Kompleks Regulasi ara Operon

Hampir semua rincian tentang mekanisme lac dan trp operon diregulasi
diketahui dan didukung oleh suatu data eksperimental yang ekstensif. Bagaimanapun
operon lain seperti arabinosa (ara) operon dari E. Coli menghambat lebih banyak
pola kompleks regulasi yang masih tidak dipahami secara lengkap. Pada lac dan trp
operon, hasil regulator gen, reseptor, berfungsi dengan cara negative menghentikan
transkripsi operon. Di sisi lain CAP mendesak suatu kontrol positif selama lac operon
dengan menstimulasi transkripsi operon. Protein regulator ara operon menunjukkan
efek positif dan negatif regulator pada transkripsi gen struktural dari operon
tergantung pada kondisi lingkungan. Komponen regulator yang mengontrol
transkripsi ara operon termasuk satu elemen yang berperan dari suatu jarak di atas
200 pasang nukleotida dari promotor yang membantu dalam mengontrol.
Arabinosa operon dari E. coli mengandung tiga srtuktur gen (araB, araA, dan
araD) yang mengode tiga enzim dalam katabolisme arabinosa. Ketiga gen ini
berlawanan pada satu mRNA yang dimulai pada promotor yang disebut
PBAD( transpor aktif arabinosa ke sel yang dibawa keluar oleh produk gen araE, araF,
dan araG). Mayor protein regulator dari ara operon (protein araC) diproduksi dari
transkripsi yang dimulai pada promotor yang disebut Pc. Promotor Pc ini hanya sekitar
100 pasang nukleotida dari PBAD, tetapi kedua promotor memulai transkripsi dengan
arah yang berlawanan. Protein araC bertindak sebagai regulator negatiif (represor)
dari transkripsi struktur gen araB, araA, dan araD dari promotor PBAD dalam ketidak
adaan arabinosa dan cAMP. Ia berperan sebagai regulator positif (aktivator)
transkripsi gen dari promotor PBAD ketika ketika arabinosa dan cAMP ada. Sejak ara
operon sebagai subjek untuk katabolisme represi seperti lac operon dan sebagai
kontrol positif oleh CAP dan cAMP, induksi ara operon tergantung pada efek
regulator positif dari dua protein, yaitu araC protein dan CAP. Sisi yang mengikat
dua protein dan untuk RNA polimerase muncul pada suatu bagian di ara operon
u=yang disebut araI ( I untuk Induksi), yang berada antara tiga struktur gen operon
dan regulator gen (araC).
 Penemuan megejutkan bahwa represi ara operon tergantung pada ikatan protein
araC pada suatu sisi yang disebut ara O2 ( O untuk Operator, 2 karena ia merupakan
ara operator kedua yand diidentifikasi) yang berada 211 pasang nukleotida ke hulu
(relatif terhadap arah transkripsi PBAD) dari sisi ikatan protein araC dalam araI.
Sekarang ini diterima modelrepresi ara operon yaitu protein araC harus berikatan
( sebagai dimer) pada sisi araI dan araO 2, dan protein ini kemudian mengikat
sesamanya dari suatu DNA loop.
Ketika struktur loop terbentuk . ia harus mencegah atau mengganggu dengan
mengikat RNA polimerase pada promotor yang berdekatan (P BAD) dari operon. Dalam
adanya arabinosa dan cAMP, ara operon diinduksi. Dalam kondisi ini, protein araC
terlihat menjadi aktivator transkripsi ooperon. Rincian dari mekanisme oleh arabinosa
menyebabkan protein araC menjadi positif regulator dari transkripsi operon masih
tidak jelas. Kadang, kompleks arabinosa-protein araC dan kompleks cAMP-CAP
harus membuka ikatan loop oleh ikatan pada sisi araI mereka. Dalam hal ini, harus
mengizinkan RNA polimerase untuk mengikat sisi P BAD dan memulai transkripsi
struktur gen ara.

Represi Lambda Profage Selama Lisogeni

Ketika bakteriofage seperti Lambda ada di profage sel lisogenik, gen pengkode
produk yang terlibat pada jalur litik yaitu, gen pengontrol fage replikasi DNA, fage
morfogeneis, dan lisis sel inang. Ini dilakukan dengan rute repressor – operator –
promoter, seperti yang terlibat dalam operon bakteri. Gen C1 dari fage lambda
mengkode untuk repressor yang dicirikan dengan adanya protein dengan berat
molekul 27.000, yang mana pada dimer atau tetramer mengikat dua area operator
yang mengontrol transkripsi dari gen lambda dan terlibat dalam pertumbuhan litik.
Dua area operator tersebut yaitu OL (untuk transkripsi arah ke kiri) dan O R (untuk
transkripsi arah ke kanan), yang tumpang tindih dengan rantai promoter yang
fungsinya untuk mengikat RNA polymerase dan menginisiasi transkripsi dari gen
yang mengendalikan perkembangan litik. Dalam hal ini repressor berikatan dengan
dua operator, RNA polymerase tidak dapat mengikat dua promoter, oleh karena itu
inisiasi tidak terjadi. Dengan demikian fage gen disimpan dalam keadaan dorman,
dan profage tersebut akan ditransfer dari sel induk inang ke generasi sel
keturunannya.
Pada area operator dan promoter dari fage lambda, diketahui bahwa setiap
operator terdapat tiga sisi ikatan repressor yang ketiganya memiliki kesamaan namun
tidak identik, dan disetiap rantai terdapat 17 pasang nukleotida. Interaksi antara
resepressor lambda dengan rantai DNA OLPL dan ORPR menjelaskan bagaimana gen
profage lambda dipertahankan pada wilayah repressed. Mekanisme ini
memungkinkan adanya kerja sama antara perkembangan litik dan perkembangan
lisogenik setelah adanya infeksi sel E. coli oleh fage lambda secara kompleks dan
banyak, dengan menyertakan interaksi beberapa gen lambda yang lain.

Kontrol Operon trp oleh Atenuasi

Repression dan derepression dapat mengubah tingkat ekspresi struktural gen
operon trp sampai 70 fold. Terdapat level kedua dari regulasi ekspresi operon trp.
Pada mutan trpR tidak dapat membentuk repressor, penambahan triptofan ke dalam
kultur sel dimana ketiadaan triptofan tersebut menyebabkan penurunan sebanyak 8-10
fold sewaktu proses sintesis. Delesi yang memindahkan sebagian dari area trpL,
menyebabkan peningkatan ekspresi dari operon trp. Delesi tersebut memberikan efek
repression independent pada kedua area (area repressed dan area depresed). Level
kedua dari regulasi operon trp dinamakan attenuation, dan rantai yang mengandung
trpL yang mengontrol fenomena tersebut dinamakan attenuator. Attenuation terjadi
dengan kontrol dari terminasi transkripsi di sebuah area mendekati akhir rantai
mRNA.
Area attenuator memiliki pasangan nukleotida pada rantainya untuk sinyal
terminasi transkripsi (lebih banyak pasangan basa G-C dan sedikit A-T). Transkripsi
dengan sinyal terminasi tersebut menghasilkan RNA yang memiliki potensi untuk
membentuk struktur ikatan hidrogen “hairpin” dan beberapa basa U. Rantai
nukleotida dari attenuator mampu lebih awal mengakhiri transkripsi operon trp, hal
ini juga dipengaruhi ada tidaknya triptofan.
Pertanyaan
1. Apakah mungkin Induksi dan Repression dalam sel E.coli terjadi secara
bersamaan?
Jawaban: Menurut saya ada kemungkinan induksi dan repression dalam sel E.coli
terjadi secara bersamaan dikarenakan terjadinya kedua proses tersebut bergantung
pada lingkungan dimana bakteri tersebut tumbuh. Mungkin saja bakteri tersebut
tumbuh di lingkungan yang sedikit mengandung sumber laktosa namun mengandung
cukup konsentrasi triptofan sehingga perlu adanya induksi untuk mensintesis enzim
laktosa dan perlu repression untuk menonaktifkan sintesis enzim triptofan sehingga
E.coli dapat tumbuh secara optimal.

2. Sebutkan contoh dari represi katabolik! Mengapa demikian?

Jawaban: Ketika laktosa ditambahkan ke medium tempat tumbuhnya sel-sel E. coli.
Adanya glukosa yang diketahui untuk mencegah induksi dari lac operon, sebaik
enzim pengontrol operon lain yang dikandung di dalam katabolisme karbohidrat
(misalnya operon arabinosa dan galaktosa). Hal terbut dapat terjadi sebab adanya
suatu kontrol positif dari transkripsi oleh suatu pengatur (regulator) protein yang
disebut CAP (Catabolit Activator Protein) dan suatu efektor molekul kecil yang
disebut AMP siklik (adenosa-3’-5’-fosfat).

3. Apa tujuan dari profage lambda melakukan represi?

Jawaban: Profage lambda melakukan represi karena ingin tetap berapa pada fase
lisogeni (tidak mengalami lisis). Caranya repressor akan berikatan dengan dua
operator, sehingga RNA polymerase tidak dapat mengikat dua promoter, oleh karena
itu inisiasi transkripsi juga tidak terjadi. Dengan demikian fage gen disimpan dalam
keadaan dorman (tidak lisis), dan profage tersebut akan ditransfer dari sel induk inang
ke generasi sel keturunannya.