KONTROL MOLEKULER TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Transkripsi gen eukariotik diatur oleh interaksi antara protein dan urutan DNA di dalam
atau di dekat gen. Transkripsi dimulai di promotor gen, wilayah yang dikenali oleh RNA
polimerase. Namun, inisiasi transkripsi dari promotor gen eukariotik membutuhkan beberapa
protein tambahan yang disebut faktor transkripsi basal. Masing-masing protein ini mengikat
urutan di dalam promotor untuk memfasilitasi penyelarasan RNA polimerase yang tepat pada
template untai DNA. Transkripsi gen eukariotik juga dikendalikan oleh berbagai faktor
transkripsi khusus. Faktor-faktor tersebut mengikat elemen respons yang disebut enhancer dan
terletak di sekitar gen. Enhancer berfungsi baik dalam orientasi normal atau terbalik di dalam
DNA dan mereka dapat ditempatkan di hulu, hilir, atau dalam intron suatu gen dan masih
memiliki efek yang besar pada ekspresi gen tersebut. Enhancer mengatur hingga ribuan pasangan
basa. Sebagian besar enhacer berfungsi khusus yaitu merangsang transkripsi hanya di jaringan
tertentu.
Beberapa protein memiliki domain pengikat DNA dan aktivitas transkripsi serta domain
vation. Domain ini dapat menempati bagian molekul yang terpisah, atau tumpang tindih.
Pengendalian transkripsi melibatkan interaksi fisik dengan protein. Faktor transkripsi yang
terikat kontak dengan satu atau lebih protein pada penguat lain, atau berinteraksi langsung
dengan protein yang telah terikat di wilayah promotor. Melalui kontak dan interaksi ini domain
aktivasi transkripsi dari faktor tersebut kemudian dapat menyebabkan konformasi perubahan
dalam protein yang dirakit, membuka jalan bagi RNA polimerase untuk memulai transkripsi.

REGULASI POSTTRANSCRIPTIONAL DARI EKSPRESI GEN DENGAN

INTERFERENSI RNA
Mekanisme posttranscriptional berperan penting dalam mengatur ekspresi gen eukariotik.
Mekanisme ini melibatkan RNA kecil tanpa kode, dengan penyandingan dasar dengan urutan
target dalam molekul RNA messenger. Oleh karena itu, jenis regulasi gen posttranscriptional ini
disebut RNA interference, biasanya disingkat RNAi. Itu juga adapada mamalia, termasuk
manusia. Seperti yang akan kita lihat, kapasitas eukariotik tersebar luasorganisme untuk
mengatur ekspresi gen oleh RNAi telah memungkinkan ahli genetika untuk menganalisisfungsi
gen dalam organisme yang tidak setuju dengan pendekatan genetik standar.
 Interferensi RNA melibatkan molekul RNA kecil yang disebut RNA interferensi pendek
(siRNA) atau microRNA (miRNA). Molekul-molekul ini, panjangnya 21 sampai 28 pasang basa,
dihasilkan dari aksi enzimatis protein untai ganda RNA spesifik endonuklease. Karena
endonuklease memotong RNA menjadi potongan kecil, kemudian disebut enzim Dicer. siRNA
dan miRNA yang dihasilkan oleh aktivitas Dicer dipasangkan dengan basa di sepanjang
aktivitasnya kecuali di 3 ujungnya yaitu dimana dua nukleotida tidak berpasangan. Dalam
sitoplasma, siRNA dan miRNA tergabung dalam ribonukleopro-partikel tein. SiRNA untai ganda
atau miRNA dalam partikel-partikel ini tidak terikat,dan salah satu untaiannya dihilangkan
secara istimewa. Untai tunggal RNA yang masih hidup kemudian dapat berinteraksi dengan
molekul RNA messenger tertentu. Interaksi ini mencegah ekspresi gen yang menghasilkan
mRNA, partikel RNA-protein disebut RNA-Induced Silencing Complex (RISC). Ketika
pasangan basa antara RNA di dalam RISC dan urutan target di mRNA sempurna atau hampir
jadi, RISC memotong mRNA target di tengah basis. mRNA yang telah dipotong kemudian
didegradasi. Setelah pembelahan, RISC berinteraksi dengan molekul mRNA lain dan
menyebabkan pembelahan.

KETERKAITAN EKSPRESI GEN DAN ORGANISASI KROMATIN

Berbagai aspek organisasi kromatin mempengaruhi transkripsi gen. Di beberapa daerah
seperti, histon yang menyusun sebagian besar protein dalam kromatin, diasetilasi, dan di daerah
lain, sebagian nukleotida dalam DNA dimetilasi. Modifikasi tersebut dapat mempengaruhi
aktivitas transkripsi gen. Variasi kepadatan kromatin di dalam inti sel menyebabkan perbedaan
pewarnaan bagian kromosom. Bahan pewarnaan dalam disebut hetero-kromatin, dan bagian
pewarnaan ringannya disebut eukromatin.
Terdapat pemodelan ulang kromatin terdiri dari enzim yang mentransfer gugus asetil ke
asam amino di lisin posisi spesifik dalam histon nukleosom. Enzim ini disebut histone acetyl
transferases (HATs). Sejumlah penelitian telah menunjukkan asetilasi histon berkorelasi dengan
peningkatan ekspresi gen, mungkin karena produksi kelompok asetil melonggarkan hubungan
antara DNA dan histonoktamers di nukleosom. Enzim kinase yang mentransfer gugus fosfat
kemolekul juga dapat berperan bersama dengan kompleks pemodelan ulang kromatin ini.
Jenis lain dari kompleks pemodelan ulang kromatin struktur nukleosom di sekitar
promotor gen adalah Kompleks SWI / SNF yang biasa ditemukan pada ragi roti. Kompleks ini
dinamai untuk dua jenis mutasi (switching-inhibited dan sucrose n pada fermenter) yang
menyebabkan penemuan protein penyusunnya. Kompleks SWI / SNF terdiri dari setidaknya
delapan protein. Protein ini mengatur transkripsi dengan menggeser histone octamers sepanjang
DNA terkait dalam nukleosomes dan dapat mentransfer para oktamer ke lokasi lain pada
molekul DNA. Pergeseran nukleosom yang dikatalisis oleh kompleks SWI / SNF menghasilkan
faktor transkripsi akses ke DNA. Faktor-faktor ini kemudian merangsang ekspresi gen.
Modifikasi kimiawi nukleotida juga penting untuk beberapa gen eukariot, terutama
mamalia. Dari sekitar 3 milyar pasangan basa dalam genom mamalia, sekitar 40 persennya
adalah pasangan basa G:C, dan sekitar 2 sampai 7 persen di antaranya dimodifikasi dengan
penambahan gugus metil kesitosin. Sebagian besar sitosin termetilasi ditemukan dalam pasangan
basa double dengan strukturnya5 mC pG 33 GpCm 5di mana mC menunjukkan metilsitosin dan
p antara C dan G menunjukkan fosfo-ikatan diester antara nukleotida yang berdekatan di setiap
untai DNA.
Di mana DNA termetilasi ditemukan, itu terkait dengan represi transkripsi. Setidaknya
dua protein yang menekan transkripsi diketahui berikatan dengan metilasi DNA, dan salah
satunya dilambangkan dengan MeCP2, telah terbukti menyebabkan perubahan padastruktur
kromatin. Jadi, ada kemungkinan bahwa dinukleotida CpG termetilasi berikatanprotein spesifik
dan bahwa protein ini membentuk kompleks yang mencegah transkrip-tion dari gen tetangga.
Keadaan termetilasi ditransmisikan secara klonal melalui pembelahan sel.
Saat urutan DNA dimetilasi, kedua untai urutan memperoleh gugus metil. Setelah DNA
direplikasi, setiap dupleks anak akan memiliki satu DNA induk yang dimetilasi urutan dan satu
urutan yang tidak termetilasi. DNA metil transferase, enzimyang mengikat gugus metil ke DNA,
dapat mengenali asimetri ini dan menambahkan metil kelompok ke urutan yang tidak termetilasi.
Jadi, keadaan termetilasi penuh dibangun kembali di dupleks DNA anak perempuan. Dengan
cara ini, pola metilasi dapat ditransmisikan melalui setiap putaran replikasi DNA yaitu, melalui
setiap pembelahan sel. Dalam pengertian ini, metilasi DNA adalah modifikasi epigenetik dari
kromatin. Asetilasi histon juga dianggap sebagai modifikasi epigenetik, meskipun belum jelas
bagaimana pola asetilasi ditularkan melalui sel divisi.
1. Mengapa ekspresi gen perlu dikontrol?
Jawab: Regulasi atau kontrol transkripsional adalah kontrol sintesis rantai polipeptida
dari cetakan mRNA-nya. Kontrol transkripsional merupakan mekanisme utama dalam
pengaturan ekspresi gen bakteri (Lehninnger, 1994). Bentuk regulasi ini ini lebih efesien;
mRNA yang tidak ditranslasi akan tidak berguna. Tidak semua gen yang ditranskripsi
diregulasi, tidak bersifat ekslusif. Tiap regulasi yang terjadi setelah transkripsi disebut
regulasi postranskripsional. Terdapat banyak tipe regulasi postranskripsional, yang paling
utama adalah regulasi posttranlasi, Jika gen diregulasi pada tahap translasional, mRNA
mungkin dapat dilanjutkan pada tahap transkripsi , tapi translasinya memungkinkan
untuk dihambat.