Bioremediasi berasal dari kata bio dan remediasi atau “remediate” yang artinya menyelesaikan masalah.

Secara umum bioremediasi dimaksudkan sebagai penggunaan mikroba untuk menyelesaikan masalah-
masalah lingkungan atau untuk menghilangkan senyawa yang tidak diinginkan dari tanah, lumpur, air
tanah atau air permukaan sehingga lingkungan tersebut kembali bersih dan alamiah.

Bakteri yang secara spesifik menggunakan karbon dari hidrokarbon minyak bumi sebagai sumber
makanannya disebut sebagai bakteri petrofilik. Bakteri inilah yang memegang peranan penting dalam
bioremediasi lingkungan yang tercemar limbah minyak bumi

Mikroba yang hidup di tanah dan di air tanah dapat “memakan” bahan kimia berbahaya tertentu,
terutama organik, misalnya berbagai jenis minyak bumi. Mikroba mengubah bahan kimia ini menjadi air
dan gas yang tidak berbahaya misalnya CO2. Kondisi lingkungan yang memadai akan membantu mikroba
tumbuh, berkembang dan “memakan” polutan tersebut (atau memanfaatkan Carbon dari polutans
sebagai sumber energi untuk pertumbuhan).

Pelaksanan bioremediasi dengan menggunakan bakteri pada dasarnya menmbutuhkan kerja sama lebih
dari satu spesies bakteri. Hal tersebut karena senawa hidrokarbon seperti minyak bumi terbentuk dari
bayak gugus yang berbeda dan bakteri hanya dapat menggunakan hidrokarbon pada kisaran
tertentu.Oleh karena itu, dalam memanfaatkan bakteri, diperlukannya suatu identifikasi yang tepat
untuk menyesuaikan dengan kemampuannya dalam mendegradasi hidrokarbon

PROSES DEGREDASI LIMBAH MINYAK OLEH BAKTERI

Mikroorganisme, terutama bakteri yang mampu mendegradasi senyawa yang terdapat

di dalam hidrokarbon minyak bumi disebut bakteri hidrokarbonoklastik.
Mikroorganisme ini mampu menguraikan komponen minyak bumi karena
kemampuannya mengoksidasi hidrokarbon dan menjadikan hidrokarbon sebagai
donor elektronnya. Mikroorganisme ini berpartisipasi dalam pembersihan tumpahan
minyak dengan mengoksidasi minyak bumi menjadi gas karbon dioksida (CO2), bakteri
pendegradasi minyak bumi akan menghasilkan bioproduk seperti asam lemak, gas,
surfaktan, dan biopolimer yang dapat meningkatkan porositas dan permeabilitas
batuan reservoir formasi klastik dan karbonat apabila bakteri ini menguraikan minyak
bumi.

Bakteri hidrokarbonoklastik merupakan kelompok bakteri yang mampu “memakan” atau

mendegradasi senyawa hidrokarbon. Proses degradasi senyawa hidrokarbon oleh bakteri diawali
dengan produksi suatu senyawa yang disebut biosurfaktan. Senyawa ini dilepas oleh bakteri untuk
menurunkan tegangan permukaan air, sehingga senyawa hidrokarbon yang tadinya sulit larut
menjadi mudah larut dan “menyatu” dengan air, kemudian menjadi butiran-butiran kecil. Peristiwa
tersebut dikenal dengan istilah emulsifikasi. Senyawa hidrokarbon yang telah menjadi butiran-
butiran emulsi tadi akan “dikerumuni” oleh bakteri hidrokarbonoklastik yang kemudian melepaskan
enzim lipase. Enzim ini memiliki kemampuan lipolitik, kemampuan untuk menghidrolisis lemak
menjadi senyawa yang lebih sederhana. Hasil akhir dari proses degradasi senyawa hidrokarbon
tersebut adalah senyawa air (H2O) dan karbon dioksida (CO2) yang aman bagi lingkungan sekitar.
FAKTOR BAKTERI DLAM MENDEGREDASI LIMBAH MINYAK (CARI TAMBHAN MATERI
LAGI)
Kemampuan bakteri hidrokarbonoklastik dalam mendegradasi limbah hidrokarbon tentunya dipengaruhi oleh
berbagai faktor, seperti sumber nutrisi, suhu, pH, dan lain sebagainya. Hingga saat ini, masih banyak penelitian
yang mengkaji bakteri hidrokarbonoklastik agar lebih optimal dalam proses bioremediasi lingkungan. Hal
tersebut dilakukan agar diperoleh agen-agen bioremediasi yang unggul dan mampu memulihkan lingkungan
tercemar dengan efektif, efisien dan yang paling penting adalah ramah lingkungan.

MACAM – MACAM BAKTERI PEMAKAN LIMBAH MINYAK (TAMBAHIN LAGI METERI TENTANG
SPESIFIKASI MASING MASING BAKTERI KEK YANG AKU MERAH MERAH SEBAGAII PEMBANDING
FUNGSI TIAP BAKERI ATAU KL GAK DAPET CARI BIASANYA BAKTERI INI MENANGANI KASUS LIMBAH
MINYAK DIMANA AIR TANAH, NNT DICARI JUGA DARI BAKTERI BAKTERI DIBAWAH MANA YG PLG
SERING DIGUNAKAN UNTUK MEMBANTU DEGREDASI LIMBAH MINYAK)

Bakteri hidrokarbonoklastik diantaranya adalah Pseudomonas, Arthrobacter,

Alcaligenes, Brevibacterium, Brevibacillus, dan Bacillus.

Terdapat berbagai jenis bakteri yang tergolong dalam kelompok bakteri hidrokarbonoklastik, di antaranya
adalah Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa, dan Serratia marcescens. Tiap jenis bakteri menghasilkan
jenis biosurfaktan yang berbeda. Hal ini disebabkan oleh adanya perbedaan “gen penyandi” yang mengatur
proses produksi biosurfaktan pada sel bakteri.
Pada B. subtilis, produksi biosurfaktan diatur oleh gen sfp dan jenis biosurfaktan yang dihasilkan adalah
kelompok lipopeptida berupa surfaktin. Biosurfaktan jenis ini tersusun atas gugus asam amino dan asam
lemak. Sementara itu, pada P. aeruginosa, produksi biosurfaktan diatur oleh gen rhl dan dihasilkan
biosurfaktan dengan jenis rhamnolipida yang tersusun atas gula ramnosa dan lipid. Sekedar tambahan
informasi, senyawa biosurfaktan ini umumnya dimanfaatkan dalam pembuatan sabun, kosmetik, dan obat.

1. Pseudomonas sp.
         Pseudomonas sp. merupakan salah satu bakteri yang memanfaatan bakteri menjadi
biosurfaktan. Dengan demikian, jenis bakteri ini dapat di,amanfaatkan dengan baik dalam
melakukan bioremediasi dengan hidrokarbon. Tetapi terdapat beberapa faktor, salah satu faktor
tersebut adalah kelarutannya yang rendah, sehingga sulit mencapai sel bakteri.Dalam produksi
biosurfaktan, berkaitan dengan keberadaan enzim regulatori yang berperan dalam sintesis
biosurfaktan. Ada dua macam  biosurfaktan yang dihasilkan bakteri Pseudomonas :
1. Surfaktan dengan berat molekul rendah (seperti glikolipid, soforolipid, trehalosalipid, asam
lemak dan fosfolipid) yang terdiri dari molekul hidrofobik dan hidrofilik. Kelompok ini bersifat aktif
permukaan, ditandai dengan adanya penurunan tegangan permukaan medium cair.
2. Polimer dengan berat molekul besar, yang dikenal dengan bioemulsifier polisakarida amfifatik.
Dalam medium cair, bioemulsifier ini mempengaruhi pembentukan emulsi serta kestabilannya dan
tidak selalu menunjukkan penurunan tegangan permukaan medium.
Biosurfaktan merupakan komponen mikroorganisme yang terdiri atas molekul hidrofobik dan hidrofilik,
yang mampu mengikat molekul hidrokarbon tidak larut air dan mampu menurunkan tegangan
permukaan. Selain itu biosurfaktan secara ekstraseluler menyebabkan emulsifikasi hidrokarbon sehingga
mudah untuk didegradasi oleh bakteri. Biosurfaktan meningkatkan ketersediaan substrat yang tidak larut
melalui beberapa mekanisme. Dengan adanya biosurfaktan, substrat yang berupa cairan akan teremulsi
dibentuk menjadi misel-misel, dan menyebarkannya ke permukaan sel bakteri. Substrat yang padat
dipecah oleh biosurfaktan, sehingga lebih mudah masuk ke dalam sel.
Pelepasan biosurfaktan ini tergantung dari substrat hidrokarbon yang ada. Ada substrat (misal seperti
pada pelumas) yang menyebabkan biosurfaktan hanya melekat pada permukaan membran sel, namun
tidak diekskresikan ke dalam medium. Namun, ada beberapa substrat hidrokarbon (misal heksadekan)
yang menyebabkan biosurfaktan juga dilepaskan ke dalam medium. Hal ini terjadi karena heksadekan
menyebabkan sel bakteri lebih bersifat hidrofobik. Oleh karena itu, senyawa hidrokarbon pada komponen
permukaan sel yang hidrofobik itu dapat menyebabkan sel tersebut kehilangan integritas struktural
selnya sehingga melepaskan biosurfaktan untuk membran sel itu sendiri dan juga melepaskannya ke
dalam medium.

7. Acinetobacter
            Memiliki bentuk seperti batang dengan diameter 0,9 – 1,6 mikrometer dan panjang 1,5- 2,5
mikrometer. Berbentuk bulat panjang pada fase stasioner pertumbuhannya. Bakteri ini tidak dapat
membentuk spora. Tipe selnya adalah gram negatif, tetapi sulit untuk diwarnai. Bakteri ini bersifat
aerobik, sangat memerlukan oksigen sebagai terminal elektron pada metabolisme. Semua tipe bakteri
ini tumbuh pada suhu 20-300 C, dan tumbuh optimum pada suhu 33-350 C. Bersifat oksidasi negatif dan
katalase positif. Bakteri ini memiliki kemampuan untuk menggunakan rantai hidrokarbon sebagai
sumber nutrisi, sehingga mampu meremidiasi tanah yang tercemar oleh minyak. Bakteri ini bisa
menggunakan amonium dan garam nitrit sebagai sumber nitrogen, akan tetapi tidak memiliki pengaruh
yang signifikan. D-glukosa adalah satu-satunya golongan heksosa yang bisa digunakan oleh bakteri ini,
sedangkan pentosa D-ribosa, D-silosa, dan L-arabinosa juga bisa digunakan sebagai sumber karbon oleh
beberapa strain.

8. Bacillus
             Umumnya bakteri ini merupakan mikroorganisme sel tunggal, berbentuk batang pendek
(biasanya rantai panjang). Mempunyai ukuran lebar 1,0-1,2 m dan panjang 3-5m. Merupakan bakteri
gram positif dan bersifat aerob. Adapun suhu pertumbuhan maksimumnya yaitu 30-50oC dan
minimumnya 5-20oC dengan pH pertumbuhan 4,3-9,3. Bakteri ini mempunyai kemampuan dalam
mendegradasi minyak bumi, dimana bakteri ini menggunakan minyak bumi sebagai satu-satunya
sumber karbon untuk menghasilkan energi dan pertumbuhannya. Pada konsentrasi yang rendah, bakteri
ini dapat merombak hidrokarbon minyak bumi dengan cepat.  Jenis Bacillus sp. yang umumnya
digunakan seperti Bacillus subtilis, Bacillus cereus, Bacillus laterospor.

 Mekanisme degradasi hidrokarbon di dalam sel bakteri Pseudomonas

1. Hidrokarbon Alifatik
Pseudomonas sp. menggunakan hidrokarbon tersebut untuk pertumbuhannya. Penggunaan hidrokarbon
alifatik jenuh merupakan proses aerobik (menggunakan oksigen). Tanpa adanya O2, hidrokarbon ini
tidak didegradasi. Langkah pendegradasian hidrokarbon alifatik jenuh oleh Pseudomonas sp. meliputi
oksidasi molekuler (O2) sebagai sumber reaktan dan penggabungan satu atom oksigen ke dalam
hidrokarbon teroksidasi. Reaksi lengkap dalam proses ini terlihat pada gambar 1.
 
 
Gambar 1. Reaksi degradasi hidrokarbon alifatik
2. Hidrokarbon Aromatik
Banyak senyawa ini digunakan sebagai donor elektron secara aerobik oleh bakteri Pseudomonas.
Degradasi senyawa hidrokarbon aromatik disandikan dalam plasmid atau kromosom oleh gen xy/E. Gen
ini berperan dalam produksi enzim katekol 2,3-dioksigenase. Metabolisme senyawa ini oleh bakteri
diawali dengan pembentukan Protocatechuate atau catechol atau senyawa yang secara struktur
berhubungan dengan senyawa ini. Kedua senyawa ini selanjutnya didegradasi oleh enzim katekol 2,3-
dioksigenase menjadi senyawa yang dapat masuk ke dalam siklus Krebs (siklus asam sitrat), yaitu
suksinat, asetil KoA, dan piruvat. Gambar 2 menunjukkan reaksi perubahan senyawa benzena menjadi
katekol.

Terdapat tiga cara transpor hidrokarbon ke dalam sel bakteri secara umum yaitu :
1. Interaksi sel dengan hidrokarbon yang terlarut dalam fase air. Pada kasus ini, umumnya rata-rata
kelarutan hidrokarbon oleh proses fisika sangat rendah sehingga tidak dapat mendukung.
2. Kontak langsung (perlekatan) sel dengan permukaan tetesan hidrokarbon yang lebih besar
daripada sel mikroba. Pada kasus yang kedua ini, perlekatan dapat terjadi karena sel bakteri bersifat
hidrofobik. Sel mikroba melekat pada permukaan tetesan hidrokarbon yang lebih besar daripada sel
 dan pengambilan substrat dilakukan dengan difusi atau transpor aktif. Perlekatan ini terjadi karena
adanya biosurfaktan pada membrane sel bakteri Pseudomonas.
3. Interaksi sel dengan tetesan hidrokarbon yang telah teremulsi atau tersolubilisasi oleh bakteri.
Pada kasus ini sel mikroba berinteraksi dengan partikel hidrokarbon yang lebih kecil daripada sel.
Hidrokarbon dapat teremulsi dan tersolubilisasi dengan adanya biosurfaktan yang dilepaskan oleh
bakteri pseudomonas ke dalam medium.