1RA, IL7, IL8, IL9, IL10,
FGF2 dasar, GCSF, GMCSF, IFNγ, IP10, MCP1, MIP1α, MIP1β, PDGFB, TNFα, dan
VEGFA. Beberapa kasus parah yang dirawat di unit perawatan intensif menunjukkan
tingkat tinggi sitokin proinflamasi termasuk IL2, IL7, IL10, GCSF, IP10, MCP1, MIP1α,
dan TNFα yang beralasan untuk meningkatkan keparahan penyakit.

Pasien dengan COVID-19 menunjukkan manifestasi klinis termasuk demam,

batuk non-produktif, dispnea, mialgia, kelelahan, jumlah leukosit normal atau menurun,
dan bukti radiografi pneumonia, yang mirip dengan gejala infeksi SARS-CoV dan MERS-
CoV Oleh karena itu, walaupun patogenesis COVID-19 kurang dipahami, mekanisme
serupa dari SARS-CoV dan MERS-CoV masih dapat memberi kita banyak informasi
tentang patogenesis infeksi SARS-CoV-2 untuk memfasilitasi pengenalan kita terhadap
COVID-19.
Entri dan replikasi Coronavirus
Protein Coronavirus S telah dilaporkan sebagai penentu yang signifikan dari masuknya
virus ke dalam sel inang. Glikoprotein lonjakan amplop berikatan dengan reseptor
selulernya, ACE2 untuk SARS-CoV dan SARS-CoV-2, CD209L (lektin tipe-C, juga
disebut L-SIGN) untuk SARS-CoV, DPP4 untuk MERS-CoV. Masuknya SARS-CoV ke
dalam sel awalnya diidentifikasi untuk dilakukan dengan fusi membran langsung antara
virus dan membran plasma. Belouzard et al. Menemukan bahwa peristiwa pembelahan
proteolitik kritis terjadi pada protein SARS-CoV S pada posisi (S2 ′) memediasi fusi
membran dan infektivitas virus. MERS-CoV juga telah mengembangkan aktivasi furin dua
langkah yang abnormal untuk fusi membran. Selain fusi membran, endositosis yang
bergantung pada clathrin dan dependen juga dimediasi oleh entri SARS-CoV. Setelah virus
memasuki sel, genom RNA virus dilepaskan ke dalam sitoplasma dan diterjemahkan
menjadi dua poliprotein dan protein struktural, setelah itu genom virus mulai mereplikasi.
Glikoprotein amplop yang baru dibentuk dimasukkan ke dalam membran retikulum
endoplasma atau Golgi, dan nukleokapsid dibentuk oleh kombinasi RNA genom dan
protein nukleokapsid. Kemudian, partikel virus berkecambah ke dalam retikulum
endoplasma-kompartemen Golgi (ERGIC). Akhirnya, vesikel yang mengandung partikel
virus kemudian bergabung dengan membran plasma untuk melepaskan virus.

Presentasi antigen pada infeksi coronavirus

Ketika virus memasuki sel, antigennya akan disajikan ke sel presentasi antigen (APC), yang
merupakan bagian sentral dari kekebalan anti-virus tubuh. Peptida antigenik disajikan oleh
kompleks histokompatibilitas mayor (MHC; atau human leukocyte antigen (HLA)) pada
manusia) dan kemudian dikenali oleh limfosit T sitotoksik spesifik-virus (CTL). Oleh
karena itu, pemahaman presentasi antigen dari SARS-CoV-2 akan membantu pemahaman
kita tentang patogenesis COVID-19. Sayangnya, masih ada sedikit laporan tentang itu, dan
kami hanya bisa mendapatkan beberapa informasi dari penelitian sebelumnya tentang
SARS-CoV dan MERS-CoV. Presentasi antigen dari SARS-CoV terutama tergantung pada
molekul MHC I, tetapi MHC II juga berkontribusi pada presentasi. Penelitian sebelumnya
menunjukkan banyak polimorfisme HLA berkorelasi dengan kerentanan SARS-CoV,
seperti HLA-B ∗ 4601, HLA-B ∗ 0703, HLA-DR B1 ∗ 1202 dan HLA-Cw ∗ 0801,
sedangkan Alel HLA-DR0301, HLA-Cw1502 dan HLA-A ∗ 0201 terkait dengan
perlindungan dari infeksi SARS. Pada infeksi MERS-CoV, molekul MHC II, seperti HLA-
DRB1 ∗ 11: 01 dan HLA-DQB1 ∗ 02: 0, dikaitkan dengan kerentanan terhadap infeksi
MERS-CoV. Selain itu, polimorfisme gen MBL (lektin pengikat mannose) terkait dengan
presentasi antigen terkait dengan risiko infeksi SARS-CoV. Penelitian ini akan memberikan
petunjuk berharga untuk pencegahan, pengobatan, dan mekanisme COVID-19.
Imunitas humoral dan seluler
Presentasi antigen selanjutnya merangsang imunitas humoral dan seluler tubuh, yang
dimediasi oleh sel B dan T spesifik virus. Mirip dengan infeksi virus akut umum, profil
antibodi terhadap virus SARS-CoV memiliki pola khas produksi IgM dan IgG. Antibodi
IgM spesifik SARS menghilang pada akhir minggu 12, sedangkan antibodi IgG dapat
bertahan lama, yang menunjukkan antibodi IgG terutama dapat memainkan peran
pelindung, dan antibodi IgG spesifik SARS terutama adalah S- antibodi spesifik dan
spesifik N. Dibandingkan dengan respon humoral, ada lebih banyak penelitian tentang
imunitas seluler dari coronavirus. Laporan terbaru menunjukkan jumlah sel T CD4 + dan
CD8 + dalam darah tepi pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 secara signifikan berkurang,
sedangkan statusnya aktivasi yang berlebihan, dibuktikan dengan proporsi tinggi HLA-DR
(CD4 3,47%) dan CD38 (CD8 39,4%) fraksi ganda-positif. Demikian pula, respons fase
akut pada pasien dengan SARS-CoV dikaitkan dengan penurunan CD4 + T dan CD8 + T
yang parah. Bahkan jika tidak ada antigen, CD4 + dan CD8 + sel T memori dapat bertahan
selama empat tahun di bagian individu yang pulih SARS-CoV dan dapat melakukan
proliferasi sel T, respons DTH dan produksi IFN-γ. Enam tahun setelah infeksi SARS-CoV,
respons memori sel-T spesifik ke perpustakaan peptida SARS-CoV masih dapat
diidentifikasi pada 14 dari 23 pasien SARS yang pulih. Sel T CD8 + spesifik juga
menunjukkan efek yang sama pada pembersihan MERS-CoV pada tikus. Temuan ini dapat
memberikan informasi berharga untuk desain vaksin yang rasional terhadap SARS-CoV-2.

Pilihan Terapi / Perawatan

Penularan infeksi COVID-19 dari orang ke orang menyebabkan isolasi pasien yang
diberikan berbagai perawatan. Saat ini, tidak ada obat antivirus khusus atau vaksin terhadap
infeksi COVID-19 untuk terapi potensial pada manusia. Satu-satunya pilihan yang tersedia
adalah menggunakan obat antivirus spektrum luas seperti analog Nucleoside dan juga HIV-
protease inhibitor yang dapat mengurangi infeksi virus sampai antivirus spesifik tersedia.
Pengobatan yang sejauh ini telah dicoba menunjukkan bahwa 75 pasien diberikan obat
antivirus yang ada. Kursus pengobatan termasuk pemberian oral dua kali sehari dari 75 mg
oseltamivir, 500 mg lopinavir, 500 mg ritonavir dan pemberian intravena dari ganciclovir
0,25 g selama 3-14 hari. Laporan lain menunjukkan bahwa antivirus spektrum luas
remdesivir dan klorokuin sangat efektif dalam pengendalian infeksi 2019-nCoV secara in
vitro. Senyawa antivirus ini telah digunakan pada pasien manusia dengan rekam jejak
keselamatan. Dengan demikian, agen terapi ini dapat dianggap untuk mengobati infeksi
COVID-19. Selain itu, ada sejumlah senyawa lain yang sedang dalam pengembangan. Ini
termasuk kandidat klinis senyawa EIDD-2801 yang telah menunjukkan potensi terapi tinggi
infeksi virus influenza musiman dan pandemik dan ini mewakili obat potensial lain yang
harus dipertimbangkan untuk pengobatan infeksi COVID-19. Sejalan dengan itu, sampai
terapi yang lebih spesifik tersedia, masuk akal untuk mempertimbangkan antivirus
spektrum lebih luas yang menyediakan pilihan pengobatan obat untuk infeksi COVID-19
termasuk Lopinavir / Ritonavir, penghambat Neuraminidase, peptide (EK1), penghambat
sintesis RNA. Namun jelas, bahwa penelitian lebih lanjut sangat diperlukan untuk
mengidentifikasi obat kemoterapi baru untuk mengobati infeksi COVID-19. Untuk
mengembangkan profilaksis pra-dan pasca-paparan terhadap COVID-19, ada kebutuhan
mendesak untuk membuat model hewan untuk mereplikasi penyakit parah yang saat ini
diamati pada manusia. Beberapa kelompok ilmuwan saat ini bekerja keras untuk
mengembangkan model primata non-manusia untuk mempelajari infeksi COVID-19 untuk
membangun terapi novel cepat dan untuk pengujian vaksin potensial selain memberikan
pemahaman yang lebih baik tentang interaksi host virus.

Kesimpulan
Diperlukan langkah-langkah luas untuk mengurangi penularan COVID-19 orang ke
orang untuk mengendalikan wabah saat ini. Perhatian khusus dan upaya untuk melindungi
atau mengurangi penularan harus diterapkan pada populasi yang rentan termasuk anak-
anak, penyedia layanan kesehatan, dan orang tua. Sebuah pedoman diterbitkan untuk staf
medis, penyedia layanan kesehatan, dan, individu dan peneliti kesehatan masyarakat yang
tertarik pada 2019-nCoV. Kasus kematian dini wabah COVID-19 terjadi terutama pada
orang tua, mungkin karena sistem kekebalan yang lemah yang memungkinkan
perkembangan infeksi virus yang lebih cepa. Layanan dan fasilitas publik harus
menyediakan reagen dekontaminasi untuk mencuci tangan secara rutin. Kontak fisik
dengan benda basah dan terkontaminasi harus dipertimbangkan dalam berurusan dengan
virus, terutama agen seperti sampel feses dan urin yang berpotensi dapat berfungsi sebagai
rute alternatif penularan. Cina dan negara-negara lain termasuk AS telah menerapkan
langkah-langkah pencegahan dan pengendalian utama termasuk pemeriksaan perjalanan
untuk mengendalikan penyebaran virus lebih lanjut. Perubahan epidemiologis pada infeksi
COVID-19 harus dipantau dengan mempertimbangkan rute potensial penularan dan infeksi
subklinis, di samping adaptasi, evolusi, dan penyebaran virus di antara manusia dan
kemungkinan hewan dan reservoir menengah. Masih ada sejumlah pertanyaan yang perlu
ditangani. Ini termasuk, tetapi tidak terbatas pada, perincian tentang siapa dan berapa
banyak yang telah diuji, berapa proporsi yang berubah positif dan apakah angka ini tetap
konstan atau variabel. Sejauh ini sangat sedikit kasus pediatrik yang dilaporkan; apakah ini
karena kurangnya tes atau benar-benar infeksi / kerentanan? Dari yang sejauh ini telah
diuji, berapa banyak yang telah mengembangkan penyakit parah dan berapa banyak yang
dinyatakan positif tetapi tidak menunjukkan tanda-tanda klinis penyakit? Ada beberapa
pertanyaan dasar yang akan memberikan kerangka kerja yang dapat diterapkan langkah-
langkah kesehatan masyarakat yang lebih spesifik dan rinci.
Reference
Lu, S. (2020). Molecular immune pathogenesis and diagnosis of COVID-19 Journal of
Pharmaceutical Analysis, 2(2), 2-4
https://doi.org/10.1016/j.jpha.2020.03.001

Pradanti, D.S. (2019). Evaluation of formal risk assessment implementation of middle

east respiratory syndrome corona virus in 2018 Jurnal Berkala Epidemiologi, 7(3) 197-
206.

Y.H. Jin, L. Cai, Z.S. Cheng, H. Cheng, T. Deng, Y.P. Fan, et al. A rapid advice guideline
for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected
pneumonia (standard version)
Mil. Med. Res., 7 (2020), p. 4

Rothan, H. A. Siddappa, N. Byrareddy. The epidemiology and pathogenesis of

coronavirus disease (COVID-19) outbreak Journal of Autoimmunity, vol:109.
https://doi.org/10.1016/j.jaut.2020.102433